На почве бытовых недостатков в жизни духовенства и монастырей усиливалось до пугающих размеров старообрядчествующее раскольничье движение. В царском правительственном докладе Собору 1682 г. указывалось на необходимость какого-то контроля над продажей книг богослужебных и учительных, ради подрыва продажи писаний раскольничьих. Безмерное размножение крестцового духовенства требовало сокращения его излишков, равно сокращения и излишних часовен. Собор действительно постановил генерально упразднить маленькие пустыни и монастырьки, сводя их насельников в большие общежительные монастыри. Собор повторил изданные еще в 1667 г. ограничения хаотической свободы монашеских пострижений вне стен монастырей. Собор постановил выселить из монастырей неуместно поселившихся и проживавших там мирян, в то время как часть монахов и монахинь бродила в миру, проживала в мирских семьях, и превращалась в уличных нищих — попрошаек. Постановлено ловить весь этот бродячий элемент и свозить в особо отведенные для того монастыри для перевоспитания и возвращения на путь трудового монашества. Постановлено также прекратить беспорядочное сообщение монашествующих с миром под предлогом вести хозяйство вотчин. Для последней цели указано нанимать для управления вотчинами доверенных лиц из мирян. В который уже раз предписано в хаотическую монашескую жизнь вводить уставное общежитие.
После шести лет царствования (1676-1682 гг.) царь Федор Алексеевич скончался бездетным. По старшинству за ним шел брат Иван, от той же матери (Милославской). Ивану было уже 15 лет. Но он был по своей слабости — полумертвец. Естественно, что здравомыслящие люди сочли целесообразным перенести престолонаследие на самого младшего сына царя Алексея, на 10-летнего здорового и умного Петра. За это стояли: патриарх Иоаким, бояре — Лихачев, Языков, А. Матвеев и, конечно, Нарышкины, ибо мать Петра, вторая жена ц. Алексея, была Н.К. Нарышкина. Милославские и с ними дочь Алексея София вступились за право старшинства царевича Ивана. На их стороне был воевода стрелецких войск князь Хованский. Они подняли восстание. Стрельцы ворвались в палаты патр. Иоакима, ища мнимых врагов. На глазах царской семьи растерзали самосудом боярина Артамона Матвеева и дядю Петра, Ивана Нарышкина. Маленький Петр после этого всю жизнь страдал тиком: конвульсиями лица, а в душе сохранил отвращение к "ревнителям старины". В результате были провозглашены царями оба брата, и Иван и Петр, а сестра их Софья — правительницей. Это положение длилось с 1682 г. по 1689 г.
Смута, однако, не сразу улеглась. Ее новая вспышка вынудила всех трех "царей" бежать временно в Троице Сергиевскую Лавру, оттуда они могли вернуться только в октябре 1682 г. Патриарх Иоаким был посредником, увещателем "расходившихся" стрельцов. По его ходатайству бунтовщики были прощены. В ноябре 1682 г. царский двор из бегства вернулся в Москву.
Эту бунтовскую атмосферу использовала старообрядческая оппозиция. А стрельцы и сам князь Хованский корыстно воспользовались этой раскольнической энергией. Уже отлученные соборами 1666-1667 гг. от церкви расколо-вожди поставили ставку на высоко поднявшуюся волну бунта летом 1682 г. и вырвали у патриарха Иоакима уступку: публичное состязание в вере с иерархами. Во главе раскольников стоял суздальский протопоп Никита Добрынин, окрещенный потом официальным прозвищем "Никита Пустосвят". С ним тут сошлись Волоколамский инок Савватий, инок Сергий с севера из Олонецкого края и еще трое. Составилась "злая шестерица", державшая совет в Гончарах у калачницы Федоры. Никита предложил текст челобитной. Понесли ее читать в стрелецкую слободу. В Титовом стрелецком полку толковали, "как бы восстановить старую веру". Инок Сергий написал челобитную "от лица всех полков и чернослободцев". Впечатление от Сергиевой челобитной было исключительное. Слушали ее со слезами. "От роду мы не слыхали такого слога!" "Подобает, братцы, постоять за старую веру и кровь свою пролить". А Сергий взвинчивал толпу. "Попекитесь, братие, о стольких душах, погибающих от новых книг!" Хованский рад был такому эффекту и указал на Никиту, как на главного оратора перед властями: "этот заговорит им уста!"
На 25 июня назначена была коронация юных царей. Бунтари хотели устроить заранее состязание, чтобы провести чин по старым книгам. Подали челобитные 23-го июня. На литургию Никита пробивался с узелком, неся "5 просфор", но, конечно, напрасно. Однако бунтари ходили по улицам и площадям с пропагандой "старого обряда". Уже после коронации, бунтари 28 июня вломились в патриаршую крестовую палату и вступили с самим патриархом в дерзкие препирательства.
Патриарх решился на уступку. Он для разрежения грозы счел полезным дать фанатикам возможность излиться в открытом состязании. Это "генеральное сражение" назначено было на 5-е июля. В этот день старообрядческие попы с раннего утра, отпев молебен, двинулись своего рода крестным ходом в Кремль. Предносили крест, евангелие и икону страшного суда. Книги свои несли на головах с предносимыми свечами. Толпа была густая. Под добровольной охраной стрельцов, среди давки, хаотическая процессия пробилась на площадь перед Архангельским собором против царских палат. Раскинулись аналои, на них накинули пелены, возложены кресты и иконы и затеплены свечи. Инок Сергий, встав на скамью, стал читать "Соловецкие тетрадки". С православной стороны пытался начать читать полемическую записку против челобитной Никиты Спасский протопоп Василий. Но толпа заревела и смела его. Опыт полемики на площади явно терпел крах. Но пока патриарх с архиереями служил литургию в Успенском соборе, был неясен план дальнейших действий. Духовенство было в страхе, некоторые даже плакали. Спор на площади грозил бойней. Посему, по окончании литургии, патриарх и власти решили перенести арену состязания в узкие и более стеснительные рамки Грановитой Палаты. Здесь на своих парадных местах были и царица Наталья Кирилловна, и великая княжна Софья Алексеевна, и бояре. Впущенные расколо-вожди входили с шумом и дерзостью, нося свои аналои и скамьи. Но все же толпа осталась за дверями, а тут стала возможной церемония разговоров.
Патриарх Иоаким поставил бунтарям вопрос: "Чего в точности они добиваются"? Никита в ответ заявил: "Мы пришли бить челом об исправлении веры, ибо введена новая вера", и стал читать свою челобитную. Собрание ее терпеливо, без возражений, заслушало. Атмосфера несколько улеглась. Поэтому, патриарх, держа в руках икону святителя Московского Алексия, начал увещевать бунтующих покориться решениям церкви.
Он говорил с волнением, со слезами. Но ответом ему были поднявшиеся руки с двуперстным сложением и криками: "вот так креститесь"! Слово взял Афанасий архиепископ Холмогорский, родом из Зауралья, в своей монашеской юности, даже в звании уже игумена Далматовского монастыря на реке Исети, соблазнявшийся стоянием за старый обряд, а затем, после ареста при Тобольском митрополичьем доме, — явно отрезвевший. Он отбыл в Архангельский край и там проявил себя большой пастырской работой среди моряков Архангельского порта, заслужив уважение и популярность в среде англичан и голландцев, все более и более посещавших этот порт. Афанасий стал наилучшим кандидатом на Архангельскую кафедру, чем и радовал потом молодого царя Петра. Афанасий, сам переживший искушение старообрядчества, обратился к Никите со словами компетентного знатока психологии обрядоверия и так подавлял своими аргументами темную голову Никиты, что тот почувствовал себя сбитым с позиции, дико разъярился и, прыгнув как зверь на Афанасия, заушил его. Этим скандалом вся обрядоверческая депутация, как оскорбившая не только церковь, но и царствующую семью, сама поставила точку своему краснобайству. Их удалили за двери палаты без арестов и задержек, и они повалили из Кремля к себе на тот берег Яузы, в стрелецкую слободу, подняв руки с двуперстием и с криками: "препрехом, победихом!" "Тако слагайте!" В стрелецкой слободе шел звон в колокола, но не пир горой, потому что законная власть была на своем посту. В ту же ночь правительство Софьи вызвало к себе выборных представителей от стрелецких полков и предложило им ультиматум: принести повинную и расписаться, что стоять за веру не их дело. Полки покорились, сами арестовали и отдали в руки законной власти раскольничьих главарей бунта, которые и были разосланы по монастырским тюрьмам, а поп Никита за оскорбление царской власти, как политический преступник, вскоре же 11-го июля был казнен на Красной площади всенародно. Ему отсечена голова.
Вообще критический для правительства 1682-й год новой смуты открыл ему глаза на вред от вливания церковных обрядовых вопросов в русло политической разрухи. Нужно было остановить разложение и прижечь гниение. В этот момент уже полстолетия длившийся прилив киевских ученых в аппарат церкви и нарастание европейских, в, частности, польских влияний в духовной и материальной культуре незаметно привили правящим церковным и государственным кругам новый стиль противодействия всякой оппозиции. Собранный в том же 1682 г. патр. Иоакимом большой церковный собор одобрил и привел в действие целую систему репрессий против старообрядчества, которая явила собой картину решительного гонения на него. Тут впервые в жизни русской церкви и государства применена была система и дух западной инквизиции. Еще на большом соборе 1666-67 гг. восточные иерархи благословляли меч государственный на устрашение противящихся церкви, но это было не так-то сродно с понятиями московской иерархии. Теперь, на фоне только что погашенной и действительно опасной смуты, русские иерархи приняли передачу борьбы с церковными противниками в руки государства. Собор попросил у царя разрешения "отсылать к градскому суду" раскольников, а на воевод, их чиновников и на землевладельцев возложить обязанность разыскивать скрывающихся раскольников для дальнейшего суда над ними. Правда, гражданские власти должны были задерживаемых отдавать сначала в приказы архиерейского правления. Там их увещевали, упорствующих посылали в монастыри на смирительные работы. Раскаявшихся церковные власти отпускали на свободу. При этом гражданские власти брали от побежденных "поручные записи", т.е. письменное обязательство впредь покинуть раскол. Окончательно упорствующие передавались епархиальными властями в руки гражданских властей, и те наказывали их уже физически, битьем кнута и в крайних случаях даже смертной казнью. В 1685 г., на основании начатого опыта гонения на раскольников, была уточнена его система в особой инструкции в 12 пунктах. Это был уже гражданский закон, утвержденный царем и боярской думой. В нем объявлялось огульное запрещение самого существования церковного раскола в русском государстве. Упорных, противящихся св. церкви и "возлагающих на нее хулу", — жечь в срубе. Скрывающихся и обличенных — бить кнутом и ссылать в дальние края. Укрывателей наказывать битьем кнутом и палками. Имущества казнимых отбирать в казну. Кающихся отсылать в монастыри и отпускать оттуда лишь на поруки и под ответственность поручителей. Недосмотр последних карался денежными штрафами от 5 до 50 рублей.