Но, как многие широковещательные замыслы Екатерины II, весь описанный проект не был принят правительством к осуществлению. Однако "заряд" его не пропал даром. Иерархи-москвичи, лишенные теперь помещичьего землевладения, тем усерднее добивались штатных окладов на духовные школы и их увеличений по мере их внутреннего роста и их количественного размножения. Первые после отобрания церковных поместий штаты на школы из казны 1763 г. сводились к 40.000 р. в год. В 1784 г. они были возвышены до 77.500 р. На семинарию в год приходилось 2.000 р. Учителя получали по 150 р. в год. Подвижников такого учительского оклада было немного. Да и этим труженикам заведенная нищенская система учительства не давала возможности усилить свою специализацию в науках. Один преподаватель, а самое большее — два-три, вели свой класс через все ступени школы. Переходя в высший класс, они брались преподавать уже новые дисциплины в этом классе и т.д. Школы ниже семинарий, названные при Екатерине II "уездными" училищами, совсем не обеспечивались казной. Их по-прежнему архиереи и духовенство ухищрялись содержать своими домашними средствами. Одного программного уровня преподавания при этом не могло быть. Не было ни одинаковых денежных средств, ни одинакового нужного учительского персонала. В одних семинариях школьный курс исполнялся в 8 лет, в других в 13 (!). Как бы то ни было, теперь везде уже преподавалось и богословие. И вот еще результат новых педагогических веяний, великорусский "модернизм": отрыв от латыни в философии и богословии, преподавание их на своем русском языке. Курс богословия Платона (Левшина), написанный на русском языке, стал учебником богословия. Дисциплина и система наказаний модернизованы, основываясь на "благородном честолюбии" учеников.
Московская Академия и Троицкая семинария стараниями Платона (Левшина), учителя, префекта, ректора и высокого руководителя, подняты выше уровня консервативно-провинциальной Киевской Академии. В 1788 г. СПБ семинария по плану митр. Гавриила (Петрова) была тоже повышена в полноте преподаваемых дисциплин в параллель новооткрытой Учительской Семинарии. Своей задачей СПБ Главная Семинария ставила систематическую подготовку учителей для обычных семинарий. И потому митр. Гавриил испросил у Синода право для его семинарии ежегодно вызывать из всех провинциальных семинарий одного-двух способных учеников. В порядке именно этого вызова из Владимиро-Суздальской семинарии, в силу данного установления в СПБ Александро-Невской Главной Семинарии, и появился в качестве способного студента, блестящего преподавателя, а затем и статс-секретаря и графа знаменитый М. М. Сперанский.
Павел I Петрович, сын Екатерины II и Петра III, унаследовал царский трон по традиционному неписанному закону прежних московских царей. Отменив этот твердый закон, Петр I почти "узаконил" ряд дворцовых переворотов XVIII века. Дочерью такого переворота и была мать Павла I. Екатерина II несомненно любила сына в детстве, мечтала воспитать в нем некоего "гения" на троне. На этой почве она "открыла" и вознесла митр. Платона. Но человеческие чувства неподвластны простой логике. С течением времени она стала видеть в Павле знамя переворота против себя, отдалила его от всякого знакомства с государственными делами, создала ему замаскированную тюрьму в Гатчинском дворце и оскорбительную атмосферу пренебрежения со стороны фаворитов, окружавших ее трон. Эта большая не только семейная, но и высоко-политическая драма, была одной из причин длительного нервничания его законоучителя митр. Платона. Человек прямого склада души, готовый целиком служить законной власти, Платон терялся и прямо ужасался этой политической трагедии. И он был прав в своих предчувствиях. Платон очень рано, еще в свой Тверской период (с 1770 г.) и особенно после гибели (1771 г.) архиеп. Амвросия Зертис-Каменского и Пугачевского восстания (1773-1774 г.), начал остро бояться роли хотя бы только и синодального возглавителя церкви и связанной с этим государственной ответственности. И стал еще во цвете лет помышлять — воспользоваться архиерейской привилегией ухода "на покой". Узнав о подаче Платоном такого прошения Екатерине, Павел Петрович в солидарности с своей супругой Марией Федоровной (и она, еще как София-Доротея Вюртембергская, была тоже ученицей Платона), написал ему очень дружеское письмо: "...Сие намерение оставить место свое не только меня удивило, но и опечалило, как любящего свое отечество и друга Вашего... Не знаю, преуспею ли в моем предприятии — отвратить Вас от Вашего намерения, но иного во мне быть не может, как сообразного Вашему добру, ибо Вас люблю и есть Ваш верный друг". И дальше все время Павел Петрович ценит и укрепляет свою дружбу к своему законоучителю. Вот его письмо от 1777 г.: "Сообщу Вам хорошую весть. Услышал Господь в день печали, послал помощь от святого и от Сиона заступил. Я имею большую надежду о беременности жены моей. Зная Ваши сантименты ко мне и патриотические Ваши расположения, сообщаю Вам сие, дабы Вы вместе со мной порадовались. Продолжайте не сомневаться о дружбе моей к Вам и будьте уверены, что я есть и буду Ваш верный Павел". Через несколько месяцев рождается Александр Павлович. Павел снова пишет Платону: "Поделите со мной радость мою Вы, участвующий во всем том, что меня касаться может, Вы, знающий чувства мои и притом расположение мое к отечеству моему".
С какими мыслями митр. Платон пережил кончину Екатерины II и воцарение 42-летнего, но "несовершеннолетнего" по отсутствию государственного опыта, Павла I, это тайна его сердца. Но Платону известна была искренняя религиозность Павла, и он мог вдохновляться некоторыми надеждами на лучшее для церкви.
При коронации Павла, последний был в полном военном параде со шпагой. Но когда Павел, уже миропомазанный, хотел в конце литургии войти чрез открытые царские врата в алтарь для причащения, Платон повелительно остановил его словами: "Здесь приносится бескровная жертва. Отыми, благочестивый Государь, меч от бедра твоего". И Павел покорно сдал оружие.
Напрасно Платон ожидал от своего царствующего воспитанника особо благоприятных перемен в смысле расширения свободы архиерейского хозяйствования. Отнятие ее было исторически безвозвратно. Но группа епископов-великороссов, принявшая принцип секуляризации, психологически с трудом подавляла в себе свойственные по преимуществу им, как великороссам, хозяйственные инстинкты. Их раздражал мелочный контроль в этом деле, в настойчивой и перманентной форме исходивший от обер-прокурорского стола в Синоде. В цитированном уже письме к митр. Амвросию Казанскому митр. Платон воздыхает: "какое нам дело до них и им до нас? И с чего взяли, чтобы мы подчинялись им даже в этом?". Восклицания сентиментальные, но не трезвые. При раз принятом союзе церкви и государства у каждой стороны всегда "есть дело до другой".
Еще в конце Екатерининского правления 26.VII. 1791 г. обер-прокурор Наумов был по прошению уволен в отставку и на его место назначен более активный и близкий ко Двору гр. Мусин-Пушкин. Он взял в свои руки всю синодскую канцелярию, весь ее персонал и все дела и на расширение всего аппарата потребовал дополнительных ассигновок из общей сметы Синода. Личная близость к императрице освободила Мусина-Пушкина даже от временного контроля по экономическим делам со стороны Сената, что было установлено временно, после злоупотреблений Чебышева. Но Мусин-Пушкин сам был человек церковный и потому не препятствовал членам Синода делать личные доклады Екатерине и получать от нее непосредственно указы.
С воцарением Павла I (1796 г.), эта приближенность к трону синодских иерархов закрепилась еще более. Особенно потому еще, что переведенный по смерти митр. Гавриила (1794 г.) на СПБ-ю митрополию из Казани Амвросий (Подобедов) снискал особое благорасположение у Павла. После передвижения (1797 г.) Мусина-Пушкина в Сенат, в Синод обер-прокурором назначен кн. В. А. Хованский. Он завел небывало строгие бюрократические порядки. Для регулярных еженедельных докладов императору о ходе синодских дел, новый обер-прокурор приказал обер-секретарю после каждого заседания Синода делать ему письменный доклад о делах и резолюциях по ним, о присутствовавших членах Синода, даже с отметкой времени входа и ухода каждого члена Синода.
Кн. Хованский не ограничился строгостью формального контроля синодских дел только в двух столицах. Епархиальное делопроизводство было, как бы в удельных княжествах, совершенно закрыто от контроля центра и обер-прокурорского, в частности. Хованский рассуждал последовательно. Если учрежден надзор "ока Государева" в голове, то почему же его нет во всем организме? Он по собственной инициативе предписал секретарям консисторий ежемесячно рапортовать ему о делах решенных и остающихся еще не решенными. Усматривая из этих докладов беспорядки, Хованский побуждал Синод делать выговоры и исправления. В 1798 г. Хованский предложил Синоду пресечь самовольные поездки провинциального духовенства в СПБ для жалоб. Эти самовольные жалобщики, как известно, сгубили Тобольского митрополита Павла (Конюскевича). Синод охотно постановил, чтобы без специального паспорта от своего епархиального владыки никто не являлся в СПБ, но что таковой жалобщик будет караться отсылкой в военную службу. Когда "беспокойный" об.-прокурор Хованский поднял протест против распределения некоторых остаточных сумм между и синодскими и епархиальными архиереями, то синодалы через митр. Амвросия пожаловались импер. Павлу. Жалоба была не только уважена, но государь даже предоставил почитаемому им митр. Амвросию вместе с другими членами Синода самим избрать угодного им кандидата на должность обер-прокурора и представить на Высочайшее утверждение. Этой милостью Павел I засвидетельствовал полное непонимание контролирующей сущности этой должности. Для приличия Синод представил трех кандидатов, но явно желал первого из них, графа Дм. Ив. Хвостова. Он и был утвержден 10.V.1799 г. Хвостов добровольно передал в руки митр. Амвросия всю полноту церковного управления, подписывая минимум бумаг лишь номинально. На целых три года должность обер-прокурора Синода обратилась в небытие. И церковная, и государственная стороны проявили тут явное непонимание сущности этой должности. И это было как раз накануне возвышения власти обер-прокурора с 21.Х. 1803 г. в лице кн. А. Н. Голицына на небывалую высоту над всей иерархией.