Так началось путанное дело патриарха Никона и смутное междупатриаршество на целое почти 10-летие, до 1667 г.
На этот период пало неблагополучное разрешение вопроса о книжных исправлениях, так бурно двинутых патриархом Никоном.
Это дело, породившее наш несчастный раскол, стало так общеизвестно, что непосвященным оно кажется главным делом Никона. Идея исправления книг для п. Никона была попутной случайностью, выводом из главной его идеи. А самое дело книжной справы было для него старым традиционным делом патриархов, которое надо было просто по инерции продолжать. По началу Никон разделяя все "провинциальные" взгляды москвичей, столь характерные для вождей старообрядчества. Он вместе с ними отвращался от немосковских "новшеств". Еще будучи новоспасским архимандритом, Никон открыто говорил то же, что было общепринято думать о православных — не москвичах, т.е. о русских из Польши. Прот. Ив. Неронов позднее попрекал Никона: Святитель иноземцев (разумеются греки) законоположение ты хвалишь и обычаи тех приемлешь, благоверны и благочестны тех родители нарицаешь. А мы прежде сего у тебя же слыхали, что многажды ты говаривал нам: "гречане де и Малые России (люди) потеряли веру, и крепости и добрых нравов нет у них. Покой де и честь тех прельстила и своим де нравом работают, а постоянства в них не объявилось и благочестия нимало". Но вскоре Никона осенила гигантская идея — осуществить через Москву Вселенское Православное Царство. А для этого необходимо уравняться с греками в обряде и чине. Следовательно, и поправлять книги и обряды надо не по древним славянским, а по греческим текстам, и именно нынешним. Из этого и проистекли все соблазны старообрядцев, хотя и этот метод исправлений по греческим образцам тоже не оригинален для Никона. Так дело пошло еще при патриархе Иосифе. Вызванные из Киева справщики сразу же, с 1649 г., повели дело исправления по греческим образцам. Так в послесловии к Иосифовой Кормчей, напечатанной по благословению патр. Иосифа (1649 г.), говорится: "многие переводы сия святыя книги Кормчия ко свидетельству типографскаго дела собрани быша. В них же едина паче прочих, в сущих правилех крепчайши. Наипаче же свидетельствова ту книгу "греческая Кормчая книга" Паисий патриарх святаго града Иерусалима, яже древними писцы написася за многия лета, ему же патриарху Паисию, в та времена бывшу в царствующем граде Москве".
И в послесловии к Шестодневу, напечат. в 1650 г., справщики сообщают, что в тексте оставлено все по-старому, ибо при перепечатке у них еще не было греческого текста. Как только они получили, так в конце делали изменения сообразно с греческим оригиналом: "Понеже и во греческих переводах по сему же уставу обретохом, еже воскресные кондаки на тех местах глаголати. Сего ради и последующе сему, тако же указахом и положихом в конец книги сея. Наряду же указанному да не дивится никтоже, ниже смущается о сем, зане с прежних переводов печатаны, а греческих еще не видехом". Таким образом, принцип греческой правки был открыто усвоен еще до Никона в излюбленное старообрядцами Иосифово время. Это "греческое" направление дела особенно сознательно укрепилось с момента 1649 г., когда приехал в Москву из своих Молдавских монастырей за милостыней Иерусалимский патриарх Паисий. Ознакомившись с делом исправления, Паисий горячо им заинтересовался. Именно в простодушном смысле поправления решительно всего по греческому образцу. Паисий во всем "задирал" москвичей, что у них все не по-гречески, т.е. по его мнению ошибочно. И это, в частности, произвело впечатление на Никона, в ту пору бывшего в Москве. Произвело впечатление и на царя и, очевидно, на весь передовой кружок протопопов. Под влиянием разговоров с Паисием возник и проект посылки Арсения Суханова на восток за греческими книгами. Интерес к ним теперь повышался не только для дела книжной справы, но и для постановки всего школьного дела на Москве, для усиления в нем греческих штудий. Вызванные же в это время из Киева ученые монахи получили большой кредит и смелее заработали над правкой книг по греческим текстам. Арсений Суханов и поехал в первый раз с Паисием. Но его споры с греками смутили греческий патриотизм Паисия. Паисий решил направить в Москву побольше ученых греков, знавших и славянский язык, чтобы они могли защитить греческий авторитет от таких зубастых московских спорщиков, как Арсений Суханов. Он, например, послал в Москву митр. Гавриила (городов Навпакта и Арты), знавшего церковно-славянский язык. Гавриил пробыл в Москве до февраля 1653 г., являясь советником по делам справы. В письме к царю патриарх аттестует Гавриила, как "премудрого учителя и богослова великия церкве Христовой... Такова в нынешних временах в роде нашем не во многих обретается". Гавриил рекомендуется, как высококомпетентный ответчик за православие: "в котором месте ни будет, отвещати за нас во всех благочестивых вопросах православныя веры нашея". К этому прибавляет такую же блестящую рекомендацию и бывший на покое в Молдавии КПльский патриарх Иоанникий. По его словам в особом письме к царю о Гаврииле этот последний аттестовался как "богослов и православный в роде нашем. Что произволит великое ваше царствие от него вопросити от богословия и изыскания церковнаго, о том ответ будет держати благочестно и православно, яко же восприя благочестивая Христова великая апостольская и восточная церковь".
В июне 1653 г. Арсений вернулся из второй поездки на Восток с докладом (Проскинитарий) и с книгами. Все подтверждало расхождение в обрядах. Никон стал уже патриархом. Приехавший в апреле 1653 г. в Москву тоже бывший КПльский патриарх Афанасий (Пателяр) также "зазирал" Никона в обрядовых разницах. По просьбе Никона патр. Афанасий написал чин архиерейского служения на Востоке. Никон велел перевести его и находил его более пышным и возвышавшим честь патриаршую. Тогда же в 1653 г. Никон, движимый тем же интересом усвоения греческого обряда, обращается к КПльскому патриарху Паисию за книгой "Скрижаль", о которой он прослышал, как дающей объяснения литургии и прочих таинств. "Скрижаль" тотчас по получении была переведена на церковно-славянский язык. На Печатном Дворе тогда было уже собрано много переводчиков; киевский иеромонах Епифаний Славинецкий, его ученик, чудовский иеродиакон Евфимий и Арсений Грек.
Последний — фигура особого рода. Арсений Грек много навредил репутации Никона своей авантюрной фигурой. Среди греков таких было не мало. А для пуританской Москвы это была мерзость. Арсений из турецких греков, из богатой семьи, учился в греческой гимназии в Венеции, а затем в Риме, в униатской коллегии св. Афанасия. После 5-ти лет римской коллегии, конечно, купленных ценой измены вере, Арсений проходил Падуанский университет по философии и медицине. Вернувшись на родину, он опять стал православным и стал подвигаться к епископству. Но турецкие власти придрались к нему, как к венецианскому шпиону. Арсения посадили в тюрьму. Тут под пытками, ради спасения головы, он вынужден был принять ислам и обрезаться. Выйдя из тюрьмы, он бежал в Валахию, затем в Польшу и в Киев, ища там профессуры в Могилянской коллегии. В 1649 г. через Киев проезжал в Москву Иерусалимский патриарх Паисий. К нему напросился Арсений. И тот взял его в Москву, как блестящего дидаскала. В Москве сразу взяли Арсения на роли учителя греческого языка. В этот момент Паисий не знал еще ясно биографии Арсения. Секрет этот открылся Паисию только уже на обратном пути из Москвы, в пограничном городе Путивле. Немедленно добросовестный патр. Паисий написал в Москву. И Москва Арсения грека взяла под суд. Сначала Арсений пробовал запираться, а потом сознался. Его осудили на исправительную ссылку в Соловецкий монастырь (27.VII.1649 г.). В Соловках монахи придирались ко всему: и рубашки у Арсения тонкого полотна и шейный крест дорогой. Напрасно "европеец" доказывал им, что не везде люди живут одинаково. Пришлось всему покориться: — научиться есть постную пищу и креститься двуперстно. Арсения выручил из беды приезд летом 1652 г. митр. Новгородского Никона за мощами святителя Филиппа. Никон взял Арсения опять в Москву и сразу поместил его на патриаршем дворе для учительства в эллино-латинской школе, открывшейся в Чудовом монастыре. А через год Арсений стал и справщиком книг вместе с другими справщиками Никонова времени. Таковы: иером. Иосиф (бывший прот. Ив. Наседка), иером. Савватий, Чудовский иером. Евфимий, знавший греческий, латинский, еврейский и польский языки, Иван Озеров, ученик Киевской Академии и Ртищевской школы. В 1652 г. Никон взял весь Печатный Двор из ведения Дворцового Приказа в свое ведомство, сам назначил справщиков и принялся энергично продвигать дело правки печатаемых книг. В плане собирания старых рукописных и печатных книг из всех монастырей Никон поручил иеродиакону Евфимию обследовать библиотеки многих монастырей. Евфимий ради этого обходил и объездил тридцать девять монастырей. В них он осмотрел 2.672 книги и составил им опись. Все эти книги Никон приказал выслать в Москву. Арсению греку поручено было съездить за книгами в Новгород и в Киев. Арсений Суханов приобрел на Афоне 498 книг. До 200 книг прислали восточные патриархи. Но с этим обогащением новыми текстами московского центра работа справщиков и печатание книг не считались. Печатание шло полным ходом и своим чередом.
Уделяя внимание самоличному обзору содержания патриаршей библиотеки, Никон сделал для себя некие открытия, которые его еще более подстегнули к делу исправления книг и обрядов. Никона заинтересовали деяния КПльского собора 1593 г. об окончательном утверждении русского патриаршества, но они сохранились только в греческом оригинале. Никон попросил Епифания Славинецкого перевести деяния на русский язык. Внимание Никона привлечено было теми выражениями деяний, где русский патриархат обязывался быть согласным во всем с восточными собратьями и ради этого изглаждать всякие разногласия. Никон особенно принял это к сердцу и применил ко всей области чинов и обрядов. По его убеждению, III Рим не мог быть ни отсталым, ни разногласящим со II Римом. Задумано — сделано. Никон дает прямую директиву: начать исправлять книги по текстам греческим. Так, немедленно в изданиях Псалтири (1652-53 гг.) велено опустить две статьи: а) о двуперстном сложении крестного знамения, и б) о 16-ти земных поклонах на "Господи и Владыко живота моего". Такой крутой поворот руля вызвал бурю. Справщики запротестовали, и двое из них — Иосиф и Савватий даже ушли. Никон, видя оппозицию, попробовал перед великим постом 1653 г. издать об этих двух пунктах специальный циркуляр — "Память", формулированный кратко, без мотивов. Это было непривычно по форме. Никогда прежде таких циркулярных меморандумов и оповещений о перемене текстов и обрядов не делалось. А просто, после совещания печатников с церковными властями, все изменения вносились в тексты, печатались и практическим путем постепенно входили в богослужебный обиход. Никонов меморандум звучал так: "По преданию св. апостол не подобает в церкви метания творить на колену, но в пояс бы вам творить поклоны". Это значит на "Господи Владыко" только четыре великих поклона и 12 малых, вместо прежних 16 великих. "Еще и тремя бы персты есте крестилися".