"Мы на Москве живем и об одном патриархе с митрополитами, архиепископами и епископами. То ведь вам — грекам нельзя ничего делать без четырех ваших патриархов. Когда в Царьграде был благочестивый царь, единый под солнцем, он учинил четырех патриархов, да папу в первых. И те патриархи были в одном царстве под единым царем, и на соборах собирались по его царскому изволению. А ныне вместо того царя на Москве государь благочестивый во всей подсолнечной и царство его христианское Бог прославил. И устроил наш государь — "царь" у себя вместо папы в царствующем граде — Москве патриарха. А вместо четырех патриархов на государственных местах четырех митрополитов. Ино у нас на Москве возможно и без четырех патриархов ваших править закон Божий.
Ныне у нас царь благочестивый. А патриарх имеет под собой митрополитов, архиепископов и епископов — потому и патриарх. А ваш патриарх Александрийский над кем патриарх? У него только две церкви во всей епархии и ни одного митрополита, архиепископа и епископа. Живут ваши четыре патриарха и без папы, когда он уклонился в ересь. Так и мы ныне можем без вашего учения быть.
Напрасно вы хвалитесь, что и мы от вас приняли крещение. Мы приняли крещение от св. апостола Андрея, который из Византии приходил Черным морем до Днепра, а Днепром до Киева, а оттуда до Новгорода. Потом великий князь Владимир крестился в Корсуни от тех христиан, которые крещены находившимся там в изгнании Климентом, папою римским. Из Корсуня взял Владимир мощи Климентовы и митрополита и весь священный чин. И мы, как приняли веру и крещение от св. ап. Андрея — так и держим. И в крещении погружаемся по апостольскому 50-му правилу. А вы — греки апостольского правила не храните. И потому явно, что мы крещение от апостолов приняли, а не от вас греков. Это вы заняли от римлян, ибо школ эллинского учения не имеете и книги вам печатают в Венеции и учиться ходите в Рим и Венецию. Все доброе, бывшее у вас перешло благодатию Христовой к нам в Москву".
Хотя исторические справки Арсения и далеко неточны и наивны, но живость богословской мысли вся на стороне Арсения. Арсений правильно отделяет идею канонов от случайной стороны исторических фактов. Правильно разгадывая догматический и канонический принцип православия в истории и держась за него, нельзя творить себе кумира из изменчивой оболочки истории.
Арсений говорил грекам: "у вас был благочестивейший царь", а теперь его нет. Есть и другие глубокие перемены. На II вселенском соборе КПльскому патриарху положено быть после римского. А оглянитесь на себя, что теперь? Патриарх не может и по городу пройти с крестом на голове. Ни проехать в крестном ходе на осляти. И на церквах нет крестов. Такому патриарху не только против римского, но и против московского величаться невозможно.
Вместо этого унижения у нас ныне на Москве патриарх не только как 2-й по римском, но и как древний благочестивый папа украшается, нося на главе своей белый клобук Сильвестра папы римского". И тут ссылается Арсений на повесть о белом клобуке и завершает все победоносным заключением: "и будут первые последними, а последние первыми".
В Посольском Приказе Арсения не похвалили за такой откровенный анти-греческий патриотизм. Задали ему выговор за недипломатичность и приказали впредь держать себя в рамках инструкций и поручений.
В 1651 г. II.24 Арсений снова был послан на Восток. Ему был дан приказ при заезде в Яссы не застревать около патриарха и ехать независимо от его людей на Восток одному. Арсений выехал из Ясс 5.V.1651 г. в КПль. Побывав на островах Архипелага, прибыл в Египет, где беседовал с Александрийским патриархом Иоанникием. Из Египта проехал по Палестине. Оттуда через Сирию, Малую Азию, Грузию и Кавказ вернулся в Москву из своего двухлетнего путешествия 7.VI. 1653 г. Свои наблюдения Арсений записал в дневнике под заглавием "Проскинитарий" (т.е. Поклонник святым местам).
Арсений описывает и обобщает, как многое у греков с Москвой не сходится: аллилуйя они троят, у них пять просфор, а не семь; крестные ходы против солнца, а не посолонь; крещение больных и через обливание. Примечательно, что о перстосложении Арсений молчит. Видимо, на него произвело подавляющее впечатление всеобщее на Востоке троеперстие.
Книжное (рукописное) собирание Арсения стало драгоценностью для русской науки в будущем, но не в то время. Из собрания Арсения в значительной мере составилась знаменитая московская рукописная библиотека, прозванная Типографской. К сожалению, в тот момент самых книжных исправлений не хватало в Москве ни научных знаний, ни метода для грамотного использования рукописных сокровищ. Исправления шли случайным путем.
Видя, что все церковные дела идут не по его воле, Иосиф к концу жизни очень скучал и говорил: "переменить меня, скинуть меня хотят; а будет де и оставят, я де и сам за сором об отставке стану бить челом". Но это была ложная мнительность. Царь Алексей М. в письме к Никону, описывая смерть п. Иосифа, возражает на эти жалобы: "а у меня и отца моего духовного (т.е. Стефана Вонифатьева) ей, на уме того не бывало. И помыслить страшно на такое дело. Прости, владыко святый, хотя бы и еретичества держался (патриарх), и тут мне как одному отставить его без вашего собору? Чаю, аще в дальнем ты расстоянии с нами грешными, едино тоже речеши, что отнюдь того не бывало, чтобы его — света отставить или ссадить с бесчестием. Ты сему помышлению нашему свидетель". У патр. Иосифа была горькая обида просто на то, что сантиментальный по природе ц. Алексей свои симпатии перенес на других духовных лиц, более ярких, в частности — на Никона. Царь и не помышлял о самоуправстве в делах церковных. Это доказывает его излишняя скрупулезность в суде над Никоном: он не дерзнул судить его без прямого участия восточных патриархов.
Патр. Иосиф простудился 5-го апреля. В Вербное воскресенье (11.IV) ему немного полегчало. Иосиф "на злую силу ездил на осляти" и слег снова. Во вторник страстной понасиловал себя, отпевал боярыню Плещееву, соблазнился на богатую плату. В великую среду должен был совершать обряд прощения с царем и народом, но свалился окончательно и от высокой температуры впал в бред и забытье. Когда царь пришел к патриарху в Крестную Палату, то пришлось целый час ждать выхода патриарха. Он был в бессознательном состоянии. Когда его вывели, он, не узнавая царя стал благословлять дворецкого. Зазвонили к вечерне. Патриарха так била лихорадка, что царь ускорил обряд прощения. Царь поклонился в землю, а патриарх уже не мог. Царь поцеловал у патриарха туфлю; на туфлях были изображены херувимы. Позднее Никон изображал на туфлях уже благовещение. Такими увлечениями русские теряли право упрекать пап за кресты на туфлях. Во время утрени в Великий четверг патриарха соборовали, а во время обедни он скончался. Раздался похоронный звон. "Страх и ужас объяли всех", — описывает царь в письме к Никону на Соловки, — "скорбели, что патриарх оставил их в такие великие торжественные праздники". При погребении царь "надселся плачучи". Лично он относился к Иосифу с благоговением. Но другие не любили Иосифа за корыстолюбие. Сосредоточенный на мечте приобретения поместья — монастыря на помин души, Иосиф собирал большие деньги. По смерти его, кроме 15.000 рублей домовой патриаршей казны, найдено и его личной, так наз. "келейной" казны 13.400 рублей. Это на деньги конца XIX в. равнялось сумме около 230.000 в золотых рублях, т.е. около 460 тысяч долларов нынешних. Сверх этого найдено много золотой и серебряной посуды, тщательно запакованной в бумагу. Большею частью это были вещи бояр, занимавших у патриарха деньги под залог. Таков был обычай, при отсутствии узаконенных ломбардов и банков, вверять ценности епископам и архимандритам богатых монастырей. Царь самолично составлял опись имущества. Очевидно, опасался, что закладные ценности могли быть расхищены. Духовенство было озлоблено на патриарха за то, что он всех ставленников из чужих епархий требовал являться в Москву. Здесь они посвящались, получали "перехожие грамоты" (переводы с места на место) и здесь оставляли от 6 до 15 рублей в Патриаршем Приказе. Царю пришлось понуждать духовенство, чтобы попеременно читать над гробом. Даже слуг патриарших нужно было задабривать — всем немедленно раздать не менее, чем по 10-ти рублей. Жаловались, что патриарх у них сильно сократил жалованье, сделал их "в конец бедными". Нелюбовь к Иосифу расчищала дорогу к лучшим ожиданиям от его будущего заместителя. Его лицо не оставляло сомнений. Это был любимец царя, архимандрит Никон.