К великой радости царя, наконец-то 2-го ноября 1666 г. патриархи прибыли в Москву и приняты с великой честью. Сразу же началось их ознакомление с делом Никона через "переводчика" (!) Паисия Лигарида. Паисий приготовил для патриархов записку о деле, в которой он сплошь обвинял Никона в том, "что он дерзнул поставить свой трон выше других, стал поражать благодетелей своих и терзать, подобно ехидне, родную мать — церковь. Но тот, кто смиряет надменных, развеял, как паутину его замысел именоваться патриархом и папой (!), нарушая должное почтение к истинному папе и патриарху Александрийскому, которому принадлежит это титло искони и поныне канонически. И Иерусалимского патриарха оскорбил он, наименовав себя патриархом Нового Иерусалима, (ибо он бесстыдно и невежественно назвал новую обитель свою Новым Иерусалимом) забывая, что Софроний разделяет Иерусалим на древний — христоубийственный и новый, порождающий благочестие. Никон хотел подчинить себе и Антиохийский престол, где впервые послышалось название христиан, стараясь обманчивой подписью быть третье-престольным. Он обидел и вселенский трон захватом престола Киевского, сего первопрестольного града равноапостольного Владимира, желая, чтоб его торжественно поминали так: Божиею милостию Никон, архиепископ Московский и всея Великия и Малыя и Белыя Руси патриарх. Он придумал, что так как Александрия вследствие обстоятельств опустела и не служит более жилищем патриархам, и Антиохия тоже распалась, то патриархи Александрийский и Антиохийский незаконно именуются патриархами. Таким образом, он по-иудейски прикрепляет власть к месту. Но благодать Духа не ограничивается местом, но всюду свободно расширяется". Вот снижающийся до пошлости стиль записки и вовлечение в него патриархов на протяжении всего суда над Никоном.
Начали с чернового, так сказать, предсоборного заседания в царской столовой в течение двух дней: 28-го и 29-го ноября. Собрание было многолюдное: патриархи, митрополиты, епископы, архимандриты, игумены, бояре, окольничие и думные дьяки. Решено было формально пригласить Никона на соборный суд. По прочтении дела, все участники заседания были предварительно допрошены об их мнениях по существу дела. В результате получилось раньше суда единогласное решение: "Бывший Никон патриарх повинен во всем и от патриаршества имеет быти отлучен".
Так, раньше суда все было предрешено, и интересы партии царя и бояр были обеспечены.
Заседания суда опять открылись в той же дворцовой столовой царя 1-го декабря. Никон в ночь приехал из Воскресенска. Пред поездкой "исповедывался, причащался и маслом освящался". Никон приехал в санях с преднесением креста. Хотел было зайти к литургии в Успенский собор. Но пред ним захлопнули двери. Не пустили его и в Благовещенский собор. При приближении Никона к дверям соборной залы и эти двери были закрыты, и его заставили ждать. Когда подсудимого впустили, ему указали сесть на обыкновенную скамейку справа от царя. Никон сесть не захотел, сказав: "места де я себе, где сидеть, не вижу, а с собой места не принес, а пришел проведать, для чего меня звали". И простоял весь день на ногах свыше 8-ми часов!
Царь также встал, подошел к столу, где сидели патриархи и стоя начал свои обвинения:
1. самовольный уход с патриаршества,
2. бесчестья государю в письмах к патриархам,
3. укоризны Уложению и царской деятельности по делам церкви,
4. упреки русской церкви, что она через Паисия Лигарида от кафолической церкви отлучилась и от римских костелов начаток прияла,
5. и многое другое.
Второе заседание 3-го декабря. Никон не присутствовал. Царь и архиереи обвиняли Никона, что он всех их назвал еретиками. Когда коснулись начального инцидента, драки окольничего Хитрово с патриаршим сыном боярским, то патр. Макарий, чтобы угодить царю, начал благословлять Хитрово. Тот самый Макарий, пред которым Никон в первый его приезд преклонялся, как пред знаменем кафолической истины!
На заседание 5-го декабря снова был позван Никон. Патриарх Паисий допрашивал Никона: с клятвой ли он оставил свой престол? Допрашивались о том и другие архиереи. Никон отрицал обусловленность клятвой. Патриархи стали обосновывать свое обвинение на факте самовольного оставления Никоном своего места, считая этот факт доказанным. Вычитаны были из греческой Кормчей соответствующие правила, которые тут же переводились на русский язык. По прочтении правила: "Кто покинет престол волею, без навета и тому впредь не быть на престоле". Никона это не смутило. Никон заранее детально изучил Кормчую и теперь с уверенностью заявил: "те де правила не апостольские и не вселенских соборов и не поместных соборов. Он де Никон тех правил не приемлет и не внимает". Явно, что инструмент суда, тексты Кормчей утопали в том же мраке научно-археологического невежества, как и тексты богослужебных книг. Митр. Крутицкий Павел пробовал сослаться на принцип канонической рецепции: "те правила приняла святая апостольская церковь". Никон возражал с безбрежной размашистостью первых вождей раскола. Он стоял на своем: "тех де правил в Русской Кормчей книге нет. А греческие де правила не прямые. Те де правила патриархи от себя учинили, а не из правил. После вселенских соборов все де враки. А печатали де те правила еретики. А я де не отрекался от престола, то де на него затеяли". "И вселенские патриархи (характерно для русских это непонимание специфического значения греческого термина "икуменикос"), говорили, что их святые греческие правила — прямые". Придираясь к Никону, Макарий Антиохийский предлагает ему искусительный вопрос: "есть ли ему ведомо, что Александрийский патриарх — судия вселенский?" Никон отвечал: "там де и суди". Таким образом, Никон без всякой филологии, по здравому смыслу, не признавал дутых титулярных прав Александрийца — теперь, в XVII веке судить Московский патриархат. Продолжая свой реализм от здравого смысла, Никон даже попрекнул приезжих гостей в фиктивности их собственных титулов. Он сказал: "а во Александрии де и во Антиохии ныне патриархов нет: Александрийский живет в Египте, а Антиохийский — в Дамаске". Смущенные патриархи решили смутить и самого Никона встречным вопросом: "Когда патриархи учреждали Московское патриаршество, в то время где вселенские (!) патриархи жили"? Никон, боясь запутаться, с мужицкой хитрецой отделался отговоркой: "он Никон в то время не велик был"... Картина состязания двух невежественных сторон.
После этого вмешался царь Алексей. Тоже искушая Никона и предъявляя ему подлинник ответов на московские вопросы о власти царской и патриаршей, царь допрашивал: "верит ли Никон вселенским всем патриархам (!!), что они подлинно подписали этот ответ своими руками и что вселенские патриархи (!) — Александрийский и Антиохийский прибыли в Москву при согласии и двух других патриархов"? Никон, заглянув в бумагу, сказал, что он не может утверждать ни да ни нет, потому что почерков патриарших он не знает. Обидевшись, Антиохийский заявил, что он свидетельствует о подлинности подписей. Никон дерзновенно заметил Макарию: широк ты де здесь, а как де ответ дашь перед КПльским патриархом? Никон был прав, ибо КПльский патриарх дезавуировал в тот момент и Антиохийца и Александрийца, приезжавших в Москву судить Никона. Весь ли судебный ареопаг посвящен был в эту дипломатическую тайну для широкой Москвы? Во всяком случае для официальной Москвы такого рода намек Никона был скандалом. И архиереи и бояре с возмущением восклицали: "как он не устрашится Бога и великого государя! Бесчестит и вселенских (!) патриархов и всю истину во лжу ставит".
Чтобы не раздувать соблазна, патриархам-гостям подсказали заявить Никону о предстоящем ему генеральном осуждении. По слову патриархов, у Никона тут же отобрали предносимый ему крест и объявили, что он будет низвергнут из сана и священства и объявлен простым монахом.
8-го декабря состоялось тайное совещание патриархов с царем о церемонии объявления окончательного приговора. 12-го декабря собрание собора произошло в патриаршей крестовой палате. Царь Алексей избежал этой тяжелой сцены. Его заместителями были злые личные враги Никона — Одоевский и Салтыков. Вызванного Никона оставили ждать в сенях. Патриархи и архиереи, облачившись, пошли в Благовещенскую церковь Чудова монастыря. Никону указано следовать за ними. В церкви прочитано было Никону решение суда — сначала по-гречески, а затем по-русски. В обвинении перечислялись преступления Никона:
1. "он досадил великому государю, вторгаясь в дела не подлежащие патриаршему сану и власти";
2. "своевольно отрекся от патриаршества и бросил паству, однако не отказался "действовать архиерейская";
3. основывал монастыри с незаконными именами: Новый Иерусалим, Голгофа, Вифлеем, Иордан, "глумяся и ругаяся над божественными вещами";
4. величал себя патриархом Нового Иерусалима, разбойнически похищал имущества для своих монастырей;
5. не допускал поставления нового патриарха в Москве, отлучал архиереев без всякого следствия и суда, глумился над двумя архиереями, называя одного Анной, а другого Каиафой, а двух бояр — одного Иродом, а другого Пилатом;