Простодушно Арсений надеялся и на заступничество потерявших прежний вес друзей. Прот. Ф. Дубянский уже не пользовался прежним весом у Екатерины. Она не любила его. А за ней и синодские архиереи отвернулись от него, платя этим за прежнее его временщичество при Елизавете. По прежней дружбе с Арсением, гр. Бестужев-Рюмин попытался написать Екатерине очень сдержанное письмо, но получил от нее резкий выговор: "я чаю ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя Величества, как ныне за арестованного всем Синодом Митр. Ростовского. И не знаю, какую я бы причину подала сомневаться о моем милосердии и человеколюбии. Прежде сего и без всякой церемонии и формы, не по столь еще важным делам, преосвященным головы секали (!?). И не знаю, как бы я могла содержать и укрепить тишину и благоденствие народа ( — умолча защищения и сохранения мне от Бога дарованной власти), если бы возмутители не были бы наказаны".
Дурново и секретарь Остолопов разобрали переписку Арсения и не нашли ничего интересного. Вот тут то они и обнаружили тексты Чина Православия этого года. Нашли указ 1743 г., еще тогда воспретивший Арсению "предерзостные" доношения.
Существо дела для судей было неважно. Судили самый факт Арсеньевых возражений. Суд начался 1 апреля во вторник на Фоминой. Арсений дрожащей от волнения рукой письменно дал ответы на поставленные ему вопросы:
1. "В доношении своем 6 марта ничего к оскорблению Ее Императорского Величества быть не уповал, а все то писал по ревности и совести, чтоб не быть двоедушным. А ежели что к оскорблению Ее Императорского Величества имеется, в том прошу прощения и в волю и милость Ее Императорского Величества себя всеподданнейше предаю".
2. "О всем в доношениях заключающемся разглашения никакого ни с кем, как письменного, так и словесного, не было".
3. Что "сочинял не для возражения на Указы, но на представления других, т.е. на представления Комиссии, по которым представлениям и те Указы последовали... и оскорбления в этом Ее Императорского Величества не полагал".
4. В дополнениях к Чину Православия, взятых из древних чиноположений, "ничего к оскорблению Ее Императ. Величества не имеется... и в оном грабители церковного имения потому внесены, что многие монастырские и церковные имения отымают, а суда на них сыскать не можно".
Судьями были молодые епископы, частично Арсением же и выдвинутые, пред ним раньше и заискивавшие: Тимофей (Щербацкий) Московский, Амвросий (Зертис-Каменский) Крутицкий, Гедеон (Криновский) Псковский, Дмитрий (Сеченов) Новгородский, Гавриил (Петров) СПБ-ий, Афанасий Тверской.
Синод торопился и угодить власти и в то же время опасался нарушить приличествующую меру наказания. 7-го апреля он послал доклад императрице в такой формулировке:
"Митр. Арсений, в противность божеским и человеческим законам, учинил против состоявшихся в 1762 и 1763 годах постановлений о церковных имениях такие возражения, которые оскорбительны для Императорского Величества. В них он допустил превратные от себя толкования Св. Писания. Нельзя его простить, хотя бы он писал так и по ревности к закону Божию, ибо не только на указы, но и на распоряжения своего ведомства запрещено чинить язвительные представления и возражения. Он писал против Духовной Комиссии и добивался успеха коварными приемами, отправив к двум знатным персонам письма о сем. Поэтому, согласно указу о нем от 1743 года, "архиерейства и клобука его лишить и сослать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение и ни бумаги ни чернил не давать там".
Екатерина своему приговору придала вид смягчения, как бы отказываясь от дополнительной отдачи Арсения суду уголовно-политическому. Резолюция ее от 14 апреля звучала так: "По сентенции сей сан митрополита и священства снять, а если правила святые и другие церковные узаконения дозволяют, то для удобнейшего покаяния преступнику, по старости его лет, монашества только чин оставить, от гражданского же суда и истязания мы, по человеколюбию, его освобождаем, повелевая нашему синоду послать его в отдаленный монастырь под смотрение разумного начальника с таким определением, чтобы там невозможно было ему развращать ни письменно ни словесно слабых и простых людей".
Синод назначил местом ссылки Ферапонтов монастырь, где был заключен и патр. Никон. Для необходимых объяснений пред общественным мнением опубликовано специальное оповещение от Синода: "Бывший митр. Ростовский Арсений, превратно поняв и толкуя вознамеренное ныне полезнейшее распределение церковного имения, безрассудную дерзость имел учинить о том Св. Пр. Синоду некоторые письменные в крайне укорительных и злословных выражениях представления, пренебрегши то, чем он долженствовал сему высокому Духовному Собранию (воскрешено покойное Феофановское имя Синода!), в котором Ее Император. Величество президентом быть изволит.
Св. Прав. Синод признал его за такое верховной власти и указам противящееся, да и самое Величество оскорбляющее, преступление не токмо ареста, но и суда достойным. Тем паче, что он еще при том в подкрепление упомянутых своих злостью и ядом оскорбления Величества (не токмо всевысочайшей Ее Величества особы, как президента Синода, но и как своей самодержавной Государыни) наполненных представлений, Св. Писание и Предание свв. отец превратно же и ухищренно толковать отважился.
Напротив того, Ее Императ. Величество по всеподданнейшему от Синода докладу, предать изволила токмо на собственный Св. Прав. Синода духовный суд. Он тамо в своем тяжком преступлении добровольно признался, причитая оное ослабевающим со старостью его душевным силам".
День, назначенный для церемонии снятия сана, не утаился от толпы народной. И она нахлынула в Кремль к Синодскому Двору. Солдатам пришлось раздвигать толпу, чтобы пропустить в Синод Палату привезенного Арсения. По указанию императрицы, он был в полном внебогослужебном архиерейском облачении: в мантии, с панагией и жезлом. Синоду указано было присутствовать в полном составе вместе с обер-прокурором Козловским. Соприсутствовать при этом указано было еще, кроме четырех архимандритов московских монастырей, также и новозначенному епископу Воронежскому Тихону (Соколову) вскоре по смерти канонизованному.
Вошедшему Арсению не дали сидячего места, как в свое время и патр. Никону на суде. Арсений выслушал приговор стоя, после чего синодский ризничий начал снимать с Арсения архиерейские одежды и знаки сана. При этом, как и Никон громил восточных патриархов, так и Арсений откровенно укорял своих собратий, предрекая прозорливо их судьбу. Предание говорит: "был неустрашим и отдавал архиереям клобук и прочее с выговором, весьма им досадительным, и всякому пророчески, как Сеченову так и другому Амвросию: "вот увидите как умрете". Еще накануне этого заседания Дмитрий (Сеченов) видел тяжелый сон. Ему явился иерарх, подобный Арсению, и на латинском языке произнес обвинительный приговор: "Как наши отцы, в числе которых есть и святые, жертвуя церкви разные земные стяжания, предавали проклятию похитителей этих стяжаний, так и я грешный и недостойный епископ церкви Христовой не моими устами, а устами моих отцов, тебе — похитителю церковных стяжаний возвещаю анафему и внезапную смерть". И когда разоблачали Арсения, он Дмитрию Сеченову действительно предсказал "ты задохнешься от своего собственного языка". Через четыре года (в 1767 г.) Дмитрий действительно скоропостижно скончался от апоплексического удара.
Гедеону (Криновскому) Псковскому Арсений сказал: "а ты не увидишь своей епархии". И молодой Гедеон (всего 36 лет) скоропостижно скончался по дороге, не доехав до Пскова. Земляка своего Амвросия (Зертис-Каменского), нередко гостившего у Арсения в Ростове, последний горько упрекнул: "ты же ядый хлеб со мной, возвеличил на мя запинание. И яко вол ножом зарезан будешь". Это и случилось в Москве при холерном бунте в 1771 г. Слабый и старый Тимофей (Щербацкий) Московский неудержимо плакал при этом.
Прямо из Крестовой палаты в монашеской одежде повезли Арсения в Ферапонтов монастырь — место заключения патр. Никона. Но вдогонку послан дополнительный указ везти еще севернее — в Карельский Никольский монастырь Архангельской округи, где скончался в ссылке и Феодосий Яновский.
Хозяйственному Арсению не запретили взять с собой келейника, повара и весь его московский скарб и посуду. Надзирателем над Арсением был назначен офицер Маврин. На пропитание Арсению назначено 50 коп. на день и дан приказ Екатериной — три дня в неделю водить его на черные работы. Маврин с удивлением рассказывал потом, как Арсений рубил дрова, таскал воду, подметал и мыл пол, "как святой", прибавлял он. Арсению позволено было ходить в церковь и по монастырю, но под караулом четырех солдат. Книги читать свои и монастырские — разрешено, но не дозволено иметь ни чернил, ни бумаги, ни писать, ни тем более вести корреспонденцию.
Екатерина, удовлетворенная своей "победой" над идейным врагом, не без торжества писала Вольтеру, кокетничая своим "демократизмом и антиклерикализмом": "люди, подвластные церкви, страдая от жестоких нередко притеснений, к которым еще более способствовали частые перемещения их духовных особ, возмутились в конце царствования Елизаветы Петровны и, при моем вступлении на престол, их было более ста тысяч под ружьем. Вот почему я в 1762 году выполнила план совершенно изменить управление имениями духовенства и определить доходы лиц этого сословия. Арсений, епископ Ростовский, воспротивился тому, подстрекаемый некоторыми из своих собратий, которые заблагорассудили скрыть свои имена. Он отправил две записки, в которых старался провести нелепое начало двоевластия (разумеется, православная и византийская и древнерусская "симфония", сломанная Петром I). Он сделал уже эту попытку при императрице Елизавете. Тогда удовольствовались тем, что приказали ему молчать; но когда его дерзость еще усилилась, то он был судим митрополитом новгородским и всем синодом осужден, как фанатик, виновный в замысле противном, как православной вере, так и верховной власти, лишен сана и священства и предан в руки светского начальства. Я простила его и удовольствовалась тем, что перевела его в монашеское звание".