1690 г. был годом оформления победы над латинским засорением Москвы. Инок Евфимий теперь подвел итог завершенных споров и ошибок школы Полоцкого и Медведева, и дал вообще опровержение латинской доктрины, проникшей в киевские издания. Свою книгу он назвал русским, но не литературным, а простонародным словечком "Остен" (т.е. "острие", "жало"). Братья Лихуды написали как бы систематическое руководство к обличению всего латинского богословия под заглавием: "Мечец Духовный, или Диалоги Грека — учителя к некоему иисуиту". На созванном патр. Иоакимом соборе была анафематствована так называемая хлебопоклонническая ересь. Произведена ревизия всех книг, усвоенных Москвой из Малой России, и указаны их латинские уклонения. В список внесены все крупные литургические и катехизические издания самого митр. Петра Могилы. Его Лифос, Большой Требник и Служебник; две книги архиеп. Лазаря Барановича: "Меч" и "Трубы словес"; Иоанникия Голятовского: "Ключ разумения" и "Мессия Праведный"; Радзивиловского: "Огородок"; Кирилла Транквиллиона: "Евангелие" и "Перло Многоценное"; Феодосия Сафоновича: "Выклад о церкви святой и ее тайнах". Теперь наука хорошо знает, что латинские доктрины очень давно и естественно проникли в головы епископов Литовско-Польской Руси. Так, хлебопоклонническую доктрину находим у православных антиуниатских епископов: в служебнике 1604 г. еп. Львовского Гедеона Болобана и в его Виленском переиздании в 1610 г. Самый распространенный Евхологий издания Петра Могилы 1629 г., еще до избрания его митрополитом (в 1632 г.), содержит в себе греческую православную доктрину о моменте преложения Св. Даров, но в издания 1639 и 1646 гг. уже внесено латинское учение.
Киевским ученым после московского собора 1690 г. одним была дана отставка, а другие сами выехали из Москвы. Это было несомненно подрывом московской учености. Но в данном случае полемический минус покрывался в значительной степени утверждением в Москве ученых братьев Лихудов. Для патр. Иоакима этот собор был победным достижением, осуществлением долго и терпеливо им жданного разгрома врагов московского православия. Правительство молодого Петра открыло Иоакиму двери к полной победе над врагами. Допущенные при Софье, по воле кн. В.В. Голицына, иезуиты, теперь были изгнаны из России. А легально живущим иноземцам-католикам дозволено держать при себе только рядовых патеров, но не орденских монахов.
Под размахом Иоакимовой косы слетела голова и с одного протестантского вождя в Немецкой Слободе. Так называемая Немецкая Слобода безвозвратно утвердилась в тихо преобразующемся на европейский лад Московском государстве. Но в данном случае явились благоприятные для патр. Иоакима обстоятельства. В Немецкой Слободе оказался, после не малых блужданий по Европе, один пастор далеко не ортодоксально-лютеранского направления. Это был Квирин Кульман. Он был одержим эсхатологией. Проповедовал не только начало апокалиптического 1000-летнего царства Христова на земле, но и себя выдавал за пророка, пришедшего обновить все христианство. Среда Немецкой Слободы была для Кульмана неблагоприятной, слишком прозаической. В ней возникли призывы, привычные для европейских голов: — сжечь Кульмана на костре. Правительство молодого Петра не перечило этому самосуду немцев. И, при попустительстве властей, Кульман был сожжен самими немцами в их слободе.
Как мы уже говорили, у царя Федора, под влиянием Симеона Полоцкого, намечался план открытия в Москве Богословского Училища, не только для России, но и для всего греческого православия. Об этом просили и некоторые греческие иерархи, чтобы не ездить больше за наукой в латинскую Италию, а культивировать науки у себя на Востоке, в Москве. Открытая царем и патр. Иоакимом в 1679 г. школа в типографском доме и была этим первым опытом. Иеромонах Тимофей, долго живший на Востоке и знавший греческий язык, брал на себя руководство школой. В помощь ему, может быть, по его же указаниям, привлечены были с Востока греки: сначала Мануил Левендато, "искусный в свободных науках", а затем — иеромонах Иоаким. Это достижение казалось таким твердым, что царь Федор и патр. Иоаким часто навещали школу лично и даже баловали учеников, даря им одежду и деньги. И все-таки типографскому училищу не суждено было развиться и вырасти в школу высшую, о которой мечтали, которую подсказывал и Симеон Полоцкий. Думают даже, что Симеону вместе с Сильвестром Медведевым принадлежит все главное в этом проекте. Тем более, что и помещение высшего училища, именуемого Академией, предполагалось у Симеона Полоцкого в его Заиконоспасском монастыре. Это вообще был грандиозный проект не только школы, но и как бы Академии Наук и вместе министерства народного просвещения, ведающего в государстве всем делом науки и книжного творчества с правами цензуры. Такое учреждение требовало солидного государственного обеспечения. Предполагалось обратить на эту цель вотчинные доходы восьми монастырей, одной дворцовой волости и нескольких пустошей. Надеялись привлекать пожертвования от ревнителей просвещения. Царь жертвовал свою библиотеку. Доступ учиться в Академии открывался людям всех сословий. Школьная часть в проекте была полнее, чем в Академии Киевской. Намечались такие предметы: грамматика, пиитика, риторика, диалектика, философия. Последняя в трех отделах — философии разумительной (т.е. умозрительной), естественной (т.е. физики), нравственной. Богословие мыслилось в двух видах: созерцательное (т.е. догматическое) и деятельное (т.е. нравственное). Предполагалось, кроме права канонического, изучение и права гражданского. Открыто место преподаванию и "прочих свободных наук". Должны были изучаться языки: славянский, греческий, латинский и польский.
Права и задачи Академии, как высшего цензурного учреждения, контролирующего всякое печатное слово, рисовались — верховными, министерскими. Не упоминался в проекте верховный контроль патриарха и собора, как сами собой разумеющиеся. Во главе Академии становился "блюститель". Не уточняется в уставе его сан, ибо мыслится на первом месте его ученая компетентность. И блюститель и учителя, вступая в должность, дают присягу верности православию. Кандидаты на учительские должности и из греков и из киевских русских допускаются к преподаванию при условии представления свидетельств об их православии и после испытания в Москве. Строго подобранные учителя Академии свободны от общего гражданского суда, кроме случаев уголовных, а судятся академическим судом блюстителя и корпорации учителей. Тем более сами учителя судятся внутренним судом своей корпорации. Академия цензурует всю печать и все вредное обрекает на сожжение. Иностранцы и иноверцы, состоящие на постоянной царской службе, а таковых было много в войске, подлежат в нужных случаях испытанию в вере. Иностранцы, повинные в хуле на православие, и русские, соблазнившиеся на переход в латинство и протестантство, присуждаются Академией на сожжение на костре. Всем москвичам, желающим учить своих детей иностранным языкам, предписывалось посылать для этого детей в Академию и запрещалось бесконтрольно держать у себя иностранцев домашними учителями. Академия должна была следить за верностью в православии тех иностранцев, которые оседали и русели в России.
Откуда предполагалось взять штат компетентных учителей? Призывать их из Западной Европы, даже из Польши, было страшно. Русские говорили, что вместе с разноязычием в России наступит и разноверие. Посылка москвичей заграницу для науки тоже пугала, чтобы "узнав тамошних государств веру и обычай не начали свою веру отменять и приставать к иным и о возвращении к домам своим и к сородичам никакого попечения не имели и не мыслили". Действительно, опыт еще Бориса Годунова, пославшего до десятка русских учеников заграницу и не вернувшихся, правда из-за ужасов Смутного времени, не был благоприятным прецедентом. Поэтому царь Федор и, конечно, особенно боявшийся иностранщины патр. Иоаким, обратились к восточным патриархам с просьбой прислать в Москву учителей "в греческом и латинском диалектах и во всех свободных науках искусных". Смерть царя Федора в 1682 г. и наставшее напряженное положение при соцарствовании Софьи, Петра и Ивана вновь положили под сукно смелый проект об открытии Академии. Сторонники Софьи, сначала Чудовский монах Карион Истомин, бывший справщиком типографского двора, и Сильвестр Медведев побуждали Софью двинуть дело открытия Академии. Но надо думать, что патр. Иоаким умышленно с этим не торопился, чтобы не класть в основу Академии латино-польских начал, которые воплощались в Заиконоспасском "строителе", Сильвестре Медведеве. Надо понять психологически сопротивляемость патр. Иоакима возвышению С. Медведева, ибо явно было желание западнической или польской группы около трона с В.В. Голицыным во главе провести в патриархи, по смерти Иоакима, Сильвестра Медведева. Но патр. Иоаким был выдержанный дипломат. Он долготерпеливо ждал и дождался прибытия нужных ему для богословской борьбы ученых греческих сил.
В 1685 г., наконец, прибыли рекомендованные восточными патриархами братья Иоанникий и Софроний Лихуды, "мудрейшая самобратия", по отзывам москвичей. По прибытии своем, как мы знаем, они были тотчас брошены в пожар спора. Но одновременно они открыли и преподавательскую работу, начав обучение греческому языку в том Богоявленском монастыре, где были помещены. А в Заиконоспасском монастыре еще воздвигалось специальное школьное помещение. В начальную Богоявленскую школку переведено было пока только 5 учеников Типографской Школы. К ним еще присоединились Чудовский монах Иов, да Богоявленский иеродиакон Палладий Роговский. Когда в следующем году школьный корпус в Заиконоспасском монастыре был закончен, вся Богоявленская школа вместе с Лихудами, к великому неудовольствию Сильвестра Медведева, переведена была сюда. Вся группа учеников Типографской Школы была взята сюда же, и к этому числу особый царский указ присоединял ученический "штат" из 40 боярских детей. В этот состав допущено и несколько волонтеров. Это были священники, иеродиаконы, монахи и люди "всякого чина". Лихуды распоряжались училищем и с ревностью вели учебу. За 8 лет (1686-1694 гг.) они преподали: грамматику, пиитику, риторику, логику и физику. Преподавали они частью на латинском, частью на греческом языках. Учеников своих они научили тому и другому языку так, что старшие из их учеников уже и сами становились учителями младших. Лихуды составляли учебные записки, пользуясь, конечно, изобилием европейских схоластических руководств. По образцу западных школ Лихуды приучили учеников вести примерные диспуты, в праздники произносились проповеди. Успешность дела говорила сама за себя, раз за три года ученики одолевали разговорно два языка и даже начинали переводить греческие книги на свой русско-славянский язык. Политически себя запутавшая и потерявшая свою опору в царевне Софье латинствующая партия, казалось, расчистила путь для дальнейшей школьной деятельности братьев Лихудов, но произошло нечто абсурдное. К злорадству Сильвестра Медведева, против Лихудов поднялся сам патр. Досифей, который их прислал. Надо признать, что Досифей издали не разбирался не только в лицах, но даже в общих чертах жизни Руси Южной и Московской. Сами братья Лихуды не были людьми непогрешимого ума и поведения. Так получился парадокс, что, к злорадству Сильвестра Медведева, Досифей поверил каким-то клеветникам и признал, что Лихуды сами перегружены латинской школьностью и что лучше их устранить. В 1693 г. Досифей прислал в Москву три грозных письма: одно к Лихудам, другое к царю, третье к патриарху. Критика Досифея неубедительна. Досифей упрекает своих ученых земляков, что они не занимаются делом: не учат грамматике, а "забавляются около физики и философии". Потому будто бы их ученики ничего не знают. Осуждает патриарх изучение латинского языка. Лихудов бранчиво называет "ликудиями", т.е. волчатами. Угрожает им даже отлучением от церкви. Всегда смиренная перед греками Москва повиновалась. Патриархом после Иоакима был Адриан, глубоко равнодушный к школе. Лихудов устранили от преподавания. Но так как все привыкли пользоваться их ученостью, то их поселили (в 1694 г.) на типографском дворе, где по заданию Посольского Приказа они продолжали обучать итальянскому языку работающих в этом Приказе. Петр, готовясь к войне против Турции в союзе с Венецией, особенно нуждался в знатоках итальянского языка. Он приказал боярам и другим служилым людям отдавать для этого детей в науку к Лихудам, а последним назначил жалованье из государственной казны. Но Досифей не унимался. Он просил патр. Адриана выслать Лихудов из Москвы, как будто бы государственных изменников. И Лихуды были принесены в жертву Досифею. Их сослали в костромской Ипатиевский монастырь (1702 г.). Оттуда их потом вновь вызволил (1706 г.) и поставил на школьную работу у себя в Новгороде Новгородский митрополит Иов. Братья Лихуды и здесь в Новгороде вновь восстановили престиж эллинской школы, чуждой латинским отравам. Стареющие Лихуды снова с воодушевлением составляли учебники. Написали руководство к опровержению лютеранства и кальвинизма. Под новой властью местоблюстителя патриаршего престола, митрополита Стефана Яворского, похоронена была нелепая, навязанная извне вражда к братьям Лихудам. И церковная власть просто потребовала себе обратно из Новгорода более молодого и дееспособного Софрония Лихуда. Он и продолжал обучать греческому и латинскому языкам в Московской Типографской Школе до своей смерти в 1730 г.