При бракосочетании в соборе был и духовник Марины иезуит Савицкий, а иезуит Черниховский сказал ей речь по-латыни. Этот новый диссонанс был одним из символов ложного компромисса с Римом. Рим был очень доволен. Но на этом "нажиме" на Православие и Самозванец и поляки сломали себе шею.
Самозванец не оправдал надежд бояр, желавших через него устроиться по-польски: с олигархическими свободами, с перевыборами царей. Лжедимитрий, наоборот, мечтал об абсолютизме, хотел короноваться "императором". Пугал Лжедимитрий и склонностью ввести веротерпимость, т.е. равноправие вер. Хотел устроить в Москве университет с латинским языком и чужестранными учеными. Арсений Элассонский говорит о возмущении русских нарушением уставности. Маринины фрейлины в Успенском соборе целовали иконы в уста (для русских это было дерзко), сидели в церкви. Сама Марина часто уходила в придел св. Димитрия Солунского, чтобы посидеть. Марина выходила в польском, а не русском платье. Все это было хорошим демагогическим материалом для боярской партии, не получившей от Самозванца желанных выгод и, вероятно, страдавшей и патриотически. Решились на заговор. Пустили в народ слухи; Арсений Эл. пишет, что "бояре и весь синклит устроили совет и решили избавиться от царя". Post factum боярская версия гласила, будто не они готовили заговор, а Лжедимитрий. Будто он 16.05.1606 г. при князе Константине Вишневецком и секретаре Бучинском и брате последнего развивал свой план об укреплении своей власти и распространении римских костелов. Якобы, на воскресенье 18.05 назначался военный парад за городом на поле. Все поляки и литовцы должны были явиться туда при оружии. А бояре и дворяне русские приведены были бы Лжедимитрием безоружными. По сигналу поляки должны были перебить весь русский правящий класс. Остальных уже легче было бы принудить к присяге принять латинство.
17.05, накануне, бояре с кн. Василием Шуйским во главе подняли превентивное восстание. Самозванец был убит. Его голый труп волочили по улицам, и четыре дня он валялся на площадях на издевательство толпе, после чего был сожжен за Москвой. Народ избивал иностранных оккупантов Кремля. Были убиты три кардинала, четыре ксендза, 26 "немецких" учителей и много поляков. Трудно было остановить погромщиков. Марину захватчики пощадили. И, по словам Арсения Элассонского, как Елена для Трои, так и она для России стала потом источником многих бедствий.
На другой же день, 18-го мая, в воскресенье, без всякого суда и следствия (так говорит Арсений Эл.) был свергнут патр. Игнатий и оставлен в заточении тут же в Чудовом монастыре теми же епископами, которые приняли его из рук Самозванца. Несколько позднее, в 1620 г. патр. Филарет пред собором подводил такой итог патриаршеству Игнатия: "Патр. Игнатий, угождая еретикам латинской веры, в церковь соборную Пресвятой Владычицы нашея Богородицы введе еретическия папежския веры Маринку, святым же крещением совершенным христианского закона не крестил, но токмо единем св. миром помаза и потом венчал ю с тем росстригою и обоим сим врагом Божиим, росстриге и Маринке, подаде Пречистое Тело Христово и Св. Кровь Христову пити[4]. Его же Игнатия за таковую вину священноначальницы великие св. церкве российские, яко презревшего правила св. апостол и св. отец, от престола и от святительства, по правилам святым, изринуша". В одном хронографе XVII в. читаем: "повелением государя Василия Ивановича и советом всего священного собора Игнатия патриарха, его же без священных рукоположений возведе на престол расстрига, сего в Чудов монастырь послаша под начало, яко да совершенно навыкнет благочестия веры". Игнатий просидел в Чудовом целых 5 смутных лет, пока в 1611 г. ему не пришлось, как увидим, вновь на краткий срок быть возведенным на патриаршество при царевиче Владиславе.
Деятели переворота возвели на царство своего вождя, князя Василия Ивановича Шуйского, как гласит манифест, "по церкви Божией и по православной вере поборителя". Те же русские архиереи, которые венчали Самозванца, теперь, надо думать, с радостью участвовали в избрании и утверждении на царстве своего православного князя на третий день восстания. В воскресенье 25.05 уже была в Успенском соборе коронация царя Василия старшим митрополитом Новгородским Исидором. Царь Василий немедленно послал в Старицу сосланному патр. Иову с предложением вернуться на патриаршество. Но тот по слепоте и старости отказался. Будто бы при этом указал на кандидатуру Ермогена, митрополита Казанского.
Еще до избрания нового патриарха царь Василий предпринял церковное действие — перенесение мощей царевича Димитрия из Углича в Москву, чтобы прогнать призрак самозванщины. За мощами послали митрополита Ростовского Филарета (Никитича, родственника царевича) и "исповедника" Астраханского архиепископа Феодосия, сидевшего при Самозванце под арестом. Мощи были найдены нетленными, последовал ряд чудесных исцелений, которые с радостью свидетельствовались и записывались. 3.06 мощи привезены были уже к Москве. Устроено великое торжество их встречи и явления народу. Сам царь, царица, настоящая мать святого, инокиня Марфа, освободившаяся от лживой роли при Самозванце, иерархи и многочисленный народ встретили мощи за Москвой. Сначала осматривали их царь и иерархи, а затем открыли народу, положив их в Архангельском соборе среди других царских гробниц, где они остаются и до сих пор.
В Архангельском соборе инокиня Марфа принесла перед мощами всенародное покаяние, называла себя виноватой пред царем, собором, всем народом и более всего — пред своим сыном, что будто бы из-за смертельного страха признала Самозванца и долго терпела, не объявляя этого обмана. Теперь же просила отпустить ей этот тяжкий грех и не проклинать ее. И царь торжественно объявил ей прощение "ради святых мощей сына-страстотерпца" и просил святителей молиться за Марфу, чтобы и Бог ей простил. При мощах произошло много чудесных исцелений. За два дня записано 25 исцелений. Собор оформил канонизацию, признал царевича Димитрия новоявленным угодником. Царь Василий об этом издал особый манифест.
В конце июня был уже избран новый патриарх, Ермоген Казанский, как герой, потерпевший гонение от Самозванца. 3.06.1606 г. Ермоген был поставлен по полному русскому чину с хиротонией и церемонией хождения на осляти. Он был уже стариком. Родился около 1530 г. Со слов С.М. Соловьева П.И. Бартенев утверждает, что Ермоген был из рода князей Голицыных, назывался Ермолаем. Московская церковь на Садовом Кольце в честь Св. Ермолая с красивыми золотыми маковками (большевиками уничтоженная) была строением князей Голицыных, памятником почитания их родича Ермолая. Ермолай был сыном князя Юрия Михайловича Голицына. Митрополит Макарий держится другого мнения о происхождении патр. Ермогена — из донских казаков. Ссылаются на заявления поляка Гонсевского, бывшего в Москве в 1610-1611 годах. Ему говорили, что Ермоген был "в казаках донских, а после попом в Казани". Историк Платонов, во всяком случае, отрицает родство патриарха с Голицыными. Этого не знают наши генеалоги, кн. Н.Н. Голицын и Н.П. Лихачев. Ошибается и Н.Г. Устрялов, утверждая по неверному переводу с польского родство Ермогена с царем В. Шуйским. (Платонов, Соч. т. I СПБ, 1912 г., стр. 211-14). Родство Ермогена с кругом посадских людей и умалчивание о его фамилии говорят скорее о его простонародном происхождении. В юности уже Ермолай живет в Казанском Спасо-Преображенском монастыре под началом св. Варсонофия, житие которого он и написал. В 1579 г. Ермолай рукоположен в приходские священники при Никольской церкви Гостиного Двора. В ту пору произошло явление Казанской Иконы Божией Матери. Ермолай первый удостоился взять икону от земли и перенести в кафедральный собор Спасо-Преображенского монастыря. Он же написал и сказание об ее явлении и чудесах. В 1583 г. Ермолай овдовел, постригся и с именем Ермогена стал игуменом Спасо-Преображенского монастыря. На соборе 1589 г., избравшем первого патриарха, Иова, игумен Ермоген был поставлен первым митрополитом Казанским.
Он деятельно насаждал православие среди татар и язычников. Жаловался царю Федору на небрежность властей. В результате царским указом 1593 г. была произведена точная перепись населения. Все крещеные поселены были в отдельных слободах, с обязательным посещением церкви и наказаниями при отпадение от христианства. В 1592 году Ермоген перенес из Москвы в Свияжск мощи Казанского Святителя Германа. В том же году он исхлопотал у патр. Иова установление в казанском крае местного празднования поминальной субботы после Покрова Богородицы для молитв за всех воинов, павших под Казанью, и всех местных мучеников за христианскую веру. В 1595 г. Ермоген открыл мощи святителей Гурия и Варсонофия.
За пределами Москвы признание Василия Ив. Шуйского царем было слабо распространено. Пущенному слуху, что Димитрий не убит, а бежал из Москвы, — верили. Велик был ореол Ивана Грозного, как друга простого народа. Хотели видеть в Самозванце сына "народного царя". Кн. Григорий Шаховский, любимец Лжедимитрия, посланный царем Шуйским на воеводство в пограничный Путивль, оказался предателем. Предусмотрительно похитив в Москве государственную печать, он поднял восстание. Чернигов, Стародуб, Новгород-Северский, Белгород и др. южные города отложились от Москвы. Царь и патриарх послали на юг для увещаний Крутицкого митрополита Пафнутия. Его миссия была безуспешна. Началось демагогическое движение под водительством Ивана Болотникова.
Князь Гр. Шаховский рассылал указы от имени ц. Дмитрия, от которого он, якобы, при личном свидании в Польше и получил свое воеводство. Повстанцам легко сдавались один за другим города: Орел, Мценск, Тула, Калуга, Рязань, Дорогобуж. Тверь сопротивлялась, вдохновляемая своим архиепископом Феоктистом, позднее замученным бунтовщиками. Болотников скоро появился под самой Москвой в селе Коломенском.