Несмотря на грозные законы, новое духовно-школьное дело не находило сочувствия в самом духовенстве Великороссии. Оно казалось "чужим" делом не потому только, что сдано было практически как бы в монополию малороссиянам, но еще и преподносилось в оболочке латинского еретического языка. Трудно было великороссу преодолеть это инстинктивное оттолкновение от латыни, к которой малороссы уже давно привыкли. Детей духовенства свозили для школьного смотра в епархиальный город, полу-экзаменовали, разбирали по способностям. Но собрать всех не удалось. Их скрывали и родня и чужие. Агенты Монастырского Приказа разыскивали беглецов и привозили как арестантов в кандалах. Иные прикидывались дурачками. Зная этот прием обмана, в свое время проделанный Давидом, чтобы не попасться в руки филистимлян, Духовный Регламент предписывал подвергать этих дезертиров науки годичному испытанию. Само духовенство и монастыри саботировали положенные на содержание духовных школ сборы хлеба. Да и власть, учреждавшая школы, была бессильна снабдить их достаточным количеством учителей. Сам Синод, чувствуя свое бессилие, дозволил, чтобы не провалилось все дело, довольствоваться в новых духовных школах грамматикой, арифметикой и коротеньким катехизисом. Не до латыни, не до греческого языка! При таком почти стихийном пассивном сопротивлении неудивительно, что по смерти Петра Великого целый ряд этих зачаточных семинарий просто захирел и закрылся. На фоне этого инстинктивного бытового саботажа богословской школы великорусским духовенством неудивительно, что в послепетровское безвременье особым школьно-богословским активизмом отличались одни только иерархи-малороссы. Еп. Гавриил (Бужинский) восстановил захиревшую семинарию в Рязани, еп. Гедеон (Вишневский) — в Смоленске. Иркутские епископы — Иннокентий (Кульчицкий — канонизованный) и Иннокентий (Нерунович) открыли школы у себя в далекой Сибири. В Пскове в 1725 г. открыл духовную школу еп. Рафаил (Заборовский). В Харькове еп. Епифаний Тихорский в 1726 г. открыл коллегиум, потом блестяще развившийся.
С воцарением Анны Иоанновны (1730 г.), "диктатором" церковных дел стал Феофан (Прокопович). Он употребил особые усилия, чтобы реализовать максимально свои мечты о духовной школе, изложенные им в Духов. Регламенте. Уже в манифесте о своем воцарении новая императрица указала — во всех епархиях открыть духовные школы согласно с буквой Духов. Регламента. А так как подневольные открытия по всем епархиям ограничились школками очень элементарными, то новый именной указ 1737 г. потребовал, чтобы в них повсюду вводился курс средне-учебных заведений применительно к Дух. Регламенту и делались ежегодные отчеты Синоду. Архиерейские школы преобразовывались в "славяно-латинские семинарии". Примером служила Киевская Академия. А сложившиеся школы "славяно-русские" становились низшими подготовительными к средним, т.е. к семинариям. Так слагался прототип будущих "духовных училищ" XIX века. К концу царствования Анны Иоановны (1740 г.) насчитывалось уже 17 семинарий типа средних школ. Однако, это был лишь "тип" средних школ, но не полнота их предметов и ступеней. Не хватало ни учителей, ни материальных средств. Даже аннинское "кабинетское" правительство, взявшее в свой контроль все хозяйство церковных земель, убедилось на деле, что развернуть полную программу духовных школ, даже только с материальной стороны, архиереям непосильно. В 1738 г. поставлен был впервые вопрос о казенных "штатах" для семинарий. Но "временно и пока" различные ассигновки получили только три "видных" семинарии: СПБ Невская, Новгородская и Казанская. Жестокие аннинские "разборы" уменьшали количество кандидатов для семинарий, навстречу этому шел недостаток самих учителей. Так на деле и получалось, что и набирать в школы учеников приходилось силой и учить их удавалось едва грамматике, не доходя даже до риторики, не говоря уже о философии. Единственно в Харьковском Коллегиуме возвысились до богословия.
При благочестивой императрице Елизавете штатное пособие сохранено только за двумя академиями: киевской и московской. Но и церковная власть, получившая вновь в свое управление старые земельные хозяйства, получила лучшие возможности добывать средства на развитие духовных школ. И действительно, ко времени царствования Петра III и Екатерины II открылось еще 8 новых семинарий, и общее число их доросло до цифры 26 с общим числом учащихся в 6.000. Но многие из них еще не достигли уровня богословских классов. Первое место и по количеству учащихся все еще занимала академия в Киеве. В половине XVIII века там числилось 1.200 учащихся, тогда как в Москве было самое большее 600 и некоторые годы всего 200.
Одновременно, с таким ростом духовных школ происходил и стихийный перелом в существе самого школьного богословия. Кроме заимствования Москвой из Киева господствовавшего там и по форме и по существу латино-римского толкования догматов и морали, уже при Петре Великом к нам переносилась из того же киевского источника и разгоревшаяся там школьная борьба господствовавшего направления римо-католического с протестантским. Ярким представителем последнего меньшинственного направления явился в Великороссии Феофан Прокопович. Не будь он для Петра В. "чаровником" в вопросе церковно-практическом, латино-римское направление всего школьного богословия могло возобладать надолго. Тем более, что бесшкольным московским ревнителям всех рангов, пафос латинствующих киевлян казался роднее, православнее, чем петровская еретическая неметчина, которой веяло от Феофана — друга Петра и аннинских немцев.
Но победа талантливого Феофана и его протестантского направления одержана была им еще на киевской почве, ибо там нашло и свой сочувственный отклик и свое школьное продолжение. Борьба перенесена in flagrante в Москву. И здесь, в более молодом поколении богословов стихийным чутьем, инстинктивно, решилась в сторону предпочтения Феофановской концепции, несмотря на явные ее и для самих учеников "перегибы" в сторону протестантизма.
Старые киевские профессора, Феофилакт (Лопатинский), Иоасаф (Кроковский) шли в философии за Аристотелем, а в богословии за Фомой Аквинским. Новые — избрали себе Баумейстера и новую философию: Декарта, Лейбница, Вольфа. Следуя образцу Феофана, профессора — Сильвестр (Кулябко) и Георгий (Конисский) читали богословие уже под антилатинским руководством протестантов, но все на том же общеевропейском латинском языке. Православное исповедание веры Петра (Могилы) штудировалось по латинскому его тексту. И лишь в 1759 г., по указанию киевского митрополита Арсения (Могилянского), начали текст его зубрить в русифицированном церковно-славянском переложении. Из Киева это новое веяние разлатынивания и обрусения богословской науки еще охотнее принято было в Московской "Академии" ее учителями, выходцами из той же киевщины. Поворот от римо-католической монополии в школе произошел безвозвратный, но он был медленный, пока не подросли и не окрепли новые местные богословы — великорусы.
Со вступлением на престол Екатерины II иерархи-великорусы, готовые принять секуляризацию недвижимой церковной собственности, справедливо рассчитывали получить за свою готовность к этой реформе серьезную компенсацию из казенного бюджета на переустройство, в частности, и духовных школ. Рукой светских секуляризаторов в инструкцию Комиссии о церковных имениях 1762 г. вписана от имени Екатерины II беспощадная характеристика тогдашнего состояния духовных училищ: "Прошло 40 лет со времени появления их, но и по сие время архиерейские семинарии состоят в весьма малом числе достойных и надежных учеников, в худом учреждении для наук и в бедном содержании. Семинаристы нынешние обыкновенно в некоторых местах обучаются латинскому и греческому языкам от неискусных учителей, не знают иных учений, как только самые первые и школьные основания латинского языка: не обучаются ни наук философских и нравоучительных, не знают истории церковной, ни гражданской, ниже положение круга земного и мест, на которых в рассуждении других народов живут. Набираются они в семинарии от отцов и матерей, большей частью неволею и содержатся без разбора".
Эта мрачная характеристика служила предисловием к последовавшему затем поручению особой комиссии при св. Синоде составить план преобразования духовных школ. Комиссию составили люди новой иерархической смены, из великороссов: Тверской епископ Гавриил (Петров), Псковский Иннокентий (Нечаев) и иеромонах Платон (Левшин). Комиссия, по-видимому, настроена была "великодержавно". Московскую Академию предположено освободить от сред нешкольных классов, свести только к высшему курсу дисциплин богословских и назвать Духовным Университетом. Киевскую оставить в прежнем виде. А средние школы-семинарии разделить на два разряда, на старшие семинарии — в СПБ, Новгороде, Ярославле и Казани, и на младшие семинарии во всех других епархиях. Последние и мыслились, как заурядные школы для приготовления заурядного приходского иерейства. Но так, как и младшие семинарии посвящались дисциплинам церковным и общеобразовательным средне школьного уровня, то для прохождения начальной грамотности и в этом случае уже не только детьми Духовного сословия, но и всех других, предположено в каждой епархии, при 3-х-4-х монастырях, завести школы низшие, начальные с претенциозным названием "гимназий". Эти младшие школы уже мыслились не замкнуто сословными, а открытыми для всех и обслуживающими общегосударственные задачи народного просвещения вообще. Эта идея обслуживания просвещения народа вообще проводится в проекте и еще глубже, до конца. Ради систематического и всеохватывающего, просветительного влияния церкви на народную душу, в этот проект внесен тот замысел, который в конце XIX и начале XX вв. дал основание для политической борьбы против школ церковно-приходских и за монополию школ земских. Здесь наши екатерининские иерархи-великороссы проявили чуткость и прозорливость, опасаясь невыгодных последствий для христианизации души народной и петровского и екатерининского знамени "просвещенства". Они осознали, что низшая общенародная школа не должна уйти совсем в светские руки. Поэтому наши иерархи-великороссы спроектировали — приблизить начальную школу к деревенским низам народа, но материальные затраты на это, помимо труда учительства, целиком взять на средства церковные. Устроить эти народные школы предположили при благочиниях под ближайшим надзором благочинных. А высший надзор за всем школьным делом поручить одному из членов Синода. В изложенном проекте екатерининское правительство (в отличие от новой эпохи Александра III и Николая II) не усмотрело ничего себе враждебного, даже обрадовалось этому усердию духовенства — жертвенно посодействовать народному просвещению и поручило заново пересмотреть этот проект специально низших церковно-приходских школ.