Так как проект Фаизхани не был осуществлен, но правительство все-таки создало светское учебное заведение для подготовки мусульманской интеллигенции в Казани – Казанскую Татарскую Учительскую школу в 1876г., то Марджани занял в ней место преподавателя Ислама. Деятельность Марджани в качестве вероучителя в КТУШ вызвала протесты практически всего мусульманского населения Казани. Фактически только санкционирование им, в качестве ахуна Казани, мусульманского характера КТУШ давало возможность для поступления и обучения там мусульман. Марджани говорил: «Я хожу в Школу для того, чтобы воодушевлять учеников. Правда, что мы были причиной открытия этой школы, но наше предложение было в другом. В свое время правительственные чиновники обещали нам, что в Школу будут приниматься только шакирды, достигшие уровня изучения «Таузыйха» и «Муллы Джаллала» и потом они будут выполнять обязанности имамов». Таким образом, стремился возродить проект Фаизхани 1860-х гг., если не на уровне гимназического, а затем и университетского образования, то хотя бы на уровне центра подготовки одновременно учителей и мударрисов. Марджани был противником параллельного существования министерской школы и мектеба и стремился к их объединению в лице мударриса и учителя одновременно. Реально почти никто из выпускников Татарских Учительских Школ не стал имамом.
Марджани приготовил сотни миссионеров Ислама, которые вели затем непримиримую борьбу за сохранение и упрочение веры в качестве имамов, редакторов газет, лидеров благотворительных обществах, писателей, гласных городских Думах. Среди его учеников стоит упомянуть автора первой новометодной азбуки на татарском языке Шакиржана Тагири, адвоката, городского деятеля, депутата I Государственной Думы, члена ЦК партии «Иттифак» и редактора первой татарской газеты Казани «Казан мюхбире» Саид-Гирея Алкина, видного городского деятеля и одного из лидеров Казанского бюро «Иттифака» Мухаммед-Садыка Галикеева. Именно Марджани теологически открыл в мусульманском мире дорогу Исмагилу Гаспринскому с его идеей создания нации мусульман России по европейскому образцу.
В 1880г. Марджани осуществил поездку в хадж. В Стамбуле он был принят высшими чиновниками оттоманского государства, включая Шейх-уль-Ислама Ахмеда Асгата, министра юстиции Джавдата пашу, министра внутренних дел Гасыма пашу и брата шерифа Мекки Гауна бине Мухаммеда бине Гауна. С последним Марджани обсуждал постановку образования среди татар и распространение среди них европейского просвещения. Он критиковал постановку образования в Турции за излишнюю европеизацию. Марджани намеревался встретиться и с министром просвещения Мунифом пашой, но тот был смещен с поста именно в эти дни.
Фактически турецкие чиновники принимали Марджани, как лидера мусульманской общины России. Ему даже была предложена встреча с султаном, однако улем отказался. Уровень приема Марджани властями Османской Империи был беспрецедентен по сравнению с любым другим представителем миллета в данный период. Вместе с тем, этот прием адекватно отражал статус Марджани как духовного лидера. Если в вопросах теологии и догматики противники Марджани вели с ним дискуссию, то его идеи в сфере единства мусульман миллета Оренбургского Духовного Собрания разделялись абсолютным большинством нации.
Марджани создал первую документальную картину истории булгаро-татарских государств, органов самоуправления, основных населенных пунктов, мечетей и улемов. Тем самым, он определил месторасположение татарской нации в координатах пространства и времени. Локализация метрополии нации на территории Казанского ханства и утверждение о татарской идентичности казанских ханов являлись важнейшей предпосылкой для татаризации всего нерусского населения как наследников былой государственности.
Ш. Марджани утверждал, что чуваши, марийцы и другие угро-финские народы края ранее исповедывали Ислам. Он отождествлял термин «русский» с термином «христианин», подчеркивал неглубокий характер проникновения догматов Христианства среди нерусских народов Поволжья, которые фактически смешивали основы язычества и Христианства в единую религию. Русские исследователи в XIX веке принадлежности элиты местных народов к Исламу. Таким образом, исламизация местных угро-финских народов могла рассматриваться как восстановление статус-кво эпохи Казанского ханства. В этом аспекте заявление Марджани о том, что татары составляют единую нацию, нужно рассматривать именно с точки зрения не этнического, а гражданского национализма. Татарская нация – миллет обозначала у Марджани самоназвание религиозной общины, сложившейся в составе предыдущих тюркских государств на территории ныне Европейской России и Сибири.
Трудно полностью достоверно оценить тот научный прорыв в сфере истории татар, который совершил Шигабетдин Марджани. Никогда ранее и никогда потом в татарской истории не было историка, оперировавшего столь широким объемом источников, зачастую нам уже недоступных. Марджани охватил своими изысканиями большую часть территории этноса казанских татар, тем самым впервые создав общенациональную историю. До него и в течение всего доджадидского периода можно говорить либо о средневековой научной традиции (всемирные истории, общемусульманские энциклопедии, полусказочные истории) или истории локальные, часто переходящие в этнографию (Р. Фахретдин, К. Насыри).
По мнению современного американского историка Юлая Шамиль оглу: «взгляды, впервые появившиеся в трудах Марджани, были целиком приняты в современных исследованиях по генезису и истории казанских татар. Вера в континуитет традиции Волжская Булгария – Золотая Орда – Казанское ханство является символом веры, как для ученых, так и для политиков... Различные темы, подчеркнутые Марджани, такие как внутренние распри как основная причина падения древних государств, таких как Казанское ханство, стали частью общего исторического сознания рядовых казанских татар».
Основным историческим трудом Марджани является шеститомная биографическая хроника «Вафийат аль-аслаф ва тахийат аль-ахлаф». Она представляет собой одновременно единственный труд классической мусульманской историографии у татар и работу, содержащую биографии татарских правителей и улемов.
Если «Вафийат» носит во многом компилятивный характер, то в «Мустафад» у Марджани в истории родного татарского этноса видно доскональное знание местного материала. Несомненно, что положительную роль сыграло его личное знакомство с описываемыми местностями. Таким образом, исследуя историю Казани и Заказанья, он закладывает и основу истории региона. Марджани представляет картину умственной жизни целого ряда таких татарских местностей как Каргала, Бугульма, Агрыз, Белебей, Мензелинск, Стерлитамак, Стерлибаш и ряда других. Марджани пользуется методикой, по которой значение прошлого определяется его результатами в настоящем. Второй том «Мустафад» основывается на документах, описывающих деятельность предшественников современных Марджани деятелей. Приведение имен учеников, соответственно мусульманской биографической традиции, дает возможность понять направление преподавания в конкретных медресе, научные школы, традиции свободомыслия или консерватизма. Труды Марджани фактически представляют уникальный справочник по духовной жизни татарского мира, позволяющий получить информацию о сложнейшем характере учебных, имущественных, родственных отношений, связывавших татарское духовенство между собой и с мурзами-землевладельцами и буржуазией.
Гениальность Марджани заключается в том, что он сумел соединить в одно целое и общемусульманскую историю, и историю казанских татар. Описание подъема общественной и культурной жизни татар на началах частной инициативы конкретных лиц, в отсутствие собственной государственности, является величайшей заслугой Марджани. Эта модель была в дальнейшем развита и Гаспринским, начиная с его статьи «Русское мусульманство».
В советский период при анализе личности Марджани прежде всего, как просветителя и историка, уделялось недостаточное внимание его деятельности как модернизатора Ислама и реформатора исламского образования. В отличие от Гаспринского и джадидов, он никогда не стремился создать всеобщую начальную школу. Марджани ставил своей целью образование национальной элиты. При этом, с точки зрения Марджани, такого рода элита должна была обладать высоким уровнем знаний в исламской догматике. Если джадиды выдвигали идею создания преимущественно светской нации по европейскому образцу, то Марджани был сторонником создания миллета по классическому мусульманскому образцу. Если Гаспринский рассматривал светскую интеллигенцию как основную группу национальной элиты, то Марджани такую роль отводил духовенству. Идея миссионерства и стремление исламизировать нерусское населения края у Марджани не имеет аналогов в деятельности джадидов. Вместе с тем, идеи гражданского равноправия мусульман, признания их обязанностей перед российским государством, овладения русским языком и основами знаний о российском законодательстве, обучения мусульманской элиты в правительственных учебных заведениях объединяют Марджани и Гаспринского. В отличие от таких улемов, как Утыз-Имяни (аль-Булгари), ваисовцев и традиционалистов, Марджани был сторонником определенной степени интеграции мусульманского татарского миллета в структуры российского государства. Стремление Марджани занять пост муфтия является ярчайшим примером его гражданской позиции.