Казачеству в состязании за его вольности с польским правительством удалось в первые десятилетия XVII в. на время приобрести даже полную независимость Киевской Руси от власти польской короны. В этот то момент "самостийности" и была восстановлена в 1619 г., под защитой казаков, православная иерархия проезжавшим иерусалимским патр. Феофаном. Но новое положение, создавшееся в 1632 г. при выборах нового короля Владислава, легализовало и новый подбор иерархов с Петром Могилой во главе. Эта легальная польская база существования русского православия так и утвердилась до самого раздела Польши в конце XVIII в. Мечта Польши о тотальном поглощении всей русскости и православия через унию так и не удалась. Память об этом по существу неправедном плане раз навсегда утвердила в русском сознании враждебное оттолкновение, как от сети ловящей, от римских предложений "восточного обряда".
Все-таки одна формальная легализация православной церкви в латинской Польше не остановила процесса расхождения польщины и русскости в этом стыке психологических двух разных миров: латино-европейского и греко-евразийского. И очень характерно, что православная русская церковь в лице иерархии и монашества, по свойственному ей долготерпению, готова была жить и действовать в достигнутых рамках легальности и терпимости. Но пред казачеством, как возглавителем и вождем русской национальности, не закрыт был ни путь борьбы за независимость, ни путь федерации с родственной Москвой. В этом направлении и стали развиваться события.
Настроение православных иерархов и школьных богословов, успокоенных конституционно обеспеченной свободой православия и удобным по отдаленности, почти нереальным возглавлением КПльского патриарха, не соблазнялось юрисдикцией Москвы. Московский строй был централистским, почти обезличивающим. На такой почве развивается и реализуется воссоединение Киевщины с Москвой государственное, а за ним и церковное.
Когда сошел со сцены митр. П. Могила (†1647 г.) и вскоре (1648 г.) занял гетманство Богдан Хмельницкий, началось неудержимое движение в сфере "русского вопроса".
Преемник Могилы на Киевской митрополии, Сильвестр (Коссов) (1648-1658 гг.), бывший префектом и профессором Братской школы (Академии), был убежденным сторонником создавшегося легального существования и Академии и всей Киевской православной церкви в Польской республике и даже был известен своей готовностью откликнуться на проект каких-то новых переговоров с латинской стороны об унии. Но он отказался от всякого активизма в этом направлении в виду противоположных планов Хмельницкого.
Б. Хмельницкий собрал большие силы для того, чтобы вырвать у правительства Яна Казимира (1648-1668 гг.) те вольности казацких земель, какие граничили с независимостью, а в качестве ультимативной угрозы был переход Киевщины под Москву. Для давления на Польшу Хмельницкий сговорился с татарским ханством Крыма. Загремели пушки и пищали. Хмельницкому удалось разбить поляков под Зборовом. Король сдался и подписал 15/VІІІ 1649 г. договор под условием утверждения его на ближайшем сейме. Татары были гарантами исполнения данных королем обещаний. Казаки требовали упразднения на контролируемой ими территории Киевщины униатской церкви и всех ее земельных и иных владений. Требовали признания за православием в указанных границах всех его исконных до унии прав и свобод и введения в Сенат православного митрополита с двумя епископами. Латинскому епископату это казалось абсурдом. Сейм сорвал сговор. Король попытался смягчить положение, пользуясь своим суверенным правом декретного законодательства. Новая попытка казаков прибегнуть к оружию потерпела крах. Победный Зборовский договор заменен был новым, Белоцерковским (1651 г.). При этом даже сам митрополит Сильвестр принял сторону короля. Он считал поворот Хмельницкого в сторону Москвы угрожающим понижением уровня церковной школы и литературного творчества у них в Киевщине. Хмельницкий между тем укрепил свой план сговором не только с крымскими ханами, но и с воеводой венгерского Седмиградия, Георгом Ракоши. На письма, адресованные царем Алексеем Мих. митр. Сильвестру, последний отвечал уклончиво. Разумеется, в вопросах состязания сил это не могло помешать разразиться войне. Ультиматумы Хмельницкого и царя Московского сводились к восстановлению Зборовского договора 1649 г. и упразднению церковной унии. Поляки начисто отвергли такой ультиматум. Началась война. Польская армия, осажденная в Званце, сдалась под условием признания казацких вольностей Зборовского договора 1649 г. Но опыт подписания договоров и их неисполнение теперь уже не удовлетворял казаков-победителей. Они перешли на рельсы московской гегемонии.
В январе 1654 г. Б. Хмельницкий подписал и декларировал договор с Москвой в Переяславле на Днепре о присоединении Киевской Украины к Московскому царству. Казачество принесло присягу на верность. Митр. Сильвестр лишь под угрозами покорился этой присяге. За политической покорностью последовало со стороны ц. Алексея и патр. Никона требование покорности и церковной, т.е. выхода киевской православной иерархии из исконной для русской церкви зависимости от КПльского патриархата и перехода в подчинение патриархату Московскому. Менялось положение шестисотлетней давности. Тут и греки поддерживали нежелание киевской иерархии. Митр. Сильвестр отправил в Москву ходатайствовать об оставлении КПльской юрисдикции свое особое посольство. Москва решила не прибегать ни к прямому насилию над митрополитом, ни к ссоре с греками. Как раз в тот момент и царь, и патриарх поддерживали с греками солидарность в злободневных вопросах исправления церковных обрядов и текстов богослужебных книг по точному копированию греческого образца. Вопрос о КПльской юрисдикции в Киевской Руси (по греческой терминологии в "Малой России") оставлен пока "на весу", в переходном состоянии. Но успешное наступление московской армии, уже оторвавшей от Польши Смоленскую и Полоцкую земли, дало основание, по обычному праву, сразу подчинить эти две епархии Московскому патриархату без особых ходатайств пред КПлем. А патр. Никон начал титуловать себя патриархом "Великия и Малыя и Белыя России". Да и фактическое положение оправдывало этот титул. Народная русская масса в большинстве легко переходила на сторону православных священников, и даже вместе со своими униатскими пастырями, еще не переработанными вскоре (после 1720 г.) усиленно облатиненной школой.
Победное вторжение Москвы в пределы Польши вынудило короля Я. Казимира убежать в Силезию и оттуда предложить казачеству вновь примирение и даже активный союз самозащиты, с отказом короля от особой протекции унии. Но победившая Москва заключила в 1655 г. перемирие и в 1656 г. мир. Польша соглашалась даже на союз с Москвой против Швеции. Церковная зависимость Киевской митрополии от КПля оставлена по-прежнему. В 1657 г. скончались и митр. Сильвестр и Б. Хмельницкий. Вскоре занявшие их места митр. Дионисий Болобан и гетман Иван Выговский оба были польской ориентации. Лишь вынужденно дали присягу Москве. Но продолжали, не скрывая, вести переговоры с Польшей. Поляки, смирившиеся под ударами, пошли на большие, соблазнившие казаков, уступки. Отказались от защиты государством унии. Возвратили православной церкви отобранные у нее имущества. После этого казаки вложили свои силы в союз с Польшей, даже в войну против Москвы. Но такая чрезмерно авантюристическая политика не могла найти поддержки во всех слоях русской нации. Русское население политически раскололось. Даже православные епископы, сознательно боявшиеся подчинения неученой Москве и через это ослабления своей духовной силы, т.е. богословской науки, несклонны были легкомысленно колебать под собой твердую государственную почву. В таком духе был настроен авторитетный ученый, Черниговский епископ Лазарь (Баранович), временно управлявший митрополией по смерти Сильвестра (Коссова). Но все иерархи, и правые, и средние и левые, по вопросу покорности Москве, были едины в желании оставаться под удобным, не стеснявшим никакой свободы верховенством КПльского патриарха. Поставленный на место Сильвестра Дионисий (Болобан) был сверх того и приверженцем, в сговоре с гетманом Выговским, польской ориентации. В свою очередь это давало Москве, помимо ее централистской природы, и объективное основание поставить во главе "бунтующей" киевской церкви верного Москве иерарха рукой патриарха Московского. Устранившегося и тоже "бунтующего" патриарха Никона в это время сменил митрополит Крутицкий Питирим. Москва решила и митр. Питирим поставил (1661 г.) казавшегося Москве покорным и надежным Нежинского протопопа Максима Филимонова, постриженного с именем Мефодия. У московского правительства, боровшегося в этот момент с Никоном, не было желания усугублять конфликт с КПльским патриархом, и потому Мефодий получает титул епископа Мстиславльского, как символ лишь временного заведывания митрополией. Но ни греки не признавали этой "робкой" претензии Москвы — аннексировать всю Киевскую церковь, ни часть южных епископов. Не говорим уже о Дионисие (Болобане), перешедшем к полякам. КПльский патриарх даже объявил Мефодия запрещенным в священнослужении. Ходатайства Москвы пред КПлем не имели успеха. Смута разрасталась. Полонофильствующий митр. Дионисий в пику Москве на ту же Мстиславльскую епископию поставил своего епископа Иосифа (Нелюбовича-Тукальского). Церковь раскололась и не могла помочь своим единством расколовшейся Украине. Днепр разделил Украину на Левобережную (русскую) и Правобережную (польскую). Да на острове Хортице среди Днепра организовалась еще нейтральная самостийная зона, так наз. Запорожская Сечь или Сичь. Правобережный Киев со своим тесным округом остался в составе русской Украины. Сечевой гетман казачества Брюховецкий признавал церковное возглавление Москвы. Но все эти киевские русские течения не легко мирились с духом московского централизма.