Эти общие предпосылки, в ряде особых трактатов, развиваются в прикладном их значении к вопросу об упразднении патриаршества и замене его новым, неведомым церковной канонике началом коллегиальным. Когда с 1717-1718гг. Петр явно сговорился с Феофаном об общих чертах задуманной реформы, оба они при случае не скрывают основ реформы, а Феофан тщательно и ухищренно ее аргументирует. Византийская система с ее и нормами и фактическими злоупотреблениями открывала возможность спорящим сторонам одинаково ссылаться на нее. Лукавее, конечно, были ссылки Феофана. По свидетельству Нартова, Петр теперь выражался уже решительно: "Богу изволившу исправлять мне гражданство и духовенство, я им обое — государь и патриарх. Они забыли, в самой древности сие было совокупно". Эту власть, в частности, и реформаторскую власть, Феофан в своем исследовании или "Розыске о пантифексе" исторически производит от власти римского императора, включавшей в себя и религиозную власть в качестве pontifex maximus. В истории церковного права это факт общеизвестный. Но Феофан пользуется им, чтобы искусственно облачить императоров в архиерейские одежды и, наоборот, епископов, как таковых, лишить мистического веса их власти и, по возможности, приравнять их служение к служению техническому, организационному. Феофан задает вопрос: "Христианские государи могут ли нарещися епископи, архиереи, и в каком разуме?" Прежде всего, Феофану выгодно развенчать самую идею епископата путем филологического и археологического истолкования ее с самой прозаической, элементарной стороны. Еще в Римскую языческую пору термин епископы означает буквально: "надсмотрщиков, надзирателей, стражей, наблюдателей". "Имя епископ не по священнодействию, но по долженству надсмотрения, наблюдения, правления лежит на пастырях". Унизив, таким образом, в глазах читателя роль епископа в церковной иерархии, Феофан, наоборот, накидывает епископскую терминологическую мантию на плечи государя и старается придать ей церковный иерархический оттенок. Метод уравнения через смешение. Государи суть "епископы епископов" своего народа. Епископы-надзиратели, а государи надзиратели над ними, ибо им принадлежит "самый верховный над всенародными делами надсмотр".
В результате старая языческая роль понтифексов у христианских государей оправдана. Лишь не священнодействуя, как в язычестве, христианские понтифексы законно и праведно управляют и иерархией, и церковными делами в силу своей верховной государственной власти... В этом рассуждении дан тонкий идейный подлог, который не всякий скоро обнаружит. Из языческого корня pontifex maximus произошла освященная христианством церковно-административная власть теократических византийских василевсов и копирующая ее власть наших московских царей. Феофан же, якобы, из того же корня выводит и оправдывает новую европейскую, антитеократическую власть абсолютного европейского монарха по идее естественного права, где не монарх служит церкви, а церковь монарху. Да, христианский василевс имел некие jura circa sacra для высших целей служения Царству Божию. А абсолютный монарх естественного права высшую цель своего служения имеет в царстве здешней, земной культуры. Теократический царь отдавал свое царство на служение церкви, абсолютный монарх отдает церковь на службу государству. Что именно такова цель всей публицистической аргументации Феофана, это он сам комментирует позднее в письме к игумену Маркеллу Родышевскому: "В книжице об императоре-понтифексе ясно показано, что царь всему духовному чину есть судия и повелитель, а они, всякий чин, и сам патриарх, царю суть подвластный и подсудный, как прочие подданные. И тожь то духовным властолюбцам, патриаршества возжелавшим, рожен и пыль в глаза". Таковы идейные предпосылки назревшей реформы церковного управления в воззрениях Петра и Феофана.
Петру ясен был лишь дух реформы. Но он бессилен был его точно юридически и канонически оформить. Феофан был учено-зрячим специалистом. Ему, антироманисту, конечно, симпатичен был дух просвещенного абсолютизма, боровшегося за свое первенство в странах католических: во Франции так называемый галликанизм, а позднее в Австрии так наз. иозефинизм. Но еще более прямым и близким сердцу Феофана образцом примата государства над церковью были системы протестантских стран. По протестантским каноническим системам, церкви, находящиеся на территории данного государства, в высшем управлении своем зависят от главы данной территории — Landes Herr'а. Это так называемый канонический территориализм. Феофан явно мыслил решение церковно-государственной проблемы именно в духе протестантского территориализма.
Но ни галликанство, ни протестантский территориализм не исключали еще нежелательных трений между церковью и государством, пока церковь, по азбуке православных канонов, возглавлялась "первым епископом", которого другие "признают яко главу и ничего не творят без его рассуждения" (1-е апостольское правило). Надо было скопировать какой-то другой, неправославный образец, где такого церковного примата и возглавления не существовало бы. Оставалось обратиться только к безглавому, безиерархическому, плюралистическому протестантизму. Петр еще до Феофана хорошо знал, что для управления церковью в протестантских странах существует, наряду с другими бюрократическими аппаратами, такой же одноименный с ними аппарат для управления и церковными делами. Термина "министерств" еще не существовало. В моде был термин "коллегия". Коллегии это вариант бюрократии, где управляющий чиновник внутренне ограничивается голосами сочленов. Эта модная конституционная форма бюрократии очень рано заинтересовала Петра. И он, со времени своего первого путешествия в Англию в 1698 году, заказал там одному специалисту Фрэнсису Ли (Lee) составить проект коллегий на случай применения его в Московском государстве. В проекте Ф. Ли среди семи коллегий есть и коллегия, называемая "для пропаганды христианской религии" (for the propagation of the Christian Religion). Петр, непрерывно занятый с тех пор мыслью о введении коллегиальной системы у себя дома, и во время своих путешествий непосредственно и через посредство специально посылаемых на разведку в разные государства лиц, не переставал собирать материалы для коллегиальной реформы. В 1711 году Петр познакомился с Лейбницем и консультировал его по этому вопросу. Сохранился проект под именем Лейбница девяти коллегий, среди которых имеется и Religions-Kollegium. Петру не было необходимости далеко ходить за примерами государственно-протестантских форм управления церквами. У себя в Москве в немецкой слободе он имел и Kirchen Kollegium и в нем Kirchenrath, где заседали и пасторы — Kirchen vorsteher и миряне — Kirchen ältesten. И статут этого учреждения был издан "с утверждения Его Царского Величества" в 1715 г. В завоеванной Лифляндии Петр нашел еще со времени Густава Адольфа управляющую церквами Обер-Консисторию. С 1712 г. Петр начал уже вводить коллегии для отдельных ведомств, начиная с торговой коллегии. С 1715 года Петр сделал выбор образца реформы в виде шведской системы. Для окончательного сравнения и возможного усовершенствования, он даже взял на службу для этой специальной задачи голландца Фика, который после двухлетней работы должен был совместно с Брюсом конкретизировать детально весь план работы. По возвращении своем из заграницы в октябре 1717 г. Петр назначил президентов в десять спроектированных коллегий, приказал президентам "сочинить свои коллегии" и вступить в действие. Характерно для осторожной тактики Петра, что среди десяти коллегий нет и помину о коллегии церковной. Под возглавлением местоблюстителя продолжали вести дела прежние патриаршие приказы. Разные штатные чины бывшего патриаршего двора продолжали еще существовать, и тогдашнее духовенство не без наивности по временам надоедало Петру напоминаниями, что пора бы выбрать и патриарха. Это было полным непониманием тогдашнего антипатриаршего настроения Петра, в 1717 — 1718 гг. переживавшего трагический процесс царевича Алексея. Мысли Петра после введения системы десяти коллегий вплотную уперлись в очередное дерзновение — учинить и для церковных дел такое же государственное министерство — "коллегию". Обнаружил это Петр как бы случайно.
В мае 1718 г. он вызвал Стефана из уютного московского житья-бытья в неустроенный, барачный Петербург. Промаявшись бездомно целое лето и осень, Стефан подал закаленному в походной жизни царю старчески малодушную, плаксивую просьбу отпустить его пока в Москву для более основательных сборов, докучая царю и еще рядом вопросов: а) как тут жить без своего местоблюстительского дома? б) Как управлять отсюда и Московской и Рязанской епархиями? в) Как вызывать сюда на чреду архиереев, где им тут жить? г) Как замещать впредь пустующие кафедры? Все эти докучливые вопросы явно саботировали неуютную новую столицу и вместе были свидетельством административной инертности и бесталанности Стефана. Петр взорвался, и после ряда укоризненных замечаний на докладе, как бы невзначай, закончил их следующим многозначительным заявлением: "А для лучшего впредь управления мнится быть Духовной Коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно". Вскипев на Стефана, Петр, по-видимому, тотчас же приказал Феофану писать мотивированный проект учреждения Духовной Коллегии, и Феофан в декабре 1718 г. уже писал его. Каждая коллегия руководилась своим уставом, называвшимся "регламент". И Феофану был заказан тоже регламент. В черновой рукописи Духовного Регламента Феофан записал, что другие коллегии Петр "премудро... уставил в лето сие 1718-е". Феофан написал целую книгу, чтобы замысел царя был наилучшим образом мотивирован и защищен. Это не краткий устав нового учреждения, а только то, что мы теперь называем объяснительной запиской к будущему закону. И в черновике Государственного Архива рукопись не носит названия "регламента". Она озаглавлена так: "Книга сия, Духовного Коллегиум описание и рассуждение содержащая"... По форме своей эта книга Феофана не сухой сжатый закон и регламент, а публицистическое агитационное произведение в защиту реформационного замысла, написанное в очень субъективном сатирическом, частью описательном стиле. Часто даже в первом лице: "мы предлагаем разыскать бы, добро бы и не вымыслы то наши, дал бы Бог, чтоб о сем домышляться только могли бы". Как литературное произведение, ярко отражающее живое лицо автора, этот документ и вошел в общую историю русской литературы. Все законодательство Петра полно резонирования. Неудивительно, что в таком щекотливом деле, как церковная реформа, Петр даже прямо настроил Феофана на обширное резонирование, на документацию, из которой надо особо извлекать краткие законодательные тезисы. Ни Петр, ни Феофан, увлеченные трудной задачей убеждения церковных кругов, даже и не заметили, что пускаемый ими в оборот под видом "Регламента" документ представляет собою некую формальную несуразность. Но задача была исключительно щекотливая, и о гармонии и юридическом изяществе формы реформаторы ни капли не беспокоились. Как-то в 1719 г. Петр был в Александро-Невской Лавре, и, по записи денщика его П. В. Нартова, спросил Феофана: "Скажи-ка, отче, скоро ли поспеет наш патриарх?" Феофан в том же шутливом тоне ответил: "Я дошиваю уже ему рясу". На это Петр весело добавил: "а у меня и шапка для него готова!" Если последние слова не пустое балагурство, то позволительно думать, что Петр тут подразумевал ту шапку, под которую он посадит будущего "патриарха". Если Феофан изготовлял "патриарху" рясу — регламент — по шаблону коллегий, то у Петра в его схеме все 12 коллегий были стройно и однообразно подчинены общему возглавителю — Сенату, заместителю в экстренных случаях самой персоны монарха. Вот та "шапка", под которую Петр думал посадить новую коллегию, как под наседку нового цыпленка. На рукописи проекта регламента, отмеченной по местам собственноручными пометками Петра, в конце ее читаем приписки рукой Феофана: "Сия вся зде написанная первее Сам Всероссийский Монарх, Его Царское Священнейшее Величество слушать перед собою чтомая, рассуждать же и исправлять благоволил сего 1720 году февраля 11 дня". Этот первый момент рождения церковной реформы протекает в полном секрете от церкви и ее иерархии. Реформа — продукт воли абсолютного монарха.