Популярным и общеизвестным симптомом поглощения в императорской России церковной власти властью государственной всегда считался институт синодальной обер-прокуратуры. Появление ее требовалось системой высшей петровской администрации. В Сенате был свой генерал-прокурор. В Синоде, после длительной борьбы его за некоторое равенство с Сенатом, должен был появиться свой прокурор. Петр В., будучи в Сенате 11/V.1722 г., собственноручно написал указ: "в Синод выбрать из офицеров доброго человека, кто б имел смелость и мог управление синодского дела знать, и быть ему обер-прокурором и дать ему инструкцию, применительно к инструкции генерал-прокурора Сената". Вскоре была выработана и издана 13/VІ.1722 г. памятная обер-прокурорская инструкция:
"Ст. 1. Обер-прокурор повинен сидеть в Синоде и смотреть накрепко, дабы Синод свою должность хранил... по Регламенту и Указам отправлял... также накрепко смотреть, чтоб в Синоде не на столе только дела вершились, но самым действом по указам исполнялись.
Ст. 2. Также должен накрепко смотреть, дабы Синод в своем звании праведно и нелицемерно поступал. А ежели что увидит противное сему, тогда в тот же час повинен предлагать Синоду явно, с полным изъяснением, в чем они, или некоторые из них, не так делают, как надлежит, дабы исправили. А ежели не послушают, то должен в тот же час протестовать и иное дело остановить и немедленно донести НАМ, если весьма нужное. А о прочих в бытность НАШУ в Синоде, или помесячно, или понедельно, как указ иметь будет".
Ст. 9. "Обер Прокурор ничьему суду не подлежит, кроме нашего".
Ст. 11. "И понеже сей чин, яко око НАШЕ и стряпчий о делах государственных, того ради надлежит верно поступать, ибо перво на нем взыскано будет".
По своему началу синодская обер-прокуратура не имела в виду возглавлять и направлять церковное управление. Это был только орган надзора и контроля, как и во всех коллегиях (министерствах) петровской административной системы. Но поскольку этот скромный чиновник заменял "око наше", т.е. власть реального Главы церковного управления, таившиеся в нем потенции власти были для Синода неодолимы. Это и обнаружилось в XIX веке с момента учреждения министерств. В течение всего XVIII века синодские обер-прокуроры были фигурами с ограниченным влиянием в зависимости от характера самих носителей этой должности и степени непосредственной близости правящих иерархов ко Двору. Никто из иерархов XVIII в. не подозревал даже, что "око Наше" со временем из отвлеченного принципа превратится в конкретную действительность. Поэтому все трения и конфликты Синода с обер-прокурорами XVIIІ в. носят характер сравнительно мелочных споров, в которых синодалы третировали этих контрольных чиновников, как ненужное пятое колесо в телеге, и нередко Сенат и Государи, уступая бойкоту Синода, убирали неугодных обер-прокуроров и заменяли другими. Факт немыслимый в XIX в., когда обер-прокурор из чиновника превратился в носителя реальной власти, в министра над церковью.
Иерархия, покорно принявшая реформу, в последующие царствования, особенно по смерти Феофана Прокоповича, от времени до времени обнаруживала тенденцию к возврату патриаршества. Православный народ по обычаю "безмолвствовал". Противники церкви раскольники-старообрядцы не молчали и громко в своей рукописной подпольной литературе изображали Петра и все его дело, как дело антихриста. Уже во второй половине XVIII в. из секты странников вышло "Собрание от Святого Писания об антихристе". Тут Петр объявляется личным лжехристом-антихристом, мучителем православных христиан, распространителем своей новой жидовской веры, узаконившим новолетие Янусовское (т.е. январское). "А в 1721 г. приял на себя титлу патриаршескую. И ста главой церкви российския, восхитив на себя не точию царскую власть, но и святительскую и Божию, бысть самовластный пастырь, едина безглавная глава надо всеми, противник Христов, антихрист". И таких сектантских характеристик Петра целая серия. В одном говорится, что Петр просто самолично убил патриарха патриаршим жезлом и "вшед в грановитую палату, вынул свой булатный меч и ударив по столу оным булатным мечом, аз вам царь, патриарх, Бог вам — трижды возглашал". Последняя карикатура основана на довольно достоверном предании. Голиков в его "Деяниях" (II, 73) передает, что будто бы группа членов Синода в присутствии самого Петра на одном из заседаний подала прошение о назначении патриарха. По словам графа Бестужева, Петр, ударя себя в грудь, сказал: "вот вам патриарх", а по словам барона Черкасова, "обнажив свой кортик и ударя плашмя по столу, сказал с великим гневом: вот вам патриарх!" Реальность такой сцены (только не в Синоде) весьма вероятна. Голиков продолжает: "К сему прибавлю и я слышанное мною от одного почтеннейшего старца, что отмена патриарха была весьма многим и из светских крайне чувствительна, ибо они не инако, как с воздыханием о сем вспоминали, а в первые годы даже бунты и заговоры на сие начинали". В последующие царствования мы услышим еще ряд оппозиционных иерархических голосов. Открытое официальное заявление о благовременности уничтожения Синода вместе с отменой унизительной присяги для его членов сделали в 1742 г., при восшествии на престол Елизаветы, два члена Синода: известный митрополит Ростовский Арсений Мациевич и Новгородский архиепископ Амвросий Юшкевич. Трагическая судьба Арсения при Екатерине II надолго заставила иерархию прикусить языки по этому вопросу. И до XIX века открытой критики синодального строя в печатном виде нельзя было и ожидать.
Иностранная оценка церковной реформы Петра, преимущественно в странах протестантских, была хвалебной и положительной, как писали многие дипломаты из России и как провозглашалось в некоторых специальных изданиях[15], что Петр "сделался сам главой церкви, присвоив себе исключительное управление ею". Другой дипломат пишет, что "первым президентом в Синоде был сам император". Они восхищались этим протестантским явлением.
Открытая, почти свободная критика синодального строя начинается в XIX веке. Карамзин в 1811 г. в его записке на Высочайшее Имя "О древней и новой России" формулирует вопрос так: "Церковь Российская искони имела главу сперва в митрополите, наконец в патриархе. Петр объявил себя главою церкви, уничтожив патриаршество, как опасное для самодержавия неограниченного... Со времен Петровых упало духовенство в России. Первосвятители наши были уже только угодниками царей, и на кафедре языком библейским произносили им слова похвальные. Для похвал мы имеем стихотворцев и придворных. Главная обязанность духовенства есть учить народ добродетели, а чтобы сии наставления были тем действительнее, надобно уважать оное. Если Государь председательствует там, где заседают главные сановники церкви; если он судит их, или награждает мирскими почестями и выгодами, то церковь подчиняется мирской власти и теряет свой характер священный, усердие к ней слабеет, а с ним вера. А с ослаблением веры, Государь лишается способа владеть сердцами народа в случаях чрезвычайных, где нужно все забыть, все оставить для отечества и где пастырь душ может обещать в награду один венец мученический. Власть духовная должна иметь особенный круг действия вне гражданской власти, но действовать в тесном союзе с нею". Хотя Карамзин и дал первый пример открытого осуждения церковной реформы Петра, но он был высокопоставленный придворный историограф. Голос церковных мыслителей и историков не смел еще шагнуть с ним нога в ногу. Только что опубликованная в качестве первого опыта "Краткая Церковная Российская История" (1805 год) митр. Платона ставит точку пред эпохой Петра и по-своему смело, но все же дипломатическим языком свой суд о прошлом и настоящем выражает так: "Блаженною кончиною патриарха Адриана скончалось и патриаршество, украшавшее почти целый век церковь всероссийскую с великим ее назиданием. А с кончиною сего патриарха и патриаршества всероссийского и я оканчиваю сию мою церковную историю. Какие были причины упразднения патриаршества, оные объяснены в Дух. Регламенте, в испытание коих входить не должно. Осьмнадцатый век начало свое в России восприял тем, что отменено числить новый год с 1-го сентября. И особенное празднество, бывшее в тот день, оставлено, а повелено числить с 1-го генваря, что по Божьим сокровенным судьбам было как бы некоторым предзнаменованием, что в осмьнадцатом веке течение всяких в России дел и вещей воспримет вид новый. Почему с начала сего нового века течение и церковных дел (оставаясь яко старик при старых делах) предоставляю описывать другому из новых". (Т. II, с. 234-76).