Первый недоуменный вопрос, заданный Петру, был элементарно самоочевиден для каждого священнослужителя. Нельзя было в церкви открыть рта, чтобы на него не натолкнуться: как творить молитвенное возглашение о церковном правительстве, если не именовать его ни патриархом, ни местоблюстителем? Не возглашать же какое-то чуждое, латинское "коллегиум"? Робко предложили перевести расплывчатым словом — "Собрание". Кроме этого, высшей церковной власти подобает и канонический титул "святейший". Соединить этот эпитет с латинским словом было бы дико. Как бы извиняясь за вопрос, новая коллегия робко делает такое предложение: "О Святейшем Правительствующем Собрании, честнем пресвитерстве и проч... И сей титул "Святейший" никому же партикулярно присвоится, но токмо всецелому Собранию". Кто помогал, подсказывал Петру формулировать ответы, неизвестно. Вероятнее всего тот же Феофан, теперь уже добросовестно отражавший и широкое церковное мнение. Здравый смысл и чутье Петра шли этому навстречу. Вместо робкого и нелепого названия правящего органа "Собранием", Петр сдается на церковно-канонический термин "Собор". Это термин, созвучный для греков и настоящему церковному собору и совещательному полу бюрократическому окружению каждого возглавителя автокефальной церкви, по-русски — "освященному собору". Резолюция Петра: "О Святейшем Синоде или о Святейшем Правительствующем Синоде". Этой резолюцией "коллегия" была похоронена навсегда, и логически ее "Устав" должен был бы утратить и соответствующее коллегии название "Регламента". "Правительствующий", т.е. исполняющий правительственные функции временно и по чьему-то поручению, а не по своей природе. "Исполняющий должность" правителя, но не имеющий в себе природы правителя, еще не сам правитель — монарх. По-латыни: только regens (от rego — правлю), а не сам rex. Таких régentes под rex может быть и несколько. И умный и смелый Петр прекрасно это понял, и, к зависти сенаторов, в одно мгновение щедро именует Синод "Правительствующим", в то же время проницательно отгораживая Синод этим государственным титулом от соблазна дуализма верховных властей как это мыслилось de jure в Византии и в Древней Руси. Чтобы Синод не превращался в узко церковное учреждение, Петр щедро позволяет ему именоваться Правительствующим, т.е. по мысли Петра имеющим государственные полномочия от верховной власти по подобию и Сената, в том же смысле носящего такой же титул. Но это еще не уравнение с Сенатом. Однако, сама природа новорожденной церковной власти Синода, непредвиденно для Петра, толкала Синод на уравнение с Сенатом. Это равенство как бы предписывалось одинаковостью звучания их титула. Исчезло слово Коллегия, но коллегиальный ранг Синода, заложенный в Регламенте, как тяжелый камень, привязанный к ноге, долго еще тащился за Синодом, ведшим борьбу за свое достоинство.
Второй вопрос, заданный Петру под видом канцелярской формальности, ходатайствовал о самом важном: об юридическом оформлении несравнимой с компетенцией коллегий власти нового учреждения. Новые синодалы спрашивали: в какой письменной форме сноситься им с Сенатом, как бесспорно верховным учреждением и, с другой стороны, с коллегиями, над которыми Синод только что вознесся вверх? Иначе сказать: кому Синод имеет право посылать приказы, требования и инструкции, и по какой форме должны другие государственные учреждения сноситься с Синодом? Не сомневаясь, что в Синод будут приходить Высочайшие указы, синодалы не допускают и мысли, что кто-то другой, кроме монарха, может Синоду приказывать. Они пишут: "А на патриаршее имя указов ниоткуда не присылалось, Духовная же Коллегия имеет честь, силу и власть патриаршескую, или едва и не большую, понеже собор". Характерно, что упразднив принятием коллегиальной формы в принципе соборное начало, в эту минуту вчерашние "антисоборники" хватаются за почетную и существенную для церкви идею собора. Петр не побоялся по-новому взглянуть на рожденное им детище, понять его высокую природу и мысленно поставить его в системе государственной на высокую ступень рядом с Сенатом. Учреждения равного ранга сносились друг с другом не приказами и распоряжениями, а "ведениями", т.е. "сообщениями к сведению". Петр, понимая весь юридический смысл этой формальности, положил резолюцию: "в Сенат ведением и за подписанием всех, а в коллегии — так, как из Сенату пишут и за подписанием только секретарским". Этим росчерком царского пера Синод в один миг подымался на высоту формального равенства с Сенатом. Другое дело это вопрос о реальном равенстве с Сенатом. За это равенство Синоду пришлось еще долго и болезненно бороться. Пρώτоν ψεύδоς, заложенный в конструкции Синода, как одной из Коллегий, все время давал себя знать в жизни и деятельности Синода.
Вопросом 5-м новорожденные синодалы допрашивали Петра по пункту огромного бытового значения, материального интереса и престижа церковной власти, а именно: о церковных вотчинах. В сознании русского священства и монашества глубоко залегла 700-летняя привычка, закрепленная и периодом монгольского владычества, считать свои землевладельческие права неотъемлемым, священным, церковным достоянием, опорой не просто сытости, но и благородства, моральной свободы пред лицом государства. Преп. Иосиф Волоколамский, как и патр. Никон, будучи аскетами, с энтузиазмом защищали земельные права церкви, видя в них броню церковной свободы. Отобранные Петром в 1700 г. под государственное ведение воскрешенного Монастырского Приказа, теперь эти имущества, вместе с их хозяйством и доходами, по плану нового бюрократического аппарата государства, состояли в ведении многих коллегий и управлялись с обычной казенной малопродуктивностью. Теперь сама Дух. Коллегия стала органом государственным, а не автономным. Какой же смысл продолжать управление бывшими церковными вотчинами через другие государственные коллегии, а не через эту новую, тоже государственную, но еще и заряженную на это дело специфическим хозяйственным энтузиазмом? Сверх того, акт покорной отданности иерархии монарху при ликвидации патриаршества и введении новой церковной формы правления заслуживал со стороны монарха и особой милости и даже новых светских привилегий для иерархии, ставшей в положение государственных чиновников. Вопрос был поставлен с мотивировкой желательного ответа так: "патриаршие, архиерейские и монастырские вотчины, сборами и правлением которые ведомы были в Монастырском Приказе, в одной Духовной Коллегии ведать ли, того ради, что оные от гражданских управителей пришли в скудость и пустоту, а Духовная Коллегия присягою обязалась, как и верности, так и во искании интереса Царского Величества против прочих Коллегий, не меньше. А в Регламенте Духовном положено, что такое правление надлежать будет по духовной Коллегии?" Петр решил: "Быть по сему". Эта краткая резолюция положила начало крупному повороту в бытовом укладе церковно-монастырской жизни. Монастырский Приказ вновь становится органом церковного правления, т.е. тем же вотчинным министерством, но уже не под властью государственной бюрократии, а под церковной властью Духовной Коллегии, ставшей Святейшим Синодом. Это далеко еще не полное право собственности в старомосковском смысле, а только управление и пользование, но практически, по сравнению с только что упраздненным положением дел, это было то, о чем тосковали и иерархи и монастыри. Это открыло дорогу не только хозяйскому использованию, хотя и подконтрольному государству в лице Сената, экономических средств вотчин по прямому их назначению на нужды церковной жизни, но и по хозяйской творческой инициативе, заменявшей психологически полное право собственности.
Синодом был начат и успешно проведен план возврата и выкорчевывания из недр других Коллегий всех вотчино-церковных дел и функций прежнего расширенного Монастырского Приказа. Дело шло не об одном администрировании, но и о восстановлении, по старым законам и практике, и судебных дел над людьми бывшего царского ведомства. Несколько сот тысяч вотчинных душ становились вновь подсудными Синоду не только по гражданским делам, но и по части связанных с хозяйством уголовных дел. Все это логически начинало противоречить бюрократической системе Коллегий, воплощавшей единство государственной власти. Около Синода стали вырастать подсобные подчиненные ему органы, а Коллегии, терявшие часть своей компетенции, обращались за помощью к Сенату, который, по возможности, сдерживал этот неудержимый рост широкой компетенции Синода, выраставшего в какого-то двойника Сенату. Такое приравнение было далеко от сознания Сената, и он начал открыто "подминать под себя" Синод, как бы загоняя его в его коллегиальную колыбель. Синод на этой диалектической почве начал длительное и упорное состязание с Сенатом за свое равенство и во всяком случае за несравнимое превосходство над коллегиями. В сущности, он отстаивал самую природу церковной власти, независимую от государственной. Но, увы, он мог мотивировать свои права только дозволенными для него резонами государственными, напр., ссылкой на титул "Правительствующий". А на лестнице учреждений государственных все-таки раньше Синода и выше всех других уже стоял Сенат. Переодетый из одежды "Коллегии" в тогу "Правительствующего", Синод мог казаться Сенату величиной лишь почетно выше других коллегий превознесенной, но, конечно, не равной ему. Уже 15-го марта 1721 г. Синод на защиту Сенатом судебной компетенции Юстиц-коллегии со ссылкой на Генеральный Регламент возражал: "Когда Генеральный Регламент был сочинён, тогда о Дух. Правительстве еще и начинания не было. И ныне... Духовное Правительство от прочих Коллегий отменно, равно как Сенат". Петр чувствовал, что это путает систему государственного единства управления и суда, но частично пошел на уступки, и Синод постепенно завоевал права, непредусмотренные Духовным Регламентом и действительно приблизившие синодальную власть по широте ее ведомства к прежней власти патриархов, нарушая теоретически стройную систему коллегий вообще.