Вчерашний союзник Карл Грасис становится основным противником мусульманских коммунистов в деле создания национальной государственности. Наряду с контролем на местах нарастает и контроль из центра. Вначале по советской линии. В октябре 1918 г. Султан-Галиев заявлял: “Конструирование Наркомнаца и национальных комиссариатов должно определяться теми же принципами, которые положены в основу образования Российской Социалистической Федеративной Советской Республики, а именно принципы свободного федерирования трудовых элементов отдельных национальностей и вытекающий отсюда принцип полной независимости пролетариата этих национальностей”. В октябре 1918 г. Муском фактически заявил, что его отделения на местах не будут подчиняться местным властям. Султан-Галиев будет выступать и за созыв съезда трудящихся-татар. Но центральные власти слишком хорошо понимают, что такой съезд будет неподконтрольным. Чуть позднее ликвидируется и самостоятельная Мусульманская Компартия. В ноябре 1918 г. на I Съезде Мусульман-Коммунистов в Москве большинство под нажимом ЦК РКП(б) высказалось за превращение партии в Центральное Бюро Мусульманских Организаций при РКП(б).
В ноябре 1919 г. на II Всероссийском Съезде Мусульманских Коммунистических Организаций Султан-Галиеву удалось провести свою резолюцию по татаро-башкирскому вопросу: “Самым правильным разрешением татаро-башкирского вопроса, как с политической, так и с естественно-исторической стороны, является создание для них общей советской республики”. Съезд признал необходимым “осуществить положение Совнаркома о Татаро-Башкирской Советской Социалистической Республике в границах, исключающих автономную Малую Башкирию” (то есть гористый восток Оренбургской губернии, составляющий ныне Юго-восток Башкортостана). Но Политбюро РКП(б) отменяет это решение.
В 1921 г. в дни голода “правые” — сторонники Султан-Галиева получают контроль над правительством Татарстана, но его не отпускают в Казань. Партийная дисциплина — очень эффективный механизм контроля. В Наркомнаце он — неформальный лидер коммунистов российских автономий, далеко не всегда довольных политикой центра (Муском к тому времени ликвидирован). Основная сфера раздоров — контроль за земельными ресурсами. На них претендуют и федеральный центр и республики. Султан-Галиев — председатель Федерального Комитета по земельному делу, на стороне последних. Уже в 1922 году пронациональная политика “правых” приводит к попыткам их устранения. Султан-Галиева включают в “парттысячу” что означает фактическую ссылку в глухую провинцию. Из-за протестов представителей автономий он пока сохраняет свои посты.
История с арестом Султан-Галиева (май 1923 г.), откровенно говоря, маловразумительна. Поводом для ареста послужило перехваченное шифрованное письмо Султан-Галиева, выявившее его переписку с рядом коммунистов в тюркских республиках и попытку установить связь с бывшим лидером башкирской автономии Заки Валиди, уже ставшим тогда противником советской власти. Единственные доступные нам документы — это само письмо и показания Султан-Галиева. Они отражают сложную ситуацию в стране, когда всем было ясно, что Ленин умирает и возможны варианты развития событий. Непонятна до конца роль Сталина, который несколько лет был ближайшим союзником Султан-Галиева, а теперь стал его злейшим преследователем.
Арест Султан-Галиева стал для “правых” нарушением негласного договора руководства Татарии и Центра. Выведшие из кризиса республику лидеры оказывались в положении нежелательных лиц и политических изгоев. Практически сразу же за арестом Султан-Галиева его сторонники в аппарате Татарстана обращаются с письмом в ЦК РКП(б). В начале идет оценка деятельности Султан-Галиева: “Констатируя большое влияние т. Султан-Галиева на коммунистов-туземцев восточных республик и областей, а также широкие беспартийные массы рабочих, крестьян и трудовой советской интеллигенции, полагаем, что подобный акт физической репрессии по отношению к нему имеет безусловно отрицательное значение”.
Авторы заявляют: “Просим об отмене всякой репрессии по отношению т. Султан-Галиева, и если для этой цели ЦК РКП потребуется наше поручительство, то выражаем на это полное желание и готовность”. Под письмом подписалась большая часть лидеров республики, но только татары. Позднее было направлено заявление в ЦК РКП(б) товарищу Сталину, где авторы утверждают: “Мы категорически отрицаем возможность связи Султан-Галиева с басмачеством”. Они объясняют, что ошибки Султан-Галиева во многом вызваны неопределенностью национальной политики перед XIII Съездом Партии, личными репрессиями против него (отправка в составе парттысячи), а также отсутствием контроля местных коммунистов над экономической жизнью в Башкирии и Киргизии. Авторы заявляют, что видят основные проблемы в:
1) Статусе автономий в связи с образованием СССР;
2) Реорганизации Статистического Управления, не учитывающего позиции автономий;
3) Потребности урегулирования отношений между Наркомземом РСФСР и автономных республик, так как его политика сводится к упразднению автономий;
4) Введение поправок в Земельный кодекс, игнорирующих своеобразие автономий.
И в XXI веке эти проблемы звучат достаточно актуально. Но Центр уже принял свое решение. “Четвертое совещание ЦК РКП с ответственными работниками национальных республик и областей”, прошедшее 9-12 июня 1923 г. в Москве заклеймило деятельность Султан-Галиева. Совещание членов Татобкома и ОКК РКП(б) 19-21 июля 1923 г. было посвящено разоблачению Султан-Галиева. Шагит Ахмадиев, выступая от “левых”, обрушился с критикой на Султан-Галиева, обвиняя его в попытке сформировать “блок с кем угодно... лишь бы осуществить нерусские интересы”. Ахмадиев заявляет, что у Султан-Галиева — “отсутствие веры в долгое существование Советской власти... стремление в волнах... опасности спасти свою нацию целиком”.
Такая постановка вопроса вызвала негодование “правых”. Исхак Рахматуллин напомнил, что еще в 1919 г. ЧК посылала своих агентов на губернскую конференцию коммунистов-мусульман, “узнать, не творят ли чего худого коммунисты-мусульмане”. А зав. Секретным Отделом губисполкома Михайлов спрашивал его: “Что там татары делают, может, республику создать хотят?” Нарком земледелия Юнус Валидов выступил еще откровеннее: “Мы работаем и знаем, что в аппаратах у нас 45 % черносотенцев с монархической идеологией, через которых мы проводим работу, они при наших склоках восторжествуют... В сущности, говоря о Султан-Галеевщине, полагал бы, что если в ТР было стремление противосоветское, противокоммунистическое, то нужно было искоренять его раньше”.
Шахмардан Ибрагимов, однозначно поддерживавший позиции “левых”, так оценил позицию “правых”: “У них блок с буржуазией, блок и тесная связь с национальными элементами... Когда говорили тт. Усманов, Ганиев, Валидов, мне стало жутко... Чувствуешь, что тень Султан-Галиева как будто пролетела над этим залом, — потому что эти речи повторяли его мысли, его слова, его мотивы, только в более мягкой форме”. Ибрагимов также обвинил Султан-Галиева в защите экстерриториальной автономии, “при которой можно было рассчитывать только на татарскую часть населения, но при советской территориальной автономии необходимо иметь в виду всю совокупность населения”. Тем самым Ибрагимов выступил против развития национальных институтов на территориях вне Татарии.
Секретарь обкома РКП(б) Блудау попытался как-то примирить позиции. Но и он был вынужден признать правильность ряда тезисов Султан-Галиева, заявив, что татары-рабочие используются “например, на Бондюжском заводе на самых тяжелых и вредных работах”.
Нарком просвещения Микдат Брундуков построил свое выступление на опровержении позиций противников Султан-Галиева их былыми словами и действиями. Он заявил, что ранее Ш. Ибрагимов и Ш. Ахмадиев были сами друзьями Султан-Галиева. Продолжая полемику с “левыми”, оратор заявил, что на совещаниях по национальному вопросу Султан-Галиева “мнения одобряются и т. Лениным, и Сталиным, и Троцким, и другими руководителями — в то время, когда мнения Саид-Галиева по национальному вопросу подвергаются осуждению”. Председатель ЦИКа республики Рауф Сабиров указал “левым”, что в Инструкциях IV Совещания указывается на опасность, как левого, так и правого уклонов. Причем у “левых” существовал Учраспред (учетно-распределительный отдел — орган, занимающийся кадровыми назначениями — А.Х.) Саид-Галиева: “может быть, там Ахмадиев”. История оказалась ироничной. В свое время Султан-Галиев стоял за арестами лидеров Идель-Урала. Теперь его былые соратники, например Шагит Ахмадиев, призывали к борьбе с ним.
В 1924 г., в дни отстранения от политической жизни, Султан-Галиев пытается создать политическую историю татарской нации, подчеркивая национальную доминанту общественно-политического движения. Он пишет: “Положительными результатами 1905 годя для тюрко-татар России можно считать то, что у них появились как политическая сила туземная торговая буржуазия и тонкий слой мелкобуржуазной туземной интеллигенции, выступившей на сцену с лозунгами “национального возрождения (...) Пролетариата в европейском смысле этого слова... как классовой политической силы, не было”. Далее Султан-Галиев пишет, что тюркско-татарские коммунисты стали фактом жизни лишь во время революции. Причем они последовали “за коммунистической партией не столько из-за лозунгов классовой борьбы и классовой революции, сколько из-за лозунгов национального самоопределения”.