При таком положении только один митр. Иов (1620-1631) мог жить в Киеве, в этом реально "казачьем царстве". Другие епископы жили секретно в разных монастырях, преимущественно в той же киевщине, и управляли делами своих епархий издали, полусекретно. Киев под гарантией казачества устраивал церковные дела открыто... Митр. Иов в 1621 г. созывает даже прямо собор для выработки мер к укреплению жизненных сил православия. Собор издал свое определение под заглавием "Советование о благочестии". Тут намечается усиленная проповедь против латинства и унии, печатание книг на защиту православия, усиление школ и братств, учащение соборов, живых сношений с Востоком, ближе всего с Афоном, прямая посылка туда русских монахов, как в школу православия.
Очередная борьба с унией требовала открытого литературного оправдания, не по-светски легального, а духовно благодетельного, акта возобновления православной иерархии. Темпераментный Мелетий Смотрицкий, бывший виленский учитель, а теперь новопоставленный епископ Полоцкий, охотно написал: "Оправдание невинности". Параллельно с этим в том же году опубликована и "Палинодия" Захарии Копыстенского. В поддержку соборному акту 1621 г. казачество заявило, что оно не пойдет воевать с Турцией, если правительство не признает православной иерархии. Тут смягчила положение благодетельная польская конституционная свобода. Уже в 1623 г. на очередном генеральном сейме православные добились, чтобы прекращено было откровенное гонение на православие и отменены были формально все враждебные православию декреты, ссылки, имущественные захваты. Конечно, на деле до буквального исполнения такого постановления было далеко. Но декларированная свобода все же была облегчением. К сожалению, этого облегчения на деле не последовало. Свел все на нет трагический акт убийства униатского Полоцкого епископа Иосафата Кунцевича. Это была натура фанатическая. Иосафат оказался епископом в том же Полоцке, в который теперь был поставлен Мелетий Смотрицкий. Много Полоцких приходов заявили себя православными, признающими Мелетия. Иосафат взорвался и начал с кучкой своих неистовых приверженцев насильственные обходы с погромами православных дворов. Сам униатский митрополит Иосиф Рутский и королевский канцлер Лев Сапега, тоже родом русский, обратились с увещанием к фанатику. Сапега писал Иосафату, что его фанатизм искажает унию и делает ее политически опасной. Иосафат, при посещении Витебска осенью 1623 г., изгнав православных из всех церквей, разгромил даже те шалаши за городом, в которых православные начали совершать богослужения. На дикое насилие толпа ответила физическим сопротивлением. На лично предводившего погромом Иосафата толпа бросилась с палками и камнями, убила его и кинула труп в Двину. Печальны были последствия этого двустороннего насилия. Католики и уния получили нового мученика, а выловленное из Двины тело его стало мощами, окруженными чудесами. Папа Урбан VIII послал послание, призывая к отмщению и анафематствуя тех, кто теперь возражал бы против меча. Около 10-ти горожан Витебска были казнены, город лишен Магдебургского права. Запрещено повсюду не только строить вновь, но и починять православные церкви. Мелетий Смотрицкий убежал в Киев, а из Киева предпринял путешествие на греческий Восток, ибо исчезло спокойствие и в Киевщине. Год тому назад гетман Сагайдачный уже умер. Но казачье войско заявило, что оно не допустит объявленного закрытия всех православных церквей. Так провалились надежды Сейма 1623 г. на легализацию православия.
Вот в этой атмосфере безнадежности и возникла переписка митр. Иова с Москвой в 1625 г. Конечно, не без полномочий со стороны широких кругов Киевского казачества, митр. Иов отправил в Москву предложение — принять Южную Русь в Московское подданство. Слабое после Смуты московское правительство царя Михаила Ф. Романова не решилось на этот шаг, явно грозящий новой войной с Польшей.
В новое тяжелое десятилетие после убийства Иосафата К. (1623 г.) целый ряд православных богословов не выдержал этой атмосферы бесправия, гонимости и бездомности в своем же государстве. Пример успокоенности и гражданского равноправия униатского духовенства естественно соблазнял часть богословов из притесняемого православия перейти на спокойное униатское положение. Так, в эти годы сам ректор Киевской братской школы Кассиан Сакович, а за ним и Кирилл Транквиллион Ставровецкий, ушли в унию. Туда же повернул и темпераментный Мелетий Смотрицкий.
После убийства И. Кунцевича и невозможности спокойно жить у себя в Полоцке, Мелетий, не поладивший и со своим местным и сильным Виленским братством, убежав в Киев, надумал поехать на греческий Восток и проверить позицию самих греков. В то время на богословских верхах у греков боролись две ориентации: латинская и протестантская. А Мелетий, как это видно было из его уже печатных трудов, искренно предпочитал латинские формулировки догматов всем другим, заостренно антилатинским. Сказалось его долгое в юности пребывание в латинской школе. Ведь тогда он прошел и Виленскую латинскую академию и побывал в западных протестантских факультетах. На фоне фантастических проектов митр. И. Рутского, как-то объединить униатство с латинством при сохранении для каждой стороны чистоты ее обряда под согласованным возглавлением и папы и Вселенского патриарха, Мелетий был соучастником этой фантазии. Теперь в своей разведочной поездке на греческий Восток Мелетий себя проверил и склонился к уходу в унию. Чем объяснить такой вывод у Мелетия?
Это третье десятилетие XVII в. в Константинополе было временем соблазнительной борьбы между двумя греческими партиями за обладание Вселенским престолом. Турки, ради унижения греков, корыстно поддерживали эту борьбу. Одну греческую сторону поддерживали через свои посольства и подкупы Порты протестантские державы, другую — католические. В такой обстановке патриарх Кирилл Лукарис, в период с 1612 г. по 1638 г., семь раз (!!) возводился на патриарший трон. Мелетий Смотрицкий был в Константинополе уже при третьем патриаршестве Кирилла Лукариса и через общебогословский латинский язык не мог не быть до тонкости посвящен в эту трагическую распрю. И даже использовал ее, получив в КПле, при смене церковных правлений, нужную ему бумажку из патриархии против братских претензий у себя на Виленщине.
Но и православная сторона делала разведку о Мелетие.
И православные встретили его (1626 г.) с недоверием. В Вильну ехать он не захотел, а поехал на жительство в Дерманский монастырь, патроном которого был князь Заславский, униат. Уже это было признаком ухода Мелетия в унию. Он еще таился и лицемерно сносился с митр. Иовом, как православный. Но писал свою "Апологию" — Apologia peregrinarum do Krajow wschodnych (1628 г.) Как только она была опубликована, немедленно митр. Иов собрал собор в Киеве, осудил "Апологию", предложил Мелетию отречься от нее и признать необходимость публичного ее сожжения. Сейчас же протопоп Андрей Мужиловский опубликовал "Антидот", т.е. изобличение латинства "Апологии". Мелетий покинул Киев, сбросил маску, отказался от своего покаяния и ответил о. Мужиловскому "Эктезисом". Сверх этой полемической дани он опубликовал еще "Паренесис (=увещание) к русскому народу" о принятии унии. И до своей смерти в 1633 г. Мелетий остался униатом. Одаренная чуткая личность, характерная для своего места и времени, достойна внимательного изучения и художественного воспроизведения в историческом романе. Между прочим, Мелетию принадлежит первый удачный опыт учебной грамматики церковно-славянского языка, впервые напечатанной в 1619 г. и затем усвоенной в Москве и многократно переиздававшейся в течение всего XVIII в., как учебник и в духовных и общих школах, на практике продержавшаяся в школах и до половины XIX в.
Умер создатель унии. Наступили выборы нового короля. Не было сомнения, что легитимным наследником его будет избран сын Владислав IV, бывший кандидатом на Московский престол. Владислав не был связан, как его отец, амбицией упразднения православия. Бывшие гонения и притеснения отжили свой век. Пора было применить и к православной церкви полностью конституционный принцип свободы вероисповедания наряду с другими вероисповеданиями. Православные не без основания готовились к избирательному сейму, чтобы под давлением своего вето сформулировать и получить признание своей свободы. Все корпорации: — и православное шляхетство, и духовенство, и братства, и цехи, и казаки — все формулировали свои требования о возвращении им отнятых прав, частично и имуществ, как предварительное условие их активного участия в избрании короля. Виленское братство заранее заготовило о нарушенных правах православия целую книгу "Синопсис", т.е. обзор. Избирательный Сейм принял эти условия, несмотря на все ограничительные возражения со стороны депутатов от униатской и католической церквей. После 36-ти лет непризнания православия в Польше, наконец, оно было признано. Постановлено иметь православной церкви одного митрополита и четырех епископов: во Львове, в Перемышле, в Луцке и в Мстиславле (вместо Полоцка, чтобы не сталкиваться с памятью Иосафа Кунцевича). Требовалось дать православию ту же свободу веры, как и другим вероисповеданиям. Снять ограничения прав с деятельности братств, типографий и школ, и вернуть некоторые особо спорные монастыри и храмы. В принципе все это было принято, а православные голосовали за Владислава. Но между писанным правом и бытовым беззаконием, произволом и анархией в Польше издавна была пропасть. Правительство Владислава было бессильно унять эту бытовую гражданскую войну. Но против анархических излишеств поляков и униатов вспыхивали и разрастались казацкие восстания. Усмиряя их, польские власти пускали в ход жестокие казни и формулировали новые ограничения православной жизни. В виде наказаний опять отдельные церкви отнимались и обращались в костелы, или сдавались арендаторам евреям. Чуя анархическую безнаказанность, банды пьяных шляхтичей делали набеги на православные церкви, избивали духовенство, захватывали священные сосуды, сдирали оклады с икон и демонстративно пропивали их в еврейском шинке. В результате этих погромов, как пишет проф. Знаменский, "жидовки щеголяли в нагрудниках из церковных облачений". Вот на таком возбуждающем фоне и оживился вторичный порыв православных казаков и монахов Киевщины переселяться в Московскую Россию. Назрел подсознательный большой государственный поворот надежд населения Киевской России на протекторат веры и национальности под властью Москвы.