Судебно-экспертные учреждения Министерства здравоохранения состоят из судебно-медицинских и судебно-психиатрических учреждений. Судебно-медицинские экспертные учреждения - бюро судебно-медицинской экспертизы для исследования различных объектов имеет отделы: судебно-медицинской экспертизы потерпевших, обвиняемых и других лиц; судебно-медицинских экспертиз и исследований трупов в целях установления или исключения признаков насильственной смерти, определения ее причины, давности наступления; производство судебно-медицинских экспертиз вещественных доказательств. Бюро судебно-медицинской экспертизы имеются в крупных городах, областях, краях и республиках России. Контроль за качеством судебно-медицинских экспертиз на местах возложен на главных районных, межрайонных и городских судебно-медицинских экспертов. Они обязаны инструктировать врачей-экспертов по вопросам судебной экспертизы, контролировать врачей-экспертов по вопросам судебной экспертизы, контролировать качество заключений экспертов и в необходимых случаях оповещать следственные и судебные органы о выявленных недостатках. В научно-практическом и организационно-методическом отношении бюро судебно-медицинской экспертизы подчиняются Главному судебно-медицинскому эксперту Министерства здравоохранения. Головным учреждением является НИИСМ.
В системе органов здравоохранения РФ осуществляются также судебно-психиатрические экспертизы. Научно-методическое руководство деятельностью судебных экспертов-психиаторов в масштабе России возложено на Государственный научный центр общей и судебной психиатрии им. В. П. Сербского (Москва) и Главного психиатра Медицинского управления (органа здравоохранения) региона.
В ряде регионов России появились негосударственные экспертные учреждения. В Москве - Институт независимых исследований и Бюро независимых экспертиз "Версия".
Основная масса экспертиз, которые проводятся в негосударственных экспертных учреждениях выполняются ими для гражданского и арбитражного судопроизводства.