Но Синод с этого рода вопросами отставал от событий. Начался как бы ледоход, которого остановить нельзя. В В. Т. Совете, как было уже указано, появилась и реакционная в отношении петровской реформы струя. В конструкцию Синода, по крайней мере по внешности, внесена черта его большого "одуховления, оцерковления", в чем доверчивые стародумы увидели даже симптомы возврата к патриаршеству. Но это была иллюзия. Под видом "одуховления" происходил только очередной смелый шаг к секуляризации церковных имуществ. Как известно, Петр В. вернул их в руки Синода, как его жест благодарности иерархам за их полную покорность его реформе. Конечно, и с титулами собственников этих имуществ русские архиереи жили при все возраставшем контроле и ограничениях со стороны государственной власти. В придуманном теперь новом этапе секуляризации ведение недвижимыми имуществами отделялось от иерархической части Синода и передавалось в ведение светской бюрократии, лишь для видимости связанной с Синодом. Новый манифест (1726 г.) разделял весь аппарат синодального ведомства на два "апартамента". Не случайно в указе Синод именуется архаическим термином "Духовное Собрание", как бы намекая, что все учреждение вновь расплавляется в первичное состояние некоей амальгамы для перечеканки ее заново. И все с целью фиктивного "одуховления" и как бы возвышения: "Понеже высокославные памяти Им. Вел. Государь, имея попечение об исправлении чина духовного, уставил Духовную Коллегию (то есть Духовное Соборное Правительство), чтоб по Регламенту всякие духовные дела во всероссийской церкви управляли. Но когда в том Духовном Собрании, по докладным пунктам последовали другие дела, а именно: 1) в управлении вотчин, 2) в сборах с них доходов, 3) всякие по делам расправы, 4) что того Духовного Собрания первые члены имеют правление своих епархий, — то от того оное Духовное Собрание стало быть отягощено... что тогда же усмотря, Его Вел. высокославные памяти Гос. Император соизволил восприять было (!) намерение, чтобы то Духовное Собрание паки оставить точию при едином правлении в духовных делах но то Е. И. В. соизволение к исполнению не достигло причиною его кончины. И для того мы, Екатерина Императрица и Самодержица Всероссийская, подражая трудам его... у исполнению благого его намерения повелели ныне разделить синодальное правление на два апартамента". Первому апартаменту повелено "состоять в 6-ти персонах архиереев". Ведению его поручалось "управлять всякие духовные дела Всерос. Церкви; содержать в порядке и благочинии духовных, також типографию, и иметь тщание о печатании книг, которые согласны были бы с церковными преданиями".
Стараясь оторвать архиерейское внимание от исконных землевладельческих интересов, новый закон призванных к заседанию в Синоде архиереев обеспечивает скромным синодальным жалованьем, как и других государственных чиновников, и отрывает от всяких доходов с их епархий, а управление епархиями предполагает передавать специально для того назначаемым викариям. Викарии рапортовали бы о всех делах духовных первому апартаменту Синода, о делах земских и экономических рапортовали бы особо второму апартаменту, независимо от своих епархиальных возглавителей. Делалось все это не справляясь с канонами. Епископы ставились в положение чиновников государства. Да кроме того, как отрешенные, хотя бы и не номинально, а только реально, фактически от управления своими епархиями, ставились в ложное положение episcopi Titularii, чего ни в правилах, ни в практике русской церкви нет. Титулярный епископат широко развит в римской практике, частично практикуется и КПльским патриархатом. В таком положении титулярных очутились наши епископы в эмиграции. Но после некоторого периода упорства и они отказались от употребления прежних территориальных титулов, усвоив себе новые, соответствующие всемирному рассеянию русской церкви.
II-й Апартамент С. Синода составлен тоже из шести членов, но только светских чиновников-специалистов, чтобы и самая внешняя сторона его состава исключала мысль об органической его принадлежности к церковной власти. Членами его назначались без всякого сговора с Синодом: А. Баскаков, бывший перед тем обер-прокурором для всего Св. Синода; К. Чичерин, бывший президент синодальной же Камер конторы; И. Топильский из Москов. Синод. Канцелярии; Л. Щербачев из СПБ полиции и А. Владыкин, управляющий домами Синода. Этот II Апартамент ведал администрацией, хозяйством и судом бывших вотчин патриарших с прямым отчетом об этом пред "Высоким Сенатом", помимо Синода. Синоду он докладывал лишь о проступках и наказаниях лиц духовного звания.
В облике ІІ-го Апартамента закрепился очередной этап неизбежной секуляризации устаревшей церковной поместной системы. Вскоре (в 1762 г.) II Апартамент в номинальном составе синодального правления уже понижен в ранге, вычеркнут из линии высших учреждений и переведен в разряд Коллегий (будущих через три четверти века министерств).
Но гораздо важнее и откровеннее перестройка высшего правительства империи выявилась в понижении этажом ниже двух верховных при Петре учреждений: Сената и Синода. Так как фактически над ними вознесся В. Т. С., то обе эти при Петре "вершины" лишены титула "Правительствующий". Сенату назначено довольствоваться титулом "Высокий", а у Синода просто отнято звание "Правительствующего". Синод 14. VII. 1726, молча запротоколил: "Ее Им. В-во изволила указать титуловать "Святейший Синод", а "Правительствующий" впредь не писать". Прямым логическим последствием понижения Синода в качестве государственного учреждения наряду с Сенатом явилось и отнятие у Синода почетной с государственной точки зрения должности обер-прокурора. 8, VIII, 1726 года Высокий Сенат "ведением" сообщил Синоду "указ" В. Т. С., (14, VII, 1726 г.): "в Св. Синоде, вместо обер-прокурора А. Баскакова, повелено быть простым прокурором Раевскому, который был в Москве в Монастырском Приказе". Синод, равнодушный к судьбам этой извне посаженной должности, безразлично принял это к сведению. Но его беспокоил вопрос о неканоническом отрыве членов Синода от их епархий, что, конечно, наряду с этим было и материально невыгодно. Синод решил ходатайствовать об отмене этого пункта указа. Но — увы — он уже не имел формального права разговаривать с Императрицей, да и понимал, что она не желала этого по своей некомпетентности, охотно отгораживаясь от трудных дел облегчавшим ее положение В. Т. Советом. И В. Т. С., на сей раз уступил просьбам членов Синода: от своих епархий они не были оторваны, для эвфемизма сказано, что это якобы только "временно".
Положительной стороной для церкви этой реформы было снятие с мундира епископов безвкусных титулов "президентов, асессоров, советников", что являлось, кроме того, еще и унизительным пред Сенатом, ибо напоминало первоначальное в Феофановском проекте Синода его одеяние в ризы Коллегий. Члены Синода, без особого указания стали называться: "синодальные члены", "синодальные архиереи". Таким образом, только четыре первых года существования Св. Синода в нем фигурировали эти уродливые титулы, свойственные коллегиям. С того момента вплоть до конца синодального периода (1917 г.) эта титуляция "члены св. Синода" осталась неизменной. С отрывом от копирования коллегий исчезла для Синода и искусственная множественность его членов и в них разнообразие рангов духовных и мирских. Раз Синод — не Коллегия, нет оснований и окарикатуривать его лик, как это случилось в первые моменты учреждения Синода. Вообще без подражания какому-то образцу, потерялся смысл определенного числа для его членов. Реформа, исходившая от В. Т. С., указывала без мотивов цифру 6. А фактически, в Синоде тогда заседали 4 члена — епископы: Феофан (Прокопович) архиеп. Псковский, Феодосий (Яновский) митр. Новгородский, Феофилакт (Лопатинский) митр. Рязанский, Георгий (Дашков) митр. Ростовский и с 1727 г., с падением Феодосия, заменивший его Игнатий (Смола) митр. Коломенский.
Малолетний сын убиенного царевича Алексея был символической тенью императорской власти. Правили целиком так называемые "верховники". Они же назначали без ссылки на царскую власть и членов Синода и епархиальных архиереев и архимандритов старейших монастырей, сообщая свои "приказы" в Синод лишь к исполнению. Синод с своей стороны обязан был подавать в ВТС отчеты по делам финансовым и экономическим. А сверх того и по всем делам ежемесячные реестры о количестве дел, решенных и нерешенных, с объяснениями, когда дело началось и почему оно не окончено. В случае кажущегося замедления ВТС требовал ускорения производства дела.
Внутренняя судьба самого ВТС, преобладание в нем то одной, то другой партии и просто даже одной личности подавляюще отражались на картине отношений государства к церкви. Быстрый захват князем А. Меньшиковым диктатуры в ВТС подверг синодальную власть перенесению его абсолютных приказов. Ссылаясь на то, что указом Петра I он, светлейший князь, получил в свое заведывание Александро-Невский монастырь, а посему настоятелями монастыря "без его ведома чинить не велено" никого. Да и вообще Меньшиков требовал от Синода, чтобы и других никаких распоряжений по монастырю Синод не делал "понеже де оный монастырь находится в протекции его светлости". Покорный Синод постановил доносить кн. Меньшикову и вообще о всех своих решениях. Вот стиль указа от 27-го мая 1727 г. о выдаче Меньшиковым своей дочки за молодого императора: "Его светлость генералиссимус изволил объявить, что завтрашнее число Е.И. Величество, по воле Всемогущего Бога соизволит публичный сговор иметь к брачному сочетанию на старшей его светлости дщери светлейшей княжне Марии Александровне и чтобы послать с ведомостью к прочим ВТС особам. А Синоду, Сенату и генералитету о том уже объявлено от дому его светлости". 14-го августа обер-секретарь Маслов объявил от светлейшего князя "приказ", чтобы изволили определить указом, дабы Коломенский архиерей, имел смотрение над здешними попами по примеру тому, как в Москве Крутицкой. Рассуждено Синоду объявить о том словесно".