Настоятель избирается не по летам, а по способностям и заслугам. Главной заботой настоятеля является попечение о духовном преуспеянии братии и об имуществе, находящемся в распоряжении или собственности монастыря.
Как гласит 3 канон Двукратного Собора: «Аще который настоятель монастыря, подчиненных себе монахов отбегающих, не взыщет с великим тщанием, или нашедши не восприимет, и не потрудится приличным и недугу соответствующим врачевством возстановити и укрепити падшаго, такового святый Собор определил подвергати отлучению от Таинств. Ибо аще имеющий в смотрении безсловесныя животныя, вознерадит о стаде, не оставляется без наказания, то приявший пастырское начальство над паствою Христовою, и своим нерадением и леностию расточающий спасение их, како не подвергнется наказанию за свою дерзость. Призываемый же возвратитися монах, аще не повинется, да будет отлучен епископом».
В обязанности настоятеля входит наблюдение за строгим исполнением братией монашеских обетов и правил, попечение о регулярном и благочинном совершении богослужений, надзор за монастырским хозяйством. Не злоупотребляя властью, настоятель должен поучать братию примером своей жизни и своим пастырским словом. Настоятелю следует посещать кельи монахов и смотреть, живет ли братия по уставу, следить, чтобы никто из братии не выходил из обители без его ведома. Но ничего важного, касающегося жизни в монастыре, настоятель не должен предпринимать без совещания с братией. В надлежащее время настоятель монастыря представляет отчет епархиальному архиерею или Патриарху о поведении монахов, монастырской жизни и монастырском хозяйстве. С обязанностями настоятеля связаны и его особые права. Вся монастырская братия должна повиноваться ему и почитать его как отца. Никто не смеет прекословить ему. Для исправления нерадивых и провинившихся монахов и послушников настоятель может налагать на них наказания. Во всем настоятелю принадлежит первенство в монастыре.
Под его началом и в зависимости от него в монастырях назначаются должностные лица, отвечающие за те или иные стороны жизни монастыря: наместник, управляющий монастырем по благословению настоятеля и в пределах, указанных самим настоятелем; духовник, на которого возлагается духовное окормление братии, обязанность исповедовать монахов; эконом, помогающий вастоятелю и наместнику в заведовании монастырским хозяйством. Все эти лица во главе с настоятелем образуют духовный собор, который обсуждает и решает важнейшие монастырские дела.
Церковная служба в монастырских храмах совершается по очереди иеромонахами и иеродиаконами монастыря. Во главе всех монастырей епархии могут стоять монастырские благочинные, действующие под началом епархиального архиерея.
Монастыри оказали огромное влияние на жизнь Православной Церкви. В эпоху догматических споров монахи многое сделали для того, чтобы православные обращались к монастырям за поддержкой. Во времена иконоборчества монахам на себе пришлось вынести основную тяжесть борьбы за иконопочитание. За это они подвергались жестоким гонениям. На иконоборческом Соборе 754 г. только три епископа было осуждено еретиками за иконопочитание. Значит, почти все остальные восточные иерархи присоединились к иконоборцам. Между тем монахи продолжали отстаивать почитание икон. VII Вселенский Собор, на котором был сформулирован догмат о почитании икон, особенным образом почтил заслуги монахов в отстаивании Православия: монахи подавали на Соборе голоса вместе с епископами. Под соборными актами стоят подписи 130 иноков.
В Х веке центром монашеского подвижничества на Востоке становится Афон. Сложившийся там в Х столетии, при преп. Афанасии, строй жизни сохраняется без существенных перемен и сегодня. Афонские монастыри ныне расположены на территории Греции, но, как и в самом начале своей истории, Афон находится в юрисдикции Константинопольского Патриарха. Однако обители Святой Горы имеют достаточно широкую независимость и от Первоиерарха.
Насельники Афонских монастырей принадлежат к разным национальностям; как в древности, так и теперь там преобладают греки; в XIX веке большинство монахов составляли выходцы из России. На Святой Горе подвизаются также монахи — арабы, болгары, сербы, румыны. 20 святогорских монастырей вместе с зависимыми от них скитами и кельями составляют своеобразную монашескую республику. Святая Гора управляется общим собранием (συναξις) 20 представителей от монастырей, возглавляемым протосом. Общее собрание в качестве первой инстанции рассматривает споры между монастырями и скитами. Апелляции подаются на имя Константинопольского Патриарха. Среди афонских монастырей есть обители общежительные (киновии) и особожительские (идиоритмические).
Монастыри и монашество в России
Русские монастыри в первые века после Крещения (а расположенные на окраинах страны — и в последующие века) являлись центрами христианского просвещения, а также главными очагами духовной жизни. По своему устройству они не отличались от монастырей православного Востока. Всесторонняя регламентация монастырской жизни была предпринята Стоглавым Собором.
Реформы Петра I по-настоящему потрясли монастырскую жизнь. Он постарался приостановить рост числа монастырей и сократить число уже существующих обителей, В «Духовном регламенте» (1721 г.) запрещалось строить новые монастыри без разрешения Святейшего Синода и Высочайшей Власти; малые монастыри предусматривалось объединять вместе или приписывать их к более крупным. В результате этой меры многие монастырские церкви были обращены в приходские. В обязанность Синоду Регламент вменил искоренение распространившегося на Руси убеждения, что без пострига нельзя спастись (оно толкало многих на принятие пострижения хотя бы перед смертью). Монастырскому Приказу ведено было составить точную роспись всех монашествующих — монастырские штаты. Желающих принять постриг дозволялось принимать в монастыри лишь на убылые места.
По Указу 1723 г. прекращен был постриг и при наличии убылых мест; на открывавшиеся вакансии стали принимать исключительно инвалидов — старых солдат. Это могло привести к полному уничтожению монашества, поэтому Указ был отменен. Однако вместо этого Синодом издано было предписание: постриг в епархиях мог совершаться исключительно с его разрешения. Для того, чтобы заставить монашество служить утилитарным общественным делам, Петр распорядился устроить при монастырях школы, воспитательные дома, приюты, дома сумасшедших, учебные мастерские. Ученые монахи, предназначавшиеся для занятия высших церковных должностей, стали пользоваться рядом привилегий в сравнении с монахами неучеными. Простую братию использовали на разного рода ручных работах, инокинь — в качестве прях, вышивальщиц.
При преемниках Петра I правительство продолжало проводить его церковную политику. В особенно жестких условиях монастыри оказались при императрице Анне Иоанновне (1730-1740 гг.), в эпоху бироновщины, когда был издан Указ о пострижении только отставных солдат и вдовых священнослужителей. Всех монахов, постриженных ранее в обход закона, ведено было расстригать, подвергать телесным наказаниям, отдавать в солдаты или даже отправлять на каторгу. Тяжким наказаниям подвергались и лица, совершившие незаконные постриги. Тысячи монахов были отправлены в застенки Тайной Канцелярии. В 1740 г. Синод докладывал регентше Анне Леопольдовне, что в монастырях остались одни старики, не способные совершать богослужения, и церкви стоят «без пения».
При императрице Елизавете (1741-1761 гг.) отменены были: прежние строгости. Набожная царица щедро одаривала монастыри. По Указу 1760 г. позволено было постригать всех желающих посвятить себя иноческому подвигу.
Новым, после реформ Петра I, радикальным переворотом в жизни монастырей явился Указ Екатерины II о секуляризации церковных земель (1764 г.). Этот Указ положил конец монастырскому землевладению в России, Все населенные церковные земли, большая часть которых принадлежала монастырям, переходили в казну. Государство, однако, принимало на себя обязательство часть средств, поступавших от секуляризованных земель, выделять на церковные нужды, в том числе и на содержание монастырей.
Для этой цели заново составили монастырские штаты, а монастыри в этих штатах распределили по 3 классам. В 1-й класс вошли Лавры (в середине XIX в. их было четыре: Киево-Печерская, Троице-Сергиева, Александро-Невская и Успенская Почаевская), ставропигиальные и крупнейшие, особенно знаменитые монастыри. Оклад монастырей зависел от их класса. Большая часть монастырей осталась, однако, за штатами, и лишь некоторые из них дозволено было сохранить, с тем, чтобы они содержались на доброхотные приношения православных людей. Все заштатные монастыри, в отличие от штатных, жили по общежительному уставу. Таким образом, основная часть монастырей была закрыта.
Однако на протяжении всего XIX и в начале XX вв. происходил неуклонный рост числа православных обителей. При Екатерине II вновь открыто было только 3 монастыря, в царствование Александра I (1801-1825 гг.) — 4, при Николае I (1825-1855 гг.) — 15, а при Александре II (1855-1881 гг.) — уже 31 монастырь. Множество монастырей, особенно женских, было открыто в два последних царствования. Определением Синода от 9 мая 1881 г. учреждение новых монастырей предоставлялось власти епархиальных архиереев. С 1865 г. существовал порядок, согласно которому жизнь всех новых монастырей строилась на началах общежития.