По смерти м. Дионисия (Болобана, 1663 г.), новый общий гетман Дорошенко, польской ориентации, связал себя с занявшим митрополию бывшим Мстиславльским еп. Иосифом (Нелюбович-Тукальским). Сечевой гетман Брюховецкий начал вызывать из Москвы, задержанного там тревожным собором 1666-1667 гг., епископа Мефодия (Филимонова). Брюховецкий практически требовал, чтобы Москва дала, наконец, митрополита. Но Москва, по указанным уже мотивам, не склонна была идти напрямик против воли КПльского патриарха, о чем и был вежливо уведомлен Брюховецкий. Москва даже охотно приняла со стороны КПльской патриархии, как жест некоего мира и благоволения, возведение Черниговской кафедры на степень архиепископии и облечения занимающего ее ученого еп. Лазара Барановича титулом архиепископа.
Тем временем, после ряда русских побед над поляками, был заключен между воевавшими державами давший временное успокоение Андрусовский мир в январе 1667 г. На почве этого мира можно было определенно разграничивать церковные компетенции. Восточная каноника делает очень широкие уступки данным государственным размежеваниям, если границы их стали фактически устойчивыми и твердыми. Так оно на деле устроилось в конце концов и здесь. Но нельзя было этого добиться сразу, как бы под секирой великорусского богатыря-дровосека. Над тремя государственно разделенными теперь частями исконно русской территории установились три православных юрисдикции. Над восточной, оккупированной Московскими силами, Украиной остался возглавителем архиеп. Лазарь (Баранович). Он не пожелал ехать в Москву для получения титула митрополита, ибо не отказывался от традиционного возглавления КПльского патриарха. Но толерантно принимал фактическое возглавление здесь церковных дел Москвой. На самостийную маленькую территорию Запорожья оперся с званием экзарха КПльск. патриарха епископ Иосиф (Нелюбович-Тукальский). А над православными русскими в польских границах король Ян Казимир утвердил управляющим православного Перемышльского епископа Антония Винницкого, канонически подчиненного патриарху КПльскому. И все три части киевского православного епископата, ценя государственный протекторат Москвы для защиты православия, в то же время продолжали отстаивать свою каноническую независимость от Москвы. Временное трехчастное управление православными церквами продолжалось недолго. Еп. Иосиф (1676 г.) умер. Король еще при жизни его назначил в помощники ему Львовского епископа, тоже по имени Иосифа (Шумлянского). По смерти И. Тукальского (1676 г.), король сделал Иосифа Шумлянского главой православных, а Антония (Винницкого) переместил на старую его кафедру Перемышльскую, где тот тоже вскоре умер (1679). Осталось только две юрисдикции: одна польской и другая московской ориентации. Но московская вскоре выдохлась. Мефодий (Филимонов), по возвращении из Москвы, вскоре в родной украинской атмосфере перестроился и стал солидаризироваться с противниками Москвы. Он примкнул к Печерскому архимандриту Иннокентию Гизелю, и они героически заявили, что запрут ворота и Лавры и Братского монастыря, и пусть их оттуда вытаскивают даже за ноги, но они добровольно не подчинятся митрополиту, поставленному Москвой.
То были два десятилетия (1676-1686 гг.) великого распада Киевщины, казаков и их Сечи, которые вспоминаются в песнях как годы "зруйнивання", т.е. разрушения, распада казачества на бредущие во все стороны и интригующие фракции. Гетман Дорошенко поставил ставку на Турцию, соблазнил на это и Брюховецкого с Мефодием. Но Мефодий успел во время убежать в Москву, где он заслуженно попал в монастырское заключение. Брюховецкий же просто был убит увлекшимся единодержавием Дорошенкой. Последний диктаторски назначил главой церкви Иосифа (Тукальского). Но этого не признали благоразумные епископы русской Украины под водительством Лазаря (Барановича). Лазаря признавали законным возглавителем церкви православные и в правобережной и в левобережной Украине, что вскоре и было оформлено легально.
Самостийные замыслы Дорошенки проваливались один за другим. Сначала провалилась ставка на крымских татар. Они подписали в 1681 г. в Бахчисарае мир с Россией. А вскоре в 1686 г. был подписан и еще более решающий, так называемый "вечный мир" России с Польшей. Теперь навсегда уже была утверждена за Москвой вся восточная Малая Россия и вместе с ней и Киев на правом западном берегу Днепра. Поляки подписали обязательство дать свободу православию в своем государстве и возвратить православным их епархии — Могилевскую, Луцкую, Львовскую, Перемышльскую, разумеется, переведя униатских архиереев оттуда в другие города.
Уже в 1681 г., после Бахчисарайского мира, русский епископ, полонофил Иосиф (Шумлянский) подал в Варшаве в руки номинального латинского киевского епископа униатское исповедание веры. Этим он поставил на себе крест, исключил себя из состава православных иерархов в границах и Польского и Московского государств. Луцкий православный епископ Гедеон, родом из русских князей Четвертинских, просто убежал от этой измены в русскую Киевскую Украину и явился для Москвы блестящим кандидатом на спокойно и легально предпринятую теперь задачу — возглавить Киевскую церковь митрополитом, но уже московской юрисдикции. Начались усиленные переговоры с КПльским патриархом о легализации этого положения. Не дожидаясь его согласия, Москва, по своей форме, по указу царя и собора при патр. Иоасафе II в 1685 г., поставила в митрополита Киевского Гедеона, князя Четвертинского. КПльский патриарх Дионисий, с согласия и других патриархов, в 1687 г. прислал грамоту, утверждающую этот новый порядок. Так прекратилось свыше чем двухсотлетнее разделение единой русской церкви на две отдельные церкви в двух соседних государствах. После этого в границах Польши, до ее разделов в конце XVIIІ в., осталась русская церковь в двух формах: униатской и православной. Обе формы пережили старую польскую государственность, имели свою драматическую историю и в рамках двух новых империй: русской и австро-венгерской и продолжают жить среди гонений и насилий потрясенной Европы XX столетия.
Наряду с другими бесспорно переломными событиями русской истории, как крещение Руси св. Владимиром, как татарское завоевание Руси, и революционная реформа Петра Великого должна быть признана полагающей грань времен и открывающей новый период в Истории Русской Церкви, получивший название Синодального[11].
Сколь ни стирали наши крупные историки (Соловьев, Ключевский, Платонов, Милюков) мифологический налет на эпохе Петра Великого путем углубленного прояснения непрерывности исторического процесса, в котором нет перерывов и сказочных скачков, но после всей их критической чистки, еще бесспорнее установилась обоснованность проведенной нашими предками разделительной черты в русской истории общей, а в данном случае и церковной: до Петра и после Петра. Особый Синодальный Период не схоластическая условность, а естественно сложившаяся, своеобразная по своей новизне эпоха в развитии Русской Церкви. И дело тут не в одной, и при том канонически дефективной, новизне формы высшего управления русской церковью, а в новизне правового и культурного принципа, внесенного в русскую историю с Запада, глубоко изменившего и исказившего нормальную для Востока "симфонию" между церковью и государством.
Таким образом, и по установившейся связи исторических судеб церкви с судьбами государства (как и в других свободных национальных церквах Востока), и по новизне установленного Петром Великим строя церковного управления, со смерти последнего 11-го патриарха Московской Руси, Адриана (†1700), мы вступаем в новый период, период Императорской России. Западнический, секулярный, антитеократический дух деспотического преобладания государства над церковью, характерный для этого, существенно европейского периода, диктует нам и некоторый формальный вариант в обычном расположении и в обобщениях церковно-исторических материалов. А именно, при изображении хода высшего церковного управления и преобразующего, общего церковно-государственного законодательства, мы находим целесообразным повествовать не по хронологической смене одного всероссийского митрополита или патриарха другим, а по царствованиям императоров. Было бы противно исторической правдивости закрывать глаза на властно держащую бразды церковного правления руку светских правителей и убаюкивать себя клерикальной иллюзией, будто ничто не изменилось в православной Руси, и церковь не утратила ни своего прежнего примата, ни своего стиля и колорита. На самом деле изменилось все настолько радикально, что и у церковного историка любого настроения и направления отнята всякая возможность по-прежнему излагать историю по каким-то возглавителям церкви. Замысел царя-реформатора удался. Никаких возглавителей не осталось. Церковь была в буквальном, техническом смысле обезглавлена. Только мелькнули и вскоре исчезли с горизонта мало что значившие безвластные титулы "президентов, вице-президентов" Синода, заменившись столь же номинальным вариантом "первенствующих членов", с конца XVIII и начала XIX вв. окончательно отданных во власть министерской фигуры обер-прокуроров. Еще возможно с некоторым основанием попытаться излагать историю этого периода по лицам обер-прокуроров, но никак не членов Синода, безапелляционно назначавшихся и смещавшихся обер-прокурорами. Всего достойнее и естественнее повествовать по царствованиям. На этом уровне мы находим возможность улавливать и характерные черты процесса исторического движения, определяемые личностью неограниченного монарха и его окружениями.