Для идейной борьбы с Уложением патр. Никон впервые напечатал в 1653 г. свою знаменитую церковно-славянскую Кормчую с древних рукописей.
Ради фактической борьбы с ограничениями собственнических прав церковного хозяйства, Никон с особым вдохновением умножал патриаршие земельные владения и расширял границы собственной патриаршей области. При Никоне они достигли небывалых размеров. И сам царь, забывая Уложение, вновь жертвовал Никону имения. И Никон, презирая Уложение, вновь приобретал.
От Москвы на сотни верст простирались патриаршие земли. На севере (Архангельская, Вологодская, Новгородская области) целые пространства вновь приобретены были Никоном. Едва не целые уезды Новгородской губернии: Валдайский, Крестецкий, Старорусский. В Тверском крае: Ржев, Осташковская область. На Волге; рыбные ловли в Казанском и Астраханском краях. На юго-западе, в сторону Киева много пространств, взятых у Польши. На юге: земли вплоть до Крымских степей. По свидетельству Павла Алеппского, до Никона в патриарших владениях числилось до 10.000 домовых хозяйств. При Никоне их число возросло до 25.000.
Среди этой внутренней церковной "империи" Никон построил три монастыря, предназначенных для роли как бы личных династических владений церковного монарха. Иверский монастырь, близ города Валдая (Новгородской области), Крестный монастырь на острове Белого моря, близ устья р. Онеги, и Воскресенский монастырь, названный "Новый Иерусалим" (около г. Воскресенска, недалеко от Москвы). Претенциозное название Новый Иерусалим воплощало целый комплекс великодержавных мечтаний Никона. Кроме копирования Иерусалимского храма Гроба Господня, алтарь в этом храме имел пять отделений с пятью престолами для всех пяти патриархов. Средний престол Никон предназначал для себя, не только как для хозяина, но и как для первого воистину вселенского из патриархов.
Эти три монастыря царь пожаловал Никону в его личное владение. Новый патриарх принялся с вдохновением за выполнение той программы своего служения, которая была из долговременных личных бесед и внушений хорошо известна царю и разделялась последним, ибо исходила от царского духовника, протопопа Стефана Вонифатьева. Это была одна из идей того передового кружка, в котором сформировалось мировоззрение и самого Никона. Эту программу можно назвать программой московского церковного великодержавия, требовавшей срочных и чрезвычайных реформ в русской церкви для ее вящего исправления и прославления. Греческий образец при этом брался и в контраст латинству, и ради приближения церкви русской к греческому восприятию на случай ее прихода в самый Царьград.
В это дело Никон вложил весь свой бурный темперамент и свою неумеренную властность. Он делал все с богатырским напором и увлечением. Он любил пышные богослужения и неустанно совершал их, привлекая к сослужению всех разрядов клириков от 40-ка до 75-ти лиц. Украшался самыми дорогими облачениями из патриаршей ризницы и создавал новые, небывало роскошные. Например, к Пасхе 1655 г. был заказан саккос из венецианской парчи чистого золота, усыпанный жемчугом и драгоценными камнями в таком количестве, что весил полтора пуда; один епитрахиль, максимально украшенный, весил около пуда. Стоимость облачения по тогдашнему оценивалась в 30.000 рублей. Такая преувеличенная богослужебная пышность подсказывалась не просто одной суетностью, но была для Никона символом и орудием усиления его власти. Никон хотел реализовать права, какие он вычитывал для себя в букве Кормчей. Например, Павел Алеппский сообщает, что до Никона ни один епископ не ставился без царского указа. А Никон стал это делать, равно единственно по своей власти — и судить и запрещать епископов. Так, Павла Коломенского он единолично низложил и сослал, а Симеона Тобольского запретил. Никон и епархиальных архиереев поддерживал в тех же претензиях на независимость от царских интервенций. Архиереи с его легкой руки стали называть себя "государями" и говорили: "мы суду царскому не подлежим, судит нас сам патриарх".
Никон был строг и тираничен в суде над духовенством. Особые дьяки Никона ходили по церквам Москвы и доносили ему о беспорядках. Патриаршие стрельцы забирали на улицах нетрезвых попов и сажали в каталажки. Все это и раньше практиковалось. Но при Никоне приняло характер "террора". Слуги Никона тоже стали заносчивыми. Это взволновало и подняло против Никона большинство Москвы. Начиная с бывших друзей Никона — прот. Стефана Вонифатьева, Иоанна Неронова, Аввакума — все духовенство поднялось против патриарха. Гордость и недоступность Никона были безмерными. Говорили "у него устроено подобие адовых предписаний; страшно к воротам подойти". И. Неронов писал Никону: "Какая тебе честь, что ты страшен всякому. Кто ты? Зверь лютый (т.е. тигр), или медведь, или волк, или рысь? Дал тебе благочестивый государь волю, и ты, зазнавшись, творишь всякие поругания, а ему государю сказываешь: я де делаю по евангелию и по отеческим преданиям". Стефан Вонифатьев и с Нероновым в 1653 г. подавали даже царю формальную жалобу на Никона. Никона упрекали:. "он любит сидеть высоко, ездить широко". Но особенно неблагоприятной для Никона оказалась вражда к нему боярства из-за его претензий на сферу чисто государственной деятельности. Царь дал Никону титул "Великого Государя", который по праву царского отца носил в свое время патриарх Филарет. А Никон смело пользовался этим титулом, видя в нем и свою реальную власть. В предисловии к Служебнику 1653 г. царь и патриарх называются "двоицею, сугубицею, богоизбранною". Это Никоново теократическое убеждение. Никон был советником царя в деле присоединения Малой России. Он советовал воевать и с поляками (1654 г.) и со шведами (1656 г.). Уезжая из Москвы в походы, царь оставлял Боярскую Думу под контролем Никона. Никон слал указы воеводам в такой форме: "указал государь царь великий князь всея Руси Алексей Михайлович и мы, великий государь и патриарх..." Воеводы Никону адресовали свои челобитные. Боярин наместник Москвы и другие чины не имели права никакого дела решать без доклада патриарху. Даже коллективные боярские приговоры утверждались Никоном. Явившиеся к Никону самые высокопоставленные бояре принимались им стоя и получали инструкции, как поступать в том или другом случае. Когда бывало коллективное заседание с боярами и кто-нибудь опаздывал на минуту после звонка, ему приходилось ждать на дворе на холоде, пока патриарх не распорядится впустить в залу заседания. И духовным лицам был чужд этот стиль государственного властолюбия и помпы. Говорили про него: "он принял во власть строить вместо евангелия бердыши, вместо креста топорики на помощь государю, на бранные потребы". На Никона царь оставил и свое семейство, уезжая в поход. В Москве случилась моровая язва. Попечением Никона царская семья перевозилась в безопасные места. Никон вел переписку и с иностранными дворами: с Грузией, Молдавией, Валахией.
Боярская оппозиция Никону зародилась еще в бытность его митрополитом Новгорода. Там он был владыкой над боярами и в государственных делах. И еще раньше, когда Никон ездил в Соловки за мощами м. Филиппа, был он неумеренно строг к сопровождавшей его боярской свите: мучил их постами и долгими церковными стояниями. Князь Хованский писал в Москву, прося довести до сведения царя их горькую жалобу, что Никон "ему и боярам житья не дает. Они совсем пропали от Никоновской строгости. Никогда такого бесчестия не бывало, что теперь государь нас выдал митрополитам. Лучше бы на Новой Земле за Сибирью пропасть, нежели за новгородским митрополитом быть".
Личные обиды боярства подогревали и обостряли уже осознанную ими вражду Никона к их детищу — Уложению 1649 г. И Никон не сдерживался в своих постоянных принципиальных нападениях. В боярской думе патриарх обличал бояр то в корысти, то в политически опасной игре с иностранцами. Пользуясь отсутствием царя во время войн 1654-1655 гг., Никон уже прямо превозносился над боярами, приучая их к покорности патриаршей власти в целях задуманного им своего рода переворота. Мысль о примате Церкви над государством туманила Никону голову. Не понимал он по своему научному невежеству, что мысль эта чужда всему восточному православию, что к нам просочилась она тоже благодаря научному невежеству в XV веке. Отсюда неистовая ярость Никона к Уложению и страстная мечта о возвращении церкви старой имущественной власти.
Но ни этих обид, ни принципиальных замыслов Никона бояре не могли простить ему. И прямо задались целью подорвать его фаворитское положение и свергнуть это иго временщика. Создался против него персональный комплот[7]: Стрешневы, родственники царя по матери, Милославские, родственники по первой жене, свояк царя Морозов, и даже сама царица Марья Ильинишна. Всем им казалось, что Никон оттер их от царя. Не хотели понять, что царю дороги были таланты Никона и было мало толку от бездарных родственников. К родственникам царя примыкали: кн. Никита Одоевский, (идеолог и автор Уложения), кн. Алексей Трубецкой, Юрий Долгоруков, Салтыков. Стрешнев выучил своего пуделя складывать лапки крест на крест, чтобы вышучивать благословения Никона.
Но были у Никона и идейные друзья, это — поклонники просвещения и умеренные западники того времени, Ф.М. Ртищев, Артамон Матвеев и Ордин-Нащекин. Из родственников царя одна сестра его, Татьяна Михайловна была горячей поклонницей Никона. В ее горнице висел огромный портрет его, сохранивший и для нас его черты. Эта царевна осталась верной почитательницей Никона до самой его смерти.