Однако "новый" и даже высокопоставленный историк русской церкви А. Н. Муравьев в тяжелые подцензурные годы царствования Имп. Николая I (1838 г.) прикрывался еще прямой исторической неправдой, говоря об учреждении Синода: "Дело столь важное внимательно было рассуждено на соборе, созванном в новую столицу в начале 1721 г..."
Следующий по времени историк Русской Церкви, преосв. Филарет (Гумилевский), давший нам в 40-е годы первый опыт изложения синодального периода, должен был идти по стопам Муравьева и повторить официальную фикцию: "Св. Синод по составу своему тоже, что законный церковный Собор (?), в котором избранные (?) духовные лица занимаются делами церкви... В сущности постоянный (?) Собор или Синод остался тем же для русской церкви, чем было патриаршее правление (?)... Дух. Регламент, написанный Феофаном Прокоповичем и рассмотренный собором (?)... стал церковным правилом".
Лишь с началом эпохи великих реформ развязались у иерархов языки. Великий Филарет (Дроздов) еще в двадцатых годах в своих "Разговорах между испытующим и уверенным" должен был защищать Синод, приравнивая его "словесно" к собору и уравнивая его власть с патриаршей. Но с наступлением нового царствования, Филарет, возражая на официальную записку А. Н. Муравьева, уже говорит полным голосом: "Записка говорит, что патриархи Иоаким и Адриан противились Петровым преобразованиям и поэтому были неудобны для правительства. Едва ли так. Петр мог ужиться с ними, если бы не прельстился проектом Лейбница о коллегиях, в том числе и о духовной коллегии, которую у протестанта перенял Петр, но которую Провидение Божие и церковный дух обратили в Святейший Синод".
Что думали и что говорили между собой иерархи об искалеченности высшего управления в русской церкви, очень ярко изобразил епископ Енисейский Никодим (Казанцев †1874г.) в своих мемуарах, опубликованных только в 1905 г. ("Богослов. Вестник"): "Российский Синод изобретен... властью мирскою и потому не имеет достоинства правильного церковного собора. Государь Петр Великий создал русский Синод по своим мыслям, хотению, без совета с властью духовной... В церкви не повелевают без предварительного совещания и соглашения. По одиночному усмотрению своему Петр избрал для сочинения устава Синоду архиерея Феофана Прокоповича, которому не следовало и быть архиереем. Он отрекался от православия, был католиком, потом лютеранином и снова возвратился в православие. Такому ли, шатающемуся верою, быть сочинителем устава православному Правительствующему Синоду? Хотя проект устава, одобренный Петром, подписан русскими архиереями, но а) не в публичном их собрании, а по домам, что лишало их возможности совещаться друг с другом и предлагать свои мнения; б) вероятно, (как есть слух) под застращиванием в случае несогласия, возражений. Но это есть уже прямое порабощение умов, совестей и веры, а не свобода. Устав через это теряет и смысл, и цену, и обязательность. Хотя проект устава был представлен на усмотрение восточных патриархов, но его представили не архиереи наши, а сам Государь через светских, без ведома и еще менее — согласия наших архиереев. Посему остается темным: в самом ли деле патриархи рассматривали проект и подлинно ли согласились утвердить его? Несмотря на то, что добыта утвердительная грамота от патриархов, Петр мог купить ее золотом, обещаниями и, может быть, тоже застращиванием..."
"Петр Великий не имел основательного религиозного образования не только православного, но и никакого... Дружился с кем хотел. Известен приятель и товарищ его Лефорт, швейцарский мещанин, кое-какого образования, реформатор, исступленный ненавистник католичества и папы, по всей вероятности, вооруживший Петра против русских архиереев, путая его сравнением их с папой. В Дух. Регламенте Петр издевается над мантией, митрой и саккосом русского архиерея. Много и других иноземцев, похожих на Лефорта, окружали Петра. Идея преобразования в России церковного управления без сомнения внушена Петру сими бродячими иноземцами..."
"Синод, по идее Петра, есть учреждение политико-церковное, параллельное всякому другому государственному учреждению, а потому состоящее под полным верховным повелительным надзором Государя. Идея реформатская, неприложимая к православию, ложная. Церковь сама себе царица. Глава ее — Христос Бог наш. Закон — Евангелие... В делах духовных государь есть сын церкви. В делах мирских он верховная власть. Члены мирской государственной власти могут быть допущены в заседания духовного собора, но яко сыны, а не соправители, не для повелений, а для поучения. В делах мирско-церковных и духовное собрание наравне с мирскими состоит под повелениями Государя. Великая однако же мудрость, и без личного благочестия недостижимая, отделить дела чисто церковные от церковно-мирских. У папы римского нет ничего церковно-мирского. У русских царей, со времен Петра и особенно в наше время, нет ничего чисто церковного".
Параллельно таким тайным воздыханиям иерархии, критика Петровой реформы, если не печатно, то салонно, открыто проповедовалась творцами славянофильского течения. А. С. Хомяков, вдохновляясь главным образом апологией православия перед западными исповеданиями, констатирует государственное засилье над русской церковью, но часть рабства и угодничества государству возлагает на слабую мораль клира, все время выгораживая нетронутость внутренней свободы церкви. Незанятый подобной дипломатической апологетикой, Ю. Ф. Самарин в своей диссертации о Стефане Яворском и Феофане Прокоповиче, частично опубликованной в 1844 г., а полностью только в 1880 г., в критике Петровой реформы беспощаден. Он пишет: "К несчастью Петр Великий понял религию только с ее нравственной стороны, насколько она нужна для государства. И в этом выразилась его протестантская односторонность. С своей точки зрения он не понимал, что такое церковь. Ибо сфера ее выше сферы практической, и потому он поступал, как будто бы ее не было, отрицал ее не злоумышленно, а скорее по неведению... В факте церкви Петр Великий видел несколько различных явлений, никак не неразрывных между собою: доктрину, к которой он был довольно равнодушен; обряды, над которыми он смеялся, как над пищей для бесплодного суеверия; и духовенство, которое он понимал, как особый класс государственных чиновников, которым государство поручало нравственное воспитание народа. Но, так как духовное сословие имело назначение трудиться для государства и более никакого, то, следовательно, его устройство, управление, деятельность должны были условливаться государством, как частный орган целым".
Яркий публицист славянофильства Ив. С. Аксаков подчеркивал отрицательные духовные последствия синодального строя: "...убыла душа; подменен идеал, т.е. на месте идеала церкви очутился идеал государственный, и правда внутренняя замещена правдой формальной, внешней". "Церковь со стороны своего управления представляется теперь у нас какой-то колоссальной канцелярией, прилагающей с неизбежной, увы, канцелярской ложью порядки немецкого канцеляризма к спасению стада Христова".
Вполне естественно, что о канонической порочности синодского строя вместо скромно молчащей иерархии громко говорили славянофилы. Но приближались исторические сроки, когда стало уместно говорить объективно, как уже о преодоленном прошлом и о положительных сторонах прожитой эпохи. Первым эту роль на себя взял оттолкнувшийся от славянофилов В. Соловьев. В статье 1886 г. в защиту Петра Великого и западнического духа его реформы, он пытается оправдать замену патриаршества Синодом и вместе с оберпрокуратурой над последним. Он пишет: "эта замена, необходимо обусловленная нашей прошедшей историей, была прямо полезна для будущего". "Добрые и смелые офицеры, которым было вверено управление нашими церковными делами, позволили новой России спокойно пройти школу европейского образования. Они удержали в должных пределах два односторонние и крайние течения нашей незрелой религиозной мысли и охранили наши "ученические годы" от подавляющего влияния воззрений, ярко представленных Стефаном Яворским с одной стороны и Никитой Пустосвятом — с другой. И нельзя не удивляться той строгой правде, с какой история или, лучше сказать, Провидение решило это дело". Через 10 лет в 1896 г. В. Соловьев опять, не оправдывая неканоничности синодского строя, продолжает утверждать, что "это была одна из наиболее естественных, правдивых, а потому и прочных реформ Петра Великого... Это учреждение не было создано личным произволом, а вызвано действительными условиями нашей исторической жизни, сохраняющими до сих пор свою силу". Но в своих романизирующих лекциях "La Russie et l'Eglise Universelle" В. Соловьев ударяет в отрицательную клавишу: "В греко-российской церкви нет истинно духовного управления"... "Официальная церковь, управляемая гражданским чиновником, есть только государственное учреждение, второстепенная отрасль бюрократической администрации".