Самозванец тоже подымал вопрос об университете. После Смуты отрицательная реакция на все западное закрыла вопрос о школе в этой форме. Но оживила его в форме создания школы греческого, православного образца. Старцы, как Арсений Глухой и Антоний, изучают греческий язык даже самоуком. Типография и книжное издательское дело вызывают среди справщиков преемство этой традиции — греческой грамоты, потерпевшей крах при Грозном. Школа и теперь зарождается около типографии.
Патр. Филарет, сильно предубежденный против даже западнорусских православных школ, завел переписку с греками. В результате ее, в 1632 г. в Москву прибыл протосинкелл Александрийского патриарха Кирилла Лукариса, архимандрит Иосиф, ученый, бывавший в Западной Европе, но знавший и славянский язык, частично и русский. Еще иеромонахом он посылался тем же патриархом Кириллом в Киевские пределы "для науки и утверждения веры". Там он пробыл около двух лет. Еще в 1623 г. он из киевщины наезжал и в Москву за милостыней. Москва его знала и захотела его удержать в качестве организатора задуманной школы. Он согласился. К патр. Кириллу в 1632 г. от имени царя и патриарха было послано письмо с просьбой уступить Москве Иосифа — "быти ему в нашем государстве и служити нам духовными делы: переводити ему греческие книги на словенский язык и учити на учительном дворе малых ребят греческого языка и грамоте, да ему же переводити книги с греческого языка на словенский язык на латинские ереси". В следующем, 1633 г. патр. Кирилл Лукарис, ставший уже КПльским патриархом, прислал царю и патриарху ряд греческих книг против латинства для перевода их Иосифом. Писал, что по просьбе царя и патриарха он продолжает подыскивать и других учителей для Москвы. Но учителя не подъехали, Иосиф в 1634 г. скончался, и греческая школа с ним временно закрылась. Еще раньше, за несколько месяцев, в 1633 г. умер сам патр. Филарет в возрасте около 80 лет, не насадив и не укрепив техники просвещения, до идеи которого он, как и вся Русь, дошли, так сказать, горьким эмпирическим путем. Школьный вопрос временно замирает до правления патриарха Иосифа, до 1640 г. и 1645 г.
Патр. Филарет являет собой на фоне других русских иерархов особую фигуру по своему исключительному положению родного отца царя. Он "соцарствовал" своему сыну. Все прошения — челобитные подавались на имя не одного только царя, но вместе и "Великого Государя, Святейшего Патриарха". Доклады о государственных делах выслушивались царем совместно с патриархом. Указы и грамоты верховной власти в большинстве писали от лица двух суверенов. Иностранные послы представлялись также им обоим, иногда и отдельно патриарху, но с тем же полным церемониалом. Во время отъездов из Москвы того или другого царь и патриарх по государственным делам сговаривались путем переписки. Иногда по чисто государственным вопросам распоряжения давал один Филарет.
Исключительная полнота власти патр. Филарета оставила свой след в расширении судебной и финансовой власти в его обширной патриаршей епархии. В пределы ее входило более сорока городов. И вот царским указом 1625 г. в пределах ее были отменены все так наз. "несудимые грамоты" отдельных церквей, монастырей, и все последние были переданы во власть патриаршую. По всем делам административным и судебным, кроме всегдашнего исключения дел уголовных — "разбойных, татиных и кровавых" — рядили и судили патриаршие бояре и чиновники. Все бывшие государственные пошлины и дани и свои церковные новые оброки и дани — все ведались и поступали в казну патриарха. Конечно, такая широта власти патриарха не существовала ни до, ни после Филарета, но все же в длительном состязании между нуждами чисто государственными и бытовыми привилегированным самосознанием иерархии этот эпизод личных Филаретовых привилегий пошел на пользу устаревших уже к половине XVII века пережитков былого, удельно-государственного положения русской церкви.
Особо важную роль сыграла личность Филарета в укреплении власти царя пред лицом боярских претензий после Смутного времени. Помимо веса отца царя, Филарет своим высшим иерархическим авторитетом реализовал номинальное самодержавие Михаила. После Смуты, разлагающей и профанирующей мистику всякой власти, это невесомое Филаретово воздействие на укрепление верховной власти было бесспорно его исторической заслугой. Да и, вообще, как не богослов и не искушенный в вопросах церковных, Филарет был на своем месте в качесте соправителя государя. Это сознавали и современные ему иерархи. Известен критический отзыв о нем Пахомия архиепископа Астраханского (1641-1655 гг.): "Сей Филарет возрасту и сану был среднего, божественные писания отчасти разумел, нравом опальчив и мнителен, а владетелен таков был, яко и самому царю боятися его. Боляр же и всякого чина царского синклита зело точаше заточениями необратными и иными наказаниями. До духовного же чина милостив был и не сребролюбив. Всякими же царскими и ратными делами владел, а в грамотах и челобитных писали его имя с — "вичем".
Филарет, живший психологией правителя государства, и своей внешностью был похож более на боярина, чем на клирика. Сохранился его портрет. Он уже усвоил этот европейский барский обычай — увековечивать себя на портретах. Мантия его похожа на боярскую шубу, внизу не сцеплена, полы расходятся нараспашку. Борода и усы ровно подстрижены, волосы тоже полудлинные — "а ля мужик". В приходо-расходных книгах Патриаршего Приказа значится, что каждые два месяца к патр. Филарету приходил чудовский иеромонах Ермоген и за 8 алтын (т.е. за 24 коп.) подновлял патриарху волосы, бороду и усы.
После 14-летнего правления патр. Филарета власть царя Михаила была закреплена. Но было еще не мало тревог за династию. Поэтому Филарет еще при жизни своей наметил, какого склада ума и воли должен быть по смерти его около его сына Михаила новый патриарх. Михаил с возрастом стал тверд во власти, научившись тому у отца, пред которым и он вместе с боярами трепетал. Нужно было эту властность Михаила поставить несравнимо выше всякой фигуры патриарха. Поэтому Филарет подыскал человека неглупого, но незаметного, почти безличного. Это был — Иоасаф I.
Иоасаф I был архиепископом Псковским. Тот же Пахомий Астраханский очень метко характеризует и его социальное происхождение, и его нрав: "В лето 7142 (1634) поставлен бысть на великий престол московского государства в патриархи Пскова и Великих Лук Иоасаф архиепископ по изволению царя Михаила Федоровича всея Руси и по благословению Филарета патриарха, понеже был дворовой сын боярской; во нравах же и житии добродетелен был, а ко царю недерзновенен". Форма избрания патриарха внешне была соблюдена. Архиереи в Успенском Соборе избрали трех кандидатов. Разумеется, среди трех было указанное царем лицо. Когда доложили царю о результатах выборов, он указал среди трех одного, т.е. Иоасафа.
Положение патриарха сразу изменилось. Исчез титул "Великий Государь". Патриарх стал именоваться просто "Великий Господин". В царских бумагах уже рядом с царем больше не стояло имя патриарха. Даже в некоторых распоряжениях царя по делам церковным не упоминалось имя патриарха. Но иногда по старой теократической традиции царь по чисто государственным делам обращался за советом к патриарху. Но Иоасаф подчеркнуто уклонялся от вмешательства в эти дела, символизируя тем иное своего положения в сравнении с Филаретом.
Возник конфликт с Крымским ханом. Тот забрал в плен царское посольство. Встал вопрос о войне. Патриарх с собором ответил, что их дело быть молитвенниками, а государственное управление — это дело царское. Архиереи дают совет человеколюбия: выкупать пленных казной. Что же касается отмщения, то это не дело иерархов: "А о том, что учинить крымцам за мучение твоих людей, нам, твоим богомольцам, непристойно написать такого совета, чтобы учинить воздаяние. Рассудить об отмщении врагам и что учинить им — дело, Государь, твое и твоих бояр и ближних людей и всего твоего царского синклита, а не нас — твоих государевых богомольцев".
Вопросы обряда и благочиния все более и более занимали внимание Москвы. При патр. Иоасафе так был подытожен вопрос о беспорядках в церковном богослужении:
1. пение в церквах было многоголосное: не только в два-три, а даже в 4-5-6 и более голосов;
2. в этом хаосе молящиеся миряне пускались в разговоры между собой, не воздерживаясь и от смеха;
3. священники, угождая мирянам, в тон с ними беседуют и бесчинствуют;
4. часы пред литургиями опускаются;
5. по воскресеньям и праздникам утрени совершаются поздно и поспешно;
6. на пасхальной неделе после обедни тотчас же справляют и вечерню, чтобы освободить весь день до ночи "для своих пьянственных нравов";
7. дети поповские и мирских людей во время службы бесчинствуют в алтаре;
8. нищие, человек по десять, ходят с бесстрашием и собирают подаяние, некоторые в черных, по подобию монахов, одеяниях, обвешаны веригами, с распущенными волосами, а некоторые юродствуя ползают под ногами. Восточно-базарное неблаголепие.
В 1638 г. патр. Иоасаф издал "Память" (меморандум), чтобы пение в церквах не доходило в многоголосии до абсурда. Не смея еще упразднить этот беспорядок радикально, патриарх указывает совершать богослужение только в два голоса, "а по нужде (!) и в три", но не более; шестопсалмие же всегда только в один голос, "и в те поры ни псалтири, ни канонов говорить не дозволяется". Так трудно казалось посягать на укоренившееся неблагочиние.