В момент смерти м. Павла, 4.XI.1770 г., Киевская митрополичья кафедра вдовствовала. Архим. Зосима желал нормального парадного погребения собором архиереев. А таковых под рукой не было. Зосима послал в Синод запрос, чтобы ему прислали инструкцию о погребении. Запрос пропал на почте. В лавре напрасно ждали ответа и не хоронили. Одновременно с официальным запросом, архим. Зосима послал запрос частный к члену Синода, архиеп. СПБ-му Гавриилу (Петрову). Тот, видя, что обещанная официальная бумага от Лавры в Синод не поступает, сам написал частное письмо Зосиме, советуя совершить погребение без предположенного парада, каковое и состоялось 19 декабря 1770 г. Прошло уже полтора месяца со дня кончины м. Павла, а тело его при закрытии гроба оказалось неразложившимся, что, конечно, стало дополнительным основанием для народного почитания покойного, как святого. Непрерывный ряд чудесных исцелений по молитвам к нему идет с той поры и до попытки перенесения гроба в 1832 г. и после того и переходит в XX век. (См. Прот. Ф. Титов).
Вынужденная всей обстановкой своего воцарения ускоренно провести секуляризацию церковных имуществ, Екатерина осмысливала ее идеологически в духе западной истории, как некий государственный переворот, преувеличивая ее идеологическое содержание и допуская перспективу тяжелой борьбы "двух властей". Одновременная борьба Екатерины с Арсением Мациевичем, как будто подтверждала страхи Екатерины, чем и объяснялась жестокость преследования уже осужденного митр. Ростовского.
По окончании акта секуляризации и по "сочинении новых штатов" синодального управления в 1763 г., Синод обратился с предложением к государыне заполнить его состав старыми и новыми лицами, не могущими возбудить на верхах теперь уже никаких мнимых опасений. Подписали это представление наличные члены Синода: Димитрий, митр. Новгородский, Гавриил, архиеп. СПБ, Лаврентий, архим. Троице-Серг. Лавры и Симон, архим. Кирилловский. Числились еще членами Синода, жившие в своих епархиях: Афанасий еп. Ростовский, Палладий еп. Рязанский и Порфирий Коломенский. Утверждая этот состав, Екатерина приказала относительно присутствующих уже в Синоде членов: "оным быть в присутствии беспременно". А об остальных приписала: "через два года, сменяясь, присутствовать по одному".
Секуляризация прошла при обер-прокуратуре А. С. Козловского, человека незаметного. А Екатерина все еще была во взвинченном настроении, воображая себя ведущей героическую борьбу с церковными "реакционерами". За кулисами правительства было решено, что в такой исторический момент "оком государевым" должен быть не безразличный чиновник, а носитель самоновейшей, антиклерикальной, просветительской идеологии, какового обрели в лице бывшего директора Московского Университета, Ивана Ивановича Мелиссино. Он и был назначен обер-прокурором 10.VI.1765 г. Екатерина при этом решила для закрепления государственного влияния над Синодом подумать о систематической подготовке кандидатов на этот по существу министерский пост. И в этих видах, через два месяца назначила на обер-прокурорский стол особого чиновника, камер-юнкера Григория Александровича Потемкина, ставшего фаворитом императрицы, будущего светлейшего князя Таврического. Это назначение можно считать первым опытом создания будущей должности товарища обер-прокурора. Потемкину предписано постоянное присутствие за обер-прокурорским столом, изучение разбираемого дела и активное участие в составлении Синодом резолюций. Потемкину поручено, при отсутствии и болезни обер-прокурора, являться к государыне с очередными докладами по делам, записывать ее указания и докладывать их Синоду. Таким образом, Екатерина в этих назначениях Мелиссино и Потемкина мыслила себя не только продолжательницей, но и углубительницей Петровского взятия под контроль всего административного аппарата церкви. Как тогда Петр Великий взял под контроль восстановленного им Монастырского Приказа всю экономику церковных земель, так и теперь Екатерина II, окончательно отобрав эти земли, переводила контроль государственной власти с экономики целиком на самую церковную администрацию, уже в ее собственной церковной сфере. Екатерину занимала теперь преимущественно другая забота той же Петровской политики: обуздание мнимо-реакционной тенденции духовенства и направление школьно-просветительной энергии последнего на содействие общему просвещению, с оттенком государственного утилитаризма. Крайние секуляризаторы и обуздатели "религиозного мракобесия" типа Мелиссино, как раз теперь нужны были Екатерине, как углубительнице Петровских реформ.
Мелиссино счел одной из задач своей деятельности: — провести временно отложенную секуляризацию церковных имуществ и в Малой России. Там церковные имущества выросли на несколько иных бытовых и юридических основаниях. В 1766 году Мелиссино вошел в Синод с предложением: "Ее Импер. Величество избавила духовенство от мирской суеты и от того "зазрения", в каком оно находилось, поставленное в необходимость заботиться о мирских делах... Святейший Синод уже на опыте убедился в блаженстве своем под державою православной монархини. Теперь Мелиссино предлагает Синоду: "за долг звания своего принять и просить Е. И. В., чтобы она ту же матернюю свою щедроту излила и на духовный, в Малороссии живущий чин". Дело началось, но проведение его закончилось в 1786 г., и тогда только была, наконец, закрыта устаревшая Коллегия Экономии. После центральной Малороссии та же реформа проведена была во вторую очередь в 1788 г. и в так называемой Слободской Украине: область Курской, Екатеринославской, Харьковской и Воронежской губерний. При Екатерине II и в течение всего XIX века та же реформа без всяких трудностей проводилась ради единства государственной системы и в присоединяемых к России от Польши краях на юго-западе и в Закавказье на юго-востоке. Но здесь и там, по политическим соображениям, государственное вознаграждение в различных формах за отобранные земли было более щедрым, чем в многострадальной центральной России.
Хотя Мелиссино и был поставлен для проведения своего рода радикальных реформ, но Екатерина не ограничила прав Синода на непосредственные сношения его с верховной властью. Еще в начале 1763 г., до назначения Мелиссино, Екатерина дала такой указ о порядке сношений Синода с нею: "Указы наши словесные принимать повелеваем: 1) от членов Св. Синода, 2) от ген. прокурора и 3) об. прокурора синодского; 4) от дежурных ген. адъютантов и 5) от правящего нашим Кабинетом". Так и было в действительности. Синод нередко делал свои доклады императрице непосредственно. Это открывало возможность Синоду бороться с предложениями обер-прокурора в случае, когда они не были просто передачей прямых приказов Верховной власти. Так обстояло дело и со внесенными Мелиссино в Св. Синод его знаменитыми "пунктами". Мелиссино предложил Синоду свои пункты, как проект наказа, который Синод должен был дать своему депутату в знаменитой Комиссии 1767 г. для проекта Нового Уложения. В состав Комиссии приглашались представители и сословий и профессий. Однако, ни духовенство, ни крестьянство, как сословия, не удостоились от либеральной Екатерины приглашения в это представительное собрание. Допущен был в него и от церкви и от духовенства только единственный депутат от правящего Синода наряду с депутатами других государственных учреждений. Это очень характерно для взглядов Екатерины в духе Петра на церковь, как на один из винтиков государственной машины. И для гарантии от всяких неожиданностей, таким депутатом от высшего управления церковью и был назначен строго проверенный митр. Димитрий Сеченов. Мелиссино вошел в Синод с предложением поспешить с составлением Наказа синодскому депутату. Для ускорения дела Мелиссино представил свой проект, но с оговоркой, что члены Синода обязаны (!), в случае отвержения того или другого пункта, представить ему надлежащее объяснение, по каким уважительным причинам они не принимают того или иного пункта. Пункты сформулированы в форме вопросов, но с мотивами и с ясной подсказкой желательных ответов. Вот эти, сами за себя говорящие пункты.