Перелом пошел от 11-го декабря 1610 г., когда был убит Тушинский Самозванец. Этот террористический акт послужил сигналом к собиранию русских людей под лозунгом "Объединимся и выгоним литовских людей из Москвы". Об этом сам Михайло Салтыков информировал свою королевскую партию под Смоленском. Через несколько недель Салтыков туда доносит: "Патриарх внушает всем, если королевич не крестится в христианскую веру и все литовские люди не выйдут из московской земли, королевич нам — не государь; то же патриарх пишет и в другие города, и московский народ сочувствует этому, и все хотят стоять против ляхов".
Началась очень показательная переписка русских городов между собой. Жители осажденного Смоленска в январе 1611 г. первые написали в Москву: "не верить королю и полякам. Во всех городах и уездах, где им поверили, православная вера разорена, церкви разорены и жители переведены в латинство". Очевидно, в оккупированных поляками местах сделаны были попытки проводить церковное подчинение под русско-литовского униатского митрополита, каковым был еще (до 1613 г.) Ипатий Потей. Надеялись на обман народа видимостью нетронутого церковного обряда. Эту грамоту смолятичей москвичи в копиях рассылали по другим городам с присоединением своей собственной агитации. Москвичи писали: "Ради Бога, Судии живых и мертвых, будьте с нами заодно против врагов наших и ваших общих. У нас корень царства. Здесь образ Божией Матери, вечной заступницы христиан, писанный евангелистом Лукою; здесь великие светильники и хранители: Петр, Алексий и Иона — чудотворцы. Или вам, православным христианам, все это нипочем? Поверьте, что вслед за предателями христианства, Михаилом Салтыковым и Федором Андроновым с товарищами, идут только немногие. А у нас, православных христиан, Матерь Божия и московские чудотворцы, да первопрестольник апостольской церкви, святейший Ермоген патриарх, прям, как сам пастырь, душу свою полагает за веру христианскую несомненно; за ним следуют все православные христиане".
Нижегородцы писали вологжанам: "27-го января писали к нам из Рязани воевода Прокопий Ляпунов и дворяне и всякие люди рязанской области, что они по благословению святейшего Ермогена, патриарха Московского, собравшись со всеми северскими и украинскими городами и с Калугою, идут на польских и литовских людей к Москве, и нам также идти... И мы по благословению и по приказу святейшего Ермогена, собравшись со всеми людьми из Нижнего и с окольными людьми, идем к Москве, а с нами многие ратные люди разных, и окольных, и низовых городов". Ярославцы в письме к казанцам прибавляли: "Мы все отчаялись, ибо в Москве все предались на сторону поляков; не было нам заступника. Но, видно, не до конца прогневался на нас Господь. Ермоген стал за веру и православие и нам всем велел до конца стоять. Ежели бы он не сделал сего досточудного дела — погибло бы все".
Это движение городов встревожило польскую партию. Салтыков с депутацией вновь явился к патр. Ермогену и потребовал от него циркулярного письма по городам, чтобы остановить этот поход. "Напишу, — сказал патриарх, — чтобы возвратились по домам, но только под условием, если ты и все с тобой изменники и люди короля выйдете вон из Москвы. Если нет, то я благословляю всех довести начатое дело до конца, ибо вижу попрание истинной веры от еретиков и от вас изменников и разорение св. Божиих церквей и не могу более слышать пения латинского в Москве".
Это было прямым разрывом с правящей партией. За это патриарх был взят под домашний арест в его палатах и окружен польским караулом. Однако на вербное воскресенье, 17-го марта 1611 г., патриарха выпустили для богослужения и обычного шествия на осляти. По сторонам шествия расставлены были польские и немецкие войска с оружием и артиллерией, но православный народ отсутствовал. Был слух, что поляки убьют патриарха...
В страстной вторник началась битва русских с поляками. Поляки зажгли Москву, а сами сосредоточились в Китай-городе и Кремле. Патр. Ермогена сначала держали на Кирилло-Белозерском Подворье, а теперь перевели в Чудов монастырь. 100-тысячное русское ополчение подошло к Москве, и с пасхального понедельника началась ее осада. Салтыков и Гонсевский опять донимали патриарха под угрозой голодной смерти отдать приказ ратным русским людям отступить прочь. Ермоген неизменно повторял: "Не угрожайте, боюсь я только Бога. Если вы уйдете из Москвы, я благословлю ополчение отступить. Если остаетесь, благословляю всех стоять против вас и умереть за православную веру".
Но в русском стане шли свои раздоры и свое разложение. Прокопия Ляпунова убили. Казачий вождь Заруцкий поднял опять знамя Самозванчества во имя сына Марины, еще ребенка.
Слыша все это, Ермоген в августе 1611 г. нашел пути передать свои указания. Его конспиративное письмо к нижегородцам звучит так: "Пишите в Казань к митр. Ефрему. Пусть пошлет в полки к боярам и к казацкому войску учительную грамоту, чтобы они стояли крепко за веру и не принимали Маринкина сына на царство. Я не благословляю. Да и в Вологду пишите к властям о том, и к Рязанскому владыке. Пусть пошлет в полки учительную грамоту к боярам, чтобы унимали грабеж, сохраняли братство и, как обещались, положить души свои за дом Пречистой и за чудотворцев и за веру, так бы и совершили. Да и во все города пишите, что сына Маринкина, отнюдь, не надо на царство. Везде говорите моим именем". Это были последние распоряжения святителя Ермогена. Он скончался 17-го января 1612 г. Ослабевшее после убийства Ляпунова ополчение еще не смогло освободить Москвы и патриарха. Уже современники событий начали понимать героичность поведения Ермогена. Это отразилось в близких по времени свидетельствах. Они величают Ермогена "мужем, зело премудростию украшенным и в книжном учении изящным и в чистоте жития известным; противу врагов крепким и непоколебимым стоятелем, твердым адамантом, непоколебимым столпом, крепким поборником по православной истинной христианской вере, новым исповедником, вторым великим Златоустом, исправляющим, несумненно, безо всякого страха слова Христовы, истины обличителем на предателей и раззорителей христианской веры".
Но то было время горьких и болезненных разделений и беспощадной партийной взаимокритики. В таком порядке анонимный автор одного хронографа сообщает нам и о недостатках Ермогена:
1. "нравом груб, немилостив к наказанным из духовенства, доверчив к льстецам и лукавым,
2. к царю Василию строптиво, а не благолепно беседоваше всегда", не совещался с ним "отчелюбно",
3. "поздно захотел показать себя непреоборимым пастырем" (т.е. когда Москва по низвержении Василия была уже в руках мятежников).
Тут автор передает молву о том, что Ермоген был уморен голодом. Однако и этот неблагосклонный свидетель признает, что Ермоген "бысть словесен муж и хитроречив, но не сладкогласен; о божественных же словесех всегда упражняшеся и вся книги Ветхаго Завета и Новые Благодати и Уставы церковные и Правила законные до конца извыче". При патриархе Никоне мощи патр. Ермогена из Чудова монастыря были перенесены в Успенский собор, где они и оставались до его канонизации в 1913 г. по случаю трехсотлетия дома Романовых. В момент революции 1917 г. подвальное помещение в Чудовом монастыре, где сидел арестованный патр. Ермоген, переделывалось в благолепную церковку для перенесения туда гробницы патр. Ермогена. Но теперь (при сов. власти) и самые здания Чудова монастыря разрушены до основания.
Польская партия, вероятно, довольна была исчезновением бунтующего Ермогена и вместо него на патриаршество имела готового кандидата в лице Игнатия, в свое время соборно свергнутого, но бесшумно проживавшего в том же Чудовом монастыре. Игнатий принял это неканоническое восстановление. Он совершал пасхальные богослужения в 1611 г., но сам понимал каноническую фальшивость своего положения, как лишенный собором не только своего звания, но и сана. Через некоторое время, воспользовавшись своей личной свободой, он бежал в Литву. Там он, вероятно, в силу давнего тайного сговора принял господствовавшую русскую унию. Жил он там сначала в Виленском Троицком монастыре, захваченном униатами. (В XIX веке тут помещалась православная литовская семинария). Но фигура Игнатия нужна была для продолжавшейся политической игры Сигизмунда III против России. Поэтому Сигизмунд пожаловал Игнатия особым поместьем, где тот и проживал, как магнат. Когда в 1616 г. Владислав, воюя уже с Михаилом Романовым, замышлял свой неудавшийся поход на Москву, он писал в своем манифесте: "мы нашим царским походом спешим к Москве, а с нами будут патр. Игнатий да архиепископ Смоленский Сергий (забранный в плен в заложники вместе с м. Филаретом). Игнатий прожил еще долго под протекторатом Польши. Он умер в 1640 г. Его могила в Вильно, в Троицком монастыре.
Продолжавшаяся Смута, вести о сожжении Москвы поляками, держание ими в своих руках Кремля и заключенного в нем патриарха все более волновали русское население, будили и подымали в нем национально-патриотическое сознание. Троице-Сергиева Лавра стала во главе сопротивления. Настоятель ее, архимандрит Дионисий, бывший игуменом Старицкого монастыря, где он покоил сосланного патриарха Иова. Здесь он был другом патр. Ермогена и благожелательным советником и защитником царя Василия Шуйского. В момент заключения под арестом патр. Ермогена, Дионисий вместе с Авраамием Палицыным рассылали во все стороны одно за другим воззвания, высоко патриотические и трогательные. В них описывалась несчастная судьба первопрестольной Москвы, неволя патриарха Ермогена, призывались русские люди восстать на врагов за веру и отечество. "Праведным судом Божиим, за умножение грехов всего православного христианства в прошлых годах учинилось в московском государстве междоусобие, не только вообще между народом христианским, но и между близкими родственниками: отец восстал на сына, сын на отца, и пролилась родная кровь". Осведомлялись дальше русские люди о том, как собираются и движутся освободительные рати, и все призывались спешить им на помощь. "Вспомните, православные, что все мы родились от христианских родителей, знаменались печатью, св. крещением, обещались веровать во Св. Единосущную Троицу. И возложив упование на силу Животворящего Креста, Бога ради покажите свой подвиг: молите своих служилых людей, чтобы всем православным христианам быть в соединении и стать сообща против наших предателей и против вечных врагов Креста Христова — польских и литовских людей. Сами видите, сколько погубили они христиан во всех городах, которыми завладели, и какое разорение учинили в Московском государстве.