В это время (начало 1610 г.) безнадежно заколебался трон царя Василия. Способный и популярный воевода кн. Михаил Васильевич Скопин-Шуйский в апреле внезапно умер. Молва обвинила царя Василия. А брат царя, бездарный Дмитрий Шуйский повел москвичей на освобождение Смоленска и в июне 1610 г. под Клушиным был разбит польским гетманом Жолкевским. Жолкевский стал забирать русские города и приводил население к присяге Владиславу, согласно состоявшемуся договору. Поляки подошли к Можайску (около 100 км. от Москвы), а окрылившийся вор из Калуги быстро подскочил к самой Москве и встал в селе Коломенском. Москвичи, подстрекаемые воровскими людьми из Коломенского под предводительством Захара Ляпунова, явились во Дворец Шуйского и потребовали его ухода для прекращения междоусобной войны; якобы, теперь именно из-за Шуйского "кровь льется, земля опустела, люди в погибель приходят". Народное сборище с Красной площади ушло на Девичье поле. Туда прибыл и патр. Ермоген. Напрасно он убеждал толпу, что "за измену Бог накажет Россию". Решено "ссадить царя". Шуйский уехал из Кремля в свой частный дом. Но восставшие москвичи, боясь интриг Шуйского, его насильно постригли в монахи. Князь Тюфякин при полном молчании Шуйского, а по временам и при открытых протестах произносил вместо него монашеские обеты. Поэтому патр. Ермоген и продолжал считать Шуйского царем, а монахом считал Тюфякина.
Когда низвергли Шуйского (июль 1610 г.), польские войска стояли под Можайском под командой гетмана Жолкевского. 31-го июля от него пришел ультиматум Москве — принять, наконец, Владислава во исполнение договора, заключенного не москвичами, а тушинцами под Смоленском, где в договоре принимал участие и Филарет, сидящий ныне в Москве. Бояре во главе с кн. Мстиславским были согласны. Но патр. Ермоген возражал. Он был возглавителем нового течения, которое переводило Смуту в надежное государственное русло. Новое предложение, высказанное устами патриарха, состояло в том, что в цари предлагался кандидат из своей династии. Никто иной, как сын митр. Филарета Михаил Федорович Романов, 14-летний "Миша", по женской линии, по царице Анастасии, жене Грозного, прямой потомок династии Рюриковичей. Теперь уже и сам Филарет в речи с Лобного места увещевает москвичей: "Не прельщайтесь, мне самому подлинно известно королевское злое умышление над московским государством: хочет он с сыном им завладеть и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить". Но теоремы и слова — одно, а сила вещей — другое. Бояре (и, может быть, правильно) не чувствовали у Москвы еще никакой военной силы, чтобы оказать сопротивление Жолкевскому и защитить свою, казалось в тот миг, слишком прямолинейную патриотическую программу. И Филарет с Ермогеном уступили. Патриарх так формулировал свой компромисс: "если королевич крестится и будет в Православной вере, то я вас благословляю; если не оставит латинской ереси, то из-за него во всем московском государстве будет нарушена Православная вера, и да не будет тогда на вас нашего благословения". Условия тушинско-смоленского договора, сложившиеся вне Москвы, теперь принимались Москвой, в сущности, заново. Православная вера неприкосновенна. К королю отправится посольство — бить челом, "да крестится государь Владислав в веру греческого закона". Королевская ставка лживо приняла эти условия, и 27-го августа народ московский на Девичьем поле уже торжественно приносил Владиславу присягу на верность. А на другой день, 28-го августа, уже в Успенском Соборе при служении самого патриарха приносилась присяга всем правительствующим синклитом. Присоединившиеся тушинцы, конечно, торжествовали. Когда подходили ко кресту и к патриарху за благословением Михайло Салтыков и другие последователи Вора, патриарх Ермоген им мужественно заявил: "Если в вашем намерении нет обмана и от вашего замысла не произойдет нарушения православной веры, то да будет на вас благословение от всего собора и от нашего смирения. А если скрываете обман и от вашего умысла произойдет нарушение православной веры, то да придет на вас проклятие". Составлено от лица всей земли, бояр и патриарха особое посольство под Смоленск, чтобы торжественно предложить все эти условия и создавшиеся факты на добрую волю Сигизмунда и Владислава. Духовным главой посольства упросили ехать опять к Сигизмунду Ростовского митрополита Филарета (Никитича) при всем его теперешнем нежелании. Из других духовных лиц сюда привлечен был и Троицкий келарь Авраамий Палицын. Светские чины возглавлялись Василием Васильевичем Голицыным.
Так как этому посольству пришлось под Смоленском мужественно выдержать патриотическое сопротивление давлению поляков и очутиться в положении арестованных заложников, то Жолкевский впоследствии ложно хвастался своей дальновидностью, будто это он добился такого состава патриотов Москвы, чтобы, так сказать, опустошить сердце Москвы и войти в нее победителем. Это — чистой воды фикция нелестная даже и для Жолкевского и всего польского плана, который на этом-то упорстве московских послов так эффектно и провалился.
Наказ посольству был таков:
1. Владислав крестится в православие теперь же, под Смоленском, рукой митр. Филарета и Смоленского епископа Сергия и уже православным прибывает в Москву.
2. Ни он, ни русское правительство не будут иметь никаких сношений с папой по делам веры.
3. Русские отступники в латинство будут казнены смертной казнью.
4. Владислав женится на девице греческого закона.
Патриарх от себя пишет о том же к Сигизмунду: "Молим тебя, великий самодержавный король, даруй нам сына своего, Богом возлюбленного и избранного в цари, в нашу православную греческую веру, которую апостолы проповедали, св. отцы утвердили и которая доселе сияет как солнце... Молим и не перестанем молить, пока не услышишь нас и не даруешь нам царя, принявшего крещение в нашу православную греческую веру". В письме к самому Владиславу патриарх обращается к нему: "прими святое крещение в три погружения в нашу православную веру"...
Под Смоленском (октябрь 1610 г.) поляки потребовали немедленной сдачи Смоленска Сигизмунду и введения польских войск со штабом Жолкевского в самую Москву. Началось длительное дипломатическое состязание. Состав московского посольства под Смоленском оказался более стойким, чем московское правительство, его пославшее. Московские бояре решили впустить гарнизон Жолкевского в Москву и сдали ему свое оружие и пушки. Поляки заняли Китай-город (пока еще не Кремль). Обезоружили русских. В доме, принадлежавшем Борису Годунову, опять зазвучал католический орган, и началось латинское богослужение. Сигизмунд слал в Москву указы, милостивые награды. Московская боярская верхушка писала своим послам под Смоленском: "отдаться во всем на волю короля". Но эта капитуляция потерпела крах благодаря упорной воле патриарха Ермогена. Когда ему поднесли на подпись такое капитуляционное письмо 6-го декабря 1610 г., он сказал: "Нет! Чтобы король дал сына своего на московское государство и королевских людей вывел бы всех вон из Москвы. И чтобы Владислав оставил латинскую ересь и принял греческую веру, — к такой грамоте я сам руку приложу и прочим властям велю приложить и вас на то благословляю. А писать так, что мы все полагаемся на королевскую волю и чтобы наши послы положились на волю короля, того я и прочие власти не сделаем и вам не повелеваю. И если не послушаете, наложу на вас клятву. Явное дело, что по такой грамоте нам пришлось бы целовать крест самому королю". Салтыков взорвался, начал бранить патриарха и выхватил, грозя, из ножен свой кортик. Патриарх воскликнул: "не боюсь я твоего ножа! Ограждаюсь от него силою Креста Христова. Ты же будь проклят от нашего смирения в сей век и будущий". После этой дикой сцены патр. Ермоген не скрывал своего мнения и говорил: "Враги почти у ног наших. Когда ссадим их с шеи, тогда изберем себе природного государя".
Сказалась тушинская психология. Не взирая на голос патриарха, боярская партия 23-го декабря 1610 г. все-таки повезла свою капитуляцию под Смоленск. Но там натолкнулась на то же сопротивление постоянного посольства при ставке. Это посольство во главе с Филаретом признало привезенный текст незаконным без подписи патриарха. Пробовали капитулянты прибегнуть к новой политической идеологии чисто светской государственности в том смысле, что "патриарх в земские дела не должен вмешиваться". Но посольство возражало, опираясь на принципы исконной теократической московской государственной идеологии. Их исповедание примечательно: "Изначала у нас в русском государстве так велось: если великие государственные или земские дела начнутся, то государи наши призывали к себе на собор патриархов, митрополитов, архиепископов и с ними советовались. Без их совета ничего не приговаривали. И почитают наши государи патриархов великою честию, встречают их и провожают; и место им сделано с государями рядом. Так у нас честны патриархи, а до них были митрополиты. Теперь мы стали безгосударны, и патриарх у нас — человек начальный. Без патриарха теперь о таком великом деле советовать непригоже. Когда мы на Москве были, то без патриархова ведома никакого дела бояре не делывали, обо всем с ним советовались. И отпускал нас патриарх вместе с боярами. Да и в верющих (вверительных) грамотах, и в наказе, и во всяких делах вначале писан у нас патриарх, и потому нам теперь без патриарховых грамот, по одним боярским, делать нельзя". Стойкость Филарета, Авраамия и других духовных и за ними светских послов была решающей. Этой стойкостью и дальнейшим своим пленом и страданиями Филарет очистил себя от упреков в нечестности, которые сыпались на него за двусмысленные отношения к I и II Самозванцам. Пока русские послы под Смоленском выдерживали натиск, в Москве назрел перелом.