Фахретдин утверждал, что религия без образования столь же пагубна, сколь и образование без религии. Стоит ли приводить примеры из современности, иллюстрирующие эти тезисы?
Впрочем, Фахретдин ставит вопрос не только о моральном и правовом самосовершенствовании мусульман. Он указывает на потребность развития военной сферы, говоря, что "нам нужны... пушки Круппа, железные дороги, юнкерские училища, кадетские корпуса, военные академии, броненосцы, миноносцы".
Конечным идеалом Фахретдина является появление единого мусульманского правителя в лице халифа, как главы федерации просвещенных мусульманских государств. Но подобное развитие событий для Фахретдина было делом отдаленного будущего...
Если в вопросах участия в парламенте, создания собственного парламента или съезда, провозглашения Конституции, реформы права, совмещения религиозного и светского образования Фахретдин в целом дает богословское обеспечение программе джадидов, то в вопросе военного обучения и единого халифа он им противоречит. Здесь его взгляды сближаются с позицией Рашида Ибрагима. Характерно и то, что Фахретдин создает свою работу, формально ориентируясь не на конкретные условия России, а на условия всего мусульманского мира. Риза казый принадлежал к тому поколению улемов, которые чувствовали себя своими среди любого мусульманского народа. Он также определяет "миллет" мусульман России прежде всего как часть мусульманской уммы.
Сходные идеи о единстве мусульманского мира в форме создания Шура-и-умма (Совета нации) и о появлении единого исламского лидера высказывали на рубеже 1900-1910-х гг. не только сторонники исламского единства Рашид Ибрагим и улем Зыя Камали, но и такой либерал, как Садри Максуди. Татарская элита понимала необходимость создания парламента, провозглашения Конституции по образцу европейских государств при сохранении единства исламской уммы с ее догматикой и моральными основами. Эти взгляды обозначали отход от концепции "миллета" как только коллектива единоверцев в пользу создания постоянно модернизирующейся нации европейского типа. Задача эта занимала центральное место в деятельности татарских национальных лидеров начала века вплоть до уничтожения Милли Идарэ (Национального Управления) в 1919 г. Татарским теологам, и, прежде всего, Ризе Фахретдину, принадлежала историческая задача богословского обоснования этих реформ, которая была ими блестяще выполнена.
В 1891 г. Фахретдин становится казыем Оренбургского Духовного Собрания, и на всю жизнь получает почетный титул Ризы казыя. 1—15 апреля 1905 г. в Уфе при Духовном Собрании под председательством муфтия Мухаммедъяра Султанова прошло заседание «Улама жэмгыяте» («Общества улемов»). Совещание было созвано по указанию председателя Кабинета Министров Сергея Витте для составления официального доклада, касающегося проблем мусульманской общины. В нем приняли участие улемы Казани, Перми, Касимова, Симбирска, Тюмени, Уфы, Каргалы, Москвы, Томска, Ханской Орды, Троицка, Стерлитамака, Астрахани, Санкт-Петербурга, Агрыза и Чишме. Основным докладчиком был казый Р. Фахретдин. Его предложения повторяли программу Марджани и сводились к созданию миллета по оттоманскому образцу. Р. Фахретдин также предложил передать казахов в компетенцию Собрания. Риза казый в те дни стремился добиться успеха официальным путем, поэтому он не принял участия в мусульманских съездах.
Уже в 1906 г., когда муфтий отказался от реформы Духовного Собрания, Фахретдин покинул Уфу ради Оренбурга. Здесь он возглавил журнал "Шура" ("Совет"). Специалисты называют его первым татарским научным журналом. На самом деле его значение куда шире. "Шура" стал местом теоретических дискуссий о судьбах нации. Сторонники тюркизма и татаризма, либералы и социалисты пытались определить место мусульман России в изменяющемся мире. Кажется, нет такой сферы гуманитарных и богословских знаний, которую бы ни объял этот журнал. Ученые не знают ни одного журнала наших дней, который мог бы выдержать сравнение с "Шурой".
Современники упрекали Фахретдина за то, что он отводит много места мелочам, но редактор не упускал возможности дать слово начинающим авторам. Хрестоматийной стала история, когда Фахретдин продолжал публиковать у себя в журнале серию статей Мусы Биги, посвященную божественной милости, несмотря на протесты почти всех лидеров мусульманской России. Он был не согласен с идеями автора, но считал, что в силу своей оригинальности мышления и доказательности статьи Биги достойны опубликования.
Уже в марте 1917 г. Фахретдин мог занять место муфтия, Но он опять проявил полное отсутствие честолюбия. Только закрытие журнала "Шура" большевиками и безденежье вынудили его перебраться в Уфу и занять пост казыя, на который он был избран мусульманским съездом в мае 1917 г. Когда Красные войска заняли город в 1919 г., он, в отличие от муфтия и других казыев, отказался покинуть Уфу. В 1921 г. после смерти Галимджана Баруди он возглавит ЦДУМ, а в 1923 г. на съезде Духовенства Фахретдин был избран муфтием Центрального Духовного Управления мусульман и оставался на этом посту до своей смерти в 1936 г.
Благодаря активности Фахретдина в 1923 г. окончательно восстановив свои структуры, частично распавшиеся в годы гражданской войны, Центральное Духовное Управление мусульман Внутренней России и Сибири (ЦДУМ) получает признание от центрального правительства. Помимо самого управления, являющегося единым центром утверждения кадров и руководства ими (ЦДУМ), это еще и аналитический и теоретический центр (Голямалар Шурасы), региональные контрольные учреждения (мухтасибаты), местные органы религиозного контроля над мусульманским населением (махалли), всеобщая религиозная школа (мектеб), центры подготовки и переподготовки кадров (курсы), официальный и теоретический орган (журнал «Ислам мэджэллэсе»), а также молитвенные здания, возможность участия в гражданской жизни светских лидеров приходов и светского обучения для детей духовенства. ЦДУМ сохраняет контроль над молитвенными зданиями, возможность участвовать в гражданской жизни приходов, влиять на общенациональных и местных советских лидеров. ЦДУМ сохранил до конца 1920-х гг. свои институты на всей территории татарского мира и диаспоры, единую структуру с казахским духовенством, и связи с духовенством всех мусульманских регионов СССР.
В том же в 1923 г. под заголовком «религиозный, моральный и философский журнал» начал выходить орган ЦДУМ - журнал «Ислам мэджэллэсе» («Исламский журнал, сборник»). Риза Фахретдин в статье «Религиозный вопрос сегодня» призывал соединить Коран и хадисы с потребностями современности и вводить изменения в жизнь, сообразуясь с Кораном и Сунной. Муфтий говорил о необходимости «кувэт тэшригия» («силы Шариата»), необходимости выполнения законов Шариата. Причем Фахретдин прямо ссылался на правовую концепцию Абу Ханифы и его традицию сохранения порядка и уважения к режиму. Муфтий выступил за максимальное поддержание контактов, обмен информацией и взаимопомощь между всеми органами ЦДУМ: религиозным съездом, улемами, мутаваллиями, духовными и ответственными личностями. В заключении Фахретдин призывает к организации съезда для обсуждения изменившихся реалий и принятия решений.
Риза Фахретдин, имевший многолетний опыт деятельности в качестве казыя во времена Александра III и Николая II выработал практически оптимальную в данных условиях модель диалога с властями. Ему удалось сохранить систему начального мусульманского образования, численность мечетей, кадровый состав духовенства и структуру управления. С 1924 г. по 1926 г. в Башкирской республике даже происходит увеличение числа мусульманских религиозных групп и обществ соответственно с 643 и 417 до 717 и 473. В связи с непрекращающимся сопротивлением режиму в Средней Азии и на Кавказе правительство нуждалось в лояльности мусульманского населения. Декретами ВЦИК РСФСР от 17 марта и 11 сентября 1923 г. было разрешено преподавание Ислама молодежи. В архив Диния Назарат были переданы мусульманские метрики. ЦДУМу было передано историческое здание муфтията в Уфе. Мутаваллии получили право участия в профсоюзах и работы на госслужбе. Были сделаны уступки в обложении налогами мечетей, духовенства и облегчен доступ в школу детям духовенства. Был разрешен хадж. При ВЦИКе РСФСР была создана комиссия по религиозному законодательству. Во время визита в Казань Фахретдин был принят председателем СНК Татреспублики. Представители правительства гарантировали соблюдение религиозного законодательства, разъяснение статуса ЦДУМ на местах. ЦДУМ должен был направлять один экземпляр своих циркуляров в СНК ТР.
Однако все попытки добиться издания учебной литературы и организовать медресе были отвергнуты властями. Выпуск журнала «Ислам мэджэллэсе», издававшегося с декабря 1924 г. был окончательно остановлен в 1928 г. Накануне сталинской «революции сверху» в конце 1920-х гг. режим ужесточал контроль. На заседаниях Политбюро ЦК ВКП (б) в апреле-мае 1928 года рассматривалась просьба Фахретдина об открытии богословской школы (медресе) в Уфе, но партийные органы сочли нецелесообразным иметь подобное духовное учебное заведение. На просьбу издать брошюру «Ислам дине» («Религия Ислама»), характеризующую не только устои религии, но и ее роль в современности Антирелигиозная комиссия ЦК в июне 1929 г. ответила отказом. Вместо «Ислам дине» было разрешено печатание части Корана «Гафтияка» тиражом 10.000 экземпляров. Было предложено исключить из журнала «Ислам» всякие теоретические и религиозно-философские вопросы и свести содержание его и текущим делам отправления культа. Круг ограничений все больше расширялся…