Царь за это время не решался избрать нового патриарха. И это было его большой ошибкой. Он слишком наивно и по-русски был канонически совестливым. Напрасно преувеличивал свой местный канонический вопрос о поставлении нового патриарха до значения вопроса вселенского, что потребовало несчастного привлечения к этому делу восточных патриархов.
Течение времени великий фактор для человеческой психологии. И вот от затянувшейся неопределенности своего положения, полный сил и энергии Никон начинал тяготиться им. В бездействии родилась мысль о возврате к власти. Для иллюстрации этой эмоциональной непоследовательности и просто слабости нельзя не протицировать одного письма Никона к царю от 1659 г., где он до наивности откровенно изливает свою тоску о радостях прежней жизни в дружбе с царем: "Бе иногда во всяком богатстве и единотрапезен бе с тобою. Не стыжуся о сих похвалитися. Питан яко телец на закаление толстыми многими пищами по обычаю вашему государеву, его же аз много насладив, вскоре не могу забыти. Еже ныне июля в 25-й день торжествовася рождение благоверныя царевны и великия Княжны Анны Михайловны, вси возвеселишася о добром том рождестве насладившись. Един аз, яко пес, лишен богатыя вашея трапезы. Но и пси, по реченному, напитываются от крупиц, падающих от трапезы господей своих. Аще не бы яко враг вменен, не бы лишен малого уломка хлеба богатыя вашея трапезы". И дальше Никон поясняет, что не о пище он тоскует, а о милости царя и отложении царского гнева. Как видно из последующего, друзья, пользуясь такими минутами, сеяли мысль, что может быть, гнев царя и пройдет и Никону можно будет вернуться на престол. Диалектика Никона этими привходящими вожделениями вдруг осложняется. В марте 1660 г. на вопрос царя о выборе нового патриарха, переданный через стольника Матвея Пушкина, Никон отвечает: "На такое дело, что патриарха поставить без нево (т.е. Никона), он не благословляет. Кому де его без него (Никона) патриарха ставить и митру на него положить? Потому что митру дали ему (Никону) патриархи вселенские, а митрополиту де митру на нового патриарха положить невозможно. Да и посох де с патриархова месте кому снять и новому патриарху дать? Потому, что де он — патриарх сам жив, и благодать Святого Духа с ним. Оставил де он престол, а архиерейства не оставливал. Про то де ведомо великому государю, что он и патриаршеский сак и амофор взял с собою. Будет великий государь изволить ему — патриарху быть в Москве, и по его де великого государя указу он — патриарх — новоизбранново патриарха поставит, и от великого государя, приняв милостивое прощение и со архиереи простяся и подав всем благословение, пойдет в монастырь".
Это уже та доза активности, которой ранее не чувствовалось. И активность преувеличенная. Уложенная грамота о русском патриаршестве предоставила право поставления патриарха просто собору русских епископов, без необходимости привлекать к этому персоны патриархов: — ни сторонних, ни своих, находящихся в отставке, на покое. Уже совсем искусственно измышлено мнимое препятствие с посохом. Со времени брака Иоанна III с Софией Палеолог сразу введена была чисто византийская церемония вручения митрополичьего посоха в Успенском соборе самим царем. Это его инвеститура, и она уже введена в церемониальный чин при поставлении в митрополиты после Зосимы — Симона (1495-1511 гг.).
Это как будто цепляние Никона за власть только повышало активность враждебного ему лагеря, который усиливался рыть поглужбе пропасть между Никоном и царем. Никон все более раздражался и все более говорил лишнее, собирая этим угли на свою голову. Царю писал в конце июля 1659 г.: "ты велел взять мои худые вещи, оставшиеся в келии и письма в которых находятся многие тайны. Как первосвятитель, я имел у себя многие твои — государевы тайны. Много и от других, которые, прося у меня разрешения своих грехов, писали их своими руками, чего никому не подобало ведать, даже и тебе, государю. Удивляюсь, как скоро дошел ты до такого дерзновения! Прежде боялся судить и простых церковных причетников, а ныне не только сам захотел ведать грехи и тайны бывшего архипастыря, но и попустил то другим мирским людям. Слышим, что это было для того, чтобы не оставить у нас писания твоей десницы, которые ты писал, жалуя нас либо почитая великим государем. Слышу ныне, что вопреки законов церковных ты и сам изволишь судить священные чины, которых судить не поверено тебе от Бога"... Все это — идеологические и назойливые стрелы в Уложение, в Монастырский Приказ и вообще во все новое анти-теократическое отношение государства к церкви. Но вся скрытая, только подразумеваемая теократическая программа Никона, архаически связанная с отжившей государственно-экономической формой также устаревшего старомосковского быта, заранее обречена была на неуспех. Колесо истории повернулось в сторону секуляризации. Скрытая, половинчатая, широким кругам непонятная тактика Никона была бездейственна. Он атаковал не в лоб, а двигался тайными обходами. Одиноко думал и оказывался всегда в бессильном одиночестве. Все его заявления на фоне всеобщего признания нормальности нового курса взаимоотношений церкви и государства звучали как неразумный бунт и нестерпимое упрямство. Ускоряя развязку, царь, пользуясь присутствием на Москве случайных гостей из иерархов Востока, в феврале 1666 г. на очередном соборе, ставит вопрос о неопределенном положении Никона и как бы экспериментирует окончательный суд над ним. Боясь наступательных претензий и жестов Никона, этот суд очередного собора ставится формально корректно и в нем предоставляется даже адвокатская роль всеми уважаемому ученому южно-русскому иноку Епифанию Славинецкому. Но резолюция собора, явно желанная царю и усмирительная для Никона, звучала так: "...Никону чужду быти патриаршего престола и чести, вкупе и священства, и ничем не обладати". И сверх того еще: "избрать ему преемника".
Но внешнее положение осужденного ничуть не изменялось. Никон продолжал жить в своем Новом Иерусалиме, как некий магнат в своем уделе. А царь все мечтал о каком-то великом всевосточном соборе, который избавит его своим всемогущим судом от тяжелой тени Никона. Напряженное положение длилось. Раздраженный Никон давал поводы враждебной партии собирать против него самый разнообразный, отягчающий судебный материал. В его новоиерусалимских владениях происходили банальные столкновения с соседями землевладельцами Бабарыкиным и Сытиным. Те жаловались царю на незаконные потравы их территорий со стороны Никоновых крестьян. Светские судьи решали дело не в пользу Никона. Никон негодовал, апеллировал к царю, опираясь на свою теократическую доктрину. "Откуда ты, — пишет он царю, — принял такое дерзновение сыскивать о нас и судить нас? Какие тебе законы Божии велят обладать нами, рабами Божиими? Не довольно ли тебе судить в правду людей царствия мира сего, о чем ты мало заботишься. В наказе написано твое повеление: взять крестьян Воскресенского монастыря. По каким это уставам?... не найдешь здесь ничего, кроме беззакония и насилия. Послушай, что было древле за такую дерзость над фараоном в Египте, над соломлянами, над царями Ахавом, Навуходоносором и другими. Страшно молвить, но терпеть невозможно. Мы слышим, что по твоему "указу" и владык посвящают и архимандритов и игуменов и попов поставляют и в ставленых граматах пишут тебя равночестным Св. Духу так: по благодати Св. Духа по указу великого государя. К тому же повсюду по свв. митрополиям и епископиям и монастырям берешь насилием нещадно веши движимые. Все законы св. отцов и благочестивых царей и князей, греческих и русских ты обратил в ничто. Судят и насилуют мирские суд и архиереев и все духовенство".
Продолжая протестовать против государственного закона, Никон начинает вмешиваться и в текущие дела церковные. Совершая чин православия в своем монастыре в 1662 г., Никон провозглашает анафему патриаршему местоблюстителю Питириму за ряд его действий, за шествие на осляти в неделю Ваий, за хиротонию Мефодия епископа Мстиславльского, за досадительное и поносительное к нему — Никону слово. Пусть митр. Питирим даже и превысил свои полномочия. Но Никон, отрекшийся от церковного правления, не имел ни нужды, ни права в столь крайней форме реагировать на действия Питирима. Ему не закрыта была дорога критиковать Питирима и апеллировать только пред трибуналом грядущего собора. Возмущенный Питирим спросил на этот счет мнение русских епископов и получил их полную поддержку против патр. Никона.