Волнения и смущения в архиерейской среде не улеглись. Павел Крутицкий и Илларион Рязанский глубокой ночью приходили тайком к патриархам и изливали им свою архиерейскую горечь, в надежде пробудить у восточных их архиерейскую ревность против засилья и светских идей и светских людей. Русские архиереи жаловались на то, что им приходится целовать царскую руку и терпеть давление светских властей. Надо быть предусмотрительным. При данном действительно благочестивом царе это еще сносно. Но что может случиться, если преемники могут оказаться и неблагочестивыми? Это архиерейское предчувствие в действительности скоро оправдалось в Петре Великом. Чеканно отчетливых формул не было еще ни у той, ни у другой стороны, но принципиальное чутье наступающего большого искажения идеологии традиционной теократии было на архиерейской стороне — чуткое и верное. Восточные патриархи, может быть, теоретически и не расходились с русским епископатом, но просто их голова и сердце дремали, не понимали и корыстно не хотели вникнуть в русскую драму. Паисий Лигарид, защищая лукавство своих восточных собратий, разражается по этому случаю такой льстивой патетической тирадой: "Недостойны русские такого царя, преданного вере христианской, благочестивейшего, имеющего жезл не железный и тяжелый, но мягкий, ореховый... Меня вселенский патриарх кир Дионисий поставил истолкователем... Спрашивайте, что из двух преимуществует, священство или царство? Отвечаю: в некотором отношении должно отдать преимущество священству, разумею дела духовные. В других должно отдать честь царству, т.е. в делах гражданских. Можно сказать: священство царствует над делами духовными; царство священноначальствует (!) над гражданскими. Поистине наш державнейший царь, государь Алексей Михайлович столь сведущ в делах церковных, что можно подумать будто целую жизнь был архиереем, посвящен во все тайны иерархического служения, от младых ногтей воспитывался в храме, как Самуил. Почему не стыдясь возвещаем, что лобызаем щедродаровитую десницу такого царя. Да! Да! Целую и лобызаю руку, обогащающую странных, пекущуюся о сиротах, ведущую слепых. Да, да! Лобызаю десницу, помазанную благовонным миром новой благодати, знаменанную печатью обручения Св. Духа, пишущую спасительные заповеди. Да, да! Лобызаю бранноносную руку, вооруженную, по слову апостола Павла, оружием правды и подвизающуюся за благочестие, украшенную благостию, позлащенную добродетелями... А ты, Богом почтенный царю Алексие, воистину человек Божий, Ты отнимаешь, а не простираешь десницу свою нам архиереям. Мы сами против воли твоей привлекаем ее к себе, яко прещедрую помазанную десницу царя христианства. (Явный ответ на жалобы русских архиереев на целование царской руки). Из того, что двое или трое державствуюших не чествуют, неуважительно обращаются с делами архиерейства, не следует считать и всех бесчинными и беззаконными. Не к бесчестию, но к благой похвале полагается орел под ноги хиротонисуемого архиерея. По праву становится он на него, когда возглашает символ, в котором мы крестились. Этим он показывает, что будет тверд в вере самодержца; что будет другом греков (!!); что будет во всем покорен и послушен царю. Вы боитесь будущего, чтобы т.е. какой-нибудь новый государь, сделавшись самовластным и соединяя самоуправство с самозаконием, не поработил бы церковь российскую. Нет, нет! У доброго царя будет еще добрее сын его, наследник. Он будет попечителем о вас. Наречется новым Константином, будет царь и вместе архиерей, как и преданный вере Христовой Великий Константин восхваляется у нас на великой вечерне — иереем и царем. Да и у римлян, как и у египтян, царь соединял в себе власть священства и царства, как воспевает латинский Гомер — Вергилий".
Эта льстиво-фимиамная риторика, к счастью, не исказила сухой заключительной формулы прений собора по этому вопросу в заседании 24 января 1667 г. Формула была такова: "Итак да будет положен конец слову. Да будет признано заключение, что царь имеет преимущество в делах гражданских, а патриарх — церковных, дабы таким образом сохранилась целой и непоколебимой во век стройность церковного учреждения". На этом все сошлись. Тогда введены были в залу заседания два митрополита Павел и Илларион, еще не давшие подписи под осуждением Никона. Не под осуждением собственно, а под его мотивами. Вошедшим патриархи доложили о состоявшемся общем соглашении на вышеизложенной формуле. Паисий Александрийский пояснил: "Те никонствуют и папствуют, кто покушается уничтожить царство и поднять на высоту священство". Как раз такое заострение, направленное против этих русских архиереев, помешало им пойти на соглашение с собором. Павел и Илларион, не желая ухудшать положения, сговорились замкнуть уста и покрыться полным молчанием. Они знали, на что шли. Патриархи предложили наложить на упорствующих епитимию в виде запрещения им священнослужения. Запрещенные вышли в слезах, и на место Павла Крутицкого (местоблюстителя патриарха) тотчас же был избран новый местоблюститель, греческий митрополит Феодосий.
Эта епитимия переживалась и всем русским архиерейством, как их жертва своим достоинством ради мира с царем и государством. Но эта покорность русских архиереев была той ценой, за которую царская сторона заплатила вышеприведенной объективно-правильной формулой о независимости источников высшей власти церковной и государственной. Льстивые перегибы аргументации Лигарида и легкомысленное угодничество патриархов-гостей не исказили заключительной нормы. Самостоятельный источник церковной власти, независимой от государства в своей области, был признан. Русские архиереи таким образом добились от собора и царя того, к чему стремился Никон. И правящий государством боярский класс и русский епископат переживали достигнутую согласительную формулу не как абстракцию и спор о словах, а понимали ее, как конкретную форму. Неловко было вслух признаться, что это была победа Никона в его борьбе с монастырским Приказом. Этот Приказ, как воплощение новой государственной идеологии, залегшей в основание Уложения 1649 г., был главной движущей силой для Никона во всем его роковом конфликте с царем. И теперь иерархия, пожертвовав личностью Никона, и государство, избавившее себя от страхов пред той же личностью, примирились на том, что было программой Никона. Государство сделало церкви большую демонстративную уступку. Оно закрыло Монастырский Приказ. А компетенция Приказа, состоявшая в подсудности духовенства по гражданским делам светскому государственному суду, была уничтожена. Ради мира с церковью, чтобы избежать в будущем появления нового Никона, государство с своей точки зрения непоследовательно уступило церкви в ее уже исторически устаревшем праве быть в экономике и администрации неким двойником государственного организма, своеобразным удельным государством, пережитком системы, уже упраздненной объединением Московского государства. Смысла и сути этого нормального и неизбежного процесса ликвидации пережитков государственных функций во внешнем строе церкви долго не могла понять сама русская иерархия. И процесс этого освобождения церкви от бремени чисто государственных форм экономики и администрации пережил даже и радикальную Петровскую реформу и только революционно хирургически закончился ко благу церкви, секуляризацией церковных имуществ в 1764 г. при Екатерине II.
Таким образом, участие восточных патриархов в соборном суде над Никоном было в действительности актом канонически формальным, не повлиявшем на существо исторического, чисто русского процесса взаимоотношений церкви и государства. Процесс этот развивался своим независимым путем. В данный момент церковь ценой осуждения Никона победила государство. Был составлен план постепенной передачи прежнего широкого судебного ведомства опять в руки архиереев. Рядом с этим решено было, что государство отказывается впредь назначать по своему выбору светских чиновников и в высшее и в епархиальное церковное управление. Весь состав церковного суда отныне опять должен был назначаться архиерейской властью, что естественно повлекло к преобладанию в нем лиц духовных и монашествующих. Эта большая реформа потребовала целого десятилетия. Окончательное закрытие Монастырского Приказа совершилось только в 1676 г.
Русский епископат, отрекшийся от Никона за его слишком "тяжелую руку", горой встал на защиту его "заветов" и гордился этими своими "завоеваниями". Последующие патриархи русские — Иоаким и Адриан не переставали повторять Никоновы речи о превосходстве власти священства над властью царства.
Но ход развития русской государственности и общей культуры превращал эти отвлеченные слова в слова бессильные, пустые. Петр Великий, борясь в Духовном Регламенте с принципом независимости власти церковной, устами Феофана Прокоповича метал стрелы именно в это "завоевание" русских епископов на соборе 1667 г., когда глухо говорил: "Да не вспомянутся подобные и у нас бывшие замахи". Реальное соотношение сил дало Петру Великому возможность просто заставить архиереев подписаться под упразднением церковной власти.
В Ферапонтово привезли Никона в декабре 1666 г. Мрачное время на севере. Поместили узника в больничной келье. Никон пишет об этих кельях: "смрадные и закоптелые, еже и изрещи невозможно". Окна за железными решетками. Выход из кельи запрещен. Приставлена стража. И с ней запрещено разговаривать. Строгий тюремный режим. В январе 1667 г., когда собор московский еще не кончился, Никон пишет царю: "ты просишь у меня благословения, примирения, но я даром тебя не благословлю, не помирюсь. Возврати из заточения, так прощу". Но время великий целитель. На Пасхе 1668 г. Никон согласился послать благословение царю. Пил на разговеньи за здоровье царской семьи. Но, правда, и царь Алексей мучился строгостью последствий суда над Никоном. Приказал отстроить в монастыре новые кельи для узника, разрешил общение с насельниками монастыря и даже с богомольцами.