Патриарх Ермоген начал (30.11.1606 г.) рассылать по России свои миротворные грамоты, убеждая в них верить не сказкам, а действительным фактам; описаны обстоятельства гибели Лжедимитрия, открытие мощей подлинного царевича Димитрия и чудеса от них, воцарение В. Шуйского, "царя благочестивого и поборателя о православной вере". А вот нашлись изменники, стоящие уже в Коломенском под Москвой. Предписывалось, чтобы духовенство многократно прочитывало темному народу эти грамоты и пело молебны о здравии и спасении Богом венчанного Государя, а не слушало воров и разбойников. Лишь постепенно служилые и торговые люди осознали гибельность призваний Болотникова, и начали снова переходить в стан царя Василия. Посланному царем молодому воеводе, кн. Михаилу Скопин Шуйскому удалось разбить фронт Болотникова. Болотников бежал в Калугу. Казанский митрополит Ефрем наложил на взбунтовавшихся жителей Свияжска богослужебный интердикт. Подействовало. Смирились. Ефрем исхлопотал царское прощение. Патриарх от лица собора послал благословение Ефрему, как доблестному пастырю.
Но положение царя Шуйского все равно было непрочно. Средние и низшие слои населения (т.е. в сущности весь народ, кроме боярского меньшинства) тянулись к имени Димитрия, сына Грозного, как к символу "народолюбца", выведшего через опричнину мелких "людишек" в служилый землевладельческий класс. Начавшееся социальное брожение еще не нашло своего удовлетворения. Надо было усиленно доказывать, что Димитрия на свете нет. Правительство распространяло литературу с доказательствами, что Самозванец подлинно убит и что им был именно Гришка Отрепьев, расстрига, а что истинный царевич убит по проискам жестокого царя Бориса. Но в свое время против последней версии высказывался патр. Иов — почитатель своего благодетеля, царя Бориса. Теперь же было решено для спасения государственного порядка убедить Иова "открыть правду" и признать, что смерть Димитрию приключилась не "Божиим изволением", а умыслом Бориса, что Димитрий — истинный мученик, что и являют творимые им чудеса. Ради спасения от ужасов гражданской воины, жертвой которой уже раз стал патриарх Иов, он согласился теперь признать всенародно свой грех (по примеру инокини Марфы) и призвать к покаянию все классы населения в совершенных ими грехах клятвопреступлений. Вот почему царь по совету с патр. Ермогеном вызывает из монастырского затвора патр. Иова, чтобы тот дал народу прощение за все совершенные измены, после строгого всенародного поста.
Обряд состоялся 20.02.1607 г. в Успенском соборе при сослужении двух патриархов. После молебна, совершенного Ермогеном, представители мирян подали в руки патриарху Иову покаянную челобитную. Перечисляли в ней ряд своих измен и клятвопреступлений. Просили, чтобы патриархи простили измены и им, и всем другим русским людям, неживущим в Москве или уже скончавшимся. Патриархи повелели архидиакону Олимпию прочитать громко и эту челобитную, и разрешительную в ответ на нее грамоту патр. Иова, бывшего участника событий времени царя Бориса. В этой разрешительной грамоте патр. Иов утверждает, что подлинный царевич Димитрий убит в Угличе. Тогда он, патриарх, заклинал народ быть верным царю Борису, а теперь он от этих своих клятв разрешает народ и сам просит у народа за них прощения. Москвичи плакали и целовали десницу Иова.
Но... события Смуты развивались по своей внутренней диалектике. 15.000 царского войска перешло под Калугой к Болотникову. Патр. Ермоген тогда подверг Болотникова церковному проклятию вместе с его главными соучастниками. Пока действовал только миф именем Димитрия. Скоро отыскался в Литве живой претендент. 1-го августа 1607 г. новый Лжедимитрий объявился в Стародубе, окруженный польскими войсками под командой генералов Лисовского и Сапеги. Им подчинялись запорожские и донские казаки и много другого бродячего люда. Через год уже вся южная и средняя Россия была захвачена "Вором". 1-го июня 1608 г. Вор утвердил свою ставку в 12 верстах от самой Москвы, в Тушине. Польша и Ватикан из последовательности вновь поставили ставку на этого Тушинского Вора. Марина и его признала своим мужем. Ее духовник иезуит для успокоения совести, повенчал ее тайно с новым Самозванцем. Гордая панна падала все ниже со ступеньки на ступеньку. Вместе с ней падали и латинские интриги. Сохранилась подлинная инструкция агентам этой интриги при дворе Вора. (См. Ист. Соловьева и Hist. Russ. Monum. II, 81 и 85). Предписывалось:
1. протестантам и врагам унии закрыть доступ в государство,
2. греческих монахов изгнать,
3. осторожно начинать сговоры об унии, ничего не разглашая и ведя переписку с Римом тайно, подбирать служилых людей и духовенство с расчетом на их способность к унии,
4. представлять связь с греками, как рабство, а унию — как свободу со всякими льготами,
5. устроить семинарии, взяв из заграницы преподавателей светских, а в Вильну, или лучше в Рим, отправлять наиболее способных учеников, и для общего образования приглашать молодых русских в Польшу в иезуитские учебные заведения,
6. зазывать москвичей присутствовать при польском богослужении,
7. хорошо бы в штате царицы содержать священников униатов для собеседований с русскими и для богослужений по русскому обряду.
Таким образом, и второй Самозванец, как и первый, должен был изворачиваться под этим иезуитским прессом.
Из Тушина посылались отряды и посольства по России с политическими призывами. Духовенство противилось новой измене, и многие пострадали за это. Кирилло-Белозерский монастырь рассылал грамоты о лояльности царю Василию. Псковский епископ Геннадий, наблюдая измену, "умер от горести". Суздальский епископ Галактион изгнан тушинцами и умер в изгнании. Коломенского епископа Иосифа войска Лисовского захватили в плен, влачили за собой, мучили, пытали, привязывали его к жерлу пушки и грозя выстрелить. Но московскому войску удалось отбить его и вернуть в Москву. Яркого противника измены, Тверского архиепископа Феоктиста, тушинцы захватили и привезли в Тушино. Здесь его мучили и убили, якобы, при попытке бегства. Тело его было найдено израненным и изъеденным зверями. 11 октября 1608 г. отряды Сапеги подступили к Ростову. Жители Ростова бежали в Ярославль, но митр. Филарет (Никитич, Романов-Захарьин-Юрьин), уже вынесший тяжесть лжи при первом Самозванце, почувствовал в себе моральную потребность героически противиться второй, более явной лжи. Он вместе с верными жителями Ростова заперся в соборной церкви. Люди исповедались, причастились и решили пострадать за веру от бунтовщиков. Поляки взяли город, начали резню, захватили собор. Филарета, раздев, босого, в одной рубашке увезли в тушинский плен, где ему пришлось пережить второе искушение, чтобы ценой приспособления возвратиться к жизни и власти.
Филарет был по складу своему чисто светским государственным человеком, гонимым со всем своим родом Борисом Годуновым. Вполне понятно, что он свое освобождение из Соловецкого заключения Лжедимитрием I принял с радостью. Видимость политического переворота была феерической. Лжедимитрий I признан был всей боярской Москвой, иерархией и народом. Назначение Филарета митрополитом в Ростов было по форме соборным, каноничным и регулярным иерархическим актом. Теперь, при втором Самозванце положение резко изменилось. Ни у одного государственного человека не было сомнения в подложности Лжедимитрия II. Его именем только вели политическую игру. Взятый в плен Филарет на этот грубый компромисс сдался наряду с другими и, можно думать, не без сознательного сговора и умысла. И в конце концов он вышел из этих тисков на доблестную патриотическую дорогу. Но в Тушине его заставили именоваться "нареченным патриархом", что было совсем неканонично при живом патриархе Ермогене. Известна грамота митр. Филарета, как "нареченного патриарха", в область Суздальскую, которая была неподвластна ему, как Ростовскому митрополиту. Разумный благонамеренный компромисс и внутреннее патриотическое настроение в то время в силу необходимости переплетались. Не избежали этих компромиссов и Троице-Сергиева Лавра, и ее деятельный келарь Авраамий (в мире служилый человек Аверкий Иванович Палицын). Им приходилось иметь дело с властями, зависевшими не от легального московского правительства, а от Тушинского Вора или от казаков вступивших с ним в авантюру. Казаки господствовали в подмосковной области, где само Тушино экономически принадлежало к имениям Лавры. Но в решающую минуту Лавра явила себя мучеником и героем православного русского царства. 23-го сентября 1608 г. осадили ее поляки, а 12-го января 1610 г. отошли. 16 месяцев держали ее в осаде, но взять не смогли. У поляков было около 15.000 войска (сообщение Авраамия Палицына о 30.000 преувеличено), а у осажденных менее 2.400 человек. Из них к последнему штурму 31-го июля 1609 г. осталось в живых менее 200 человек. И все-таки штурм был отбит. Дух осажденных, поддерживаемый многократными видениями во сне и наяву преподобных Сергия и Никона, был неизмеримо выше развратного и грабительского духа банд Сапеги и Лисовского. В конце концов банды бежали от наступавшей с севера армии кн. Михаила Васильевича Скопин-Шуйского.
Идейный смысл героического противостояния Лавры врагу был с самого начала выражен в соборном ответе соборных властей Лавры на предложение врагов о сдаче. Собор Лавры писал: "Да весть ваше темное державство, гордии начальницы, Сапега и Лисовский и прочая ваша дружина, — вскую нас прельщаете, Христово стадо православных христиан,... како вечную оставити нам святую истинную свою православную христианскую веру греческаго закона и покоритися новым отпадшим христианския веры, иже прокляты быша от четырех вселенских патриарх? Или кое приобретение и почесть еже оставити нам своего православнаго государя царя, покоритися ложному врагу и вам — латыне иноверным и быти нам яко жидом или горше сих. Они бо — жидове, не познавше Господа своего, распяша; нам же, знающим своего православнаго государя, под их же царскою христианскою властию от прародителей наших родихомся в винограде истиннаго пастыря Христа, како оставити нам повелеваете христианскаго царя и ложною ласкою и тщетною лестию и суетным богатством прельстити нас хощете? Но ни всего мира не хощем богатства противу своего крестнаго целования". Тут в наивных и не вполне грамотных формах выразился высокий, духовно-аристократический тон православно-национального самосознания, до которого часто далеко было грубым народным низам, увлекаемым ворами, приманками грабежа. Троицкая Лавра своим доблестным стоянием стала светочем и примером для народа, опомнившегося от хмеля самозванчества и начавшего стекаться в земские ополчения для освобождения своей земли от иноземцев.