С самого вступления на патриаршество Иоаким, как любитель порядка и законности, сейчас же в 1675 г. собрал собор и на нем поставил вопрос о все еще невыполненном решении Собора 1667 года об упразднении Монастырского Приказа и ускорении реализации полной неподсудности духовенства светским властям. По инерции все еще тянулся ликвидационный период для Монастырского Приказа. Патр. Иоаким добился постановления собора об окончательном закрытии его, что и произошло в 1677 г. Если оглянуться назад, то патр. Иоаким явно выполнял программу Никона: боролся с засильем царской администрации. Так оно и было. Архиереи свергли Никона, но стояли за его программу, добивались того же, чего добивался и свергнутый Никон, но теперь в уверенности, что царская власть уже не будет этой борьбой принципиально обеспокоена. Все патриархи, кончая последним Адрианом, отстаивали принципиально исторически устарелый, "удельный" принцип неприкосновенности недвижимых церковных владений. По-прежнему хлопотали о возможных способах, прямых и обходных, их дальнейшего расширения. И в особенности, конечно, старались о максимальном очищении всего экономического ведомства церкви от какого бы то ни было участия в нем царских чиновников. Такое же устранение государственных чинов преследовалось и в аппарате управления приходским духовенством. Та же принципиальная независимость от светского элемента преследовалась и в процедуре суда, не только по делам духовного характера, но по возможности и по всем делам гражданского и уголовного характера, как над духовенством, так и над всеми людьми земельных владений церковных. Патриарх Иоаким на соборе 1675 г. провел ряд мер к подрыву роли и значения светских чиновников в епархиальном управлении. Впредь предписано ведать дела духовные и дела, касающиеся духовных лиц, судьям, состоящим только в духовном же или в монашеском чине, но никоим образом не чиновникам-мирянам, хотя бы и принадлежащим к ведомству архиерейскому. Всем бывшим чиновникам-мирянам предоставлена только роль канцеляристов и исполнителей духовных решений и приговоров.
Вопрос о росте церковного землевладения, несмотря на сопротивление ему программы государственников, не мог быть решаем огульно отрицательно. Это было бы противоестественной борьбой с ростом всей национальной жизни. Происходило расселение народа по новым землям, естественное размножение населения и вместе со всем этим размножение и приходских церквей и отчасти монастырей. Существовал и закон еще с момента ликвидации смуты при царе Михаиле Федоровиче о наделении новых церквей минимально обеспечивающими их земельными участками. Такие наделы, регистрируемые в общих писцовых книгах, и назывались "писцовыми землями". Эти церковные наделы саботировались светскими властями, а по боярскому приговору 1676 г. и вовсе прекратились. Патр. Иоаким поднял против этого беззакония резкую борьбу и добился его отмены. На 1680-й г. намечено было новое межевание земель. И вот патр. Иоаким тут провел уже закон, чтобы безземельных церквей впредь не было, а чтобы писцовые земли были отмежеваны для всех церквей.
Но царское правительство было неуступчиво в вопросе о налоговом бремени на все церковно-монастырские земли по принципам Уложения 1649 г. Повышенные сборы с церковных имений, по сравнению со сборами с других служилых классов, оставлены в полной силе. Грядущий петровский нажим все усиливался с самого начала действия Уложения. Уже теперь правительство рассылало по монастырям и архиерейским домам для прокорма своих инвалидов, т.е. раненых и просто старых служилых людей. Само правительство, уже приступившее к созданию филантропических учреждений, предложило в 1678 г. расширить патриаршие богадельни в Москве, чтобы содержать в них не менее 412 человек. Собор 1683 г. по предложению, внесенному царским правительством, постановил сделать разбор нищего и больного люда по городам и разместить его по церковным богадельням и больницам.
Не по инициативе патр. Иоакима, а по предложению правительства царя Федора Алексеевича, в 1682 г. собран был церковный собор, на котором царское правительство возобновило постановку вопроса, никак нерешенного на большом соборе 1667 г. Там греческие патриархи Паисий и Макарий предлагали русской церкви принять систему взаимоотношений между иерархами, существовавшую в церкви греческой в классическую эпоху вселенских соборов, а именно: чтобы епархии младшие подчинялись старшим, имеющим титул митрополий, и все вместе, конечно, возглавлялись бы патриархом. Русская практика разрозненного равенства всех епархий питалась их чрезвычайной географической обширностью. Чтобы применить к русской территории старую систему греческую, нужно было бы на манер греческий мелко раздробить церковную территорию по числу всех значительных городов. Это дало бы цифру по меньшей мере около 100 епархий. Имущественная власть епископов чрезвычайно сократилась бы, равно ускромнилось бы и их государственное значение и личное самосознание. Все это было столь ново и радикально для русского епископата, что осталось в то еще никоновское время гласом вопиющего в пустыне. И в настоящий момент вопрос этот, как именовал его проект об "архиерейском прибавлении", не нашел ни понимания. ни отклика в епископской среде. Как и на бывшем в XVI столетии Стоглавом Соборе, здесь еще с большей ясностью выступила инициативная роль царского правительства, создававшего и смело вскрывавшего крупные недостатки церковного быта, особенно по его внешней социальной стороне.
Во всяком случае уже на соборе 1667 г. было постановлено к 13-ти существующим епархиям добавить еще 10 новых. Но до 1682 г. открылась только одна — Нижегородская. От лица царя Федора Алексеевича представлен был собору проект административного деления русской церкви, по примеру восточных церквей, на большое количество епископий, с образованием из отдельных групп епископий областей, возглавляемых старшим епископом с титулом митрополита и с правами областного митрополита, как это было в древней Церкви, но исчезло из практики и на Востоке. У нас в России вначале этого еще не было и быть не могло, по ненормальной территориальной широте наших малочисленных епископий. Удельно-княжеская обширность древнерусских епископий и почти удельно-княжеская психология власти наших епископов и Киевского и Московского периодов, соединенная с грузным финансово-хозяйственным способом церковного управления, лишали русских епископов даже способности просто понять: как может быть устроено епископское положение при проектируемой парцелляции огромных русских епархий? Трудность такой реформы для русских епископов того времени можно уподобить трудности нашего помещичьего класса крепостного периода перед вопросом об освобождении крестьян и наделении их землей. Нужна была насильственная революция, чтобы русский епископат "наложил" в этом смысле "на себя руки", самоупразднился в своем вельможном достоинстве и смог практически приспособиться к невообразимому для него опрощению. Любой игумен издавна организованного монастыря был бы в положении экономически более твердом и веском, чем сам епархиальный епископ одного из небольших городов, посаженный на небольшом земельно-хозяйственном участке.
В результате смутного времени сам боярский и служилый класс переживал кризис перехода всей государственной системы с почвы вотчинного управления к управлению бюрократическому. Мелкопоместный класс "худородных маленьких людишек" занял количественно преобладающее место и в военном и в гражданском аппарате государственной службы. Старомодное магнатство епископата казалось новым людям несоответствующим духу времени. Царско-боярский проект предлагал разбить 11 русских епархий на 72 епископии. Епархии группировались бы по территориальным округам, возглавляемым митрополитом округа. Количество митрополитов возглавителей округов проектировалось увеличить до 12. Епископский собор, не вмещавший в свое сознание такой чуждой ему реформы, но не будучи в силах и возражать и против нее на канонической почве, реагировал вслепую, просто уменьшая предлагаемую цифру новых епархий с 72-х до 34-х. На очередном соборе в следующем году (1683 г.) епископы, ссылаясь на свои трезвые расчеты и вычисления, соглашались довести число епископий до 22-х. Но после долгих размышлений, уже после сессии собора, епископы заявили, что, по недостатку средств, они могут подъять на свои плечи открытие максимум всего до 14-ти новых епархий. При этом все-таки вынули из всего проекта его древне-каноническую черту старшинства митрополичьей власти в пределах каждого митрополичьего округа. С неубедительной мотивировкой: "дабы не явилось в архиерейском чине распрей и превозношения". Весь проект сводился на нет. Но интереснее всего то, что из намеченных будто бы к открытию 14-ти новых епархий, епископы решили открыть всего только 4: на пустынном севере — Устюжскую и Холмогорскую и на полу инородческой юго-восточной окраине — Тамбовскую и Воронежскую. Итак, к концу патриаршего периода на обширной территории московского государства, раскинувшегося в Азию уже за Байкал, было скромное число, всего 23-х кафедр: 1 патриаршая, 13 митрополичьих, 7 архиепископских и 2 епископских. Причисляя к этому 4 епархии присоединенной в 1686 г. Киевской митрополии, получалось бы общее число 27 кафедр. Но его в действительности надо свести к 24-м, ибо только одна кафедра Киевская вошла в состав русского патриарха. Кафедры Могилевская, Луцкая, Галицкая, Львовская, Перемышльская уступлены были польским правительством русскому патриархату только на бумаге. Эти епархии оставались в границах Польши и лишь номинально в зависимости от отдаленной и пространством и границей Киевской митрополии. Поэтому не получили возможности иметь своих епископов. Польское правительство указывало им, как на законных возглавителей, на своих униатских епископов.