Все эти и другие плоды православной школьной учености были доказательством больших и оригинальных усилий южно руссов защитить свое православие против технически превосходящей латинизованной униатской школы.
Кроме древнего киевского центра монашеская жизнь в литовско-польской русской церкви не была достаточно живой и цветущей. Под давлением гонений она явно проснулась и оживилась. Хотя в унию и была захвачена почти половина всех монастырей, но они обезлюдели и стали для униатов лишь доходными хозяйственными предприятиями, в то время как православные монастыри возросли в числе своих насельников иногда даже до 100 — 200 иноков. И сверх того за первые же 20 лет унии создалось до 10 новых монастырей, и при том выдающихся. Заново возникли три новых монастыря, занявших затем в истории руководящее положение. Это — знаменитая Почаевская Лавра; в Вильне — Святодуховский монастырь, как бы антикрепость против захваченного через дорогу Св. Троицкого монастыря; в Киеве — Братский Богоявленский монастырь, приютивший школу. Киево-Печерскую Лавру, спасенную от попыток униатских захватов, возглавил активнейший архимандрит Елисей Плетенецкий. Он, можно сказать, возродил монастырскую жизнь в Лавре, увядшую после татарского завоевания на целые три столетия. Архим. Елисей вел непрерывные судебные процессы с претендовавшими на захват ее униатами. Он восстановил самую душу монашеской жизни, ибо организовал нормальное уставное общежитие. Обновил состав насельников Лавры, приглашая и собирая отовсюду школьных и ученых иноков. Устроил типографию с широким планом издательства богослужебных и учительных книг на пользу всего русского православия. При своей смерти в 1624 г. он в преемники себе избрал известного Захарию Копыстенского.
В Вильне вдохновенным творцом, поднявшим значение и духовную силу Братского Св.-Духова монастыря, был Леонтий Карпович (†1620 г.). Он стянул под монастырское управление целых две типографии. Угнетенная латинянами Литва в ее уцелевших по городам и местечкам монастырях охотно потянулась под руководство Св. Духовской обители. Так и сложилась православная боевая крепость на всю Литву.
На Волыни и в Галичине восстановителем и организатором монастырской жизни явился Иов Княгининский. Он вышел из Острожских школ и прошел монашескую жизнь на Афоне. До своей смерти в 1621 г. он организовал на началах общежития целых пять монастырей во Львовской епархии. Продолжателем начатого дела специально на Волыни прославился другой святой игумен, по имени тоже Иов (Железо), сначала игумен Дубенского монастыря, а затем и Почаевского (†1651 г.).
Упадочную иерархию, ушедшую в унию, должна была сменить череда более героическая. Она и вышла в значительной степени из возродившихся монастырей. Напр., митрополит Исаия Копинский уже в бытность свою епископом Смоленским, сам копал пещеры для устройства монастыря. Таков же был епископ Луцкий Исаакий Борисович, долго живший на Афоне пред тем, как он был хиротонисован патр. Феофаном в 1620 г. в епископа Луцкого.
Иерархи первого после Брестской унии поколения, выносившие "на своем горбу" бесправие православия, естественно, при случае воздыхали о той или иной защите их православной Москвой. В этом они следовали за частью народа, который просто бежал, особенно, из Киевщины, и переселялся в "Московщину". Отражая эту народную тоску по религиозной свободе, и первые не признанные польским правительством митрополиты, Иов Борецкий (1619-1631 гг.) и Исаия Копинский (1631-1633 гг.), готовы были перейти под протекторат православной Москвы. В 1624-25 гг. митр. Иов, солидаризируясь с этой православной тягой части казачества к Москве, сам писал в Москву и выражал готовность вместе с своим православным народом присоединиться к северному братскому государству. И даже позднее преемник Иова с 1631 г. митр. Исаия Копинский писал в Москву, по занятии митрополичьего звания, жалуясь на угнетенное положение православия в Польше: "благочестивых князей нет, благородных вельмож оскуде, вси от восточного православия на Запад уклонишася. Едва кто от худых и неславных при благочестии и правой вере обретается".
Этот план, конечно тайно, подготовлялся издавна. Но вот настал благоприятный момент, когда КПльский патриарх послал своего помощника, патриарха Антиохийского Феофана, сначала с особой миссией в Москву. Православным в Польше, конечно, было известно, что патр. Феофан, проезжавший через Киевщину в Москву для сбора милостыни и участвовавший там в церемонии возведения на патриарший трон освобожденного из польского плена митр. Филарета (1619 г.), имеет большие полномочия от Вселенского патриарха также и на устройство православной церкви в Польше. Патр. Феофан получил от правительства разрешение посетить православные монастыри, церкви и братства в разных городах, как это было ни неприятно для униатской стороны. Вот иллюстрация ценности конституционных свобод в Польше. К 15 августа, к престольному празднику Успения Пр. Богородицы, в Киевской Лавре собрались по тайному сговору "послы", т.е. делегаты православия от разных областей Польши, чтобы придать формальную крепость задуманному тайному восстановлению православной иерархии, как акту с польской точки зрения революционному. Рискованно было для патр. Феофана решиться на этот "политический бунт". Но казачество, во главе с гетманом Конашевичем-Сагайдачным, государственно лояльным по отношению к польскому правительству, гарантировало патриарху его защиту и свободу. И вот ночью в нижней подвальной церкви, при скрытии освещения, под крепкой казачьей охраной, была совершена патр. Феофаном хиротония семи епископов, из них одного, как митрополита. Львовская кафедра оставлена за Иеремией Тиссаровским, как тайно православным. Так православная церковь нелегально восстановила свою иерархическую полноту.
Митрополитом стал Иов Борецкий, игумен Киево-Михайловского монастыря, бывший ректор Львовской братской школы, а теперь ректор Киевской. Положение сложилось напряженное. Король Сигизмунд III объявил патриарха Феофана, уже вывезенного казаками заграницу, незаконным, самозванцем и турецким шпионом. Поставленных им православных иерархов — незаконными и подлежащими аресту и суду. Со своей стороны митрополит-униат И. Рутский анафематствовал новопоставленных православных иерархов, как лжеепископов. Униатские епископы, сидевшие на их кафедрах, объявили, что не пустят их в свои города. Сам папа из Рима прислал королю указания, чтобы тот "подверг русских лжеепископов, возбуждающих мятежи, заслуженной каре".