Но Ш. не слагал оружия и раздосадованный решил помучить членов Синода придиркой в одном щекотливом деле, которое могло бы пройти, как дело секретное, без шума. Один хорошо известный членам Синода архимандрит был застигнут in flagrante и озлобленными на него крестьянами привезен узником в Синод вместе и с самой грешницей. Конечно, это была не чисто моральная ревность. Это был симптом подспудной социальной злобы, маленький эпизод в промежутке между Разинщиной и Пугачевщиной. Крестьяне вовсе не были моральными ригористами. Они сплошь были снисходительны к пьянственному и грубому быту своего простонародного духовенства, да и простого чернорабочего монашества. Петровский классово-аристократический строй заострил в низах глухое озлобление против помещичьего класса и против некоторых верхов в монашестве и епископате, разделявших с поместным классом привилегированный образ жизни. Вот и тут надо было отомстить прижимистому монастырскому помещику. Виновный архимандрит в закрытом заседании Синода, но и в присутствии Шаховского, чистосердечно сознался в своем грехопадении, но у членов Синода не хватило мужества и мудрости покончить дело показательно строгим приговором. Резолюцию отложили и начали заминать дело. Один из членов Синода смиренно явился к Шаховскому на дом уговаривать его замять дело. Но Шаховской возражал, ссылаясь на широкую огласку. Тогда члены Синода подговорили виновного архимандрита отказаться от первоначального покаяния, якобы вынужденного у него грозящим ему террором крестьянского озлобления. Он написал просьбу об.-прокурору, чтобы в новом заседании Синода дать дополнительные показания. И вот, к полной неожиданности Шаховского, в новом закрытом заседании Синода, архимандрит начал решительно отрицать свою виновность. Но нервы его не выдержали — он пал в обморок. Члены Синода учли это в благоприятную для себя сторону. А Шаховской упорствовал в своем недоверии. Во всяком случае члены Синода получили проволочку, которой воспользовались, чтобы по-своему убедить императрицу, что здесь злостная и опасная крестьянская клевета, и что об.-прокурор своей формальной строгостью наносит огромный вред духовенству. По словам Ш. синодалы жаловались, что "оным разглашением теперь всенародное посмеяние всему их сану происходит, так что, когда из оных кто по улице идет, то нарочно пальцами указывают и вслух говорят с поношением, почитая их быть такими же". Императрица поддалась такому истолкованию. Приказано наказать и крестьян и грешницу как компанию клеветников. Архимандрита перевели, конечно, в другой монастырь, но без всякого наказания. А Шаховскому от генерал-прокурора послан "строгий выговор" за распространение слухов, компрометирующих духовенство и что следует строго наказывать тех, "кто тайности из Синода выносит". Но Шаховской не падал духом. Зная обстановку, в которой создавались различные решения императрицы, и совершенно убежденный в виновности архимандрита, он ждал благоприятного случая, когда ему удалось при других пожаловаться на пристрастие членов Синода и убедить императрицу, что в деле архимандрита она стала жертвой обмана. Елизавета открыто высказала пред приближенными свое сожаление и похвалу об.-прокурору. Больно было членам Синода. Уязвленные и взволнованные они решились на крайний прием. Они явились ин корпоре к Елизавете и со слезами умоляли ее избавить их от невыносимого человека, терзающего их дерзкими оскорбительными предложениями. Просили уволить Шаховского, или уволить их самих из Синода. Им показалось, что они достигли цели, и генерал-прокурор Трубецкой уже посоветовал Ш. не ходить на службу и ждать другого назначения. Но Шаховской удачно рассчитывал на поверхностность впечатлений императрицы и на ее переменчивость. Прикинувшись ничего незнающим, Ш. на другой же день явился в Синод и выдвинул самые неприятные для членов Синода дела из серии "нерешенных", требуя их неотложного решения и угрожая донести в случае проволочки. Синод сослался на неполный состав собравшихся членов и отложил вопрос до будущего полного собрания. В приватных разговорах синодалы уверенно острили, что об.-прокурор вероятно хорошо выспался, и потому так смело вцепился в самые трудные дела.
Если у членов Синода была своя "рука" к императрице, то по всей видимости была такая же и у Шаховского. Когда Трубецкой напомнил императрице о переводе Шаховского на другое место, Елизавета ответила, что Ш. ей нужен в Синоде. И она убедилась в его добросовестности и верности. Ш. опять начал свои еженедельные доклады императрице. Члены Синода увидели свой проигрыш и вместо атаки в лоб начали "обходные движения". "Их святейшества", пишет Шаховской, "видя в моих предприятиях успехи, никаких явных неудовольствий долго не оказывали, а всегда под добрыми покрывалами умалить мой кредит старались". Но Ш. после одержанной победы почувствовал под собой твердую почву и снова начал осуществлять свои контрольные права, особенно по делам, клонящимся по его мнению не к государственной пользе.
Шаховской начал подбирать под свое влияние чинов канцелярии Синода. Это не был произвол, ибо по инструкции они работают "под дирекцией" об.-прокурора. На деле Болтину, как мы видели, члены Синода не дозволили даже представлять чиновников к наградам. Шаховской представлял их, конечно, через Синод. Очень важную функцию надзора за всем епархиальным управлением, можно сказать, "открыл" Ш. Отсюда в будущем родилась сеть секретарей консисторий. В Петровской системе надзор за епархиальной жизнью при учреждении Синода поручен был, в параллель с фискалами других ведомств, институту инквизиторов с протоинквизитором при Синоде. Инструкция инквизиторам гласила: "все ли исправляют архиереи по учиненному своему при поставлении обещанию", "и во всем ли поступают по правилам и по Дух. Регламенту и по определениям Св. Синода". Та же инструкция обобщает и возвышает роль инквизиторов, поручая им следить за деятельностью всех "духовных персон, как вышних, так и нижних" и "без всякого укрывательства доносить Синоду". Инквизиторы зависели целиком от Синода. Их уродливый титул и должность упразднены в 1727 г. Но при этом упразднении проведено и существенное изменение самого надзирающего учреждения. Их названия заменены в духе прежней старомосковской администрации. Они заменены "поповскими старостами" (позднейшими благочинными) "заказчиками". Но это были органы местные, епархиальные. С Синодом они связи не имели. Епархии связывались с своей высшей властью церковной только через епархиальных владык. Обер-прокуратура, таким образом, лишилась всякого надзора за епархиальным управлением. Ш. бесплодно несколько раз делал представление Синоду об этом недостатке системы, доказывая фактами неисправность епархиальных органов и предлагал против этого свои меры. Синодальный епископат встречал эту критику крайне неохотно. Тогда Ш. стал сам изучать все ведомости и отчеты, присылаемые Синоду из епархий, извлекал из них материалы для запросов Синоду и предлагал меры исправления явных недостатков. Не ограничивался экономикой, но формулировал недостатки всего церковного быта: духовных школ, духовно-судебных дел, доносов на самоуправства архиереев (напр., битье архиереем певчего, оплеуха воеводе). Особенно внимательной и обильной областью критики об.-прокурора была экономика. Ведь при его полном согласии синодские владыки выхлопотали у Елизаветы возврат Коллегии Экономии из под Сената вновь в Синод. Надо было на деле доказать доходность и выгодность этого для казны. Между тем, архиереи увлеклись в своих "поместьях" новыми постройками и ремонтами без надлежащей отчетности, так называемыми "хозяйственными", домашними способами старого времени. В 1748 г. Шаховской потребовал при всех постройках представлений в Синод смет и ведомостей. Синод опять начал проволочку, отложил рассмотрение до пленума членов Синода. Видя саботаж, Ш. заявил свой протест пред императрицей. Но Синод делал по своему, скрывая свои решения, противоречащие об.- прокурорским директивам.
Все время всплывал наружу вопрос о выплате жалованья членам Синода. По Петровскому закону оно должно сообразоваться с размером епархиальных доходов членов Синода. Ради целей контроля, поэтому каждую треть года жалованье как бы пересматривалось и восходило на Высочайшую апробацию. В 1745 г. за майскую треть члены Синода выписали себе жалованье "по не апробированному штату". Ш. опротестовал, и члены Синода до 1748 г. не получали жалованья. Тогда оно было выдано, но с вычетом. В 1749 г., вместо непоказанных членами Синода их епархиальных доходов, императрица утвердила просто недоплату им по смете одной четверти штатного жалованья.
Все эти перипетии коллизий и борьбы между Синодом и об.-прокурором поучительны исторически и практически. Принципиально сознательного отношения по существу этого вопроса о системе взаимоотношений церкви и государства у той и другой стороны не было. И весь процесс столкновений осознавался лишь с практической и тактической стороны. И так как у высшей церковной власти по инерции не порвались еще патриархальные непосредственные встречи с живой личностью своего православного монарха, то и результат всех неосознанных до конца столкновений двух властей приближался к норме. Равновесие и деловая справедливость фактически достигались.