Акчура не нуждался в деньгах и славе. Тем не менее, в Казани он вел огромную работу в бюро партии "Иттифак", в газете "Казан мюхбире", преподавал историю тюркского мира в медресе "Мухаммадия". До приезда Садри Максуди из Парижа в августе 1906г. именно Акчура был единственным политиком европейского уровня среди татар. В августе 1906 г. на III Всероссийском мусульманском съезде Гаспринский предложил его кандидатуру на должность заместителя муфтия по юридическим вопросам. Несмотря на скромное название должности, ее обладатель должен был сконцентрировать в своих руках все отношения с государственными властями, а также со светской политической элитой.
Первый звонок для отбытия Акчуры из России прозвенел уже в начале 1906 г. Он был арестован на 40 дней под предлогом авторства социал-демократических прокламаций. Власти не реагировали на заявление самого Акчуры, что он придерживается либеральных убеждений, и на ручательство за политика наиболее влиятельных членов татарской общины Казани. Действительной же причиной было нежелание властей видеть его среди депутатов I Государственной Думы. Позднее, в советские годы, об этом аресте писали с издевкой. Впрочем, одновременно сквозь зубы признавалось, что первый татарский большевик Хусаин Ямашев и ночи не провел за решеткой.
Роспуск II Государственной Думы в июне 1907 г. обозначил окончание поры либеральных надежд. Для кипучей деятельности Акчуры просто не оставалось места. Перед отъездом в августе 1908 г. из Казани в Стамбул Юсуф Акчура выпустил книгу, где оценил события 3 июня 1907 г. как государственный переворот, нарушающий движение России по пути европейских государств. Он утверждал, что III Государственная Дума не в состоянии, или почти не в состоянии, принять необходимые для страны законы. Таким образом, народ в России не может участвовать в издании законов и управлении государством, и утверждение о конституционном характере российской монархии является фикцией.
В Стамбуле Акчуру ожидало профессорство в университете и, пожалуй, одна из наиболее ярких страниц его деятельности — редакторство в журнале "Тюрк йорду" ("Тюркский мир"). В 1913 г. этот журнал среди татар был наиболее популярным зарубежным периодическим изданием. Он имел до 50 подписчиков только в Казани. Именно в нем Акчура и азербайджанец Ахмел Агаев впервые сравнили процесс создания нации мусульманами России с созданием германской и итальянской наций. По этой теории, вся элита общества — буржуазия, богословы, писатели, редакторы — объединилась во имя создания этнических коллективов по образцу французской нации, рожденной революцией 1789 г. Да, Акчура лучше владел французским, чем татарским, и это не нравилось Тукаю, но было ли это таким уж недостатком Акчуры? Именно владение новейшими достижениями французской социологии, истории и политологии дало возможность поднять исследования развития татар на качественно новый уровень, чего не смогли сделать люди, владевшие всеми красотами татарского языка
В 1915 г. в Казани вышел в свет сборник, посвященный Шигабетдину Марджани. Акчура объявляет Марджани великим предшественником начавшегося движения "таджаддуд" (реформации). Акчура тем самым строит своеобразную предысторию джадидизма, задавая тон для будущей либеральной тюркской историографии. Сам Акчура не сомневался, что по прошествии половины века в тюркском-мусульманском мире произойдет религиозно-мыслительная революция — "таджаддуд". В статье Акчуры мы впервые встречаемся с рассмотрением "джадидизма" ("таджаддуд) как движения подобного европейской Реформации. Тень Лютера впервые встала над татарским обществом. Это, разумеется, не значит, что Акчура по примеру протестантов пытался изменить в мусульманском мире все, включая даже молитвы. Для него Лютер был символом духовного начала европейских реформ. Если Рашид Ибрагим и другие татарские социалисты видели в европейском превосходстве только превосходство техники, и, прежде всего, оружия, принимая европейские доктрины за догмы поведения, то для Акчуры причиной европейского доминирования было культурное превосходство, постоянное развитие, страсть к усовершенствованию себя и окружающего мира. Целью джадидизма для Акчуры была реформа всей духовной культуры и образа мыслей мусульманского общества России, включая реформу религии. Он верил в победу этого движения в ближайшие десятилетия. Его прогнозам не суждено было сбыться.
Воспитанный в Турции и выработавший основы мировоззрения в Европе, Акчура плохо понимал Россию. Он видел в ней, прежде всего, государство и почти только государство, а не живых людей. Его целью был прогресс российских тюрок, но после 1907 г. он разочаровался в позитивной роли России. Демократия была священным лозунгом и символом веры для Акчуры, он искал ее всюду, и нашел даже в процессе избрания древних тюркских ханов, но совсем не находил в российской истории.
Во имя защиты прав соотечественников Акчура обращался в германский и австро-венгерский Генштабы и одновременно к президенту США Вудро Вильсону. Он верил только гарантиям западных держав, но не России. Акчура, наряду с Рашидом Ибргимом стал одним из лидеров, созданного в 1915г. в Стамбуле Comite pour la Defense des Droits des Peuples Turco-Tatars musulmans de Rusie» («Комитет по защите прав тюрко-татар мусульман России»). Вначале он требовал восстановления представительства всех мусульман в Государственной Думе, религиозной автономии, создания национальных светских школ и права для татар владеть недвижимостью в Туркестане. Отказ Государственной Думы 20 июля 1915г. признать равноправие нерусских народов обозначал, что тактика переговоров с российским правительством и парламентом бессмысленна. В декабре 1915г. делегация Комитета побывала в столицах держав Четверного Согласия. В франкоязычном меморандуме Комитета, составленном Акчурой, содержалось требование независимости тюрко-татарских народов. По карте территориального проекта, независимость, в частности, получало Казанское ханство (чья территория на юге простиралась между Волгой и Уралом, а на севере доходила до Верхней Волги и тундры). Впрочем, от Вильсона лидеры Комитета просили только гарантий со стороны демократий Антанты равноправия, религиозной и национально-культурной автономии мусульман России.
Идея ханства под турецким протекторатом, как части тюркской конфедерации, сменила идею восстановления халифата на землях нашего региона, достаточно популярную в те годы среди полуобразованных слоев. Еще 1870-е гг. под влиянием поражения в русско-турецкой войне 1877-1878 гг. турецкая интеллигенция впервые начинает изучение доисламской тюркской цивилизации. По позднейшему утверждению одного из идеологов тюркизма Зии Гекалпа, первым европейским востоковедческим трудом, привлекшим широкое внимание тюркской интеллигенции, была книга французского ученого Леона Каэна «Введение в историю Азии». На основании материалов новейших открытий он выдвинул идею исторической преемственности тюркских народов. Именно в эти годы родилась единой тюркской священной прародины — Турана, ставшая ключевым образом сознания сторонников тюркского единства вплоть до наших дней.
По сравнению с историей Марджани, начинающей историю татар с эпохи хазар и Булгара, акцент переносится на более раннюю эпоху. Основное внимание концентрируется на истории единства тюркских народов, которое существовало в доисламскую эпоху Тюркских каганатов. Вторым периодом тюркского единства является история империи Чингиз-хана. Основной акцент в изучении истории переносится не на распространение Ислама среди предков татар, как в трудах улемов от Хисаметдина Муслими до Шигабетдина Марджани, а на историю тюркской расы, как таковой. Внимание переносится с истории религии на историю государств. В этом отношении история приобретает светский характер.
В 1915г. Юсуф Акчура, также под влиянием трудов Каэна, разработал следующую периодизацию тюркской истории:
1) Древний период: древняя тюркская цивилизация до монгольского завоевания.
2) Средний период: объединение тюркских народов в Империи Чингиз-хана и его преемников.
3) Новый период: государства, возникшие при распаде Империи Чингиз-хана.
4) Современный период: национальное пробуждение тюркских народов в современную эпоху.
Акчура еще в 1906 г. на страницах «Казан мюхбире» с горечью писал, что сарайские ханы-наследники Чингиза не слезали с седел и пренебрегали государственным управлением, тогда как русские князья в Москве использовали все возможности для укрепления своих государств под сенью ордынского протектората. Здесь он был полностью солидарен с крупнейшим историком татарской государственности и политическим лидером Хади Атласи.
В поисках возможной российской альтернативы самодержавию в июле и августе 1916 г. в Женеве Акчура встречался с Лениным, в надежде на то, что большевики смогут дать больше прав нерусским народам. Отметим, что в это время еще практически никто не видел в Ленине будущего политического лидера. Но Акчуру оттолкнула классовая риторика собеседника.
В годы бесконечных войн Акчура, как преподаватель, отдавал всего себя молодежи. В дни поражения Турции в I Балканской войне (1912 г.) он в университетской аудитории просил прощения у студентов за то, что не научил их жить по образцам процветающих наций Европы. Человек великой души и сердца, он и прожил всего 59 лет, что было, по сути, немного для представителя турецкой политической и академической элиты, который никогда не боролся за кусок хлеба.