Сам Петр Могила, по духу своего воспитания западник чистой воды, считавший латинскую богословскую науку последним достижением, без которого православие обречено на безнадежную отсталость, не мог не желать, путем хорошей школы, дойти до безболезненного, свободного примирения, а, может быть, и соединения церквей. Но, как лицо ответственное и официальное, он был очень осторожен и не желал повторять коренной ошибки — введения унии насилием. Та же школьная отсталость огорчала П. Могилу и на греческом Востоке. В глазах митрополита-западника нужно было не заглядываться на греков, а обогнать их на поприще школы и богословской науки. Самим же русским остается — спешить школьно копировать и догонять Запад. Характерна дружба Мелетия (Смотрицкого) с П. Могилой в бытность последнего Печерским архимандритом. Чувствительный Мелетий уже тогда болел сомнениями: — да правы ли греки и не оправдана ли уния? И решил единолично за свой страх успокоить свою совесть в унии. Соборное осуждение Мелетия не замедлило состояться (в 1628 г.) еще до избрания П. Могилы на митрополию (1632 г.). А П. Могила явно был обеспокоен той атмосферой соблазна, которая повисла над греческим Востоком из-за вскрывшегося (в 1633 г.) факта искреннего приятия выдающимся по учености греческим богословом, пять раз занимавшим кафедру вселенского патриарха, Кириллом (Лукарисом) кальвинистической формулы "оправдания человека одной верой". А П. Могила как раз по поставлении своем в 1632 г. был и утвержден в своем звании митрополита Кириллом Л. и еще украшен званием его экзарха. Да и сотрудники П. Могилы по созданию Киевской Коллегии, и Исаия Трофимович Козловский и Сильвестр Коссов, были питомцами римо-католической школы и толковали всю догматику, почти ничем не разнясь от латинства. В виду и греческой отсталости в науке, вся эта кипа новых киевских богословов с Петром М. во главе, решила создать катехизическое изложение православных догматов с тенденцией отмежевания от всякого протестантизма и с искренней, по их школьному закалу, римо-католической окраской во многих подробностях. Так родилась на свет вероисповедная книга "Православное Исповедание", которое в XVIII в, по подражанию Западу, стало называться впервые "символической книгой" (liber symbolicus). Главным составителем ее был первый ректор Киевской Коллегии — Исаия Т. Козловский в постоянном контакте с митрополитом П. Могилой. Последний и собрал в 1640 г. в Киеве собор для рассмотрения и приятия этого вероизложения. Было немало возражений против предложенных формулировок, усвоенных от латинских школ: учение о чистилище, креационная теория происхождения человеческих душ, момент преложения евхаристических даров. Латинскую точку зрения открыто и горячо защищал митр. Петр Могила. Через свое латино-римское формулирование и толкование церковных догматов, П. Могила стремился окончательно отбросить протестантское, кальвинское понимание догматов. А оно, в силу застарелого, острого оттолкновения греков от латинизма и породило тогда эту острую отраву кальвинизмом у Кирилла Лукариса. П. Могилу смущало, что именно этот патриарх Кирилл Л., обнародовавший свое соблазнительное "Исповедание веры" в 1633 г., и украсил его в 1627 г. званием экзарха и с готовностью благословил его на пост митрополита в 1632 г. П. Могила спешил отмежевать себя и свою школу от этого греческого "падения". Петру Могиле было мало просто пойти за КПльским собором 1638 г., осудившим и Кирилла и его "Исповедание". Петр Могила спешил провести на Киевском соборе 1640 г. свое русское, облеченное в наукообразную форму, православное веросознание и этим доказать русскую богословскую зрелость перед греками, а не только наше вечное ученичество. После защиты своего вероизложения у себя в Киеве в 1640 г., П. Могила представил его на просмотр и критику общевосточного совещания или собора 1642 г. в Яссах. Это совещание организовал друг П. Могилы, Валашский воевода Василий Лупулл. На совещании Киевское вероизложение подверглось строгой критике греческого богослова Мелетия Сирига, учившегося в Италии, в Падуе. Мелетий внес свои исправления, изложил заново все исповедание на греческом языке и прислал в Киев Могиле для напечатания в Киеве. Но Могила в этом виде печатать его не захотел. Уже после смерти П. Могилы, этот греческий текст Мелетия Сирига напечатан в Голландии в 1667 г. и позднее, в 1695 г., с латинским переводом, в Лейпциге.
Пока тянулся долгий период принятия иерархическими верхами Восточной Церкви общеустановленного текста обширного вероизложения, школа и церковная жизнь требовали краткого катехизического текста православного вероучения. Для удовлетворения этой потребности Петр Могила написал и напечатал в Киеве в 1645 г. на разговорном южно-русском языке: "Собрание короткой науки об артикулах веры". Это руководство приобрело на практике имя "Малого Катехизиса" и напечатано в Москве в 1649 г., в пересказе на московский церковно-книжный язык. Этот "Малый Катехизис" П. Могила опять-таки составил по плану и в духе известного латинского катехизиса Петра Канизия. Исключены из него только два остро латинских пункта: примат папы и филиокве, и то лишь по букве. По этому поводу проф. Амманн (стр. 348-349) предполагает, что, опираясь на греческую ромофильскую антилукаристскую партию, П. Могила сам думал пройти на КПльскую кафедру и тогда попробовать воссоздать опыт общевосточной, а не только русской унии с Римом.
В 1646 г. П. Могила закончил и напечатал свой знаменитый "Евхологион". Это не просто обычная богослужебная книга для приходского употребления. Это — руководство к обновлению и дополнению принятых чинопоследований многими новыми чинами и молитвами, открыто взятыми из Rituale папы Павла V. Этот Rituale только что в 1637 г. был издан в Риме в переводе на хорватский язык. Это характерно для идеологии П. Могилы, мечтавшего психологически сблизить и примирить православие с латинством. К каждому из семи таинств в этом Евхологие или Требнике приложено довольно пространное катехизическое толкование в латинском понимании. Момент преложения св. Даров, конечно, соединен с установительными словами Господа. Об епиклезе совсем умалчивается. В чин покаяния вносится личная латинская форма: "я прощаю и разрешаю".
Подлинное сближение и объединение церквей было близко сердцу аристократа П. Могилы, а тотальное изменничество, с перебежкой в чужой лагерь, и обругивание оттуда своего прошлого были ему отвратны. Один из первых избранников Петра М. для преподавания в киевской школе, мелочный Кассиан Сакович, перелетел в латинство и напечатал в Кракове в 1648 г. хулу на свое прошлое ("Эпанорфосис, альбо перспектива заблуждений дезунитской церкви"). На это П. Могила откликнулся тоже публицистически, издав в 1644 г. Λίθоς под псевдонимом "Евсевий Пимен" (благочестивый пастырь), защищая достоинство богословия восточной церкви, а не простонародные суеверия, каких достаточно во всех верах.
Не случайно обрисовался на фоне истории тот факт, что уровень богословского творчества гонимой, утесняемой православной школы стал неизмеримо выше и плодовитее униатского. Инициаторы и вожди унии искали только панского благоденствия, а не подвига науки. Этот подвиг давно уже начался национально настроенными работниками братств и братских школ. Их преподаватели из белого и черного духовенства и из епископов стали — и по профессиональному учительскому долгу, и по полемическому самозащитному вдохновению — творцами часто обширных и наукообразных книг. Вот наиболее крупные имена.
Сильвестр Коссов, первый ректор Могилинской Коллегии, скоро извлеченный из своего школьного кабинета на пост Мстиславльского епископа. По смерти самого П. Могилы, Сильвестр стал митрополитом Киевским (1647-†1657 г.) в волнительные времена перехода Западной Украины под власть Москвы. Его "Дидаскалия, альбо наука о седьми сакраментах" (1637 и 1653 г.) естественно пропитана латинским истолкованием таинств. Практически наиболее известным и живучим его сочинением оказался пересказ на южно-русское, сильно полонизованное наречие Киево-Печерского Патерика: "Патерикон альбо животы свентых ойцув печарских". (Киев, 1635 г.).
Сильвестр К. высоко ценил и выдвигал своего младшего коллегу по преподаванию в киевской школе, Иннокентия Гизеля. Иннокентий родился в семье пруссаков-протестантов, живших в южной России. Он с детства потянулся к православию, убежал в Киев и там стал монахом. П. Могила оценил его способности, послал его на некоторое время в заграничные школы и затем назначил учителем и проповедником в Коллегии. С 1648 г. Иннокентий Г. стал игуменом Киево-Братского монастыря и ректором Коллегии. Вскоре он был сделан архимандритом К.-Печ. Лавры и оставался им до своей смерти в 1683 г. Иннокентий с полным убеждением принял государственный протекторат Москвы над православной Южной Русью, ездил лично в Москву в делегации Хмельницкого и произвел на царя Алексея Михайловича наилучшее впечатление. Но, ища у Москвы защиты южно-русского православия, он откровенно заявлял и в Москве, что прилагать московскую централизаторскую систему власти и управления к киевской церкви, лишать ее привычных бытовых свобод самоуправления не следует, а лучше оставить под формальным возглавлением КП патриархата, который не трогал сложившегося здесь духа и порядка самоуправления.