Несмотря на все ходатайства, несчастные ученые-самоучки так и не могли освободиться от уз, пока властвовал ограниченный Иона, пока не пришел конец междупатриаршеству.
Было большим торжеством для усмиренной царской Москвы встретить освобожденного, наконец (1.6.1619 г.), с лишком 8 лет пробывшего в плену нареченного патриарха Филарета, окруженного ореолом исповедника, едва ли не мученика. Торжественная встреча произошла 14-го июня. Три депутации от иерархии и от боярства встречали прибывшего отца царя: а) в Можайске, б) под Звенигородом в Саввине монастыре, в) в селе Хорошеве. Завершительная полная встреча была за 5 верст до Москвы. Сюда выехал сам царь, окруженный боярством и народом. Сын поклонился в ноги отцу, отец сыну. Чувствительные зрители плакали. В самой Москве духовенство в ризах и с иконами встретило всех за Каменным городом. Митр. Филарет проследовал в соборы Успенский, Благовещенский, в палаты к царю и, наконец, отбыл к себе на Троицкое Подворье. Во всех церквах в это время звонили и пели благодарственные молебны. Царь дал амнистию заключенным и заложил в память этого дня, как выпало по календарю, церковь во имя пророка Елисея. Дал личный обет богомолья в ряд монастырей, что и выполнил пунктуально.
Уже через несколько дней мог состояться церемониал формального избрания и наречения в патриархи. Случайно к этому моменту, незадолго пред тем подъехал в Москву патр. Иерусалимский Феофан. Приехал, конечно, за милостыней. Но, приезжая за тем же в Киевско-Литовскую Русь, он там попутно совершил великое дело восстановления, по требованию казачества, православной иерархии, уничтоженной польским правительством. Здесь, в Москве, Феофан пригодился для возглавления мирного торжества патриаршей хиротонии Филарета. Встречен был Феофан торжественно и помещен царем Михаилом на жительство в Чудовом монастыре. На соборном совещании вместе с русскими епископами он провозгласил единогласное решение о замещении патриаршего трона никем другим, как уже от начала провозглашенным местоблюстителем его — митр. Филаретом. Собор признал Филарета "достойна быти таковому делу, и мужа во учениих божественных апостол, и отец зело изящна, и в чистоте жития, и благих нрав известна; наипаче же и сего ради, яко по плоти той царев отец, и сего ради да будет царствию помогатель и строитель и сирым заступник и обидимым предстатель". Филарет сразу не дал согласия, ссылаясь на свое недостоинство, на старость, на скорби и изнурения, на желание безмолвного жития. Но после новых просьб и указаний, как бы гнев Божий не постиг за уклонение от служения, дал согласие.
22-го июня произошло торжество наречения в патриархи, а 24-го и самое поставление по тому же полному хиротонийному чину, как русские установили со времени патриаршества Иова. Затем с известной уже нам пышностью прошли обеды, шествие на осляти и проч. Патр. Феофан подписал и ставленную грамоту патриарху, в которой устами патр. Феофана повторяется, по примеру грамоты патр. Иеремии, дарование русским власти поставления патриарха руками своих русских митрополитов, архиепископов и епископов. О своем поставлении патр. Филарет написал братское извещение патриархам КПльскому, Александрийскому и Антиохийскому. Все сделано канонически по правилам, без всякого превышения власти. Участие в хиротонии патр. Феофана было случайностью. И без него собор русских архиереев также правомерно поставил бы в патриархи Филарета.
Сразу же в процедуре многих государственных дел и в форме их делопроизводства стало выявляться исключительное положение патр. Филарета, как соправителя государством вместе с царем-сыном. Так, напр., в циркуляре 3.7.1619 г. к воеводам и правителям областей и городов об устранении злоупотреблений в области прямого обложения царь Михаил сообщает, что об этом деле с ним советовался и собор архиереев, и сам "Великий Государь, святейший патриарх Филарет Никитич". Правление царя Михаила после Смуты характеризуется усиленной практикой тогдашней неписанной конституции, т.е. созывом частых Земских Соборов из выборных депутатов, из каждого округа от духовенства, от дворянства и от посадских людей по два депутата. Мотивировка такая: "чтобы нам и отцу нашему богомольцу Филарету Никитичу, Божией милостию патриарху московскому и всея Руси, всякие их нужды и тесноты и разорения и всякие недостатки были ведомы. А мы, великий государь, с отцом своим и богомольцем советовав, по их челобитью, прося у Бога милости, учнем о московском государстве промышляти, чтобы во всем поправить, как лучше".
Тотчас по формальном облечении патр. Филарета полнотой иерархической властью на него пала обязанность ликвидировать ряд назревших и застоявшихся злободневных церковных дел. Неумное ведение дела местоблюстителем м. Ионой о книжных исправлениях, превратившее архи. Дионисия, старца Арсения Глухого и Ивана Наседку в настоящих страдальцев, было ясно даже чужому гостю, прибывшему патр. Феофану, который, узнав в чем дело, "подаде Дионисию руку помощи, да вознесется правда его". По-видимому, это воздействовало и на царя, и на Филарета. Когда Москва встречала Филарета, бывшие узники были уже на свободе в числе встречавших. Наседка подал уже новому патриарху целый доклад. Через неделю по посвящении патриарха, 2-го июля, от имени обоих патриархов Ионе Крутицкому предложено было представить на соборный пересмотр все дело Дионисия. На соборе, кроме двух патриархов, присутствовал и сам царь. Дионисий "стоял в ответе" больше 8 часов. Дионисий свободно опроверг все взведенные на него небылицы и клевету. Клеветники, включая и м. Иону, были посрамлены. А Дионисия похвалил и сам царь. Следуя его примеру, и патриархи с митрополитами, архиепископами, епископами и всем освященным собором, приветствовали Дионисия, лобызали его и благословляли. С великой честью и дарами Дионисий возвращен был на свое место настоятеля Троице-Сергиевой Лавры. Вскоре его там посетил патр. Феофан и, в виде особого дружеского жеста, возложил на него свой собственный клобук греческого образца, конечно, не белый. Так началось видоизменение русского обряда в московских пределах по образцу греческому, что в юго-западной, литовской, Руси уже в значительной мере было распространено. Арсений Глухой был утвержден в звании главного справщика и много потрудился при выпуске новых книг из царской типографии. И. Наседке разрешено священнодействовать на почетном положении ключаря Успенского собора.
Но эти искупительные милости за неправедно причиненные страдания ничуть не свидетельствовали о широте взглядов п. Филарета. По психологии и уму он был на уровне московских консерваторов. Так он не решился вычеркнуть добавку в чине водоосвящения: "и огнем". Он велел впредь печатать без перемен, но с примечанием к этому месту: "быть сему глаголанию до соборного указу". Пользуясь присутствием патр. Феофана, Филарет просил его перед отъездом, в феврале 1620 г., прислать за подписью всех патриархов ряд выписок из древних Требников. Патриарх ехал медленно, надолго останавливаясь в Киеве, в Валахии. Тем временем Наседка для воздействия на московское общественное мнение написал обширную апологию в 40 главах своей поправки без задиристой полемики, в спокойном духе. Лишь через 5 лет, в апреле 1625 г. пришел отклик с медлительного Востока. Прибыл от патриархов Иерусалимского и Александрийского посланец с письмами, отвергавшими "и огнем". Лишь в декабре 1625 г. Филарет указал отобрать старые тексты, замарать в них "и огнем" и сделать разъяснительное примечание на полях.
Другим злободневным вопросом, которому патр. Филарет уделил особое, близкое его сердцу внимание, был вопрос о чиноприеме в православие и чистых латинян, и униатов, и вообще "ляхов и литовских людей", крещенных не в три погружения. Принимать, но каким чином? Первым ли — через перекрещивание; вторым ли — через миропомазание; или третьим — через покаяние? Патр. Филарет, настрадавшийся от поляков и не имевший никакого богословского образования, склонен был занять самую крайнюю нетерпимую позицию. Если в прошлом конфликте с местоблюстителем м. Ионой он оказался как бы либералом, то в данном случае превзошел и Иону своим крайним консерватизмом. До сведения Филарета дошло донесение двух московских священников, что митр. Иона не велел им крестить принявших православие ляхов Яна Слободского и Матфея Свентицкого, а, миропомазав, допустить их к св. причащению. Делалась ссылка, по указанию Ионы, на древнерусскую практику по Вопрошанию Кирика к Нифонту. Патриарх вызвал к себе на объяснение м. Иону и упрекал его, что Иона, якобы, вводит нечто новое, не приказывая перекрещивать латинян. Чтобы подавить Иону авторитетом, патриарх поставил вопрос на повестку дня очередного пленума освященного собора 16.10.1620 г. С обвинительной речью на нем выступил сам Филарет, доказывая, что еретическое крещение не есть крещение, но "паче осквернение". Вот патр. Игнатий за то и был низвергнут, что не крестил Марину. Патр. Ермоген требовал крещения королевича Владислава. В ту пору по приказу Ермогена Филарет сам изучал канонические правила и убедился, что все еретики не имеют действительного крещения. Вся богословская логика патр. Филарета свидетельствует о страшном понижении уровня знаний у тогдашней русской иерархии и особенно у самого Филарета при страстном озлоблении на латино-поляков. Патр. Филарет говорил: "латиняне — папежники суть сквернейшие и лютейшие из всех еретиков, ибо они приняли в свой закон проклятые ереси всех древних, эллинских, жидовских, агарянских и еретических вер, и со всеми погаными язычниками, со всеми проклятыми еретиками сообща все мудрствуют и действуют". И обращаясь к Ионе, Филарет задавал вопрос: "Как же ты начинаешь вводить в царствующем граде противное правилам св. апостолов и св. отцов и велишь принимать латинян, сущих аки псов и ведомых врагов Божиих, не через крещение, а только через миропомазание, а потом допускать их к св. причастию и венчать на русских дщерях? Почему не хочешь быть единомысленным со всем освященным собором рус. церкви? Ты прельстился умом и ищешь хвалы и чести от отверженных от Христовой церкви. А я о таковой, вводимой тобою еретической прелести и слышать не хочу и по святым правилам запрещаю тебе служить литургию до большого собора". Ученая диалектика у Филарета и у его собора была такова. В 96-м правиле VI Вселенский Собор (т.е. Трулльский), обобщая нормы воссоединения с церковью еретиков, одних из них (ариан, македониан, новатиан) предписывает присоединять через миропомазание; других, более чуждых — через крещение: таковы павлиане, евномиане, монтанисты, манихеи, валентиане, маркиониты. Но Филарету угодно причислять латинян к этой последней категории, ибо ему кажется, что "в латинских ересех все те ереси есть суть". Ссылку на Кирика он отклоняет, как относящуюся более к древниим временам, когда латинские ереси еще не выросли. "Последи того у латинян многие ереси учинилися, а после седми вселенских соборов Сергий патриарх со всеми вселенскими патриархи и со всем освященным собором папежев — римских еретиков из поминовения извергоша и конечному проклятию предаша". И далее, не стесняясь никакими архивно-историческими справками, просто, так сказать, на глазомер Филарет заявляет: "в нашем московском государстве с самого его основания никогда не бывало, чтобы еретиков-латинян и других еретиков не крестили". Подсудимому Ионе велено было выслушать записку, составленную Ермогеном и дополненную Филаретом. В собранных цитатах, конечно, не говорилось о латинянах, а только о древних ересях, но записка произвольно и максимально утверждает, что латинство есть итог и хранилище решительно всех древних ересей. Признаки и доказательства берутся без всякой системы, поверхностно, главным образом из латинства и даже из протестантства и новых сект его, т.е. из всего западного христианства. Латиняне якобы переняли: