15.IV.1738 г. Коллегия Экономии просто изъята из ведомства Синода и передана Сенату. Вместе с ней туда же переданы бывшие еще при Синоде устарелые по имени учреждения: — Приказы Дворцовый и Казенный. С этой передачей Синод лишился всяких своих сумм, стал голым, бюрократическим учреждением, которое могло содержаться только жалованьем из обшей государственной казны. Синод должен был представить проект сметы его "штатов". Представленный им бюджет сводился к 32.867 руб. Сенат сократил эту сумму до 26.665 руб. Жалованье членам Синода по этим штатам положено: архиереям в 1.500 руб. годовых, архимандритам 1.000 руб., протопопам — 600 руб. Но и этого жалованья члены Синода не могли получить за целый ряд годов. Чем они кормились? Только доходами от своих епархиальных мест, что предшествующие правительства после Петра считали для членов Синода делом недозволенным. Положение, помимо материальной стороны, было несомненно унизительное.
Может встать вопрос, почему в изложении судеб Св. Синода, как высшего церковного управления, уже в течение двух десятилетий мы не ведем речи о роли в нем обер-прокурора? Во-первых, в течение Аннинского десятилетия в 1730-1740 гг. обер-прокурора в Синоде, как и в Сенате генерал-прокурора, не было, в виду их отмены. Во-вторых, петровский обер-прокурор по началу был такой незаметной фигурой, без всякого влияния на ход синодских дел, что с позднейшей точки зрения XIX в. это требует даже особого разъяснения. Члены Синода первого десятилетия искренно не понимали роли этого впоследствии грозного "ока государева".
Все административно организационные преобразования Петра были сознательно построены на синтезе личного начала с коллегиальным. В известном труде проф. Градовского "Высшая администрация в России XVIII столетия и генерал-прокуроры" автор так мотивирует происхождение Петровской обер-прокуратуры: "велико было доверие Петра к коллегиальной форме, но еще больше было его недоверие к членам Коллегий". Поэтому, как только в 1722 г. Петр назначил для контроля Сената генерал-прокурора, так тотчас же, в параллель ему, для Синода создал должность обер-прокурора. Указ Петра был краток: "выбрать из офицеров доброго человека, кто б имел смелость и мог управление Синодского дела знать. И быть ему обер-прокурором и дать ему инструкцию, применяясь к инструкции генерал-прокурора Сената". В дополнительно последовавшей затем инструкции даются и общие определения новой должности и некоторые детальные ее функции. Общая задача должности определяется образным выражением "ока государева". Ее государственный, а не церковный интерес выражается в определении обер-прокурора, как "стряпчего по делам государственным". Формальные права обер-прокурора, их функции определялись так: "чтоб не на столе только дела вершились, но самым действом по указам исполнялись". Служебные обязанности его описывались так. Он присутствует на заседаниях Синода, следит за закономерностью его постановлений, в случае нарушения закона он ход дела останавливает, а в случае непослушания Синода, доносит непосредственно своему верховному начальству. Но дальнейшие инструкции, пояснявшие функции обер-прокурора, были противоречивы, запутывали его отношения к верховному источнику власти. Было указано Синоду, что в случаях походного или военного отсутствия императора из России, сам Синод, признавая за своим обер-прокурором важные и тяжкие проступки, имел право арестовать "око Государево" и отдать его под суд, но наказания не чинить без прямых указаний верховной власти. Никакого давления на свободу мнений и действий Синода ни в идее, ни в инструкциях обер-прокурорской власти не намечалось. В этой атмосфере неопределенности, непонимания Синода, и его отношения к новой должности, как к пятому колесу, и началась деятельность новых государственных чиновников в некоей творческой свободе. Каждый из первых обер-прокуроров окрашивал свою деятельность свойственными ему интересами. Первый об. прокурор, полковник И. В. Болтин, несколько раз проявлял усердие по части экономии казенных средств. Например, новоназначенные члены вновь учрежденного Синода, Регламент которого был подписан Петром только 14-го февраля 1721 г., "на радостях" выписали себе жалованье от 1-го января. Для Болтина это был случай проявить свое контрольное право хотя бы и в применении к прошлому моменту, предшествовавшему даже самому учреждению должности обер-прокурора. Но Петр Великий был так рад беспрепятственной реализации новозадуманного аппарата управления церковью, так успокоен молчаливым приятием его руководящей группой епископов, что не имел никаких мотивов отравлять эту свою радость денежными придирками к тем, кто ему помог осуществить его мечту. Синод победил об. прокурора. И победитель и побежденный еще не понимали всей парадоксальности этого факта на фоне всей дальнейшей истории. Непонимание и самим Петром и всем синодским ведомством принципиальной роли об. прокурора символизировалось еще и тем, что жалованье ему было положено убогое в 330 руб. годовых. Тогда как, напр., секретарю Синода Тишину было положено 1.000 руб. Уродливость была в том, что это свое грошовое жалованье Болтин до 1724 г. никак не мог получить из казны и в конце 1723 г. подавал через Синод слезницу на Высочайшее имя "о своей скудости... и по тому моему челобитью прошу, чтоб Ваше Святейшество благоволили сообщить ведение Прав. Сенату, дабы за Вашим предстательством по тому моему челобитью милостивое рассмотрение учинили". Синод, снисходя к тяжелому положению Болтина, в кредит выплатил ему из своих сумм единовременно 300 руб. (!!). Никто временно не догадывался, что "око Государево" без личных докладов Государю есть пустое слово, власть без власти. И потому положение Болтина в Синоде было унизительное. Даже Московская Духов. Консистория оспаривала пред Синодом право об. прокурора делать ей указания. Болтин явно нервничал. Он добивался, чтобы члены Синода дали ему сведения об их доходах от епархий и монастырей. По ходу дела Болтин потребовал, чтобы секретарь Синода Тишин явился к нему на дом. Тишин наотрез отказался. Болтин, по букве закона, послал к нему на дом капрала для сдачи шпаги. Но Тишин капралу шпаги не сдал, ибо считал себя стоящим по службе в майорском ранге. Болтин потребовал у Синода "сатисфакций о непослушании и противности", но так их и не получил. Синод не признавал за Болтиным права даже представлять к наградам исполнявших его поручения. Сношения с Верховной властью велись через Феофана, через него же получались и личные высочайшие указы. Болтин был ненужным пятым колесом, маленьким чиновником.
Очутившись под пятой у Феофана, как лицо зависимое и гонимое, Болтин незаметно, как бы по долгу своей контрольной роли, спутался с партийно враждебной Феофану интригой Феодосия (Яновского). Тот затеял против Феофана задиристое дело о недочете сумм по Псковскому архиерейскому дому. Болтин назойливо не раз напоминал об этом деле в заседаниях Синода. Когда, наконец, Феофан добился у Екатерины ареста Феодосия по виновности политической, то и Болтин, как не исполнивший своего дозорного долга, посажен был в крепость. Вместе с указом 1725 г. о ссылке Феодосия подписан указ и о ссылке Болтина в Сибирь, пока с правом получения там какой-нибудь службы. Но Феофан доконал его. Приказал докопаться в архиве до разных формальных "упущений" Болтина, и тот вдогонку был лишен и этого права. Лишь через два года Болтин был прощен и сделан вице-губернатором в Сибири.