Где св. Божии церкви и Божии образы? Где иноки, сединами цветущие, и инокини, добродетелями украшенные? Не все ли до конца разорено и обругано злым поруганием? Где, вообще, народ христианский? Не все ли скончались лютыми и горькими смертями? Где бесчисленное множество работных людей в городах и селах? Не все ли пострадали и разведены в плен? Не усрамились и седин многолетних старцев, не пощадили незлобивых младенцев.
Смилуйтесь пред общей смертной погибелью, чтобы и вас не постигла такая же лютая смерть. Пусть ваши служилые люди без всякого мешканья спешат к Москве, в сход к боярам, воеводам и ко всем православным христианам. Сами знаете, что всякому делу надлежит одно время, безвременное же всякому делу начинание бывает суетно и бесплодно. Если и есть в ваших пределах недовольные; Бога ради, отложите то на время, чтобы всем вам единодушно потрудиться для избавления православной веры от врагов, пока к ним не пришла помощь. Смилуйтесь и умилитесь и поспешите на это дело. Помогите ратными людьми и казной, чтобы собранное теперь здесь под Москвой воинство от скудости не разошлось. О том много и слезно всем народом христианским бьем вам челом".
Послания Дионисия попадали в цель и производили глубокое впечатление. Наступал момент перелома в настроении масс, переход от хмеля бунта к отрезвлению. Памятная руководящая роль трезвеющего народа выпала на долю нижегородцев с их торговым старостой Кузьмой Миничем Сухоруким, пригласившим на военное возглавление жившего в отставке кн. Дмитрия Михайловича Пожарского. Нижегородская инициатива и пример усилили приток военных подкреплений к Москве со всех сторон. Из Казани прибыла к войскам копия иконы тогда еще новоявленной Казанской Божией Матери. Троицкая Лавра одушевляла войска не только своей литературой, но и личными постоянными агитационными ревизиями и посещениями войск Авраамием Палицыным, который кроме своих речей вдохновлял и примирял вождей своим третейским вмешательством в их конфликты. Победа, наконец, далась морально и материально укрепившимся русским войскам. 22-го октября 1612 г. русские войска овладели Китай-городом. Осажденный Кремль после этого сдался 27-го ноября. Москва была освобождена. С тех пор появился русский праздник иконе Казанской Божией Матери 22-го октября. В Казани чудотворная икона, как известно в 1902 г., была преступно украдена и уничтожена. Это было зловещим предзнаменованием русского поражения со стороны нехристианской Азии. А в свое время явление иконы вскоре после падения Казанского царства было благим предзнаменованием победоносного русского и православного наступления до берегов Тихого океана. Проф. А.А. Дмитриевский утверждает, что в 1612 г. под Москву направлена была не копия Казанской иконы, а самый оригинал. Копия же осталась в Казани. Она и была похищена, а хранившаяся в Казанском соборе на Красной площади Казанская икона и есть оригинал. Она-то в Москве и сохранилась.
Упорство стояния русского посольства при ставке Сигизмунда под Смоленском оправдалось. Но с этого момента оно потеряло свою легальность в глазах поляков и превратилось в заложников врага. За это время митр. Филарет, как глава посольства, вырос в героического вождя. Он отклонил требование второй присяги Владиславу. Наоборот, он требовал его перекрещивания. Не соглашался сдать Смоленск. Не признавал актов московских бояр без подписи патриарха. Не согласился остановить особым посланием Нижегородское ополчение, что аннулировало бы положительные благословения патриарха Ермогена, исходившие от него конспиративно. Поляки полгода держали русское посольство в шатрах Смоленского лагеря в холоде и голоде. В октябрьские дни 1612 года, дни окончательного изгнания поляков из Кремля, русское Смоленское посольство было арестовано, ограблено и увезено вглубь Польши, где м. Филарет был задержан на целых 8 лет. Сначала он был поселен в частном имении Сапеги, а затем переведен в крепость Мариенбург.
Некоторая дезорганизованность русской церкви, как последствие Смуты, не вдохновляла еще ни русских епископов, ни патриотические верхи нового правительства к избранию нового патриарха. Моральная роль, исповеднический плен митр. Филарета и уже явившаяся легитимной партии боярства мысль о "Мише" Романове останавливали и политическое, и церковное мнение на кандидатуре в патриархи высокородного м. Филарета. Посему Освященный Собор решил прибегнуть к временной выжидательной форме высшего управления русской церковью. Ближайшим соадминистратором при патриархе был, по своему положению, митрополит Крутицкий. Таковым был в это время Пафнутий. Ему и вручено было председательство в Освященном Соборе на переходное время. По смерти Пафнутия в порядке старшинства должен был бы возглавлять Освященный Собор м. Новгородский Исидор, но он был отделен от Москвы шведской оккупацией. Следующим за ним по чести митрополитом был Ефрем Казанский. Он и возглавил церковное правительство.
В течение ближайших месяцев по соборному сговору земских людей с боярством соглашено было поставить и венчать царем молодого Михаила Федоровича Романова.
Процедура избрания его произошла 21-го февраля 1613 г. в неделю православия, а 11-го июля в Успенском соборе совершено было и царское венчание его митрополитом Ефремом. Митр. Ефрему принадлежала в это время вся полнота патриаршей роли. Так его подпись стоит первой в ряду русских иерархов в правительственном обращении к городам об исполнении постановлений Земского Собора по сбору денежного и натурального обложения на содержание армии. Под самой Уложенной Грамотой об избрании на царство Михаила Федоровича Романова стоит также во главе подпись м. Ефрема. В конце этого года м. Ефрем скончался, и возглавление Освященного Собора перешло, по обычному положению, в руки недавно поставленного митр. Крутицкого Ионы, человека по всем признакам без широкого кругозора. По воцарении Михаила Федоровича все привыкли к мысли, что никому другому теперь неприлично быть рядом с молодым царем в звании патриарха, кроме плененного отца царя — Филарета. Переговоры с поляками об этом начались. В письме к отцу 1614 г. царь Михаил обращается к Филарету, как уже нареченному первосвятителю: "старейшему и превысочайшему священноначалием отцу отцем". В церковных молитвословиях также установлено было поминовение, наряду с царским именем, и имени "Великого Государя Филарета, митрополита Московского и всея России". Титул многозначительный. С одной стороны, Освященный Собор через это отрешил Филарета от митрополии Ростовской и присвоил ему, конечно, временно, титул "митрополита Московского и всея Руси", т.е. титул верховного главы всей Русской Церкви, как он звучал до установления патриаршества. А с другой стороны, очевидно, повелением царской власти Филарету, как отцу царя, дан светский титул "Великого Государя" в предположении предоставляемых ему исключительных прав соучастия в актах высшей государственной власти. По византийской теократической системе это имело свои основания и смысл, как преходящее исключительное положение, неопороченное никаким даже привкусом неканонического захвата светской власти. Аналогичное положение уже было раз в истории русской церкви и государства при формальном поручении регентских прав митрополиту Алексию в малолетство Димитрия Донского. Через такое оформление междупатриарший перерыв в принципе уже кончился, и ожидали только физической возможности возврата из плена избранного патриарха. Патриаршая область в бумажном делопроизводстве управлялась от имени Филарета. Вятка, например, церковно числилась за патриархом, и вот царь Михаил, жалуя несудимой грамотой Вятскую церковь святителя Николая, пишет: "а кому будет, что искати на самих никольских попех и дьяконех, ино их судит отец наш и богомолец Филарет митрополит всея Русии, по священным правилам и по соборному уложению". На антиминсах этого времени в патриаршей епархии писалось так: "при благоверном царе Михаиле Федоровиче и при митрополите Филарете Московском и всея России".
Исключительное двойство титула и положения будущего патриарха Филарета есть только одна из типичных черт той эпохи, воплощавшей в местных русских формах восточный принцип союза Церкви и государства. Всеми принимаемое и одобряемое, как самоочевидный долг, прямое участие церкви в государственно-патриотической борьбе за восстановление замутившейся и поколебавшейся теократической св. Руси выявлялось в многочисленных эпизодах и формах. Смута не могла быстро улечься. В Астрахани еще продолжал авантюру Заруцкий, играя на личности Марины с ее сыном. Теперь из Москвы вместе с царскими увещательными грамотами — в Астрахань пишет свои послания и московский Освященный Собор, увещевая и грозя анафемой за непослушание законной власти. Северные части Новгородского, Ярославского и западная часть Вологодского края были окупированы шведскими войсками. В 1614 г. туда направляли свои увещательные послания Суздальский архиепископ Герасим и Чудовский архимандрит Авраамий. Новгородский митрополит Исидор пишет в Ярославль, убеждая осевших там казаков и атаманов идти на освобождение от шведской оккупации Тихвина. Под Смоленском и на Западе стояли еще поляки, которыми навязывалась населению литовско-русская уния. Освященный Собор посылал туда ряд посланий, напоминая завлеченным под покровом русского обряда в латинство русским людям об их русском происхождении, об их измене вере родителей, об их измене почитанию русских угодников: мм. Петра, Алексия, Ионы, кн. Михаила Черниговского и боярина Феодора, преподобных Сергия, Никона и мн. др. Завлеченные в унию призывались покаяться; за это им было обещано разрешение греха отступничества и полная амнистия от царя.