Рим в 1596 г. одержал бесспорно крупную победу и над православием и над русским народом. Последствия ее дожили и до нашего времени. Победу латинской стороны создали соединенные силы: власти польского короля, систематических усилий иезуитского ордена и силы аристократического шляхетского давления в старой сословной Польше. На фронте самозащиты выявилась глубокая инерция привязанности восточно-европейских народов к греческому православному культу и быту. И, может быть, самым глубоким подпочвенным фактором, сохранившим и даже возродившим русское православие в Польском королевстве, было неустранимое соседство географически неотделимой, имперски сильной, Московской России. Не раз увлеченные польские патриоты, в течение трехсотлетнего периода полонизации и униатизации подданных Польше русских областей и русского населения, восклицали с истерическим самовнушением: "Нема Руси!" (Nema Rusi!). Но реальность победила. Социально, культурно, экономически обессиленный и приниженный русский народ не поддался уничтожению. Благодаря историческим условиям, в большинстве своем он влился в общерусское имперское тело, а в своей отдаленной юго-западной части (Галичине) скристаллизовался в особый национальный тип, упорно отстоявший себя от полонизации.
Православная часть Брестского собора 1596 г. должна была испытать на себе всю силу давления государственной власти. Многоопытный в политической атмосфере европейского Запада экзарх Александрийского патриарха на Брестском соборе, знаменитый Кирилл Лукарис, к счастью, понял трагическую безысходность и спас себя тайным бегством. Несчастный экзарх патриарха Вселенского, архимандрит Никифор стал жертвой польской власти. Польская полиция и раньше "пришивала" к нему ряд политических действий, враждебных польскому государству, а теперь в его председательстве на православном соборе усмотрела уже просто вызывающее посягательство иноземца на интересы внутренней безопасности государства. Власти арестовали Никифора, судили его, как шпиона Турции, заключили в Мариенбургский замок, где он вскоре и умер от голода. Польские власти начали открытое, "легальное" гонение на православие с целью его полного истребления.
В городах объявили недопущение православных к муниципальным должностям, саботировали обычную выдачу разрешений на занятие тем или другим ремеслом или торговлей. Крестьяне (хлопы), по их зависимости от панов, попали в дополнительную муку. Принуждались гнать своего православного попа и принимать насильно назначаемого униатского. Где панам не удавалось передать церковь попу униатскому, там сама церковь, как здание со всей церковной обстановкой, отдавалась в аренду на откуп еврею. Он хозяйски владел ключами, за плату в свою пользу открывал церковь для треб и служб. Хозяйничал кощунственно, не стесняясь словами и действиями, оскорблял религиозные чувства православного народа. Так средневековое еврейство само собирало угли на свою голову.
Во главе православной церкви остались только два епископа: Гедеон Болобан Львовский и Михаил Копыстенский Перемышльский. Первый дожил до 1607 г., а второй до 1612 г.
Им приходилось полутайно, но усиленно, размножать православное священство и держаться за все места и церкви, которые еще не были захвачены для унии. Но вот и эти епископы умерли. Легально приобрести с Востока какую-нибудь епископскую фигуру еще не было возможности. В этих стесненных обстоятельствах мы и встречаемся с редким казусом в православной среде того, что латинской доктриной узаконяется в системе нравственного богословия, а именно с казусом так называемой ріа fraus. На это пошел, по сговору с покойным Львовским архиепископом Гедеоном Болобаном, его преемник Иеремия Тиссаровский. Иеремия на показ присягнул унии и получил епископское поставление на Львовскую кафедру. Но едва ли это ухищрение помогло размножению православных хиротоний. Практика подсказывала, что православным было безопаснее крестить детей, хоронить покойников и совершать некоторые другие требы, обращаясь к попам униатским, а искателям священства — переходить за кордон и получать поставления в Валахии и Молдавии от греков. Но оскудение православного священства с течением времени фатально нарастало. Вставал вопрос о восстановлении, хотя бы и тайном, епископской иерархии. Этого и дождались православные под защитой Днепровского казачества в 1620 г.
В противоположность обезглавленному и теснимому православию, протекционная униатская церковь при всяческом содействии властей активно развивала свою организованность. После пассивного по характеру митр. Михаила Рогозы (†1599) его преемником, естественно, стал сам творец унии, Ипатий Потей. Не стесняясь приемами клевет, доносов, грабежей и захватов, ареста священников православных и присылки на их место униатов, Ипатий захватывал и монастыри с их имениями. Пытался захватить и Киево-Печерскую Лавру. Конечно, всячески подрывал деятельность православных братств. Цитадель православия в Вильне, Троицкий монастырь, созданный и ведомый сильным Виленским православным братством, со всеми его имениями, школой и типографией, Ипатий передал униатам. Те организовали монастырь по старому плану, передав попечение о нем тоже братству, но униатскому. Православное братство, изгнанное в 1605 г., нашло возможность обосноваться в новом, построенном им монастыре Св. Духа, поблизости, почти тут же, перейдя широкую дорогу, которая ведет к Острой Браме. Но Потей борьбы не кончил. В 1609 г. он отобрал в унию все другие Виленские православные церкви, кроме одной этой, монастырской Святодуховской. Неудивительно, что народное раздражение против гонителя православия дошло до покушения на жизнь Ипатия Потея. Напавший на Потея гайдук отсек у него только два пальца на руке, положенные потом на престоле Троицкой церкви, как мощи мученика.
Умный и сознательный творец и вождь унии, митр. Ипатий вполне разделял взгляды правительства на то, что для Польши достигнутая церковная уния есть только переходный момент.
Идеал — не хранение восточного стиля унии, а скорейшая латинизация, чтобы эта "хлопская вера" поскорее переделалась в "веру господскую", уподобилась латинству и исчезла в нем. Творцы унии понимали, что это не так легко, но пытались "идти напролом", чтобы достичь возможного максимума. В этом духе и действовал Ипатий, торопясь облатинить унию возможно скорее. В особой агитационной книжке "Гармония" Ипатий осуждал православие и хвалил латинство. Внушал униатской массе мысль, что нечего и задерживаться на дурной, трудно исправимой позиции. Надо скорее переходить в чистое латинство. Ипатий заключал свои теоретические рассуждения практической программой для своего духовенства в 12 пунктах. Эти пункты предписывали столь полное подчинение римской власти и латинским порядкам, что вызвали даже недоумение и волнения в униатском духовенстве. Для Ипатия это не могло быть неожиданностью, и потому он выдвинул на очередь создание и организацию мощного органа перевоспитания ("перековки", по циничному изречению новейших мастеров этого дела), старого духовенства. Ипатию и не надо было творить ничего нового, а только копировать методы, уже оправдавшие себя на победе над реформацией через иезуитский орден. Он создал тоже специальный орден и вручил ему воспитание нового униатского пастырства.
Пропагандное имя ордена и его устав показным образом как бы скопированы с известных правил св. Василия Великого для монашествующих. Но все действительное содержание нового монашеского устава было копией с католических орденов. Правой рукой Ипатия в этом предприятии был его наместник Иосиф Вельямин Рутский. Это был вдохновенный униат из семьи изменников Москвы. Сын воеводы Вельяминова, он перебежал в Литву в 1568 г. и здесь обращен иезуитами в латинство. После школьной подготовки в Риме ему и предложили служить латинству в униатском обличии. Потей назначил его архимандритом захваченного Виленского Троицкого монастыря. Этот монастырь и определен был стать главой перевоспитываемого русского униатского монашества. Все другие, захваченные в унию русские монастыри подчинены были этому Троицкому Виленскому монастырю, как главе всего монашества, ставшего и по имени Базилианским. Главой ордена назначен протоархимандрит И. В. Рутский со званием генерала. Как и другие орденские монастыри, базилиане были поставлены в независимое положение от местных епархиальных архиереев. Они подчинялись непосредственно особому прокуратору в Риме, состоящему в Римской курии. В Базилианский орден стали вливаться и чистые латиняне, даже сами иезуиты. Это не было секретом, это было открытым как бы подвигом восполнения убогого н невежественного русско-униатского духовенства.