За время поездки Никона в Соловки в Москве схоронили патр. Иосифа. Формальными кандидатами на патриаршество были митр. Ростовский Варлаам, Антоний, епископ Углицкий и, конечно, Никон. Члены передового московского кружка, к которому принадлежал и Никон, называли кандидатом и Стефана Вонифатьева, но тот благоразумно и решительно отказался, указывая на Никона, как на единственно угодного царю. Старые друзья даже мечтали, что Никон будет выдвигать их. Но Никон слишком полон был большими принципиальными замыслами возвышения церковной власти, что не мог удержаться на неподвижной позиции этих как-никак московских "провинциалов". Он решительно примыкал к большой государственной мысли царя Алексея о превращении русского царства во вселенское, нео-"цареградское", и решительно был занят своей программой максимум о возвышении церкви над царством. Поэтому неизбежно он высоко вознесся над своими бывшими друзьями, и как бы обидно забыл их в своих диктаторских планах. Никон, после соборного обычного избрания его, долго не соглашался принять патриаршество, не ради пустой церемонии. По его убеждению, он должен был совершить исключительной важности подвиг освобождения церкви от государства и возвышения ее над государством, а для этого он должен был получить и исключительные полномочия. Царь с духовенством и боярами, в Успенском соборе, на коленях и со слезами умоляли Никона. И тот, в свою очередь тоже со слезами и волнением, требовал от них исключительных обещаний и клятв. "Если вам угодно, говорил Никон, чтобы я был патриархом, произнесите обет в этой соборной церкви..., что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила св. Апостолов и св. отец и законы благочестивых царей. Если обещаетесь слушать и меня, как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить церковь, то я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства". И такое обещание царь и собор Никону дали. Это было 22 июля 1653 г. Никон был еще в расцвете своих сил. Ему было только 47 лет. Вероятно, давшие обещание догадывались, о каком устроении церкви Никон главным образом будет радеть: что он будет бороться с тенденциями Уложения 1649 года. Никон, став патриархом, признавался, что, как архимандрит, он в свое время вынужден был подписать Уложение неохотно и в душе затаил протест. Позднее писал он: "я постоянно просил царя об этой проклятой книге, чтобы миряне духовных не судили. Но кроме уничижения ничего не получал".
В чем же состояла суть реформы Уложения 1649 года? Уложение — предтеча будущей земельной секуляризации 1764 г. Но оно еще не коснулось самой земледельческой базы церкви. Самые земли, как источник кормления, еще остались в руках архиереев и монастырей нетронутыми. Взята генерально в руки светской власти только чисто государственная по своей природе судебная функция над народонаселением церковных поместий и частично функция административная. Было что-то противоестественное, в духе азиатских теократий, в том, что не государство, а сами церковные власти "судили и рядили" свое население по всем гражданским тяжбам и преступлениям. Иерархия еще не могла постигнуть всей уродливости этого архаического права. Правда, категория дел специфически уголовных, насильнических (кража, разбой, убийство) была искони в руках тиунов и бояр государственных. Но по всем остальным цивильным делам архиереи и монастыри судили и рядили своих людей сами. Т.е., кроме духовенства и монашества, что само собой разумеется, церковные власти судили и все мирское население их поместий. Штрафовали и сажали виновных в свои тюрьмы и организовали для арестантов принудительные трудовые повинности.
Это право на чисто государственную функцию суда и администрации было явным пережитком старой удельной эпохи, когда княжества и земли "согосударствовали" с центральным правительством. Создавая единодержавие, Москва ревниво забирала в свои руки и власть, и администрацию, и финансы. Новые мелкопоместные служилые категории за свое земельное "испомещение" несли общее государственное тягло натурой и денежным обложением, не претендуя на независимость от центральной власти. Разумеется, наряду со всеми служилыми людьми и церковные землевладельцы несли государственное тягло, платя и денежное обложение в царскую казну, и натуральные повинности, и военно-мобилизационные ("конен, люден и оружен"). Но все-таки государство имело нужду для расплаты со все возраставшим служилым классом в еще большем запасе земель. И потому манило церковное население разными льготами, чтобы оно само тянуло к землям государственным. Нужно было чем-то вырвать население у церковных властей даже частично, не снимая с земли. Это был метод так называемых "тарханных" и "несудимых" грамот. Тюрко-татарский термин "тархан" значит свободный привилегированный человек. По таким грамотам церкви, монастыри с их духовенством, братией, слугами и крестьянами уходили из ведомства церкви в ведение суда и управления государственного. К XVII веку для этих дел создался даже особый государственный "Приказ Большого Дворца". Вопреки жалобам еще Стоглавого Собора 1551 г., процесс бегства из ведомства церкви продолжал расти. Но чисто духовные дела (брачные, семейные, по духовным завещаниям), конечно, по-прежнему оставались в ведомстве суда чисто духовного на тех же территориях. В начале XVII столетия судебные дела церковных людей составили в Приказе Большого Дворца даже особый отдел под названием "Монастырский Приказ".
Дальнейшее и окончательное завершение процесса огосударствления всего суда и администрации проведено было Уложением 1649 г. То, что прежде достигалось частичными урывками через тарханные и несудимые грамоты, теперь полностью передано было государству. И этот блок дел во всем его разросшемся объеме, став делом государственным, сосредоточился в том же светском судебном учреждении, но сохранившем свое устаревшее название "Монастырского Приказа". Кончились привилегии духовенства и церковного населения по делам гражданским. Вся эта "монастырская" (по старой терминологии) масса дел стала светской, государственной. Кончилась и пестрая путаница разных "несудимых" грамот. Все они отменены и перекрыты общей системой равного государственного права.
Осталась лишь одна непоследовательность, одно исключение. За патриархом, как за неким удельным князем, оставлено его прежнее "домовое вотчинное право". Его епархия-область изъята из ведения Монастырского Приказа. Все боярские, дворовые, приказные люди и крестьяне патриарха судились и управлялись по-старому, т.е. патриаршими чиновниками.
Вся эта большая реформа 1649 г. не называется еще общим термином "секуляризации", потому что самое право на церковные земли, на экономику в них и доходы не отнималось еще у духовенства, церквей и монастырей. Церковь по-прежнему и еще надолго оставалась крупнейшим землевладельцем и помещиком. Происшедшее ограничение судебно-административного ведомства церкви было исторически неизбежным и закономерным. Русское государство при царе Алексее ускоренным темпом перерождалось из государства вотчинного в государство чистое: правовое и бюрократически-полицейское. И вотчинечество церкви, наряду с ликвидацией вотчинечества всех уделов, даже вотчинечества самого царя, должно было быть ликвидировано.
Нужда экономическая и техническая в этом переломе была острая. Но ясной идеологии не было ни у той, ни у другой из столкнувшихся сторон.
Церковь понимала свой быт, как каноническую вечную норму, и в букве греческих номоканонов видела подтверждение этой нормативности. Это было недомыслие. Но и государственная сторона не знала, как ей быть с этой канонической буквой. Не имела силы знания, чтобы истолковать ее правильно, исторически. По инстинкту государственной неизбежности правящие люди делали то, к чему вынуждала их жизнь. Смягчали свои акты компромиссами. Таковы, например, исключения 1649 г. для патриаршей области. Но оправдать себя принципиально и теоретически не умели. Шли на обходную борьбу от случая к случаю, придираясь к деловым и хозяйственным упущениям церковного управления; к смене лиц, к суду и тяжбам, даже к обращению к грекам за помощью в борьбе с родной русской церковью. Завязывалась слепая борьба двух непросвещенных сторон. Героями ее пришлось быть родным братьям по духу, по вере, по культуре, по мировоззрению: патриарху Никону и царю Алексею. Совершенно иначе было при Петре Великом. Тот прямо выдвигал против церкви иные, новые, чуждые принципы...
Эта история XVII века прискорбная и по существу лишняя, крайне невыгодно обернувшаяся для церкви, ибо объективная историческая правда была на стороне государства. Но неправильная защита государством своих прав, превратившаяся в насильственное давление над правосознанием церкви, делала правой и церковную сторону в ее обиде на государство. Однако, все затемнялось неумением точно объяснить свои права и правильно разделить в них принципиальное и вечное от преходящего и исторически случайного.