Большой вклад Чаянов внес в анализ дифференциации крестьянства. По его мнению, из-за демографических факторов уровень жизни крестьянской семьи меняется волнообразно. Так, в недавно образовавшейся молодой семье (муж, жена, малолетние дети) соотношение едоков и работников крайне неблагоприятно. Через некоторое время дети становятся полноценными работниками, в результате чего число едоков совпадает с числом работников. Это – самый благоприятный период в жизни крестьянской семьи: без применения наемного труда растут площади посевов, объем собираемой продукции, возрастают доходы, а расходы на бытовые нужды (жилье, отопление и др.) остаются прежними. Когда у второго поколения рождаются дети, то происходит распад большой семьи на молодые семьи. Соотношение едоков и работников снова изменяется, сокращается подушный посев, снижается и уровень потребления.
Отсюда Чаянов сделал вывод, что имущественная дифференциация крестьянских хозяйств в основном не носит социального характера. Он считал, что распространенная в советской экономической литературе схема трех классов (кулак, середняк, бедняк) слишком груба, так как сводит в одну кулацкую группу не только капиталистические, но и крепкие крестьянские хозяйства, использующие труд преимущественно членов своей семьи. В противовес этой ложной схеме Чаянов приводил свою, более дробную классификацию, включающую шесть типов хозяйств – 1). капиталистическое, 2). полутрудовое, 3). зажиточное или семейно-трудовое, 4). бедняцкое, 5). полупролетарское и 6). пролетарское. Основная масса крестьянских хозяйств в России, по его мнению, была представлена хозяйствами 2–4-го типов. Что касается характерных для «чистого» капитализма хозяйств 1-го, 5-го и 6-го типов, то они составляют явное меньшинство и не определяют «лица» деревни. Схожую – некапиталистическую – форму имеет дифференциация крестьянских хозяйств и в современных странах «третьего мира».
Для Чаянова характерно большое внимание к сельскохозяйственной кооперации. Хотя трудовое крестьянское хозяйство устойчиво, оно тормозит прогрессивное развитие. По его мнению, для подъема советской агроэкономики надо было объединять в кооперативы всех крестьян, кроме первой и шестой групп, с последующим ограничением и вытеснением эксплуататорских отношений и привлечением сельских пролетариев к семейно-трудовому хозяйствованию через предоставление кредита. По Чаянову, ценность кооперации двояка: она имеет, с одной стороны, антикапиталистическое содержание, освобождая крестьян от перекупщиков, а с другой – антибюрократическое, развивая трудовое самоуправление. Он выступал против огосударствления кооперативов и отстаивал их самостоятельность при решении хозяйственных вопросов.
Главным путем подъема эффективности аграрного сектора Чаянов считал развитие кооперации не по горизонтали (объединением многих одинаковых единоличных хозяйств в одно коллективное), а по вертикали – путем объединения производства, хранения, переработки и сбыта сельскохозяйственной продукции, покупки и обслуживания техники, племенной и селекционной работы и т.д. Выступая за вертикальную кооперацию, он очень критически относился к сталинским колхозам, предлагая вместо национализации земли передать ее в трудовую собственность без права купли – продажи.
Кооперативные концепции совпадали со многими идеями Ленина начала 1920-х, который при написании известной статьи «О кооперации», вероятно, пользовался работами Чаянова. Однако в 1930-е идеи Чаянова разошлись со сталинским курсом, что стало причиной репрессий против самого Чаянова и его сторонников.
«Крестьяноведение» Чаянова на долгое время оказалось забытым. Лишь в 1960-е, когда началось изучение специфики «третьего мира», западные ученые неожиданно обнаружили, что еще почти полвека назад русский ученый раскрыл основные особенности, отличающие крестьянское хозяйство от капиталистического. Идеи Чаянова о вертикальной кооперации как оптимальном пути модернизации крестьянских хозяйств находят свое применение в современных странах «третьего мира».