Наводя на себя довольно мрачную тень своей излишней покорностью государственной власти в ее делах и начинаниях, митр. Даниил и в сфере чисто церковной ознаменовал себя также несветлыми деяниями. Он известен своей непримиримой ненавистно к своим идейным противникам, восстававшим против защищаемого им быта иерархии и монашества, обеспеченных богатыми недвижимыми имуществами. Даниил несправедливо засудил и беспощадно наказал за проповедь нестяжательности Максима Грека и Вассиана Патрикеева. Некрасивый процесс соборного суда мы расскажем впоследствии.
4 декабря 1533 г. скончался великий князь Василий Иванович, которому Даниил был обязан своим возвышением. Умирая, великий князь "приказал великую княгиню и дети своя отцу своему Даниилу митрополиту, а великой княгине Елене приказал под сыном своим государство держать до возмужания сына своего", трехлетнего Ивана IV. Поставленный этим завещанием во главе боярской думы, подобно святителю Алексию в малолетство Дмитрия Донского, митрополит мог бы при таких условиях высоко поднять ослабленный пред тем авторитет церковной власти. Но Даниил уже твердо встал на наклонный путь в своих отношениях к государственной власти и не сходил с него до тех пор, пока не докатился до своей собственной погибели, которая была неизбежным концом его политики послушания. При слабости регентши Елены, сила власти осталась за боярской думой и ее партиями. Многие из бояр были противниками митр. Даниила, и он очутился в положении человека, которому нужно было бояться за свое место. Его участие в делах боярской думы имело пассивный, церемониальный характер. Он, например, не мог защитить от происков бояр даже близкого ему человека, благодетеля дорогого для него Волоколамского монастыря, дмитровского князя Юрия Ивановича, брата покойного государя. Князь Юрий Иванович нашел свою смерть в темнице. После этого правительство привлекло Даниила к участию в изведении другого брата покойного великого князя Василия Ивановича — Андрея Ивановича Старицкого. Митрополит зазывал его в Москву на явную погибель, но уверял, что берет его "на свои руки" и угрожал за непослушание церковным отлучением. Андрей Иванович не дал веры московским сиренам, думал искать спасения в бегстве, но был пойман и разделил участь Юрия. Одна летопись говорит: "поймали князя Андрея Ивановича, великого князя брата, великая княгиня Олена да митр. Даниил, и посадили его в набережную палату, да положили на него великую тягость, и умориша его смертью".
Заняв положение покорного слуги политических интересов правительства, митрополит оказывался бессильным защищать и интересы церкви и иерархии. Правительство Елены успело издать узаконения против бесконтрольного увеличения церковных земель, сделало в новгородских пределах первый опыт их секуляризации, привлекало духовенство к несению некоторых городских и государственных повинностей и не стеснялось употреблять иногда церковные средства на свои нужды. При покойном великом князе митр. Даниил также усердно служил интересам государства. Но тогда это окупалось по крайней мере личным благоволением к нему светской власти, так что он не чувствовал каких-нибудь опасений за прочность своего положения. Теперь же, несмотря на всю прежнюю услужливость правительству, митр. Даниил не выигрывал для себя ровно ничего. Его излишняя податливость роняла его же собственный авторитет в глазах заправлявших делами государства боярских партий и открывала им возможность распоряжаться его судьбой. Положение митр. Даниила становилось шатким и еще более ухудшалось со смертью 3 апреля 1538 г. покровительствовавшей ему великой княгини Елены. Великий князь Иван Васильевич был в это время всего еще 8-летним мальчиком, и потому регентство над ним было передано умиравшей княгиней в руки боярской думы, в которой тотчас же разыгралась партийная борьба за преобладание. Сначала возобладал над всеми князь Василий Васильевич Шуйский, но вскоре он нашел себе соперника в лице Ивана Федоровича Бельского. Митр. Даниилу неизбежно предстояло примкнуть к одной из двух враждебных сторон. Он пристал к партии Бельских, но выбор его оказался неудачным. Василий Шуйский одолел Ивана Бельского и засадил его в тюрьму. Митрополит стал с часу на час ожидать своего падения. Однако Василий Шуйский на время оставил его в покое и сам вскоре помер, передав власть брату Ивану. Этот уже бесцеремонно согнал Даниила, как своего политического врага, с митрополичьей кафедры 2-го февраля 1539 г. и сослал в Иосифов Волоколамский монастырь, где от него вытребована была подневольная отреченная грамота. Даниил принужден был написать: "рассмотрих разумения своя немощна к таковому делу и мысль свою погрешительну и недостаточно себя разумех в таких святительских начинаниях, отрекохся митрополии и всего архиерейского действа отступих". Даниил прожил в монастыре еще 8 лет и скончался 22 мая 1547 г.
"Итак, говоря словами Голубинского, — митрополит Даниил, как нравственная личность, представляет из себя человека далеко не светлого: честолюбивый, искательный, на месте митрополита покорный слуга и раб великого князя до забвения своих обязанностей, способный к таким действиям угодничества, при которых требовалось вероломное клятвопреступление, исполненный беспощадной ненависти к своим врагам и готовый на всякие средства для их уничтожения, наконец, в частной своей жизни принадлежавший к числу таких людей, которые любят хорошо пожить. Но тот же митр. Даниил занимает совершенно выдающееся положение среди других наших митрополитов в качестве учителя не делом, а письменным словом: он написал не два-три поучения, как другие митрополиты, а целую большую книгу учительных слов и целую такую же книгу учительных посланий. Быть учителем посредством письмени, не будучи учителем на деле, совершенно возможно, и это сплошь и рядом в учительной или учительской среде, потому что, во-первых, есть истины учения теоретические, при которых нравственность учителя остается в стороне; во-вторых, и истинам практическим можно учить, существует или не существует собственная охота их исполнять. Но во всяком случае, если человек посвящает себя делу учительства исключительным образом нарочито, то нельзя не признать этого очень замечательным. Два побуждения при этом могут быть предполагаемы: простое славолюбие и искреннее желание принести ближнему пользу хотя не делом, то словом. Предполагать в отношении к Даниилу одно последнее побуждение едва ли было бы основательно, но мы не имеем достаточных оснований и на то, чтобы предполагать одно только первое побуждение. Если мы предположим оба побуждения вместе, если мы предположим, что Даниил отчасти водился славолюбием, а отчасти искренним желанием возместить свою неучительность посредством дел учительностью посредством слова, то во всяком случае эта последняя учительность должна быть вменена ему как очень немалая заслуга, которая в довольно значительной степени должна искупать в наших глазах его нравственные недостатки" (с. 736-738).
Виновник падения митрополита, Шуйский, провел на кафедру митрополии Троицкого игумена Иоасафа.
Формально действовал собор архиереев. Так всегда бывало и в Византии при политической смене патриархов. Шесть епископов, нужных для процедуры избрания нового митрополита, видимо уже заранее были вызваны в Москву, ибо на шестой день по высылке митр. Даниила уже поставлен был на его место Иоасаф Скрыпицин. Примечательно, что в своем исповедании при поставлении Иоасаф не отрекается от КПльского патриарха, как это делалось до него после разрыва с КПлем в 1478 г. Напротив, он заявляет: "во всем последую и по изначальству согласую всесвятейшим вселенским патриархом, иже православие держащим истинную и непорочную христианскую веру, от свв. апостол уставленную и от богоносных отец преданную, а не тако, яко же Исидор принесе от новозлочестивне процветшего и несвященнаго латиньскаго собора". Это — замечательное свидетельство смиренного канонического лоялизма русской церкви, которая с болью переживала свой вынужденный разрыв с греками и искала всех поводов к достойному примирению, т.е. с сохранением своей независимости. Вел. кн. Василий III уже по одному тому, что он нуждался в благословении на развод с Соломонией Сабуровой, посылал любезные дары и письма вселенскому патриарху и от него получил дружелюбный по тону письменный ответ, хотя и не разрешавший развода. Не только простонародные круги, но и русские правящие и богословские верхи продолжали смотреть сверху вниз на греческое благочестие. Конечно, не только тогдашние либералы — "нестяжатели", но и господствовавшие противники их, консерваторы — "осифляне" все-таки понимали, что греки остались православными. И с своей стороны, русские, отрываясь от них юрисдикционно, никоим образом сами не покинули древнего греческого православия. А такие контр упреки уже начали раздаваться со стороны греков. Только что отшумел громкий процесс, затеянный "иосифлянином" митр. Даниилом против Максима Грека, который смело обличал русских в самочинной автокефалии, в невежестве и пороках и отнимал у них право обличать богословски более просвещенных греков. Максима Грека мстительные иосифляне неправедно засудили на вечное заключение за мнимые, невежественно измышленные ереси. Ряд восторженных учеников Максима и "нестяжатели", наоборот, справедливо видели в нем жертву невежественного кривосудия и разделяли его убеждения в православии греков и вреде разобщения с ними. Митр. Иоасаф был из их среды. Очень возможно, что по контрасту с низвергнутым грекофобом митр. Даниилом, нестяжателю Иоасафу правительство позволило подчеркнуть в его исповедании (своего рода митрополичья программа) его строгое единство в православии с вселенским престолом. В таком смысле эти слова Иоасафа не умаляли автокефалии русской, а имели только догматический смысл и парировали возможные упреки русскому православию.