С передачей готового аппарата М. Приказа в светские руки выступили наружу и те бытовые подробности, которыми прежде не тяготились епископы и монастыри. Свой Мон. Приказ прежде "назначал" священников и причетников в Монастырские вотчины, перемещал игуменов, келарей. Теперь это показалось оскорбительным засильем. Епископы бросились к царю просить для отдельных монастырей своих епархий "несудимые грамоты". Наследие пестроты и чересполосицы татарского времени было понятнее и милее их сердцу, чем нормальный порядок. Царь... уступил. Но все-таки принципиальное наступление государственного единства на удельную анархию в данном случае одержало победу. Однако сонное сознание иерархии было ранено. Первый поднял открытое сопротивление — это возлюбленный царем Алексеем архимандрит Новоспасского придворного монастыря Никон. Царь ему одному, в виде исключения, при назначении его на Новгородскую кафедру, дал генеральную "несудимую грамоту" на всю Новгородскую епархию. Новгородчина стала уделом Никона, на который не простиралась сила нового конституционного закона — "Уложения 1649 г". в пункте о новом царском Монастырском Приказе. Но... это временное капризное завоевание царского любимца было показательно для всей боязливо "молчащей" иерархии. Все не понимали и не переваривали этого государственного Мон. Приказа.
Поэтому, когда Никон пал, и русские архиереи на соборе 1666 г. для успокоения измученного конфликтом царя Алексея Мих. осудили Никона, то благодарный им за этот акт царь позволил им излить боль их сердца, признать правильным взгляд осужденного патриарха на Мон. Приказ и согласился передать его опять в ведение церкви, т.е. чтобы люди церковные и по мирским (контрактным, экономическим, денежным) делам судились опять у своих владык, а не у царских бояр. М. Приказ этим был даже упразднен, обречен на ликвидацию, которая длилась 11 лет до 1677 г., когда судебно-расправные дела его, к удовлетворению своеобразной амбиции духовенства, целиком были переданы в царский "Приказ Большого Дворца".
Переустройство государства после Смуты хотя с трудом и очень медленно, но привнесло в сознание церковных людей нечто новое. А именно: а) что земля не имеет права выходить из службы государству и, б) что церкви и монастыри владеют землями не jure divino, а по праву вторичному, даруемому церкви государством.
С началом Петровских реформ и повышением нужд государства право светской власти — требовать от церковных учреждений, владевших землей, службы государственной, сомнений не возбуждало. Как показывают примеры патр. Адриана и позднее митр. Арсения Мациевича, в глубине души духовенства коренились вплоть до половины XVIII века старые исконные понятия о земельном праве церкви, как праве сакральном, особенном, à part. Однако, принципиально слитая с национальным государством церковь не пошла по пути бунта, но долготерпеливо и лояльно приняла на себя подвиг приспособления к новым идеям и новой технике новой государственности. Если бы Петр Великий не привнес в эту область чуждой православию общей идеологии, справедливо испугавшей русскую церковь, то без сомнения процесс отдачи церковных земель в руки государства произошел бы психологически безболезненнее и технически быстрее.
Утилитарно мысливший Петр I считал монастырско-церковные владения просто "тунегиблемыми" (=зря пропадающими для государства). Он еще при жизни патриарха Адриана, примитивно мыслившего и в открытом послании выступавшего против принципа секуляризации, все же провел через Приказ Большого Дворца, управлявшего церковными имуществами с 1677 г., ряд мер государственного контроля над хозяйством этих монашеских "вотчин".
Как только умер патр. Адриан (1700 г.), так тотчас же Петр единым росчерком пера взял в государственные руки управление всеми монастырскими, архиерейскими и вообще церковными вотчинами. По Существу это была секуляризация, а по форме она возвращала управление церковными землями к тому положению, какое было установлено Уложением царя Алексея 1649 г. ("проклятая книга!" по слову патр Никона). Вот почему воскрешается и старое, только затемняющее суть дела название: "Монастырский Приказ". Этим Петр символизировал возврат к государственной принадлежности того предмета (т.е. церковных земель), которым заведовал "Монаст. Приказ" с момента вступления в силу Уложения 1649 года. Старая вывеска сохранена, но она теперь означала еще более смелый и глубокий шаг в достижении государственной властью задачи секуляризации. Прежний Монастырский Приказ не только ведал хозяйство и финансы церковных земель, но и творил суд и расправу над их населением. Это дело, по существу чисто государственное, Петр с 1700 г. начисто изъял из рук церковных и передал суду общему, государственному. Это было существенным коррективом, устранявшим вопиющее уродство. Не дело церкви заниматься гражданским судом и расправой, садить должников в тюрьмы и надевать на них кандалы.
Но оставалось хозяйство. Церковь не могла жить без обеспечения денежного или натурального. Вот почему Петр, взяв Монаст. Приказ, повелевает, беря хозяйство монастырских вотчин в руки государства, назначить на содержание церковных должностей оклады, а оставшиеся доходные суммы направить в государственную казну.
Пока эта новая схема вырабатывалась, новый хозяин — государство роздал и разбросал ряд вотчин целиком в поместья служилым людям, городам, государеву ведомству. Церковное землевладение чувствительно сократилось в своем объеме уже безвозвратно навсегда. 6.407 жилых дворов ушли из ведомства церкви.
Государственная сторона была удовлетворена. Но население церковных вотчин, избалованное нетребовательностью духовных владельцев, не было в восторге от новых требовательных господ. И церковные владельцы поняли, что надо строго исполнять все государственные повинности. В этой атмосфере опыта и примирения двух сторон начался любопытный процесс. Казенное хозяйство всегда мертво и бездоходно. И вот бывшие церковные владельцы начали предлагать свою хозяйственную энергию государству. На условии выгодных для государства оброков они просили вернуть им фактическое хозяйствование на своих прежних землях. Население в большинстве этому сочувствовало. Петровское правительство, движимое мотивами практической выгодности, пошло без ревности на этот обратный путь отдачи имений старым церковным владельцам. И этот возвратный процесс с 1702 г. по 1720 г. пошел так быстро, что ведомство Монастырского Приказа просто опустело. Казенное хозяйство оказалось бездоходным, убыточным. И пришлось вернуть не розданные церковные имения их прежним владельцам. Высочайший указ 16.Х.1720 г. закрывал неудавшийся Монастырский Приказ, а монастырские вотчины, которые от монастырей взяты и всякими сборами ведомы были в Монастырском Приказе, кроме тех, которые по Именным Высоч. Указам кому в вечное владение розданы, раздать в те монастыри и ведать их тех монастырей архимандритам и игуменам по-прежнему. А с тех вотчин оклад Монастырского Приказа и вновь всякие положенные доходы собирать им (т.е. самим монастырским властям) и платить бездоимочно. И о той раздаче рассмотрение учинить в Камер-коллегии" (т.е. в Петровском Министерстве Финансов).
Консервативная традиция церковных помещиков в этом случае победила. Но опять только временно. 20-летнее властвование государственного Монастырского Приказа (за 1700-1720 гг.) было новым этапом перевоспитания церковных владельцев. Они стали сознавать земельные имущества не как свою исключительную собственность, а как владение, по праву подлежащее контролю и эксплуатации государства. Правовое сознание перевоспитывалось, и государственной конфискации дорога расчищалась. Но... прошло еще 40 лет. Причина замедления конфискации была в реформах Петра, экономически и финансово трудных, перенапрягавших все налоговые и трудовые силы страны. Надо было думать прежде всего о ближайшей выгоде, о доходности какими угодно способами, а не о принципах "лаицизма". Инерция старого экономического аппарата одолевала, оправдывала себя к радости церковников, экономически. Вот почему сам собой угас "гордо наступавший" Монастырский Приказ. С 1720 г. до момента учреждения Св. Синода (14.II.1721 г.) не было совсем никакого особого учреждения, которое ведало бы церковными недвижимыми имуществами. Они самоуправлялись. А установленные налоги с них собирали чиновники Камер-коллегии (т.е. министерство финансов), так наз. "камериры".
В этом состоянии, победивший традиции, Петр Великий дожил до момента открытия новоизмышленной формы возглавления русской церкви безличным коллективом, безглавного Синода. Петр был благорасположен к возглавлявшей русский епископат группе архиереев южно руссов, которая помогла ему осуществить реформу высшего церковного управления. Эти архиереи, привыкшие и у себя на родине к практике широких епископских и монастырских землевладений, сливались со всем московским монашеством в желании возврата им, если не всех, то максимума тех недвижимых имений, на которых бы они чувствовали себя хозяевами при всей тяжести государственных повинностей. Теперь, когда архиереи единодушно сговорившись, попросили монарха вернуть им без выгоды для казны отнятое управление хозяйством на всех еще числящихся "монастырскими" землях, то Петр охотно пошел на это. Чтобы не было спора, о каком предмете ведения и управления идет дело, архиереи испросили восстановление опять Монастырского Приказа, но уже под ведением Св. Синода. Это уже не "чужой" (государственный) Мон. Приказ Уложения 1649 г. и Петра 13.X. 1700 г. Это "свой" Монаст. Приказ, чисто церковный, как он зародился при первых патриархах.
Но неудержимый процесс преобразований аппарата государственного не позволял и церковному "ведомству" отставать в бюрократических реформах. В 1723 г. уничтожен самый термин "Приказы". Все подогнано под принцип и под тип "коллегий". Последовал Высочайший указ Сенату: "в Синоде учинить Коллегию подобно Камер-коллегии (Министерства финансов). Сенат учредил "Камер-контору Синодального Правления". Она просуществовала недолго. С разделением самого Синода в 1726 г. на два апартамента, во второй светский апартамент переданы дела Камер-конторы под названием "Коллегия Экономии Синодального Правления". Чем более управление хозяйством делалось светским, тем более оно делалось бездоходным, бесплодным. Недоимки с церковных хозяйств все возрастали. Вся деятельность Колл. Экономии и состояла в исчислении и взыскании недоимок с церковных имений. к 1732 году их числилось свыше 81.000 рублей. После 12 лет такой безуспешной деятельности Коллегии Экономии (1726-1738 г.), она взята была у Синода и отдана Сенату (до 1744 г.). Но и это шестилетнее возглавление Сенатом (1738-1744 г.) не подняло доходности. При Импер. Елизавете, пользуясь ее благорасположением к церкви, синодалы, при поддержке об. прокурора Шаховского, исходатайствовали возврат Колл. Экономии из Сенатского ведомства в ведение Синода под обновленным и уже последним именем "Синодальная Канцелярия Экономического Правления". Но суть процесса не менялась. Имения мнились церковными, но хозяином их считалось государство, а Синод — лишь "управляющим".