Марджани призывал не мешать в речи русские и татарские слова, он никогда не употреблял русифицированные варианты имен. Но именно он на рубеже 1870—1880-х гг., в годы сопротивления татар практически всем мероприятиям властей, сумел сохранить Казанскую Татарскую Учительскую школу, заняв там пост вероучителя. Как глава духовенства Казани он в пятничных хутбах возносил о молитвы за здравие династии Романовых, но одновременно не переставал требовать равноправия мусульман и христиан и единой религиозной автономии миллета мусульман России.
Неумолимо возникает вопрос: почему Марджани потратил большую часть своей жизни на изучение исламской догматики, философии и истории мусульманского мира? Почему его основной труд "Вафийат аль-аслаф ва тахийат аль-ахлаф" посвящен биографиям деятелей всех мусульманских народов? Почему большая часть произведений Марджани написана на арабском языке и поэтому доступна немногим квалифицированным специалистам? Почему в глазах западных ученых, как и татарских авторов начала века Марджани принадлежит именно к плеяде пуристов (очистителей Ислама от позднейших заимствований)? Почему Марджани столь упорно добивался изучения Корана и хадисов в подлинниках, а не в толкованиях, параллельно изучая при этом историю и географию исламского мира? Заметим, что именно таковой является современная научная методика. Ответ на этот вопрос нужно искать в Европе с ее изучением классиков Древнего мира, философии Платона и Аристотеля и классиков церкви или в Японии, где базовым и наиболее престижным является именно гуманитарное образование, основанное на национальных традициях. Американские ученые открыто пишут, что успех евреев в науке обеспечен именно двухтысячелетней историей преподавания Ветхого завета и норм иудейского права. Марджани по примеру Ибн Рушда (Аверроэса) понимал истинное знание, как идущее от двух источников: от Бога и от практических исследований. Не он пришел к этому выводу, но он обосновал возможность новшеств в мусульманском мире, как происходящих по воле Бога. Он блестяще теоретически и практически решил задачу, как оставаться мусульманином, верным духу Корана, и принимать на себя все новшества современного мира. Татарину рубежа веков эта истина была понятна. Боюсь, что трудно сказать то же самое о наших обрусевших, но европеизированных современниках или об истинных мусульманах, живущих по нормам средневекового домостроя.
Стали ли наши современники умнее, прочитав несколько книг, излагающих европейские теории? Не знаю. Но знаю точно, что у нас нет богослова, равного Марджани, который понятным и доказательным языком объяснил нам права и обязанности современного мусульманина и то, почему утрата религии предков ведет к утрате части самого себя. Не будем заблуждаться: чем массовое крещение ордынских или казанских феодалов и их челяди отличается от массовой русификации советской и постсоветской эпохи? И те, и другие утратили смысл оставаться в рядах последователей своей веры и культуры. И в середине XIX века существовали все более обрусевавшие роды (вспомним тех же Хальфиных и Ибрагимовых, и особенно Нигматуллу Ибрагимова, ставшего Львом и автором песни «Во поле березонька стояла»). В начале прошлого века Гаяз Исхаки с тревогой писал об обрусении татарских рабочих Москвы. Марджани и Гаспринский лично боролись с Ильминским, чья система ассимиляции угро-финнов, татар и казахов была блестяще использована в советское время. И не будем обольщаться: разница между второй половиной XIX века и второй половиной века XX была лишь в масштабах проблемы, а не ее сути. Впрочем, эти обрусевшие татары, как и обрусевшие представители других народов, станут основной силой, развалившей Российскую империю, которую пытались сохранить Ильминский и Победоносцев.
Зачем образованный христианин читает Священное писание, иудей — Тору, мусульманин — Коран и труды богословов? Затем, чтобы найти ответы на вечные вопросы. Суть человечества почти не изменилась, а время пророков и великих мыслителей прошло. Для того чтобы понять суть своей религии, католики изучают труды Фомы Аквинского, а мы, татары, покупаем копеечные книжки современных проповедников. Не лучше ли ознакомиться хотя бы с одним трудом Газали, или имама Бухари, или, наконец, Марджани, или Фахретдина? Чтение их не будет легким, но разве сотни тысяч татар с высшим образованием не привыкли к изучению научных трудов? В начале прошлого века будущий муфтий Риза Фахретдин написал блестящую книгу "Дини вэ иджтимагый мэсьэлелэр" ("Религиозные и общественные вопросы"), где показал, как нужно совмещать нормы Ислама с реалиями повседневности. Ведь у каждого рождается вопрос: а не противен ли мой поступок, моя уступка современным политическим реалиям моей совести? Неужели мы действительно считаем, что тысячетрехсотлетняя Исламская цивилизация не накопила великих духовных сокровищ, великих истин? Так почему же мы о них практически ничего не знаем? Их знали наши великие от Кул Гали до Хади Такташа. А может быть, поэтому наш народ и не в состоянии пока дать жизнь новым великим мыслителям, писателям и ученым? Что же, прошло 250 лет прежде, чем на смену великому поэту и мыслителю Мухаммедьяру пришел великий реформатор веры Курсави. Мы подождем, но этот час пробуждения не наступит никогда, если мы не поймем величия Кул Гали и Курсави, Марджани и Акчуры, Дардменда и Такташа. Зачем же мы по пятнадцать-восемнадцать лет изучали наследие чужих народов, если мы не можем понять наследие своего народа? Чем же мы лучше шакирдов тех медресе, которых высмеивал Тукай, как не знавших ни веры, ни совести, ни добра, озабоченных лишь проблемами материального достатка?
Основная заслуга Марджани заключалась в том, что он создал основы татарской науки, как автономной отрасли знаний, обладающей своей методологией и системой доказательств. В отличие от калама, основывавшегося прежде на спекулятивном знании, Марджани стремился к логическому обоснованию и аргументации своих выводов на основе практики. Марджани в совершенстве овладел абстрактным понятийным аппаратом и научным инструментарием мусульманского мира. Он считал только арабский язык приспособленным для ведения богословских дискуссий. Марджани заявлял, что тюркский язык еще недостаточно разработан и в нем отсутствуют необходимые научные термины.
В 1850г. в 32 года Марджани стал имамом и мударрисом 1-го прихода Казани. С момента падения Казанского ханства ни один из виднейших улемов—татар не жил в Казани. Условия крупной городской общины, обладавшей значительным капиталом, сетью мечетей и медресе представляли возможности для реформаторской деятельностью, не сравнимые с условиями изолированных деревень. Казань находилась в центре татарских территорий, ее экономическое влияние распространялось и на регионы внутренней России, источником культурного влияния был такой крупнейший центр образования, как Казанский университет. Фактически превращение Казани в экономический центр татарского мира подготовило условия для ее превращения затем и в культурный центр.
По мнениям последователей, Марджани суждено было вдохнуть Новую жизнь, жизнь духовную в бывшую столицу казанских ханов, а тогда — столицу экономическую. Именно с Марджани начинается история Казани как духовной столицы татар. Последователи Марджани и исследователи особо отмечали независимый характер великого ученого. До этого все городские медресе находились под патронажем одного конкретного бая, фактического хозяина махалли, который вмешивался и в их внутреннюю жизнь. Марджани впервые удалось создать классический тип медресе, в котором мударрис являлся абсолютно самостоятельной фигурой. Сам факт согласия ряда баев финансировать медресе, вопреки сопротивлению традиционных хозяев первой махалли Юнусовых, в лице купца-миллионера Ибрагима Юнусова, является важнейшим показателем изменений в структуре традиционной общины. Отметим, что создание такого новометодного медресе как «Хусаиния» также происходило под откровенным диктатом Ахмед Гани бая Хусаинова в вопросах метода преподавания. Вместе с тем, Марджани отказался от другого способа подчинения себе, использованного шейхом Зайнуллой Расули. Формально будучи шейхом, он отказался брать мюридов. Таким образом, Марджани действительно создал новый тип взаимоотношений между мударрисом и главою прихода и между учителем и учениками. Модель Марджани представляла собой, прежде всего, модель научную и образовательную. Он создал на базе медресе мутаваллият (попечительский совет) и получил санкцию на его существование в Духовном Собрании, то есть вывел медресе из-под подчинения конкретному баю. Это был первый случай такого рода в Казани.
Несмотря на сопротивление почти всех казанских мулл и ряда баев, Марджани реформировал свое медресе, где основное внимание уделялось изучению Корана, хадисов, истории Ислама, жизни Мухаммада (сира), философии, риторики, морали и права. Он стремился привлечь внимание студентов к современным трудам, таким, как произведения турецкого писателя Ахмада Мидхата. Однако учащиеся считали это абсолютно бесполезным. Они требовали преподавания логики и калама. В итоге, Марджани был вынужден вернуться к программе, мало отличающейся от бухарских стандартов.
В 1860-е гг., в условиях буржуазных реформ в России, Марджани и его ученик Хусаин Фаизхани выступили с проектом создания группы одновременно светской татарской элиты и духовенства, обладающего основами современных научных знаний. Смерть муфтия Габдулвахида Сулейманова в 1862г. создала вакуум власти среди мусульман миллета Оренбургского Духовного Собрания и потенциальную возможность для реформ. Марджани стремился занять пост муфтия. В таком случае проект медресе являлся одной из составляющих реформы Духовного Собрания. По первому проекту Фаизхани 1862-1863гг. предусматривалось создание 10-ти классного медресе. Фаизхани прямо писал, что «европейским языкам, географии, медицине и естествознанию обучаются на русском языке, а остальным предметам – на тюркском». В медресе должны были преподаваться мусульманская юриспруденция и арабская филология. В первые три года обучение предполагалось совместным. Затем медресе делилось на два отделения. Учащиеся духовного отделения становились муллами без сдачи экзамена в Духовном Собрании, причем они фактически приравнивались к русскому духовенству и освобождались от налогов и службы в армии. Тем самым, образовывалась бы группа имамов и мударрисов, полностью независимая от произвола верхушки Духовного Собрания и принадлежавшая к привилегированным слоям общества, то есть имевшая признанный государством статус. Вторая группа должна была получать образование по образцу русской гимназии и иметь право поступления в университет. Фаизхани писал, что «после выхода из университета эти шакирды, сердца которых озарены лучом ислама, а сами воспитаны в духе мусульманского благочестия, могли бы оказать большую заслугу мусульманам».