Как и при Петре В., часть малороссийских иерархов и теперь стояла на стороне российских консерваторов. В момент воцарения Анны Иоанновны таковым оказался Киевский архиепископ Варлаам (Вонатович). В Киеве манифест о воцарении Анны получен был 18.II. Вице-губернатор механически и, ничего не подозревая, переслал его в канцелярию архиепископа через простого подьячего. Архиепископ внес манифест в совещание с консисторией, которое решило: "поминовение имени Ее Им. Вел-ва надлежит чинить, а с молебном надобно подождать по то время, как прислан будет из Синода указ". Эта наивная дипломатия разыгрывалась на неблагоприятной для Варлаама почве его борьбы с Киевским мещанством из-за монастырской земли. Смекнув в чем дело и получив поддержку от вице-губернатора немца Штока, мещане на другой же день, 19.II без архиепископа отслужили в Лавре торжественный молебен по случаю восшествия на престол новой императрицы. Архиепископ Варлаам и по получении от Синода соответствующего указа молебна не служил, поняв, очевидно, свой промах и не желая его подчеркивать публично. Так и обошлось без молебна до 30.ІV, когда уже пришлось служить молебен по указу по случаю коронации. Не желая прощать арх. Варлааму его промаха, ни вице-губернатор с чиновниками, ни городское управление не пошли на молебен к архиепископу, а отслужили его, как и в первый раз, отдельно в лавре. До Москвы и СПБ эта местная ссора дошла не скоро. Но по поводу земельной ссоры архиепископа с магистратом, хлопотать о земле явился в Москву лично настроенный против Варлаама Киевский войт. Феофан вцепился в это дело, потому что Варлаам еще по Киевским его отношениям был в противной Феофану партии. По связи с аналогичным делом арх. Льва (Юрлова), Феофан не мог не заподозрить в медлительности Варлаама тех же политических заговорщических мотивов. Сейчас же Феофан под своим председательством учинил следственную комиссию из членов Синода и с участием самого страшного Ушакова. В Киев послан особый следователь. Вопросы, "припирающие к стене", были составлены самим Феофаном: "Какого другого указа ожидать было, понеже в прежних подобных случаях не бывало указов иных, кроме подобных сему? Почему было надеяться, что скоро будет еще какой-то указ?" и т.д. Ответы Варлаама были смутны. Он уверял, что сразу распорядился о "возношении имени Е. В.", а "благодарение" понял вообще и потому "соборно и келейно" о здравии Е. И. В-ва молил. В заключение Варлаам писал: "А в том моем погрешение за не пение молебствия, по едином недоумении ставшемся у Ее Имп. Всепросветлейшего В-ва всемилостивейшего благоутробия ищу прощения и помилования". Синод признал, что писано это "не от прямой совести", что виной этому "предерзость и презорство". И еще заодно было четыре истязательных вопроса письменно: 1) "что и от кого ведая" архиепископ так поступал? 2) чего и какой себе пользы надеялся? 3) на кого именно и для чего уповая; 4) и с кем именно словесно или письменно действуя, молебствие не отправлял?" Варлаам отвечал тоже письменно: "Не ведал я ничего, ни от кого, ни отколь. Надежды себе не имел ни единые и никакой себе пользы не надеялся... Действия у меня ни о чем не было нигде, ни с кем именно... А что скоро и без упущения времени, как был должен, соборного о вступлении на престол Е. Им. В-ва молебствия не отправил, о сем поистине и совестно объявляю, что оное соборное молебствие ни в какое презрение и ни в какую противность, едино токмо от слабоумия, простотою и недоумением учинилось. Чего горько жалею и всеподданнейше умоляю премилостивейшее Е. Им. В. благоутробие простить мя и помиловать падшего, — виноват есмь в том". 20.ХІ в форме сенатского ведения объявлен высочайший приговор арх. Варлааму: "Е. Им. В-во указала... за вину его, о которой явно по делу, которое следовало о нем в Синоде, — лишить сана и священства и послать в Кириллов монастырь Белозерский простым монахом. И быть ему там не исходно, а скарб его весь, переписав, взять на Ее Им. В-во". Члены Киевской консистории отрешались от их должности за неправильный совет, данный архиепископу. В Кириллове Варлаам жил довольно спокойно. 1740 г. амнистировал его вместе с другими, и он, восстановленный в сане, вызван был в Москву для архиерейского служения. Но больной и постаревший, он попросился на покой, в Тихвинский монастырь Новгородской епархии. Просьба его была удовлетворена и даже с скромным денежным содержанием.
Хотя этому делу азартный борец Феофан старался искусственно придать политический характер, и формы гонения против обвиняемого имели физически жестокий характер, но по существу это была тема чисто богословская, знаменитая страница в истории школьного русского богословия. Предмет, около которого разрослась широкая и шумная богословская полемика, это был знаменитый "Камень Веры" уже покойного местоблюстителя, митр. Стефана Яворского. Арх. Феофилакт был только его заботливым издателем. При Петре печатание не было разрешено. В 1728 г. Верховный Тайный Совет разрешил напечатать Камень Веры. Выпускателем взялся быть Тверской архиепископ Феофилакт, и он осуществил его в Киевской лаврской типографии. Для Феофана это была богословски враждебная акция. Политическая атмосфера вынудила его в этот момент молчать. Но он избрал другой обходный путь. Автор Камня Веры был искренним сторонником латино-католической школьной эрудиции, врагом антипода ее — протестантской догматики и схоластики. Более талантливый и научно богатый Феофан чувствовал себя превосходно вооруженным для того, чтобы совершенно объективно и научно доказать ошибочность латинских догматических построений, тяготевших над Киевской школой. При этом сам Феофан увлекался не только документально-научной стороной протестантской полемики против романизма, но и самым протестантским толкованием христианской сотериологии, с чисто западническим сосредоточением на вопросе о взаимоотношениях спасающей благодати и человеческой свободы. Забегая значительно вперед, надо признать, что богословское чутье Феофана, несмотря на его личную отраву протестантизмом, сослужило большую службу правильному курсу всего последующего школьного развития русского научного богословия. Феофан, будучи уверен, что он спасает русскую и всю греко-восточную церковь от перегрузившей ее латинской схоластики, "не мог молчать". Чтобы затормозить с опубликованием Камня Веры наступающую волну латинизма, при вынужденности его личного молчания, он решил нажать внешнюю пружину, создать шум в европейском общественном мнении, которое давило на сознание русского западнического правительства. Феофан мобилизовал своих ученых друзей, немецких протестантов. В мае 1729 г. в Лейпцигских Acta Eruditorum появилась откровенно суровая полемическая рецензия с осведомлением о всей истории Петровского запрета Камня Веры и с укорами настоящему издателю его архиепископу Феофилакту. По всем мелочам детальной осведомленности нет никаких сомнений, что данная резкая и враждебная рецензия о Камне Веры написана хлестким стилем самого Феофана. "Сочинитель Камня Веры", пишет анонимный рецензент, "питает безрассудную ненависть к лютеранам, равно как и к кальвинистам, усвоив ее без сомнения от католиков, с которыми долго в молодые годы обращался. Это видно из предисловия его к читателю, где он говорит, что на св. церковь восстал некий новый Голиаф — Мартин Лютер, понося верующих в живого Бога и изрыгая разные укоризны на невесту Христову — Церковь. Противник этот устремил свой лук на папу и римскую церковь. Но стрелы его достигают и нас. И этому новому Голиафу Камень Веры да будет, как и древнему камень Давидов, в погибель". И далее продолжает цитату из предисловия Стефана с целью раздражить немцев — протестантов. Вот эти строки. "Приходят к нам в овечьих шкурах, а внутри волки хищные, отворяющие под видом благочестия двери всем порокам. Ибо что проистекает из этого нечестивого учения? Убивай, кради, любодействуй, лжесвидетельствуй, делай, что угодно, будь равен самому сатане по злобе, но только веруй во Христа, и одна вера спасет тебя. Так учат эти хищные волки". Далее рецензент (Феофан) в свойственном ему раздражительном стиле размашисто пишет: "Бесчисленные сочинения (!) наших писателей опровергают эти клеветы. Однако, автор (Камня Веры) не стыдится клеветать открыто, лгать нагло и обманывать неразумный народ нелепыми баснями. В самом деле, он столько собрал побасенок о видениях, об одержимых духами, о чудесах, происшедших от креста, икон, мощей, что в умных людях вызывает смех, а в неразумных удивление. Нельзя не удивляться, как смиренный Феофилакт, арх. Тверской и Кашинский, одобрил эту книгу своей цензурой. Между тем как Новгородский епископ (т.е. сам Феофан), муж ученый, благоразумный и умеренный, признал ее недостойной своего одобрения. Изрыгая в угоду католикам свои гнуснейшие ругательства на протестантов, автор, однако, умалчивает о спорных предметах между римской и русской церковью, например: о папе, о чистилище и о прочем. Да нечего и удивляться этому, ибо он выписал это в большей части из Беллармина и других римских и папских полемистов. Из этого можно усмотреть, что руководило им не столько желание объяснить, изложить и распространить догматы восточной церкви, сколько ненависть к лютеранам и реформатам, учение которых он, впрочем, или не знает или извращает". Рецензент дает русским совет — "не попадать в эти ворота к Риму". Сообщается в заключении, что вскоре выйдет обстоятельное опровержение Камня Веры профессором Иенского университета И. Ф. Будде. Действительно, в том же году книга Будде появилась. Снова в Acta Eruditorum (октябрь 1729 г.) явился отзыв о ней, разумеется похвальный. Так как в следующем ноябре месяце того же 1729 г. знаменитый профессор Будде скончался, то в русском обществе осталось убеждение, что под именем Будде издана работа самого Феофана при полном, конечно, согласии на то Будде.