Сосланный в Сибирь Аввакум по дороге, как сам пишет — "везде и в церквах и на торгах ересь Никонианскую обличал". И. Неронов, едучи в ссылку, в Вологодском соборе после литургии держал речь: "Завелись новые еретики, мучат православных, творящих поклоны по отеческим преданиям, а также о сложении перстов толкуют развращенно". В самом месте ссылки, на Каменном Острове, Неронова навещали "боголюбцы от всех стран". Жители Мурома ходатайствовали пред Рязанским епископом за протопопа Логгина, охранителя "апостольских и отеческих преданий". Неронов с дороги посылал московским друзьям послания. Осев в Спасокаменном монастыре, при тайном сочувствии властей и стражников, вел переписку с царским духовником, с боярами, по-видимому, о своем бегстве из ссылки, что и удалось ему осуществить не без сговора с московскими кругами, при молчаливом попустительстве самого царя. Прибывший в Москву Неронов находит приют у бояр, отсюда отбывает в Игнатьеву пустынь, где и постригается с именем Григория. Никон понимал это попустительство, но решил анархию пресечь, изловить беглеца и церковно судить за непослушание. Посланцы Никона не могли схватить старца Григория, крестьяне их встретили враждебно, скрывая опального инока. Но Никон произвел беспощадно формальный суд. В воскресенье 18-го мая 1656 г. пред литургией в Крестовой палате, с участием восточных иерархов, провозгласил старцу Григорию отлучение от церкви:
1. за укорение греческого православия,
2. за смуту в народе,
3. за побег из монастырской ссылки.
На самой литургии во время малого входа архидиакон с амвона объявил эти вины Неронова, а священнослужители и дьяки с певчими по очереди пели: "да будет проклят". Григория снова увезли, а через полгода мы видим его 4-го января 1657 г. опять в Москве. Явно, что сила престижа патриарха уже значительно ослабела, а влияние на царя враждебной Никону партии возросло. Показательна дерзость инока Григория и неожиданное долготерпение Никона. Патриарх шел к литургии. Ему навстречу Григорий с вызывающим видом: "Я тот, кого ты ищешь". И пошел рядом с патриархом, продолжая говорить: "что ты один ни затеваешь, то дело не крепко"... Никон молчал. Более того, после литургии он позвал бунтовщика к себе в крестовую палату. Неронов продолжал изливать на Никона укоризны. Никон почти на все отмалчивался. Неронов попросил дозволения жить ему на патриаршем Троицком подворье, и эту неожиданную милость Никон ему оказал. Из дальнейшего видно, что Неронов просит патриарха избавить его от тяготы наложенной клятвы совместно с восточными иерархами. Вскоре после одной из воскресных литургий Никон читает иноку Григорию разрешительную молитву, причащая из своих рук, угощает трапезой и даже благословляет его служить по старому Служебнику. Все это говорит о большом переломе в тактических взглядах Никона, о назревающей скорби его от потери прежней любви царя и о готовности ради ее приносить большие жертвы своим самолюбием. Останься Никон на патриаршем месте, может быть, он, ради мира с царем и для достижения своей главной теократической мечты, и возымел бы смелость сделать генеральную уступку всей обрядовой оппозиции. Но боярская оппозиция спровоцировала и взорвала его на другом пункте. Рушилась ставка Никона на любовь и безграничное доверие царя, и Никон прибег к ультиматуму своего ухода. Это превратилось в несчастье и для него самого и для русской церкви. Всеобщая борьба с Никоном неожиданно санкционировала фанатизм вождей старого обряда и закрепила болезнь раскола.
По уходе Никона, местоблюстителем патриаршего престола был выдвинут враг Никона, любезный сердцу старообрядческой оппозиции, митр. Крутицкий Питирим, по положению своему естественный заместитель патриарха. Оппозиция осаждала Питирима и царя просьбами повернуть церковный курс против затеянных реформ. Григорий (Неронов) пишет царю о том, что нужно поскорее низложить Никона и начать "исправление церковное". Бояре вернули издалека из ссылки, правда, после 11-ти лет отсутствия, Аввакума. По словам последнего приняли его — "яко ангела" и царь радостно спросил: "здорово ли, протопоп, живешь?". Аввакум ответил: "Жив Господь, жива душа моя, царь-государь, а вперед что Бог изволит". За царем потянулись и бояре к протопопу, "челом да челом" ему. Поместили ссыльного в Кремле, прочили в царские духовники. Одаряли его деньгами, "всяк тащил всячину". Только уговаривали его "пока молчать". И Аввакум пишет, что он "потешил" друзей, помолчал с полгода. Но видя, что нет перемен, "паки заворчал". Подал царю челобитную: "старое благочестие взыскать, а новые Служебники отложить, да и все Никоновы затейки". И ходил лично к боярину Ртищеву "браниться с отступниками". Ходил с тем же к другим боярам и агитировал среди народа на улицах. В результате многие перестали ходить в церковь. Подал и еще царю "моленейцо", рекомендуя своих кандидатов на епископские кафедры. Церковные власти стали беспокоится, что Аввакум "церкви запустошил" и просили царя убрать из Москвы Аввакума. Партия порядка, и церковная и гражданская, взглянула на дело серьезно и решила не подрывать всего режима: убрать опасного агитатора подальше. Снова повезли Аввакума в далекую ссылку, в Печорский край, в Пустозерск. Но не ничтожна была и партия друзей старообрядчества. Уступчивого царя опять умолили не упекать Аввакума на Печору, остановили его пока в Мезени. За Аввакумом возвращен был из Сибири и прот. Лазарь в его Романов Борисоглебск. Но за "дерзость" его опять выслали в Пустозерск.
В самой Москве агитация не прекращалась. Действовал по своему положению диакона Благовещенского Собора зубастый на слове и на письме Федор. За ним шли: игумен московского Златоустова монастыря Феоктист, архимандрит Покровского за Яузой монастыря Спиридон, уставщик Симонова монастыря Серапион. По улицам и задворкам бродили с пропагандой инструктируемые ими юродивые. Юродивый Федор всучил царю текст Аввакумовой челобитной. Юродивый Киприан бежал за царским экипажем, выкрикивая: "добро бы, самодержавный, на древнее благочестие вступить!".
Значительная роль, как всегда в религиозной смуте, принадлежала женской группе агитаторов. Ученицами Аввакума были видные боярыни: Феодосья Прокопьевна Морозова и сестра ее, княгиня Евдокия Урусова, вместе с их подругой, женой стрелецкого полковника Марией Даниловой. Эти три боярыни по слову Аввакума составляли "троицу, тричисленную единицу". Аввакум записал данную им инструкцию: "женский быт одно говори: как в старопечатных книгах напечатано, так я держу и верую, с тем и умираю". Овдовевшая с 1662 г. боярыня Морозова все свои связи в высшем обществе покинула и значительное богатство отдала на служение старообрядческой оппозиции. Она держала приют для всех агитаторов. Юродивые Федор, Киприан, Афанасий и др. были ее приживальщиками и сотрапезниками. Тут же группировались и изгоняемые из монастырей инокини за приверженность к старым книгам. Это был целый штат для агитации по домам и семьям. Сама боярыня Морозова ходила облаченная в рубище с благотворительностью по богадельням и тюрьмам, превращаясь в "вождя" для части народа. к этому боярскому женскому центру тянулись и представители иерархии, как например, епископ Вятский Александр, Златоустовский архимандрит Феоктист и другие. Завсегдатаем был тут и Аввакум в годы своего пребывания на Москве. Он говорил своей излюбленной "троице": "вы моей дряхлости жезл и подпора". Над всей этой женской группой, при одобрении Аввакума, начальствовала как бы игуменья, способная к тому, Мелания. Аввакум величал ее: "материю великой, начальницей". Ядро этой женской общины сосредоточивалось в самом кремлевском Вознесенском женском монастыре. Уставщица монастыря Елена (Хрущева) приказала даже и петь по старому Служебнику. А когда власти запретили, то богослужение стало у них совершаться по кельям "с крылошанками".
Женская твердость и вдохновение, как известно, и в жизни самого Аввакума, играли большую роль в критические моменты. Аввакум рассказывает, как на обратном пути из Сибири, посещая тамошние церкви, Аввакум смутился, видя, что всюду служат по новым книгам. Он стал смущаться, уж не пора ли принять их? Жена его, Настасья Марковна, допрашивает: "Что, господине, опечалился?" — "Жена, что делать? Зима еретическая на дворе: говорить ли мне или молчать — связали вы меня! "Что ты, Петрович, говоришь! О нас не тужи! Силен Христос и нас не покинут! Поди, поди в церковь, Петрович, обличай ересь". Аввакум рассказывает, что он бил за это жене челом, "да и пошел, как прежде, учить везде и всюду". В другой раз при переправе через сибирскую речку, почти утопая и замерзая, жена Аввакума застонала "докуда же будем мучиться?" Аввакум отвечал: "до самые смерти, Марковна". И жена мужественно ему откликнулась: "добро, Петрович!".
Смелость агитации в Москве подымала дух оппозиции и в провинции. Епископ Вятский Александр, личный враг Никона за перемещение его с богатой Коломенской епархии, хотя и подписался в 1656 г. под осуждением вождей оппозиции, не скрывал теперь своей солидарности с ней. Суздальский соборный поп Никита написал большую челобитную против новых книг и против Скрижали. Своей агитацией против Никонова ставленника, Суздальского архиепископа Стефана, добился его смещения с кафедры. Соловецкий старец Герасим (Фирсов) распространял свое "Писание о сложении перстов". Немало было и других анонимных агиток в том же направлении. Поэтому замена старых текстов богослужебных книг новыми, при саботаже оппозиции, шла медленно. Продолжалась смута, не было строгого единства в церквах. В 1665 г. в послании к Иерусалимскому патриарху говорилось об этих годах: "весь церковный чин в несогласии, в церквах служит всяк по-своему". Для утишения беспорядка царь заставил архиереев составить собор: "быть собору в мае, июне 1663 г.". Так как на собор приглашались и защитники "старины", то они снова написали серию челобитных: Никита, Лазарь, Аввакум, Савватий, Антоний, Спиридон и др. Эти челобитные и все другие подобные им челобитные ярко свидетельствуют о всех мотивах и главном смысле всей старообрядческой оппозиции. Вопреки нашим бесцерковным историкам, пытавшимся свести всю драму раскола к будто бы социально-экономическим интересам, в голосе данных совершенно свободных челобитных нет и атома экономики и социализма. Это чистый беспримесный голос идеалистических глубин народной души, старой святой Руси. Челобитчики на имя царя подчеркивают, что бьют челом ему и не "о себе" и не "о своих", а о святой церкви. Докучают царю, чтобы "благочестию в поругании не быти". Объясняя почему не молчат, челобитчики говорят: "смущение велие в великой России о церковных вещех". Они не возражают, что вынуждены творить "раздор церковный". Что им, именно "как пастырям лепо" ревновать о восстановлении испорченного благочестия. Что в их бунте нет ни капли своеволия, тем более славолюбия, все упование их возлагается на воздаяние в жизни будущей. Они борются потому, что верят в неодолимость церкви, которая даже и "до днесь непреклонна и недвижима". "Еретическая церковь сегодня так, а на утро иначе творит, шатается сюду и сюду, то прибавит, то убавит догматов своих; истинная же церковь незыблемо стоит". А тут затеяли не "исправление", а "искривление". Не к лицу это хранительнице истины, III Риму — Москве. И это колебание очень грозно. Как бы не случилось через это и для III Рима "присвоения антихристу". Зловеще эта начатое "на конце века сего" исправление. Мысль эта о книжной реформе, как о предтече антихриста, через несколько лет вполне оформилась в сопоставлении решающего года московского собора 1666 г. с числом апокалиптического сатаны (=1000) и зверя (=666). Предшествующим этапом захвата сатаны была недавняя Брестская уния (1596 г.). Если так, то и приметой этого захватного дела антихриста является латинский колорит всего потока новизны, который вдруг просочился в церковь. Куда теперь не взглянешь, везде плевелы латинской ереси. Даже в мелочах вдруг вместо церкви пишут храм, очевидно, чтобы "с римляны не разниться". Ведь римляне служат "в простых храмах — костелах". В херувимской вместо "трисвятую песнь приносяще" заменили словечком "припевающе", "яко же латины ко органом припевают"; "за сим словом хотят органы внести в церковь". Проведено Никоном латинство и в самый символ веры. Никон приказал вместо "несть конца" читать по униатски: "не будет конца". В 8-м члене веры Никон выбросил слово "истиннаго", "ревнуючи римскому папежу".