Умерший в 1613 году Ипатий Потей передал возглавление митрополией Иосифу В. Рутскому. Последний жил и действовал, как митрополит, еще целую четверть века. Ипатий и Иосиф — эти два интеллигентных и волевых деятеля духовно сформировали и укрепили организм униатской церкви. И. Рутский позаботился материально усилить, обогатить базилиан земельными имуществами, отнятыми у православных монастырей и церквей, и даже у своих униатских. В 1617 г. митрополит И. Рутский созвал конгрегацию всего униатского монашества. Главной очередной задачей базилиан было поставлено школьное воспитание униатского народа, а для этого — поднятие образовательного уровня самих базилиан. По предварительным соглашениям с папским центром, для этой цели было ассигновано достаточное количество стипендий в католических семинариях Запада: начиная с Вильны, — в Праге, в Вене и в самом Риме. Другое очень важное и характерное постановление этой конгрегации сводилось в сущности к отнятию у русских униатских епископов их верховной власти и к передаче ее в руки ордена. Постановлено и безропотно принято к исполнению, что митрополит отныне не имеет права назначать себе викария, как естественного своего преемника, без согласия ордена. При И. Рутском в базилианский орден влилось множество чистых латинян, особенно на должности многочисленных школьных учителей, быстро воспитавших толпы латинизированных русских юношей, с увлечением помогавших не только латинизовать ходячую доктрину православия для народа, но и самые церковные обряды, о чем мечтал Ипатий Потей.
Положительной стороной польской государственности было то, что православные могли и печатно, и устно, и на генеральных сеймах заявлять о своих стеснениях и лишениях. Известна, например, речь Волынского православного депутата ("посла") на Варшавском Сейме 1620 г., Лаврентия Древинского: "Уже в больших городах церкви запечатаны, церковные имения расхищены, в монастырях нет монахов, там теперь запирают скот. Дети мрут без крещения. Покойников вывозят из городов без погребения, как падаль. Мужья с женами живут без церковного благословения. Народ умирает без причащения. Во Львове не униат не может приписаться к цеху, к больному нельзя открыто идти со Св. Тайнами. В Вильне тело православного покойника нужно вывозить из города только в те ворота, в которые вывозят нечистоты. Монахов, непреклонных на унию, ловят и бьют, хватают на дорогах и бросают в темницу". Учитель Виленской братской школы Мелетий Смотрицкий в 1610 г. напечатал свою книгу: "Фринос или Плач церкви восточной". В нем он описал печальное положение гонимой и теснимой православной церкви в Польше. Доля конституционных свобод не гарантирована фактически от оскорблений и насилий православия в ежедневном быту. Уличная чернь имела фактическую возможность безнаказанных нападений на православных. Подогревали ее к этим погромным выпадам бродячие оборванцы, бывшие польские жолнеры, озлобленные за все свои неудачи в московских пределах в пору Смуты. Настроченные иезуитами школьники делали нападения на православные дома, церкви, особенно, на церковные процессии. В судах в применении к православным господствовала "неправда черная". Государственный защитник и протектор православия кн. К.К. Острожский умер в 1608 г. Другие паны малодушно ополячились. Опорной силой для православия остались казаки. Их гетманы (немецкий термин: Hauptmann), т.е. командиры воинских сил были жизненно нужны правительству для сохранения власти над юго-восточными Днепровскими окраинами, для обороны от Турции и для войны с самой Москвой, о чем поляки помышляли и по воцарении Михаила Федоровича Романова. Казачий гетман Конашевич-Сагайдачный гарантировал правительству верность казачьей службы на условии вероисповедной свободы для православия в границах его специальной власти, — на Киевщине. Но Сагайдачный умер в 1622 г. И влияние регулярной казачьей силы, так наз. "реестрового казачества", ограничивалось фактически усилившейся после введения унии анархической силой не регулярного, а вольного казачества в южных степях. Туда бежали "козаковать", т.е. вольно жить, беглые русские холопы из Польши и питали там огромную ненависть к польскому панству. С введением унии это степное анархическое казачество, выкинув над собой знамя русской народности и православия, этим облагородило и возвысило смысл своей вольницы и косвенно усилило стояние в православии и уверенность в себе именно Киевской, а за ней и всей юго-восточной части Руси.
Православная сторона к этому драматическому моменту, к счастью, не оказалась дезорганизованной. Преданная епископатом, она уже привыкла сознавать себя защищаемой в своем церковном быту повсюду проникшими братствами. Патриарх Мелетий Пигас в своих посланиях на Русь признает и одобряет эту роль мирянской организованности: "Вемы, яко утверждение церкве суть, яже по местех священныя братства и яко щит некий в помощь самой церкви". Сам глава униатов И.В. Рутский признавал, что "братства создали некоторый вид новой республики, которая наносит униатам много зла".
Лишенное внутреннего вдохновения униатство защищалось извне протекционными силами иезуитов. У православных оказался свой духовно богатый капитал защитной энергии и сил, в частности, и для литературного творчества.
П. Скарга, вслед за униатским Брестским собором 1596 г., издал памфлет, подрывающий значение православного собора, как якобы незаконного. Почему незаконного? Потому, что большинство в нем составляли миряне. На латинский взгляд, участие в соборе мирянской "массы" есть самоочевидный абсурд. По Скарге, раз иерархия унию приняла, вопрос решен окончательно. Ответ Скарге на эту пропаганду вдохновился сделать протестант пан Христофор Бронский или Броневский (под псевдонимом Христофора Филалета), как союзник православных на поле борьбы за религиозную свободу. Хр. Бронский противопоставил слепому клерикалу — Скарге, право активного участия мирян в делах церкви с апостольских времен. В церкви нет левитства; христиане — все причастны к священству. Да православные сейчас и не без вождей иерархических. С ними два епископа — Гедеон и Михаил. К чему ведет слепое послушание иерарху? Ведь Кирилл Терлецкий то и гляди, что потурчится (намек на гнусность нравов). Не придется ли тогда его стаду перейти в ислам? Стало быть, суть дела не в титулах, а в подлинных христианских качествах. Иезуиты ответили бранчивым памфлетом "Антиррисис", где вскрывается псевдоним Хр. Филалета, как протестанта. Православная сторона в первый момент еще не успела сразу выдвинуть достаточного количества писательских сил, но в 1605 году во Львове издано обстоятельное историческое изложение подготовки и проведения в жизнь унии под заглавием: "Перестрога" (т.е. предостережение). Деятельный патриарх Александрийский (временно и Константинопольский) Мелетий Пигас направлял на Русь против унии свои послания, и они теми или иными путями доходили до православных. Героические курьеры из Афонского монашества делали это дело с вдохновением. Среди них был командующий, южно-русский монах Иоанн Вишенский. С немалой богословской начитанностью он выдает себя за "голяка-странника" и призывает к "простоте голубиной" и "глупству пред Богом". Иоанн с апостольским вдохновением писал призывные к борьбе послания: к князю Острожскому, к братству Львовскому и к епископам униатам. Обличал светский образ жизни епископов, их суетную погоню за почестями, за земельными имуществами. Обличал угнетение духовенства, симонию. Обличал передовые классы православных в безверии и нечестии. Обличая латинские прельщения, Иоанн чисто по-афонски, как старообрядец, отрицает целиком латинскую ученость и советует ограничиться Часословом, Псалтырью и др. богослужебными книгами: "Чи ти, — пишет И. Вышенский, — лепше тобе изучити Часословец, Псалтир, Октоих, Апостол и Евангелие с иншими церкви свойственными и быти простым богоугодником, и жизнь вечную получити, нежели постигнути Аристотеля и Платона и философом мудрым ся в жизни сей звати и — в геену отъити"... "Ты же, простой, неученый и смиренный Русине, простого нехитрого Евангелия ся крепко держи, в немже живот вечный тебе сокровен есть". Этот пафос упрощенства незаметно переливается в пафос восстания на власти предержащие, даже иерархические. Иоанн пишет: "Не попы бо нас спасут, или владыки, или митрополиты, но веры нашея таинство с хранением заповедей Божиих, тое нас спасти мает". Очень тонкая черта отделяет такие призывы от логики Аввакума. И на самом поле брани, на деле, оружия бесшкольности было мало. Напротив, сама жизнь, несмотря на малые местные силы, уже, как мы видели, породила обширную сеть братских церковных и общеобразовательных школ. Братства, как мы видели, насчитывались десятками, и некоторые из них стремились содержать типографии и печатать книги.
Размножившиеся братства не могли не опираться в своем развитии и в своих книжных предприятиях на исконные цитадели православия, на монастыри. Ревнители и патроны школ естественно сочетали свои усилия с наиболее жизнеспособными монастырями. Например, в 1615 г. православная жена Мозырского маршалка Елизавета Гулевич (Гальшка Гулевична) подарила в самом Киеве Богоявленскому братству большое место с домами для учреждения братского монастыря со школой. Предприятие было жизненным и развилось на все века, превратившись в академический центр всего края и всей России. Моральный хозяин южной Руси, гетман Конашевич Сагайдачный построил для монастыря Богоявленский храм, а бывший здесь проездом иерусалимский патриарх Феофан даровал монастырю и храму привилегию ставропигии патриарха Цареградского. Первым игуменом монастыря был Исаия Копинский. А первым ректором школы стал бывший ректор Львовской школы, Иов Борецкий. Богоявленское училище, как и другие братские школы (Виленская, Могилевская, Луцкая) этого периода первых десятилетий унии, естественно, настроенные в антилатинском духе, усиленно старались держаться чисто греческих пособий и греческого языка. Это было отказом от богатой школьной латинской техники и изобилия учебных пособий. Несмотря на слабую техническую арматуру этих школ, вдохновение защиты православия выдвинуло из них ряд талантливых богословов-писателей, переводчиков, проповедников и, конечно, полемистов против унии. При всей ограниченности средств и учености, это поколение, можно сказать, самоучек богословия все-таки в те годы переросло бесшкольную и за Смутное время почти книжно-бесплодную Московскую Русь. Но после Смуты там голод школьный и книжный был так велик, что почти все плоды этого периода киевского богословского и книжного творчества неудержимо перелились в Москву, перегружая ее неизбежными, хотя и не страшными, элементами латинизма при катехизическом уточнении православных догматов. Отмеченное книжное творчество киевского центра втянуло в себя плоды творчества выучеников и всех острожских, виленских, львовских и др. школ. Почти со всеми подвижниками этого периода южно-русской учености мы встречаемся на московской почве. Для примера припомним протопопа Лаврентия Зизания, доставившего в Москву свой Большой Катехизис. Москва охотно поглотила и книги другого южно русса, иеромонаха Кирилла Транквиллиона, его "Учительное Евангелие" и его "Зерцало Богословия". "Зерцало" — это первый опыт догматической системы на русском языке. Неудивительно, что из латинских пособий в него влились латинские толкования догматов. И сам автор этой догматики в 1626 г. соблазнился перейти в унию. Примечательно зарождение в этой атмосфере и специальной учености. Таков, например, иеромонах Памва Берында, составивший большой лексикон церковно-славянского языка. Иеромонах Киево-Печерского монастыря, а с 1624 года его архимандрит, Захария Копыстенский напечатал (1621 г.) свою "Палинодию" (т.е. "Возвращение на старый путь" всех свихнувшихся в унию). Тут он с большой эрудицией собрал ценные документальные свидетельства о начале русского христианства от церкви восточной, греческой, а не западной латинской. На этот научно-неопровержимый исторический православный путь он и приглашает обманутых латинством униатов. А в другой своей "Книге о вере единой" он защищает и отличает православие от протестантских заблуждений.