Петр не сразу заметил Феофана, хотя уже в 1706 г. Феофан, при встрече Петра в Киеве, говорил ему приветственное слово. Но вот, когда в ликующую минуту после Полтавской победы в 1709 году, при богослужении на самом поле сражения, Феофану поручено было говорить торжественное слово, то Феофан потряс Петра своим блестящим искусством красноречия. Он связал разные случайности вроде, напр., календарного совпадения дня победы, 27 июня, с памятью преподобного Сампсония. Петр, конечно, был превращен в богатыря — судию Сампсона, избившего 10.000 филистимлян ослиной челюстью и разодравшего льва, т.е. Карла XII. Герб Швеции слагается из фигур трех львов, а солнце с конца июня и в июле вступает в зодиакальный знак льва. Все это было эффектной игрой ораторского слова, но в исключительную минуту звучало даже и для Петра мистической символикой. Не забыта была в речи и треуголка Петра, простреленная пулей. Очарованный Петр, разумеется, не мог после этого забыть Феофана. Отправляясь в Прутский поход 1711 г., Петр пожелал взять с собой профессора Феофана в качестве возглавителя войскового духовенства и, конечно, еще более убедился в особой ценности для всех своих церковных планов личности Феофана. Он назначил его главой Академии и игуменом Киево-братского монастыря, и профессором богословия, и ректором Академии. Для консервативной латино-схоластической школы большинства академической корпорации этот карьерный подъем Феофана явился пугающей революционной диктатурой. Протестантское направление Феофанова богословия было для закаленной в католической схоластике массы профессоров просто непостижимым. Воспринималось ими, как рационализм и вольнодумство, а своя латинская схоластика отождествлялась с православием и служила его мерилом. Честные и мужественные лидеры Академии, архимандриты Феофилакт Лопатинский и Гедеон Вишневский, вскоре известные епископы, решили подать открытый протест государю, заблуждающемуся, по их мнению, по неосведомленности в богословии. Такой обличительный доклад в 1712 г. и был направлен в новую северную столицу. Петр тактически учитывал такого рода настроения, не заострял положения намеренно, но и не отступал от своей твердой линии. В 1716 г. он вызвал Феофана в Петербург "на чреду", как проповедника. Понятно было, что это ближайший шаг к архиерейству. Академия вновь всполошилась. И Гедеон и Феофилакт написали новое обвинение Феофана в протестантизме, направили его к царю через местоблюстителя Стефана, который присоединил и свою подпись к обвинению. Петр терпеливо опять все положил под сукно. И, выждав три года, в 1718 г. предложил освященному собору поставить Феофана архиепископом Псковским с тем, чтобы резиденцией его был Петербург, ставший уже на место Пскова и Новгорода реальной столицей прибалтийского северного края.
Петр правильно оценил и эрудицию и таланты Феофана по сравнению с посаженным им до этого на Петербургский пост, с титулом Новгородского, Феодосием Яновским. Светскость и показной блеск Феодосия были блуждающим огоньком в сравнении с подлинно ярким светом западной учености, культурности и широкой государственно-политической идейности Феофана. Наконец-то, после ряда ошибок, Петр нашел и нащупал среди богословов и иерархов того, о ком он мог только мечтать. Это была личность ему конгениальная. Редко встречающийся в консервативной по природе атмосфере церкви тип новатора, реформатора, вооруженного и подлинным знанием, и — надо признать это — выдержкой и тактом. Подобралась двоица великих людей, которой мы обязаны церковной реформой со всеми ее и положительными и отрицательными качествами. Теперь Петр только ждал естественной кончины Стефана, чтобы заменить возглавление церковного управления новым надежным лидером. И Феофан по сговору с Петром решил стать вдохновенным обитателем новой, никем нелюбимой столицы на невском болоте. На отведенном на Карповке участке, Феофан, на средства Новгородской кафедры выстроил себе хорошую архиерейскую усадьбу и в ней повел, радуя Петра, светский открытый образ жизни. Феофан и по темпераменту был продолжателем того жизнерадостного гуманистического идеализма, который расцвел в XIV веке, пронесен был через лаические круги реформации, возродился вновь и в католических кругах эпохи "просвещения" (XVII-XVIII вв.). Феофан был "просвещенцем". Ему доставляло наслаждение под покровительством Петра издеваться над старозаветными формами бытового и церковного мракобесия и салонно пропагандировать гуманитарный оптимизм во славу государя-реформатора и светлого знамени просвещения. В 1716 году Феофан, вызванный на чреду в Невскую столицу, пишет своему другу по Академии, шляхтичу Я. Маркевичу: "может быть ты слышал, что меня вызывают для епископства. Эта почесть меня также привлекает и прельщает, как если бы меня приговорили бросить на съедение диким зверям. Дело в том, что лучшими силами своей души я ненавижу митры, саккосы, жезлы, свечники, кадильницы и т.п. утехи. Прибавь к тому же весьма жирных и огромных рыб. Если я люблю эти предметы, если ищу их, пусть Бог покарает меня чем-нибудь еще худшим. Я люблю дело епископства и желал бы быть епископом, если бы мне вместо епископства не пришлось быть комедиантом, ибо к тому влечет епископская в высшей степени неблагоприятная обстановка, если не исправит ее Божественная Мудрость. Поэтому я намерен употребить все усилия, чтобы отклонить от себя эту чрезвычайную почесть и лететь обратно к Вам". Тут открывает свое сердце пред товарищем-богословом реформатор в православии. Его враги-ритуалисты, обрядоверы и средневековые противники оптимизма новой гуманистической культуры. Это с дерзновенным пафосом Феофан проповедует уже с амвона под митрополичьей митрой. "Суть неции, (и дал бы Бог, дабы не были многии) или тайным бесом льстимии, или меланхолиею помрачаеми, которыи такового некоего в мысли своей имеют урода, что все им грешно и скверно мнится быти, что либо увидят чудно, весело, велико, и славно, еще и праведно, и правильно, и не богопротивно... Таковых эллини древнии нарицали мисанфропи, си есть человеконенавистницы. И сии наипаче славы бесчестити не трепещут и всякую власть мирскую не точию не за дело Божие имеют, но в мерзость вменяют... И тако о державе верховной ниже помыслити хотят, быти ю праведну и от Бога узаконенну". Иностранные и русские "птенцы гнезда Петрова" нередко пировали у Феофана в его деревянном дворце на Карповке, как некий орден новой породы людей. Самому Петру любо было бражничать в этой компании. Однажды, было уже около полночи, когда Петру незваному, пришла мысль явиться на пир к Феофану. Гости были уже навеселе. Феофан не растерялся, встретил неожиданного гостя богословской шуткой: "Се жених грядет в полунощи. И блажен раб, его же, обрящет бдяша"! Петр был в восторге и пир продолжался.
Хранившаяся до последнего времени в Новгородской Семинарии библиотека Феофана из более чем 3.000 томов, большею частью фолиантов в кожаных переплетах на три четверти состоит из протестантских авторов. Это и ценность материальная, и богатый аппарат, который служил Феофану в его литературных трудах. Выведенный из Киевского кабинета и поставленный на широком торжище реформационно-политической жизни России, Феофан оставил по себе около семидесяти сочинений разного объема и своеобразного качества характерного для боевого публициста. Феофан, сознавая свое умственное превосходство над окружающей средой, не стеснялся в угоду практическим и полемическим целям злоупотреблять довольно смелыми софизмами, хотя мог бы те же идеи облекать и в более сдержанные объективные формы.
Для Петра Феофан был живой Академией по всем вопросам церкви и государства. Феофан тут стал мозгом Петра. Кто другой мог бы идеологически и грамотно обслужить Петра в трагедии его с наследником сыном и в замысле сломать самый закон о престолонаследии, кроме Феофана? Пользуясь готовой теорией естественного права и ее доктриной о верховной власти, Феофан вручал Петру волшебный аппарат для оправдания его государственной революции сверху. Эта концепция изложена Феофаном в известном трактате-манифесте под заглавием: "Правда воли монаршей". Цитируя Гуго Гроция, Феофан определяет существо верховной власти под именем "Майестэта", как власти, которой "по Бозе большей нет в мире". Майестэт законодательствует, но "сам ни каковым же законам не подлежит". Ничье другое человеческое изволение не может уничтожить воли майестэта, кроме его самого, "ему бо волю свою переменить мощно". Феофан-епископ, и не может не пояснить, в каких отношениях абсолютное земное верховенство майестэта состоит по отношению к законам Божиим. Верховная власть закону Божию "так подлежит, что за преступление того (т.е. закона Божия) Божию токмо, а не человеческому суду повинна". Тут скрыт софизм: — устранена вся видимая церковь и иерархия, как тоже органы "суда Божия", молчаливо отнесенные здесь к категории суда только человеческого. Следует ссылка на Феодора Вальсамона, что "царь ниже канонам, ниже законам подвержен есть". Не общепринятый в православии перегиб Вальсамона в освобождении василевса от власти канонов облегчает Феофану нужный вывод, "что всяк самодержец, как во всех прочих, так и в сем деле своем, т.е. в определении наследника на престол свой, весьма волен и свободен есть".