Патриарх Иов не был человеком собственной инициативы, собственных идей и планов. Он был традиционалист и консерватор, но определенно в духе и в перспективах творческого консерватора митр. Макария. Иов исповедывал идеологию "Москва — III Рим". Он высказал ее и в "Своем Завещании" и в "Повести о царе Феодоре Ивановиче". Патр. Иов активно продолжал идти по стопам митр. Макария, умножая славу русской церкви путем канонизации новых русских святых. В 1588 г. он канонизировал Василия Блаженного. В 1591 г. провел всероссийское празднование лишь местно чтимого Иосифа Волоколамского. В 1595 г. вместе с открытием мощей прославлены казанскне святители Гурий и Варсонофий, а мощи святителя Германа перенесены ради миссионерских целей на другую сторону Волги, в Свияжск. Мощи митр. Филиппа II из Тверского Отроч-монастыря в 1591 г. перенесены в Соловки, и установлено ему местное празднование. В 1598 г. в Новгороде открыты мощи вместе с канонизацией преп. Антония Римлянина. В 1600 г. прославлен преп. еп. Корнилий Комельский. Местное прославление установлено князю Даниилу Московскому, основателю Данилова монастыря, и князю Роману Владимировичу Углицкому.
Возвышение титулов архиерейских кафедр произведено было в связи с учреждением патриаршества. После украшения титулом митрополий Новгорода и Ростова были признаны митрополиями кафедры Казанская и Крутицкая (прежняя Сарско-Подонская). Архиепископиями наименованы кафедры: Вологодская, Суздальская, Рязанская, Тверская, Смоленская. Нижегородскую кафедру временно занимал до 1593 г. со свойственным уже ему титулом "архиепископа" Арсений Элассонский, пока он не вернулся в Грецию вместе с греческим митрополитом Дионисием в 1593 г. В Астрахани открыта епископия в 1602 г. Из проектированных при учреждении патриаршества еще 8-ми епископий открыты в 1589 г. только две: Псковская и Карельская. С трудом преодолевалась исконно-русская тенденция малочисленности архиерейских кафедр.
В связи с расширением колонизации и государственного влияния русского элемента на обширных пространствах северо-востока России шло и заметное усиление вообще никогда не прекращавшегося миссионерского насаждения и укрепления Православия. Приморско-прибалтийские окраины новгородской области, подвергавшиеся в эту эпоху усиленным нашествиям и оккупациям со стороны Швеции, были поручены специальному обслуживанию Карельской епископии, подвижный центр которой базировался на Олонецкий край. Там не только охранялось уже существующее православное население, но продолжалось и крещение карелов и финнов. По выспренному выражению патр. Иова, "капища эллинские сокрушались".
Завоевательное распространение по Волге, после казанского края простершееся и на астраханский край, отозвалось и в Закавказьи вспыхнувшими надеждами на скорое освобождение от турецко-персидского ига православной Грузии, потерявшей христианскую защиту с момента падения КПля (1453 г.). Процедура учреждения патриаршества в Москве совпала с прибытием в 1586 г. в Москву грузинского царевича Александра с ходатайством к царю Федору Ивановичу о принятии Грузии в состав Российской Державы. В принципе, Москва имела смелость на это дать согласие. Но пока реальная связь с Москвой осуществилась лишь в церковно-миссионерской форме. По ходатайству того же грузинского царевича, в 1588 г. послана была туда миссия "для исправления православной веры христианской". Москва посылала двух священников из Москвы, двух монахов из Троице-Сергиевской Лавры и трех иконописцев. Чем Москва могла послужить угнетенной грузинской церкви? Конечно, только рекомендацией и предложением своих собственных обычаев и своего культового благолепия. В своем письме к царю Александру, митрополиту Николаю, всем архиепископам, епископам и всему освященному собору Иверской церкви патриарх Иов, между прочим, пишет о форме крестного знамения в Москве и рекомендует его грузинам. Это — двуперстие: "молящеся, креститися подобает двема прьсты... съгбение прьсту именует сшествие с небес, а стоящий перст указует вознесение Господне; а три персты равны держати — исповедуем Троицу Нераздельну: то есть истинное крестное знамение". Из этого видно, что Москва жила и мыслила на уровне Стоглава, не предчувствуя потрясений, причиненных ей новшествами патр. Никона.
Время патриархов совпало поначалу со Смутным Временем и выдвинуло их в политической жизни России на первое место. Но как только "земля успокоилась", патриархи снова в духе русской православной церкви, не цепляясь за политику, сошли на роль смиренных царских богомольцев. Церковь, однако, по-прежнему стояла очень близко к делам государственным. Флетчер о данном моменте свидетельствует, что патриарх с митрополитами и епископами систематически по пятницам заседает на Совете у царя. И царь выслушивает мнения патриарха и других духовных лиц раньше мнения бояр. Патр. Иов служил царю Федору с горячей преданностью. Начиная с Карамзина, почти все историки обвиняют Иова в человекоугодничестве. Получив патриарший титул из рук Б. Годунова, Иов был его последовательным приверженцем. Имя Иова поэтому неотделимо связывается с ролью Годунова в загадочном деле внезапной смерти 15.05.1501 г. царевича Димитрия. Официальная летопись гласит, что царевича убили агенты Годунова, а все следствие о деле было годуновской подделкой. Жители города Углича потерпели жестокие наказания, как то: отрезания языка, ссылки в Пелым и т.д. Следователь боярин Василий Щуйский свалил всю вину на жителей Углича, действовавших по наущению бояр Нагих. Царь направил дело на отзыв патр. Иову. Патриарх не произвел никакой ревизии, подо всем подписался: "пред государем-царем Михайлы и Григория Нагих и углицких посадских людей измена явная. Царевичу Димитрию смерть учинилась Божиим судом". Последнее выражение явно дипломатичное. Что касается казней, Иов пишет: "чинить казнь дело государя, а наш долг молить Бога за государя". Проф. Платонов, признающий следственное дело тенденциозным, ни в чем, однако, специфически не обвиняет Иова. Иов просто лояльно следовал за официальной истиной. Наши историки Щербатов и Костомаров считают и дальнейшую роль патр. Иова в выборах на царство Бориса его благодарной расплатой за возведение в патриархи. Но ничего лично своего в угличское дело Иов не внес. Он просто шел за политической акцией боярства, не им выдуманной.
Царь Федор скончался 7-го января 1598 г. Умирая, он завещал царский венец своей супруге, царице Ирине Федоровне (Годуновой). Царскую Думу завещал ведать: патр. Иову, Борису Федоровичу Годунову и боярину Федору Никитичу Захарьину-Юрьину. Но царица, приняв на мгновение корону, ушла от ее бремени и спешно постриглась в монахини под именем Александры. Народу приходилось присягать уже не царице, а Думе. Привели к присяге. Народ не хотел "коллектива", ждал лица царя или царицы. Посему делали вывод, что, если Ирина Федоровна постриглась, пусть царем будет брат ее — Борис Федорович. Дьяк Иван Тимофеевич говорит, что патриарха даже понудили пойти в Новодевичий монастырь просить инокиню Александру, чтобы она благословила брата на царство.
Б. Годунов, как известно, несколько раз отказывался. С его стороны это была демагогическая методичность. Упрямством он вызвал более авторитетный орган его приглашения — Земский Собор 1598 г. В спешке собраны только московские делегаты, но зато 470 человек. На соборе патриарх, отражая общий сговор, заявил: "У меня, Иова-патриарха, и у митрополитов, архиепископов, епископов и всего освященного собора, которые при преставлении царя Федора Ивановича были, мысль и совет у всех один, что нам мимо Бориса Федоровича иного государя никого не искать и не хотеть". На том и порешили. И пошли в Успенский собор петь молебен, чтобы Бог даровал царя. Потом умоляли Бориса. Такая церемония длилась три дня, после чего Борис согласился. Но, предвидя трудности укрепления авторитета своей династии, он потребовал составления особой "Уложенной Грамоты". Она была составлена, подписана патриархом, всей Думой и положена в раку святителя Петра. Написана новая форма присяги со страшными заклятиями. Присягу принесли все в Успенском соборе. Послано было особое послание по всем церквам молиться за царя Бориса. Для коронации, назначенной в сентябре, составлен был новый текст молитв.
Но Борис был "реалистом". Одних церковных гарантий ему было мало. В борьбе за укрепление престола он скоро перешел к гонениям на "врагов", к ссылкам, к террору. Патр. Иов, ставленник Бориса, на фоне общего беспокойства оставался молчалив и лоялен. Тогда раздались упреки: "что, отче святый, новотворимое сие видиши, а молчиши?" Патриарх внутренне страдал, но внешне ни на что не решался. По словам летописца, "день и нощь со слезами непрестанно в молитвах предстоял в церкви и в кельи своей; непрестанно пел молебные пения собором, с плачем и великим рыданием; также и народ с плачем молил, дабы престали от всякого злого дела, паче же от доносов и ябедничества, и бе ему непрестанные слезы и плач непостижимый".
Началась смута...
В 1603 г. явился первый самозванец. Иов, уже старый и больной, твердо встал за Бориса. За подписью Иова были отправлены специально обличительные грамоты. Одна адресована Раде Короны Польской. Здесь Лжедимитрий называется грубым обманщиком, бывшим монахом и диаконом Григорием Отрепьевым. Другая грамота послана к военному главе Речи Посполитой, князю Константину Ивановичу Острожскому, лично знавшему Отрепьева, с просьбой обличить его и арестовать. Но все эти моральные доводы отскакивали, как горох от стены, от Польши. Фатум истории толкал последнюю на решающий поединок с Русью. Кому быть гегемоном славянских народов всей европейской равнины, Руси или Польше? Польша упорно реализовала свою фантастическую ставку на фальшивого царя, с фальшивой же верой (унией). Глубокие социальные брожения, заложенные еще насильственными земельными переделами Грозного, давали повод к народному бунту. На него опиралась полуискренняя вера в Димитрия бунтующего меньшинства. Большинство же примыкало к ним, разжигаясь классовой завистью и местью. Субсидируемый Польшей и руководимый Ватиканом Самозванец в Курских пределах перешел границу. Электрический ток измены быстро передался Москве. На авторитет церкви и патриарха легла ответственная и срочная задача — заливать пожар бунта. Патриарх многократно с амвона уверял толпу в действительности смерти царевича Димитрия и в тождестве нынешнего Лжедмитрия с известным ему "вором", сыном Чудовского дьякона, расстригой Григорием Отрепьевым. Мать царевича Димитрия, инокиня Марфа (последняя жена Грозного, Мария Нагая) вывезена была из Углича в Москву для публичных заявлений с амвона, что подлинный сын ее, царевич Димитрий, действительно убит. В том же духе посылались патриархом прокламации к воеводам, войскам и дворянам по всей России. В январе 1605 г. патриарх дал инструкции всем епархиальным начальникам, как утихомирить опасность бунта. Епархиальные начальники должны были припугнуть народ, что дело идет об отнятии у него Православной веры, что польский король Сигизмунд пользуется Самозванцем для попрания на Руси Православной Церкви и обращения народа в латинскую и в лютеранскую ересь. Предписано через епископов читать об этом во всех церквах, петь молебны о победе царского войска и анафематствовать Самозванца и всех пристающих к нему русских изменников.