Секретарь австрийского посольства И. Корб, описывая одну из таких комедий, якобы посвящения новопостроенного Лефортова дворца богу Вакху, как тут жрец благословлял народ двумя табачными чубуками, связанными крестом, от себя добавляет: "кто бы мог подумать, что изображение креста, драгоценнейшего символа нашего спасения, могло служить игрушкой!"
Со столь низкопробными кощунствами Петр вторгался в самое церковное богослужение, заставлял духовенство венчать в церкви шута со вдовой, или карлика с карлицей, в окружении балаганно-разряженных поезджан. Очевидец последнего Юст Юль свидетельствует: "Все время пока длилось венчание, кругом слышался подавленный смех и хохот, вследствие чего таинство напоминало скорее балаганную комедию, чем богослужение. Сам священник от душившего его смеха едва мог выговаривать слова молитв".
Широкие, сливающиеся по тону со старообрядчеством, слои населения возмущались пассивностью патриарха и злословили об его, якобы, карьерном страхе: "бережет мантии, да клобука белого, затем и не обличает". Дело не в простой трусости, а в сложности, почти безвыходности положения иерарха пред законной самодержавной властью царя. Пробовал иногда ее саботировать патриарх, но ничего этим не достигал. Когда в 1698 г. Петр возвратился из заграницы, и без того накаленный бунтом стрельцов, оказалось, что воля его о насильственном пострижении в монашество брошенной им первой жены Евдокии (Лопухиной) все еще не выполнена. Патр. Адриан, бессильный объяснить свою медлительность напрямик, доложил о грозящей шумом оппозиции в среде столичного духовенства. Петр потребовал указать имена. Патриарх малодушно указал на одного архимандрита и четырех попов. Они были арестованы и допрошены. Хорошо, что еще не были обезглавлены. Начались казни действительных, не мнимых революционеров — стрельцов. Петр, с детства очевидец революций около трона, знал, что делал неизбежное и правое дело власти. Патриарх же, несомненно подталкиваемый всей старорусской средой, явился к царю с иконой "печаловать" о казнимых. Петр прогнал его с приказом поставить икону на место: "Я не меньше тебя чту Бога и Его Пречистую Матерь, но мой долг — казнить злодеев, умышлявших против общего блага". Умный австрийский дипломат И. Корб видит в этом стрелецком восстании вопрос быть или не быть всей тогдашней власти в России. Он нам сообщает, что говорили под допросом стрельцы: "Если бы судьба оказалась благоприятной нашим замыслам, мы бы подвергли бояр таким же казням, каких ожидаем теперь, как побежденные. Ибо мы имели намерение все предместье немецкое сжечь, ограбить и истребить его до тла. И, очистив это место от немцев, которых мы хотели всех до одного умертвить, вторгнуться в Москву... бояр одних казнить, других заточить и всех их лишить мест и достоинств, чтобы тем легче привлечь к себе чернь. Некоторые священники пошли бы пред нами с иконой Божией Матери и образом св. Николая, чтобы показать, что мы не по коварству взялись за оружие, но по благочестию, во славу Божию на защиту веры". Малороссийские казаки тоже говорили: "чем было нам татар рубить, пойдем на Москву бояр рубить". Словом, реалистическая мудрость Петра оправдана историей, а параллельно изобличена детская наивность патр. Адриана. В пространном и лирическом духовном завещании своем патр. Адриан выявляет себя, в отличие от своего патрона, патр. Иоакима, пассивным аскетом. Не таким людям управлять церковью, борющейся внутри мира сего. "Кто ми даст криле таковы", пишет п. Адриан, "да постигну дни моя протекции? Кто ми возвратит век мой, да — выну смерть поминая — вечнаго живота сотворю деяния? Ибо суетно уже тень ловити и тщетно неподобных ждати. Уплыве бо невозвратное время. Утекоша невоспятимая лета. Прейдоша дние, яко слово, никогда не обращающеся к языку. Точию Божие не уплыве мне милосердие". Насколько такое мироотреченческое богословствование неблагоприятно отражается на злободневной реальности церковного управления, иллюстрирует типичный факт секретарского самодержавия. При патр. Адриане этим командующим всеми делами обширной патриаршей области был его архидиакон Иона. Мой учитель, проф. прот. П.Ф. Николаевский ("Христ. Чт. 1891 г. № 5-6") пишет об этом всемогущем секретаре: "Он был любимцем патриарха, снискал полное доверие его и, при слабости и постоянных болезнях патриарха, получил при нем влияние на управление епархиальными делами обширной патриаршей области. Здесь он завладел, главным образом, ставленными делами и избранием на должности игуменов и архимандритов. Не обладая образованием и Высокими нравственными качествами, он своим вмешательством в церковные дела вносил в управление большие беспорядки. Этим возбудил в обществе недовольство патриархом и если не может быть назван виновником уничтожения патриаршества в России, то дал ближайший повод сначала к приостановке избрания преемника патр. Адриану на неопределенное время, а потом и к полной замене патриаршей формы управления синодальной".
Патр. Адриан не знал, что ему делать с явлениями нового, чуждого ему времени и потому просто в своих церковных поучениях обличал и отрицал новые формы жизни. Писал, что московские люди, "и знатные и простые, от злоглагольств лютерских, кальвинских и прочих еретиков и от пипок табацких объюродели". Не хотят слушаться уставов церкви, "вопрошая: сие чесо ради? И сие откуда взято? И сие кто предаде?"
Для идеологического перевоспитания русского общества патр. Адриан охотно принимал советы патр. Досифея, присылавшего для переводов с греческого новую восточную литературу. А всеусердный инок Евфимий нес огромный труд по переводу этих новых греческих авторов: Максима Пелопонезского, Мелетия Сирига, Нила Солунского. Опубликованное лишь по-гречески "Православное исповедание" митрополита Петра Могилы переведено и напечатано по-русски (в 1696 г.) иноком Евфимием. В этом же году приготовлен был к печати и объемистый сборник полемических и исторических статей "Щит Веры", вновь вошедшего в ряды иерархов Афанасия, еп. Холмогорского.
Изгнав братьев Лихудов из Москвы в ссылку в Ипатский монастырь, патр. Адриан довольно наивно просил патр. Досифея на их место прислать других ученых мужей. Патр. Досифей обещал на словах, но бессилен был дать что-нибудь на деле. Разрушительный удар понизил уровень преподавания в Академии, хотя потребность проходить школу в интересах служебных, торговых и церковных автоматически разрасталась в Москве и углублялась. Академия, после изгнания из нее, по приказу Досифея, преподавания латинского языка, переменила и свое наименование. Назвалась: "Эллино-Славянской Академией". Учительствовать в ней после Лихудов остались их ученики: Федор Поликарпов, Николай Головин, Чудовский монах Иов и вернувшийся из заграницы Палладий Роговский (1699 год). До Палладия все названные учителя сами не прошли еще ни философских, ни богословских дисциплин. А потому, по изгнании Лихудов, Академия опустилась до младшего уровня только грамматики, пиитики, риторики, славянского и греческого языков. Патр. Адриан, по крайней старомодности своих взглядов и настроений, по-видимому, не хотел поддерживать явно слабеющую школу. Сам Петр, навещая болящего патриарха, не желал насильно давить на него, но каждый раз напоминал ему о школьном развале: "в ней мало, которые учатся и никто ее, как подобает, не надзирает". Но Адриан продолжал пребывать в своем равнодушии, в то время как развал школы становился почти общественным скандалом. В 1700 году, тотчас по смерти патриарха, прибыльщик Курбатов в своем срочном рапорте Петру, стоявшему под Нарвой, писал об Академии: "Школа, Государь, которая был под призрением своего патриарха и вручена монаху Палладию, — зело, Государь, в ней живущие с полтораста человек, скорбят и всего лишаются и учиться в ней невозможно. Потолки и печи и иное строение обвалилось. Требуют. Государь, твоего всемилостивейшего осмотрительного милосердия".
"21-го февраля 1696 г. на сырной неделе в пяток патриарху припала параличная болезнь" — так записано в секретарском дневнике. Патриарх несколько раз преодолевал больное состояние, совершая богослужения, не отрывался от дел, но вынужден был почти безвыездно "лежать" в своем загородном Перервинском монастыре. А дела надвигались немалые. Сам патриарх оппозиции активному Петру и не собирался делать. Петр вежливо дважды навещал больного и часами вел с ним беседы о назревших нуждах. В частности, и об улучшении Славяно-греко-латинской Академии, которая и как здание и как школа пришла в состояние развалины. Но ни у Петра, занятого Азовским и Нарвским фронтами, не было на это ни копейки денег, ни у патриарха — понимания важности дела. Болезнь, приведшая патриарха в 1700 г. к концу, развивалась, а дела первостепенной важности нагромождались.
Комиссия по пересмотру Уложения 1649 г. потребовала из Патриаршего Приказа справок. Дело клонилось к передаче части имущественного права, а именно — "сговорных записей" (о приданом невесты) и духовных завещаний в гражданский суд. Патр. Адриан приказал подать обширную записку "Статьи о святительских судах", где повторены ссылки на Номоканон, уставы русских князей, ханские ярлыки, с присущими им запретами всяких нарушений. Эта записка осталась последним памятником искренней слепоты старомосковских церковников пред новым государственным правосознанием.
Той же природы глубокое непонимание и неприятие нового духа времени порождало двусмысленные дела, как бы о политической нелояльности отдельных епископов. Царь Петр, смиривший стрельцов, не мог пренебрегать этим идейным расхождением. Петр знал, что при всем глубоком контрасте мировоззрений, патр. Адриан, по заветам и царицы Натальи Кирилловны и патр. Иоакима, будет лично верен его царской власти, но в других архиереях он не был уверен. А потому не препятствовал политическим розыскам Преображенского Приказа. Попался в Москве сумасбродный агитатор Григорий Талицкий, зачитывавший своими "тетрадками" об апокалиптичности наступившего времени и о Петре, как антихристе, в особенности духовных лиц. "Зачитал" он на Казанском Подворье в Москве бывшего тогда (1699 год) по делам в столице Тамбовского епископа Игнатия. На допросах Талицкий разболтал, как Игнатий умилялся до слез, слушая чтение его тетрадей, целовал их, приговаривая "Павловы твои уста!" Талицкий добивался доклада святейшему патриарху, да "чтобы про то и в народе было ведомо". Игнатий отвечал: "видим мы и сами, что худо делается... Да что мне делать? Один я — немощен!" Беспощадные судьи потребовали у патриарха выдачи им Игнатия в расстриженном виде. Адриан протянул дело на несколько месяцев до своей смерти. И по смерти патриарха, Исаия, еп. Нижегородский, не соглашался еще на выдачу Игнатия, за что и сам угодил в ссылку. А Игнатия архиерейский собор вынужден был расстричь, после чего власть сослала его "на неисходное заключение" в Соловецкую тюрьму под именем "расстриги Ивашки Шангина".